data_3DF0 # _model_server_result.job_id e8G8HFlmySMq-zOLIzFRmQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-09 02:21:18' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3df0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"M","auth_seq_id":604}' # _entry.id 3DF0 # _exptl.entry_id 3DF0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 10 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3DF0 _cell.length_a 147.39 _cell.length_b 147.39 _cell.length_c 47.222 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3DF0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 77 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 42' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 D N N ? 4 E N N ? 4 F N N ? 4 G N N ? 4 H N N ? 4 I N N ? 4 J N N ? 4 K N N ? 4 L N N ? 4 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O ILE 89 A ILE 89 1_555 D CA CA . A CA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? metalc ? metalc2 A O GLY 91 A GLY 91 1_555 D CA CA . A CA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 96 A ASP 96 1_555 D CA CA . A CA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 96 A ASP 96 1_555 D CA CA . A CA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.629 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 175 A GLU 175 1_555 D CA CA . A CA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.889 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 175 A GLU 175 1_555 D CA CA . A CA 715 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc7 A OE1 GLU 292 A GLU 292 1_555 E CA CA . A CA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc8 A OE2 GLU 292 A GLU 292 1_555 E CA CA . A CA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 299 A ASP 299 1_555 E CA CA . A CA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.362 ? metalc ? metalc10 A O GLN 319 A GLN 319 1_555 E CA CA . A CA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.456 ? metalc ? metalc11 A O GLU 323 A GLU 323 1_555 E CA CA . A CA 716 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.389 ? metalc ? metalc12 A O ALA 542 A ALA 542 1_555 F CA CA . A CA 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 545 A ASP 545 1_555 F CA CA . A CA 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? metalc ? metalc14 A O GLU 547 A GLU 547 1_555 F CA CA . A CA 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc15 A OE2 GLU 547 A GLU 547 1_555 G CA CA . A CA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.821 ? metalc ? metalc16 A OE1 GLU 552 A GLU 552 1_555 F CA CA . A CA 717 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 585 A ASP 585 1_555 G CA CA . A CA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 587 A ASP 587 1_555 G CA CA . A CA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? metalc ? metalc19 A OG SER 589 A SER 589 1_555 G CA CA . A CA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.766 ? metalc ? metalc20 A O LYS 591 A LYS 591 1_555 G CA CA . A CA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc21 A OE1 GLU 596 A GLU 596 1_555 G CA CA . A CA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? metalc ? metalc22 A OE2 GLU 596 A GLU 596 1_555 G CA CA . A CA 718 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.745 ? metalc ? metalc23 A OD1 ASP 615 A ASP 615 1_555 H CA CA . A CA 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc24 A OD1 ASP 617 A ASP 617 1_555 H CA CA . A CA 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.561 ? metalc ? metalc25 A OG SER 619 A SER 619 1_555 H CA CA . A CA 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc26 A O THR 621 A THR 621 1_555 H CA CA . A CA 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.26 ? metalc ? metalc27 A OE1 GLU 626 A GLU 626 1_555 H CA CA . A CA 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc28 A OE2 GLU 626 A GLU 626 1_555 H CA CA . A CA 719 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? metalc ? metalc29 A OD1 ASP 658 A ASP 658 1_555 I CA CA . A CA 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.136 ? metalc ? metalc30 A OD2 ASP 658 A ASP 658 1_555 I CA CA . A CA 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? metalc ? metalc31 A OD1 ASP 660 A ASP 660 1_555 I CA CA . A CA 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? metalc ? metalc32 A OD2 ASP 660 A ASP 660 1_555 I CA CA . A CA 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc33 A OD1 ASN 661 A ASN 661 1_555 I CA CA . A CA 720 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc34 B O ALA 25 B ALA 111 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.75 ? metalc ? metalc35 B OD1 ASP 28 B ASP 114 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.331 ? metalc ? metalc36 B O GLU 30 B GLU 116 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc37 B OE2 GLU 30 B GLU 116 1_555 K CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.944 ? metalc ? metalc38 B OE2 GLU 35 B GLU 121 1_555 J CA CA . B CA 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc39 B OD1 ASP 53 B ASP 139 1_555 M CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? metalc ? metalc40 B OD2 ASP 53 B ASP 139 1_555 M CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.724 ? metalc ? metalc41 B OD1 ASP 68 B ASP 154 1_555 K CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc42 B OD1 ASP 70 B ASP 156 1_555 K CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.618 ? metalc ? metalc43 B OG1 THR 72 B THR 158 1_555 K CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.899 ? metalc ? metalc44 B O LYS 74 B LYS 160 1_555 K CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.097 ? metalc ? metalc45 B OE1 GLU 79 B GLU 165 1_555 K CA CA . B CA 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc46 B OD2 ASP 98 B ASP 184 1_555 L CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc47 B OD1 ASP 100 B ASP 186 1_555 L CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? metalc ? metalc48 B OG SER 102 B SER 188 1_555 L CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc49 B O THR 104 B THR 190 1_555 L CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? metalc ? metalc50 B OE1 GLU 109 B GLU 195 1_555 L CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.501 ? metalc ? metalc51 B OE2 GLU 109 B GLU 195 1_555 L CA CA . B CA 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? metalc ? metalc52 B OD1 ASP 141 B ASP 227 1_555 M CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc53 B OD1 ASP 143 B ASP 229 1_555 M CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc54 B OD2 ASP 143 B ASP 229 1_555 M CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc55 B OD1 ASN 144 B ASN 230 1_555 M CA CA . B CA 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3DF0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.006785 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006785 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.021177 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 CA A 1 715 101 CA CA . E 4 CA A 1 716 202 CA CA . F 4 CA A 1 717 401 CA CA . G 4 CA A 1 718 402 CA CA . H 4 CA A 1 719 403 CA CA . I 4 CA A 1 720 404 CA CA . J 4 CA B 1 601 601 CA CA . K 4 CA B 1 602 602 CA CA . L 4 CA B 1 603 603 CA CA . M 4 CA B 1 604 604 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id M _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 38.429 _atom_site.Cartn_y -78.917 _atom_site.Cartn_z 5.902 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 87.24 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 604 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 13 _model_server_stats.query_time_ms 295 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #