data_3DU7
#
_model_server_result.job_id            5YmnI94sv0FL6JO1fq4Y5Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-23 19:40:08' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3du7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":800}' 
#
_entry.id    3DU7 
#
_exptl.entry_id    3DU7 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              789.228 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'Phomopsin A' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            3DU7 
_cell.length_a            327.126 
_cell.length_b            327.126 
_cell.length_c            53.672 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3DU7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        170 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 65' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 H N N 
? 6 O N N 
#
_chem_comp.formula           'C36 H45 Cl N6 O12' 
_chem_comp.formula_weight    789.228 
_chem_comp.id                HOS 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'Phomopsin A' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C23 C22 HOS sing 302 n n 
C22 C2 HOS sing 303 n n 
C2 C24 HOS sing 304 n n 
C2 O1 HOS sing 305 n n 
C2 C3 HOS sing 306 n n 
O1 C1 HOS sing 307 n n 
C1 C13 HOS doub 308 n y 
C1 C12 HOS sing 309 n y 
C13 C9 HOS sing 310 n y 
C12 O5 HOS sing 311 n n 
C12 C11 HOS doub 312 n y 
C11 CL1 HOS sing 313 n n 
C11 C10 HOS sing 314 n y 
C10 C9 HOS doub 315 n y 
C9 C8 HOS sing 316 n n 
C8 O4 HOS sing 317 n n 
C8 C7 HOS sing 318 n n 
C7 N6 HOS sing 319 n n 
C7 C6 HOS sing 320 n n 
N6 C28 HOS sing 321 n n 
C6 O3 HOS doub 322 n n 
C6 N2 HOS sing 323 n n 
N2 C5 HOS sing 324 n n 
C5 C25 HOS sing 325 n n 
C5 C4 HOS sing 326 n n 
C25 C27 HOS sing 327 n n 
C25 C26 HOS doub 328 n n 
C4 O2 HOS doub 329 n n 
C4 N1 HOS sing 330 n n 
N1 C3 HOS sing 331 n n 
C3 C14 HOS sing 332 n n 
C14 O6 HOS doub 333 n n 
C14 N3 HOS sing 334 n n 
N3 C29 HOS sing 335 n n 
N3 C15 HOS sing 336 n n 
C29 C30 HOS sing 337 n n 
C30 C31 HOS doub 338 n n 
C31 C15 HOS sing 339 n n 
C15 C16 HOS sing 340 n n 
C16 O7 HOS doub 341 n n 
C16 N4 HOS sing 342 n n 
N4 C17 HOS sing 343 n n 
C17 C32 HOS doub 344 n n 
C17 C18 HOS sing 345 n n 
C32 C35 HOS sing 346 n n 
C32 C33 HOS sing 347 n n 
C33 C34 HOS sing 348 n n 
C18 O8 HOS doub 349 n n 
C18 N5 HOS sing 350 n n 
N5 C19 HOS sing 351 n n 
C19 C36 HOS sing 352 n n 
C19 C20 HOS doub 353 n n 
C36 O9 HOS doub 354 n n 
C36 O10 HOS sing 355 n n 
C20 C21 HOS sing 356 n n 
C21 O11 HOS sing 357 n n 
C21 O12 HOS doub 358 n n 
C23 H23 HOS sing 359 n n 
C23 H23A HOS sing 360 n n 
C23 H23B HOS sing 361 n n 
C22 H22 HOS sing 362 n n 
C22 H22A HOS sing 363 n n 
C24 H24 HOS sing 364 n n 
C24 H24A HOS sing 365 n n 
C24 H24B HOS sing 366 n n 
C13 H13 HOS sing 367 n n 
O5 HO5 HOS sing 368 n n 
C10 H10 HOS sing 369 n n 
C8 H8 HOS sing 370 n n 
O4 HO4 HOS sing 371 n n 
C7 H7 HOS sing 372 n n 
N6 HN6 HOS sing 373 n n 
C28 H28 HOS sing 374 n n 
C28 H28A HOS sing 375 n n 
C28 H28B HOS sing 376 n n 
N2 HN2 HOS sing 377 e n 
C5 H5 HOS sing 378 n n 
C27 H27 HOS sing 379 n n 
C27 H27A HOS sing 380 n n 
C27 H27B HOS sing 381 n n 
C26 H26 HOS sing 382 n n 
C26 H26A HOS sing 383 n n 
N1 HN1 HOS sing 384 n n 
C3 H3 HOS sing 385 n n 
C29 H29 HOS sing 386 n n 
C29 H29A HOS sing 387 n n 
C30 H30 HOS sing 388 n n 
C31 H31 HOS sing 389 n n 
C15 H15 HOS sing 390 n n 
N4 HN4 HOS sing 391 n n 
C35 H35 HOS sing 392 n n 
C35 H35A HOS sing 393 n n 
C35 H35B HOS sing 394 n n 
C33 H33 HOS sing 395 e n 
C33 H33A HOS sing 396 n n 
C34 H34 HOS sing 397 n n 
C34 H34A HOS sing 398 n n 
C34 H34B HOS sing 399 n n 
N5 HN5 HOS sing 400 n n 
O10 HO10 HOS sing 401 n n 
C20 H20 HOS sing 402 n n 
O11 HO11 HOS sing 403 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3DU7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.003057 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.001765 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00353 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.018632 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 4 MG A 1 500 500 MG MG . 
G 5 CN2 B 1 700 700 CN2 CN2 . 
H 6 HOS B 1 800 800 HOS HOS . 
I 4 MG C 1 501 501 MG MG . 
J 7 GTP D 1 600 600 GTP GTP . 
K 7 GTP D 1 601 601 GTP GTP . 
L 8 GDP D 1 602 602 GDP GDP . 
M 8 GDP D 1 603 603 GDP GDP . 
N 5 CN2 D 1 701 701 CN2 CN2 . 
O 6 HOS D 1 801 801 HOS HOS . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C23 HOS . . . H 6 94.766 69.257 -8.039 1 98.97 ? C23 HOS 800 B 1 
HETATM 2 C C22 HOS . . . H 6 93.875 68.073 -7.652 1 98.97 ? C22 HOS 800 B 1 
HETATM 3 C C2 HOS . . . H 6 92.419 68.2 -8.121 1 98.97 ? C2 HOS 800 B 1 
HETATM 4 C C24 HOS . . . H 6 91.352 68.03 -7.006 1 98.97 ? C24 HOS 800 B 1 
HETATM 5 O O1 HOS . . . H 6 92.341 69.587 -8.523 1 98.97 ? O1 HOS 800 B 1 
HETATM 6 C C1 HOS . . . H 6 91.883 69.909 -9.759 1 98.97 ? C1 HOS 800 B 1 
HETATM 7 C C13 HOS . . . H 6 90.651 70.58 -9.995 1 98.97 ? C13 HOS 800 B 1 
HETATM 8 C C12 HOS . . . H 6 92.706 69.554 -10.799 1 98.97 ? C12 HOS 800 B 1 
HETATM 9 O O5 HOS . . . H 6 93.892 68.914 -10.564 1 98.97 ? O5 HOS 800 B 1 
HETATM 10 C C11 HOS . . . H 6 92.283 69.853 -12.077 1 98.97 ? C11 HOS 800 B 1 
HETATM 11 CL CL1 HOS . . . H 6 93.34 69.37 -13.353 1 98.97 ? CL1 HOS 800 B 1 
HETATM 12 C C10 HOS . . . H 6 91.067 70.518 -12.327 1 98.97 ? C10 HOS 800 B 1 
HETATM 13 C C9 HOS . . . H 6 90.211 70.913 -11.296 1 98.97 ? C9 HOS 800 B 1 
HETATM 14 C C8 HOS . . . H 6 88.858 71.664 -11.649 1 98.97 ? C8 HOS 800 B 1 
HETATM 15 O O4 HOS . . . H 6 88.332 72.401 -10.531 1 98.97 ? O4 HOS 800 B 1 
HETATM 16 C C7 HOS . . . H 6 87.781 70.684 -12.177 1 98.97 ? C7 HOS 800 B 1 
HETATM 17 N N6 HOS . . . H 6 86.478 71.33 -12.347 1 98.97 ? N6 HOS 800 B 1 
HETATM 18 C C28 HOS . . . H 6 86.436 71.836 -13.726 1 98.97 ? C28 HOS 800 B 1 
HETATM 19 C C6 HOS . . . H 6 87.714 69.58 -11.148 1 98.97 ? C6 HOS 800 B 1 
HETATM 20 O O3 HOS . . . H 6 87.088 69.733 -10.094 1 98.97 ? O3 HOS 800 B 1 
HETATM 21 N N2 HOS . . . H 6 88.438 68.521 -11.528 1 98.97 ? N2 HOS 800 B 1 
HETATM 22 C C5 HOS . . . H 6 88.667 67.301 -10.757 1 98.97 ? C5 HOS 800 B 1 
HETATM 23 C C25 HOS . . . H 6 88.173 66.062 -11.463 1 98.97 ? C25 HOS 800 B 1 
HETATM 24 C C27 HOS . . . H 6 88.216 64.724 -10.748 1 98.97 ? C27 HOS 800 B 1 
HETATM 25 C C26 HOS . . . H 6 87.689 66.123 -12.751 1 98.97 ? C26 HOS 800 B 1 
HETATM 26 C C4 HOS . . . H 6 90.164 67.214 -10.729 1 98.97 ? C4 HOS 800 B 1 
HETATM 27 O O2 HOS . . . H 6 90.777 67.221 -11.788 1 98.97 ? O2 HOS 800 B 1 
HETATM 28 N N1 HOS . . . H 6 90.692 67.163 -9.514 1 98.97 ? N1 HOS 800 B 1 
HETATM 29 C C3 HOS . . . H 6 92.136 67.114 -9.209 1 98.97 ? C3 HOS 800 B 1 
HETATM 30 C C14 HOS . . . H 6 92.498 65.727 -8.647 1 98.97 ? C14 HOS 800 B 1 
HETATM 31 O O6 HOS . . . H 6 91.609 65.123 -8.06 1 98.97 ? O6 HOS 800 B 1 
HETATM 32 N N3 HOS . . . H 6 93.741 65.199 -8.721 1 98.97 ? N3 HOS 800 B 1 
HETATM 33 C C29 HOS . . . H 6 94.832 65.841 -9.417 1 98.97 ? C29 HOS 800 B 1 
HETATM 34 C C30 HOS . . . H 6 95.565 64.634 -9.991 1 98.97 ? C30 HOS 800 B 1 
HETATM 35 C C31 HOS . . . H 6 95.254 63.526 -9.315 1 98.97 ? C31 HOS 800 B 1 
HETATM 36 C C15 HOS . . . H 6 94.246 63.875 -8.23 1 98.97 ? C15 HOS 800 B 1 
HETATM 37 C C16 HOS . . . H 6 94.844 63.803 -6.752 1 98.97 ? C16 HOS 800 B 1 
HETATM 38 O O7 HOS . . . H 6 94.097 64.064 -5.828 1 98.97 ? O7 HOS 800 B 1 
HETATM 39 N N4 HOS . . . H 6 96.115 63.408 -6.506 1 98.97 ? N4 HOS 800 B 1 
HETATM 40 C C17 HOS . . . H 6 96.758 63.281 -5.289 1 98.97 ? C17 HOS 800 B 1 
HETATM 41 C C32 HOS . . . H 6 96.237 63.514 -3.987 1 98.97 ? C32 HOS 800 B 1 
HETATM 42 C C35 HOS . . . H 6 94.811 63.958 -3.712 1 98.97 ? C35 HOS 800 B 1 
HETATM 43 C C33 HOS . . . H 6 96.997 63.333 -2.667 1 98.97 ? C33 HOS 800 B 1 
HETATM 44 C C34 HOS . . . H 6 96.469 62.05 -1.968 1 98.97 ? C34 HOS 800 B 1 
HETATM 45 C C18 HOS . . . H 6 98.235 62.831 -5.317 1 98.97 ? C18 HOS 800 B 1 
HETATM 46 O O8 HOS . . . H 6 98.858 62.71 -4.267 1 98.97 ? O8 HOS 800 B 1 
HETATM 47 N N5 HOS . . . H 6 98.758 62.6 -6.527 1 98.97 ? N5 HOS 800 B 1 
HETATM 48 C C19 HOS . . . H 6 100.022 62.194 -6.794 1 98.97 ? C19 HOS 800 B 1 
HETATM 49 C C36 HOS . . . H 6 100.435 61.981 -8.306 1 98.97 ? C36 HOS 800 B 1 
HETATM 50 O O9 HOS . . . H 6 99.562 62.193 -9.168 1 98.97 ? O9 HOS 800 B 1 
HETATM 51 O O10 HOS . . . H 6 101.584 61.61 -8.65 1 98.97 ? O10 HOS 800 B 1 
HETATM 52 C C20 HOS . . . H 6 100.888 61.992 -5.703 1 98.97 ? C20 HOS 800 B 1 
HETATM 53 C C21 HOS . . . H 6 102.233 61.583 -5.696 1 98.97 ? C21 HOS 800 B 1 
HETATM 54 O O11 HOS . . . H 6 102.804 61.479 -4.581 1 98.97 ? O11 HOS 800 B 1 
HETATM 55 O O12 HOS . . . H 6 102.818 61.34 -6.774 1 98.97 ? O12 HOS 800 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              23 
_model_server_stats.parse_time_ms           15 
_model_server_stats.create_model_time_ms    32 
_model_server_stats.query_time_ms           670 
_model_server_stats.encode_time_ms          14 
_model_server_stats.element_count           55 
#