data_3DU7
#
_model_server_result.job_id            FKSVDChkdjrbZ89zDpuXAA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-27 12:18:37' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3du7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":801}' 
#
_entry.id    3DU7 
#
_exptl.entry_id    3DU7 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              789.228 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'Phomopsin A' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            3DU7 
_cell.length_a            327.126 
_cell.length_b            327.126 
_cell.length_c            53.672 
_cell.Z_PDB               12 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3DU7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        170 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 65' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    pentameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      5 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 H N N 
? 6 O N N 
#
_chem_comp.formula           'C36 H45 Cl N6 O12' 
_chem_comp.formula_weight    789.228 
_chem_comp.id                HOS 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'Phomopsin A' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C23 C22 HOS sing 302 n n 
C22 C2 HOS sing 303 n n 
C2 C24 HOS sing 304 n n 
C2 O1 HOS sing 305 n n 
C2 C3 HOS sing 306 n n 
O1 C1 HOS sing 307 n n 
C1 C13 HOS doub 308 n y 
C1 C12 HOS sing 309 n y 
C13 C9 HOS sing 310 n y 
C12 O5 HOS sing 311 n n 
C12 C11 HOS doub 312 n y 
C11 CL1 HOS sing 313 n n 
C11 C10 HOS sing 314 n y 
C10 C9 HOS doub 315 n y 
C9 C8 HOS sing 316 n n 
C8 O4 HOS sing 317 n n 
C8 C7 HOS sing 318 n n 
C7 N6 HOS sing 319 n n 
C7 C6 HOS sing 320 n n 
N6 C28 HOS sing 321 n n 
C6 O3 HOS doub 322 n n 
C6 N2 HOS sing 323 n n 
N2 C5 HOS sing 324 n n 
C5 C25 HOS sing 325 n n 
C5 C4 HOS sing 326 n n 
C25 C27 HOS sing 327 n n 
C25 C26 HOS doub 328 n n 
C4 O2 HOS doub 329 n n 
C4 N1 HOS sing 330 n n 
N1 C3 HOS sing 331 n n 
C3 C14 HOS sing 332 n n 
C14 O6 HOS doub 333 n n 
C14 N3 HOS sing 334 n n 
N3 C29 HOS sing 335 n n 
N3 C15 HOS sing 336 n n 
C29 C30 HOS sing 337 n n 
C30 C31 HOS doub 338 n n 
C31 C15 HOS sing 339 n n 
C15 C16 HOS sing 340 n n 
C16 O7 HOS doub 341 n n 
C16 N4 HOS sing 342 n n 
N4 C17 HOS sing 343 n n 
C17 C32 HOS doub 344 n n 
C17 C18 HOS sing 345 n n 
C32 C35 HOS sing 346 n n 
C32 C33 HOS sing 347 n n 
C33 C34 HOS sing 348 n n 
C18 O8 HOS doub 349 n n 
C18 N5 HOS sing 350 n n 
N5 C19 HOS sing 351 n n 
C19 C36 HOS sing 352 n n 
C19 C20 HOS doub 353 n n 
C36 O9 HOS doub 354 n n 
C36 O10 HOS sing 355 n n 
C20 C21 HOS sing 356 n n 
C21 O11 HOS sing 357 n n 
C21 O12 HOS doub 358 n n 
C23 H23 HOS sing 359 n n 
C23 H23A HOS sing 360 n n 
C23 H23B HOS sing 361 n n 
C22 H22 HOS sing 362 n n 
C22 H22A HOS sing 363 n n 
C24 H24 HOS sing 364 n n 
C24 H24A HOS sing 365 n n 
C24 H24B HOS sing 366 n n 
C13 H13 HOS sing 367 n n 
O5 HO5 HOS sing 368 n n 
C10 H10 HOS sing 369 n n 
C8 H8 HOS sing 370 n n 
O4 HO4 HOS sing 371 n n 
C7 H7 HOS sing 372 n n 
N6 HN6 HOS sing 373 n n 
C28 H28 HOS sing 374 n n 
C28 H28A HOS sing 375 n n 
C28 H28B HOS sing 376 n n 
N2 HN2 HOS sing 377 e n 
C5 H5 HOS sing 378 n n 
C27 H27 HOS sing 379 n n 
C27 H27A HOS sing 380 n n 
C27 H27B HOS sing 381 n n 
C26 H26 HOS sing 382 n n 
C26 H26A HOS sing 383 n n 
N1 HN1 HOS sing 384 n n 
C3 H3 HOS sing 385 n n 
C29 H29 HOS sing 386 n n 
C29 H29A HOS sing 387 n n 
C30 H30 HOS sing 388 n n 
C31 H31 HOS sing 389 n n 
C15 H15 HOS sing 390 n n 
N4 HN4 HOS sing 391 n n 
C35 H35 HOS sing 392 n n 
C35 H35A HOS sing 393 n n 
C35 H35B HOS sing 394 n n 
C33 H33 HOS sing 395 e n 
C33 H33A HOS sing 396 n n 
C34 H34 HOS sing 397 n n 
C34 H34A HOS sing 398 n n 
C34 H34B HOS sing 399 n n 
N5 HN5 HOS sing 400 n n 
O10 HO10 HOS sing 401 n n 
C20 H20 HOS sing 402 n n 
O11 HO11 HOS sing 403 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3DU7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.003057 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.001765 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.00353 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.018632 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
F 4 MG A 1 500 500 MG MG . 
G 5 CN2 B 1 700 700 CN2 CN2 . 
H 6 HOS B 1 800 800 HOS HOS . 
I 4 MG C 1 501 501 MG MG . 
J 7 GTP D 1 600 600 GTP GTP . 
K 7 GTP D 1 601 601 GTP GTP . 
L 8 GDP D 1 602 602 GDP GDP . 
M 8 GDP D 1 603 603 GDP GDP . 
N 5 CN2 D 1 701 701 CN2 CN2 . 
O 6 HOS D 1 801 801 HOS HOS . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C23 HOS . . . O 6 11.186 40.142 -15.644 1 98.97 ? C23 HOS 801 D 1 
HETATM 2 C C22 HOS . . . O 6 10.148 39.034 -15.468 1 98.97 ? C22 HOS 801 D 1 
HETATM 3 C C2 HOS . . . O 6 8.656 39.46 -15.526 1 98.97 ? C2 HOS 801 D 1 
HETATM 4 C C24 HOS . . . O 6 8.051 39.271 -14.136 1 98.97 ? C24 HOS 801 D 1 
HETATM 5 O O1 HOS . . . O 6 8.483 40.896 -15.794 1 98.97 ? O1 HOS 801 D 1 
HETATM 6 C C1 HOS . . . O 6 7.92 41.526 -16.886 1 98.97 ? C1 HOS 801 D 1 
HETATM 7 C C13 HOS . . . O 6 6.75 42.312 -16.79 1 98.97 ? C13 HOS 801 D 1 
HETATM 8 C C12 HOS . . . O 6 8.581 41.435 -18.101 1 98.97 ? C12 HOS 801 D 1 
HETATM 9 O O5 HOS . . . O 6 9.735 40.706 -18.218 1 98.97 ? O5 HOS 801 D 1 
HETATM 10 C C11 HOS . . . O 6 8.061 42.08 -19.216 1 98.97 ? C11 HOS 801 D 1 
HETATM 11 CL CL1 HOS . . . O 6 8.945 41.889 -20.701 1 98.97 ? CL1 HOS 801 D 1 
HETATM 12 C C10 HOS . . . O 6 6.882 42.84 -19.13 1 98.97 ? C10 HOS 801 D 1 
HETATM 13 C C9 HOS . . . O 6 6.222 42.97 -17.912 1 98.97 ? C9 HOS 801 D 1 
HETATM 14 C C8 HOS . . . O 6 4.923 43.806 -17.88 1 98.97 ? C8 HOS 801 D 1 
HETATM 15 O O4 HOS . . . O 6 4.986 44.87 -16.913 1 98.97 ? O4 HOS 801 D 1 
HETATM 16 C C7 HOS . . . O 6 3.703 42.886 -17.642 1 98.97 ? C7 HOS 801 D 1 
HETATM 17 N N6 HOS . . . O 6 2.969 43.377 -16.463 1 98.97 ? N6 HOS 801 D 1 
HETATM 18 C C28 HOS . . . O 6 1.939 42.41 -16.035 1 98.97 ? C28 HOS 801 D 1 
HETATM 19 C C6 HOS . . . O 6 4.131 41.413 -17.403 1 98.97 ? C6 HOS 801 D 1 
HETATM 20 O O3 HOS . . . O 6 4.474 41.065 -16.274 1 98.97 ? O3 HOS 801 D 1 
HETATM 21 N N2 HOS . . . O 6 4.119 40.576 -18.451 1 98.97 ? N2 HOS 801 D 1 
HETATM 22 C C5 HOS . . . O 6 4.51 39.146 -18.312 1 98.97 ? C5 HOS 801 D 1 
HETATM 23 C C25 HOS . . . O 6 4.14 38.317 -19.563 1 98.97 ? C25 HOS 801 D 1 
HETATM 24 C C27 HOS . . . O 6 3.81 36.83 -19.399 1 98.97 ? C27 HOS 801 D 1 
HETATM 25 C C26 HOS . . . O 6 4.138 38.883 -20.838 1 98.97 ? C26 HOS 801 D 1 
HETATM 26 C C4 HOS . . . O 6 6.028 38.955 -18.117 1 98.97 ? C4 HOS 801 D 1 
HETATM 27 O O2 HOS . . . O 6 6.737 38.978 -19.117 1 98.97 ? O2 HOS 801 D 1 
HETATM 28 N N1 HOS . . . O 6 6.5 38.749 -16.865 1 98.97 ? N1 HOS 801 D 1 
HETATM 29 C C3 HOS . . . O 6 7.957 38.496 -16.532 1 98.97 ? C3 HOS 801 D 1 
HETATM 30 C C14 HOS . . . O 6 8.113 37.046 -15.973 1 98.97 ? C14 HOS 801 D 1 
HETATM 31 O O6 HOS . . . O 6 7.389 36.658 -15.057 1 98.97 ? O6 HOS 801 D 1 
HETATM 32 N N3 HOS . . . O 6 9.023 36.175 -16.423 1 98.97 ? N3 HOS 801 D 1 
HETATM 33 C C29 HOS . . . O 6 9.97 36.393 -17.511 1 98.97 ? C29 HOS 801 D 1 
HETATM 34 C C30 HOS . . . O 6 10.339 34.97 -17.944 1 98.97 ? C30 HOS 801 D 1 
HETATM 35 C C31 HOS . . . O 6 9.894 34.078 -17.061 1 98.97 ? C31 HOS 801 D 1 
HETATM 36 C C15 HOS . . . O 6 9.148 34.795 -15.933 1 98.97 ? C15 HOS 801 D 1 
HETATM 37 C C16 HOS . . . O 6 9.885 34.729 -14.604 1 98.97 ? C16 HOS 801 D 1 
HETATM 38 O O7 HOS . . . O 6 9.384 35.279 -13.636 1 98.97 ? O7 HOS 801 D 1 
HETATM 39 N N4 HOS . . . O 6 11.023 34.031 -14.616 1 98.97 ? N4 HOS 801 D 1 
HETATM 40 C C17 HOS . . . O 6 11.925 33.742 -13.657 1 98.97 ? C17 HOS 801 D 1 
HETATM 41 C C32 HOS . . . O 6 11.892 34.127 -12.309 1 98.97 ? C32 HOS 801 D 1 
HETATM 42 C C35 HOS . . . O 6 10.746 34.949 -11.746 1 98.97 ? C35 HOS 801 D 1 
HETATM 43 C C33 HOS . . . O 6 12.96 33.76 -11.263 1 98.97 ? C33 HOS 801 D 1 
HETATM 44 C C34 HOS . . . O 6 14.066 34.814 -11.046 1 98.97 ? C34 HOS 801 D 1 
HETATM 45 C C18 HOS . . . O 6 13.116 32.901 -14.12 1 98.97 ? C18 HOS 801 D 1 
HETATM 46 O O8 HOS . . . O 6 13.997 32.585 -13.331 1 98.97 ? O8 HOS 801 D 1 
HETATM 47 N N5 HOS . . . O 6 13.118 32.551 -15.411 1 98.97 ? N5 HOS 801 D 1 
HETATM 48 C C19 HOS . . . O 6 14.096 31.816 -15.972 1 98.97 ? C19 HOS 801 D 1 
HETATM 49 C C36 HOS . . . O 6 13.983 31.468 -17.511 1 98.97 ? C36 HOS 801 D 1 
HETATM 50 O O9 HOS . . . O 6 12.988 31.886 -18.155 1 98.97 ? O9 HOS 801 D 1 
HETATM 51 O O10 HOS . . . O 6 14.868 30.791 -18.073 1 98.97 ? O10 HOS 801 D 1 
HETATM 52 C C20 HOS . . . O 6 15.119 31.443 -15.079 1 98.97 ? C20 HOS 801 D 1 
HETATM 53 C C21 HOS . . . O 6 16.297 30.707 -15.197 1 98.97 ? C21 HOS 801 D 1 
HETATM 54 O O11 HOS . . . O 6 16.967 30.579 -14.147 1 98.97 ? O11 HOS 801 D 1 
HETATM 55 O O12 HOS . . . O 6 16.642 30.221 -16.288 1 98.97 ? O12 HOS 801 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              12 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    14 
_model_server_stats.query_time_ms           272 
_model_server_stats.encode_time_ms          1 
_model_server_stats.element_count           55 
#