data_3E1I
#
_model_server_result.job_id            RUk5uMYzGNCvt34L3od3-w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-24 19:15:27' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3e1i 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":501}' 
#
_entry.id    3E1I 
#
_exptl.entry_id    3E1I 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              221.208 
_entity.id                          5 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3E1I 
_cell.length_a            54.476 
_cell.length_b            146.596 
_cell.length_c            228.96 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3E1I 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? tetrameric 4 author_defined_assembly 1 
? tetrameric 4 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,G,I,J,K,L,M,R,S,T,X 1 1 
D,E,F,H,N,O,P,Q,U,V,W 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 5 I N N 
? 5 N N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 51 A CYS 161 1_555 C SG CYS 48 C CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 55 A CYS 165 1_555 B SG CYS 60 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 64 B CYS 197 1_555 C SG CYS 52 C CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 68 B CYS 201 1_555 B SG CYS 153 B CYS 286 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 78 B CYS 211 1_555 B SG CYS 107 B CYS 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 261 B CYS 394 1_555 B SG CYS 274 B CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.048 ? 
disulf ? disulf7 C SG CYS 66 C CYS 153 1_555 C SG CYS 95 C CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf8 C SG CYS 239 C CYS 326 1_555 C SG CYS 252 C CYS 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf9 D SG CYS 51 D CYS 161 1_555 F SG CYS 48 F CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? 
disulf ? disulf10 D SG CYS 55 D CYS 165 1_555 E SG CYS 60 E CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
disulf ? disulf11 E SG CYS 64 E CYS 197 1_555 F SG CYS 52 F CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? 
disulf ? disulf12 E SG CYS 68 E CYS 201 1_555 E SG CYS 153 E CYS 286 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? 
disulf ? disulf13 E SG CYS 78 E CYS 211 1_555 E SG CYS 107 E CYS 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf14 E SG CYS 261 E CYS 394 1_555 E SG CYS 274 E CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
disulf ? disulf15 F SG CYS 66 F CYS 153 1_555 F SG CYS 95 F CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? 
disulf ? disulf16 F SG CYS 239 F CYS 326 1_555 F SG CYS 252 F CYS 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? 
metalc ? metalc1 B OD2 ASP 128 B ASP 261 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc2 B O GLY 130 B GLY 263 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc3 B OD1 ASP 248 B ASP 381 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.874 ? 
metalc ? metalc4 B OD2 ASP 248 B ASP 381 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.451 ? 
metalc ? metalc5 B OD1 ASP 250 B ASP 383 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? 
metalc ? metalc6 B O TRP 252 B TRP 385 1_555 J CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.214 ? 
metalc ? metalc7 B OD1 ASP 265 B ASP 398 1_555 K CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.383 ? 
metalc ? metalc8 K CA CA . B CA 503 1_555 C OE2 GLU 45 C GLU 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.544 ? 
metalc ? metalc9 C OD2 ASP 207 C ASP 294 1_555 M CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc10 C O GLY 209 C GLY 296 1_555 M CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? 
metalc ? metalc11 C O ASP 211 C ASP 298 1_555 M CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? 
metalc ? metalc12 C OD1 ASP 214 C ASP 301 1_555 M CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc13 C OD2 ASP 214 C ASP 301 1_555 M CA CA . C CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? 
metalc ? metalc14 C OD1 ASP 231 C ASP 318 1_555 L CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.67 ? 
metalc ? metalc15 C OD2 ASP 231 C ASP 318 1_555 L CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? 
metalc ? metalc16 C OD1 ASP 233 C ASP 320 1_555 L CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? 
metalc ? metalc17 C O PHE 235 C PHE 322 1_555 L CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.412 ? 
metalc ? metalc18 C O GLY 237 C GLY 324 1_555 L CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc19 L CA CA . C CA 501 1_555 T O HOH . C HOH 637 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? 
metalc ? metalc20 E OD1 ASP 128 E ASP 261 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.974 ? 
metalc ? metalc21 E OD2 ASP 128 E ASP 261 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.599 ? 
metalc ? metalc22 E O GLY 130 E GLY 263 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.403 ? 
metalc ? metalc23 E OD1 ASP 248 E ASP 381 1_555 O CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.862 ? 
metalc ? metalc24 E OD2 ASP 248 E ASP 381 1_555 O CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? 
metalc ? metalc25 E OD1 ASP 250 E ASP 383 1_555 O CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc26 E O TRP 252 E TRP 385 1_555 O CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc27 E OD1 ASP 265 E ASP 398 1_555 P CA CA . E CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.408 ? 
metalc ? metalc28 P CA CA . E CA 503 1_555 F OE2 GLU 45 F GLU 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.765 ? 
metalc ? metalc29 F OD1 ASP 231 F ASP 318 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? 
metalc ? metalc30 F OD2 ASP 231 F ASP 318 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? 
metalc ? metalc31 F OD1 ASP 233 F ASP 320 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc32 F O PHE 235 F PHE 322 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc33 F O GLY 237 F GLY 324 1_555 Q CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
#
_chem_comp.formula           'C8 H15 N O6' 
_chem_comp.formula_weight    221.208 
_chem_comp.id                NAG 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, beta linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 NAG sing 237 n n 
C1 O1 NAG sing 238 n n 
C1 O5 NAG sing 239 n n 
C1 H1 NAG sing 240 n n 
C2 C3 NAG sing 241 n n 
C2 N2 NAG sing 242 n n 
C2 H2 NAG sing 243 n n 
C3 C4 NAG sing 244 n n 
C3 O3 NAG sing 245 n n 
C3 H3 NAG sing 246 n n 
C4 C5 NAG sing 247 n n 
C4 O4 NAG sing 248 n n 
C4 H4 NAG sing 249 n n 
C5 C6 NAG sing 250 n n 
C5 O5 NAG sing 251 n n 
C5 H5 NAG sing 252 n n 
C6 O6 NAG sing 253 n n 
C6 H61 NAG sing 254 n n 
C6 H62 NAG sing 255 n n 
C7 C8 NAG sing 256 n n 
C7 N2 NAG sing 257 n n 
C7 O7 NAG doub 258 n n 
C8 H81 NAG sing 259 n n 
C8 H82 NAG sing 260 n n 
C8 H83 NAG sing 261 n n 
N2 HN2 NAG sing 262 n n 
O1 HO1 NAG sing 263 n n 
O3 HO3 NAG sing 264 n n 
O4 HO4 NAG sing 265 n n 
O6 HO6 NAG sing 266 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 
NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     3E1I 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.018357 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006821 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004368 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
I 5 NAG B 1 501 3 NAG NAG . 
J 6 CA B 1 502 1 CA CA . 
K 6 CA B 1 503 2 CA CA . 
L 6 CA C 1 501 1 CA CA . 
M 6 CA C 1 502 2 CA CA . 
N 5 NAG E 1 501 3 NAG NAG . 
O 6 CA E 1 502 1 CA CA . 
P 6 CA E 1 503 2 CA CA . 
Q 6 CA F 1 501 1 CA CA . 
R 7 HOH A 1 201 240 HOH HOH . 
S 7 HOH B 1 601 13 HOH HOH . 
S 7 HOH B 2 602 15 HOH HOH . 
S 7 HOH B 3 603 19 HOH HOH . 
S 7 HOH B 4 604 29 HOH HOH . 
S 7 HOH B 5 605 36 HOH HOH . 
S 7 HOH B 6 606 45 HOH HOH . 
S 7 HOH B 7 607 51 HOH HOH . 
S 7 HOH B 8 608 60 HOH HOH . 
S 7 HOH B 9 609 61 HOH HOH . 
S 7 HOH B 10 610 63 HOH HOH . 
S 7 HOH B 11 611 71 HOH HOH . 
S 7 HOH B 12 612 77 HOH HOH . 
S 7 HOH B 13 613 82 HOH HOH . 
S 7 HOH B 14 614 85 HOH HOH . 
S 7 HOH B 15 615 92 HOH HOH . 
S 7 HOH B 16 616 94 HOH HOH . 
S 7 HOH B 17 617 98 HOH HOH . 
S 7 HOH B 18 618 117 HOH HOH . 
S 7 HOH B 19 619 125 HOH HOH . 
S 7 HOH B 20 620 128 HOH HOH . 
S 7 HOH B 21 621 137 HOH HOH . 
S 7 HOH B 22 622 142 HOH HOH . 
S 7 HOH B 23 623 143 HOH HOH . 
S 7 HOH B 24 624 151 HOH HOH . 
S 7 HOH B 25 625 154 HOH HOH . 
S 7 HOH B 26 626 157 HOH HOH . 
S 7 HOH B 27 627 158 HOH HOH . 
S 7 HOH B 28 628 159 HOH HOH . 
S 7 HOH B 29 629 161 HOH HOH . 
S 7 HOH B 30 630 162 HOH HOH . 
S 7 HOH B 31 631 169 HOH HOH . 
S 7 HOH B 32 632 174 HOH HOH . 
S 7 HOH B 33 633 175 HOH HOH . 
S 7 HOH B 34 634 177 HOH HOH . 
S 7 HOH B 35 635 182 HOH HOH . 
S 7 HOH B 36 636 189 HOH HOH . 
S 7 HOH B 37 637 195 HOH HOH . 
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