data_3E3R # _model_server_result.job_id T5q2AgmwOWe_EOVSUTKBpA _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 14:56:22' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3e3r # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":196}' # _entry.id 3E3R # _exptl.entry_id 3E3R _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3E3R _cell.length_a 70.593 _cell.length_b 130.411 _cell.length_c 46.199 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3E3R _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 1 1 B,H,I,J,K,M 2 1 A,C,D,E,F,G,L 2 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 4_554 x+1/2,-y+1/2,-z-1 1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 35.2965 65.2055 -46.199 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 I N N ? 2 J N N ? 2 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASP 47 A ASP 34 1_555 F CA CA . A CA 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.712 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 49 A ASP 36 1_555 F CA CA . A CA 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc3 A OG SER 51 A SER 38 1_555 F CA CA . A CA 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc4 A O SER 53 A SER 40 1_555 F CA CA . A CA 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 58 A GLU 45 1_555 F CA CA . A CA 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 58 A GLU 45 1_555 F CA CA . A CA 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.972 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 83 A ASP 70 1_555 C CA CA . A CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASN 85 A ASN 72 1_555 C CA CA . A CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? metalc ? metalc9 A OG SER 87 A SER 74 1_555 C CA CA . A CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.543 ? metalc ? metalc10 A O THR 89 A THR 76 1_555 C CA CA . A CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc11 A OE1 GLU 94 A GLU 81 1_555 C CA CA . A CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 94 A GLU 81 1_555 C CA CA . A CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.658 ? metalc ? metalc13 A OD1 ASP 119 A ASP 106 1_555 G CA CA . A CA 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.463 ? metalc ? metalc14 A OG SER 121 A SER 108 1_555 G CA CA . A CA 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc15 A OD2 ASP 123 A ASP 110 1_555 G CA CA . A CA 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? metalc ? metalc16 A O VAL 125 A VAL 112 1_555 G CA CA . A CA 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 130 A ASP 117 1_555 G CA CA . A CA 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.888 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 130 A ASP 117 1_555 G CA CA . A CA 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 162 A ASP 149 1_555 D CA CA . A CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.485 ? metalc ? metalc20 A OD1 ASP 167 A ASP 154 1_555 D CA CA . A CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? metalc ? metalc21 A O GLN 169 A GLN 156 1_555 D CA CA . A CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc22 A OE1 GLU 174 A GLU 161 1_555 D CA CA . A CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.59 ? metalc ? metalc23 A OE2 GLU 174 A GLU 161 1_555 D CA CA . A CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.483 ? metalc ? metalc24 G CA CA . A CA 196 1_555 L O HOH . A HOH 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.659 ? metalc ? metalc25 B OD2 ASP 47 B ASP 34 1_555 K CA CA . B CA 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.366 ? metalc ? metalc26 B OD1 ASP 49 B ASP 36 1_555 K CA CA . B CA 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.401 ? metalc ? metalc27 B OG SER 51 B SER 38 1_555 K CA CA . B CA 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.521 ? metalc ? metalc28 B O SER 53 B SER 40 1_555 K CA CA . B CA 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.421 ? metalc ? metalc29 B OE2 GLU 58 B GLU 45 1_555 K CA CA . B CA 195 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc30 B OD2 ASP 83 B ASP 70 1_555 H CA CA . B CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc31 B OD1 ASN 85 B ASN 72 1_555 H CA CA . B CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc32 B OG SER 87 B SER 74 1_555 H CA CA . B CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.414 ? metalc ? metalc33 B O THR 89 B THR 76 1_555 H CA CA . B CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc34 B OE1 GLU 94 B GLU 81 1_555 H CA CA . B CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc35 B OE2 GLU 94 B GLU 81 1_555 H CA CA . B CA 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc36 B OD1 ASP 119 B ASP 106 1_555 J CA CA . B CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.189 ? metalc ? metalc37 B OG SER 121 B SER 108 1_555 J CA CA . B CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc38 B OD1 ASP 123 B ASP 110 1_555 J CA CA . B CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.454 ? metalc ? metalc39 B O VAL 125 B VAL 112 1_555 J CA CA . B CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc40 B OD1 ASP 130 B ASP 117 1_555 J CA CA . B CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.774 ? metalc ? metalc41 B OD2 ASP 130 B ASP 117 1_555 J CA CA . B CA 194 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc42 B OD2 ASP 162 B ASP 149 1_555 I CA CA . B CA 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc43 B OD1 ASP 167 B ASP 154 1_555 I CA CA . B CA 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.512 ? metalc ? metalc44 B O GLN 169 B GLN 156 1_555 I CA CA . B CA 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc45 B OE1 GLU 174 B GLU 161 1_555 I CA CA . B CA 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc46 B OE2 GLU 174 B GLU 161 1_555 I CA CA . B CA 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3E3R _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014166 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007668 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.021645 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 CA A 1 192 192 CA CA . D 2 CA A 1 194 194 CA CA . E 2 CA A 1 195 195 CA CA . F 2 CA A 1 197 195 CA CA . G 2 CA A 1 196 196 CA CA . H 2 CA B 1 192 192 CA CA . I 2 CA B 1 193 193 CA CA . J 2 CA B 1 194 193 CA CA . K 2 CA B 1 195 194 CA CA . L 3 HOH A 1 198 1 HOH HOH . L 3 HOH A 2 199 3 HOH HOH . L 3 HOH A 3 200 9 HOH HOH . L 3 HOH A 4 201 11 HOH HOH . L 3 HOH A 5 202 13 HOH HOH . L 3 HOH A 6 203 16 HOH HOH . L 3 HOH A 7 204 17 HOH HOH . L 3 HOH A 8 205 19 HOH HOH . L 3 HOH A 9 206 21 HOH HOH . L 3 HOH A 10 207 23 HOH HOH . L 3 HOH A 11 208 24 HOH HOH . L 3 HOH A 12 209 29 HOH HOH . L 3 HOH A 13 210 30 HOH HOH . L 3 HOH A 14 211 31 HOH HOH . L 3 HOH A 15 212 35 HOH HOH . L 3 HOH A 16 213 36 HOH HOH . L 3 HOH A 17 214 37 HOH HOH . L 3 HOH A 18 215 38 HOH HOH . L 3 HOH A 19 216 44 HOH HOH . L 3 HOH A 20 217 49 HOH HOH . L 3 HOH A 21 218 50 HOH HOH . L 3 HOH A 22 219 53 HOH HOH . L 3 HOH A 23 220 56 HOH HOH . L 3 HOH A 24 221 57 HOH HOH . L 3 HOH A 25 222 58 HOH HOH . M 3 HOH B 1 196 2 HOH HOH . M 3 HOH B 2 197 5 HOH HOH . M 3 HOH B 3 198 7 HOH HOH . M 3 HOH B 4 199 10 HOH HOH . M 3 HOH B 5 200 12 HOH HOH . M 3 HOH B 6 201 14 HOH HOH . M 3 HOH B 7 202 18 HOH HOH . M 3 HOH B 8 203 22 HOH HOH . M 3 HOH B 9 204 25 HOH HOH . M 3 HOH B 10 205 26 HOH HOH . M 3 HOH B 11 206 27 HOH HOH . M 3 HOH B 12 207 28 HOH HOH . M 3 HOH B 13 208 32 HOH HOH . M 3 HOH B 14 209 33 HOH HOH . M 3 HOH B 15 210 34 HOH HOH . M 3 HOH B 16 211 39 HOH HOH . M 3 HOH B 17 212 41 HOH HOH . M 3 HOH B 18 213 43 HOH HOH . M 3 HOH B 19 214 45 HOH HOH . M 3 HOH B 20 215 46 HOH HOH . M 3 HOH B 21 216 51 HOH HOH . M 3 HOH B 22 217 52 HOH HOH . M 3 HOH B 23 218 54 HOH HOH . M 3 HOH B 24 219 55 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id G _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 65.211 _atom_site.Cartn_y 30.54 _atom_site.Cartn_z 7.74 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 37.78 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 196 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 267 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #