data_3E76
#
_model_server_result.job_id            2y65ml4ZCOWDCib3B3vVBg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-28 12:36:39' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3e76 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"QA","auth_seq_id":549}' 
#
_entry.id    3E76 
#
_exptl.entry_id    3E76 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.247 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    14 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
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_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3E76 
_cell.length_a            135.676 
_cell.length_b            260.954 
_cell.length_c            287.872 
_cell.Z_PDB               56 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3E76 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetradecameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      14 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB,LB,MB,NB,OB,PB,QB,RB,SB,TB,UB,VB,WB,XB,YB,ZB,AC,BC,CC,DC,EC,FC,GC,HC,IC,JC 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 O N N 
? 2 U N N 
? 2 AA N N 
? 2 FA N N 
? 2 LA N N 
? 2 QA N N 
? 2 WA N N 
? 2 BB N N 
? 2 HB N N 
? 2 MB N N 
? 2 RB N N 
? 2 WB N N 
? 2 BC N N 
? 2 GC N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 86 A ASP 87 1_555 S MG MG . A MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc2 O O2G AGS . A AGS 549 1_555 S MG MG . A MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.211 ? 
metalc ? metalc3 O O1B AGS . A AGS 549 1_555 S MG MG . A MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc4 O O2A AGS . A AGS 549 1_555 S MG MG . A MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc5 B OD1 ASP 86 B ASP 87 1_555 Y MG MG . B MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.205 ? 
metalc ? metalc6 U O2G AGS . B AGS 549 1_555 Y MG MG . B MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc7 U O1B AGS . B AGS 549 1_555 Y MG MG . B MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? 
metalc ? metalc8 U O2A AGS . B AGS 549 1_555 Y MG MG . B MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc9 C OD1 ASP 86 C ASP 87 1_555 EA MG MG . C MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.013 ? 
metalc ? metalc10 AA O2G AGS . C AGS 549 1_555 EA MG MG . C MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc11 AA O1B AGS . C AGS 549 1_555 EA MG MG . C MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc12 AA O2A AGS . C AGS 549 1_555 EA MG MG . C MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc13 D OD1 ASP 86 D ASP 87 1_555 JA MG MG . D MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc14 FA O2G AGS . D AGS 549 1_555 JA MG MG . D MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc15 FA O1B AGS . D AGS 549 1_555 JA MG MG . D MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? 
metalc ? metalc16 FA O2A AGS . D AGS 549 1_555 JA MG MG . D MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.991 ? 
metalc ? metalc17 E OD1 ASP 86 E ASP 87 1_555 PA MG MG . E MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc18 LA O2G AGS . E AGS 549 1_555 PA MG MG . E MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.197 ? 
metalc ? metalc19 LA O1B AGS . E AGS 549 1_555 PA MG MG . E MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.248 ? 
metalc ? metalc20 LA O2A AGS . E AGS 549 1_555 PA MG MG . E MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? 
metalc ? metalc21 F OD1 ASP 86 F ASP 87 1_555 UA MG MG . F MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? 
metalc ? metalc22 QA O2G AGS . F AGS 549 1_555 UA MG MG . F MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc23 QA O1B AGS . F AGS 549 1_555 UA MG MG . F MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? 
metalc ? metalc24 QA O2A AGS . F AGS 549 1_555 UA MG MG . F MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.102 ? 
metalc ? metalc25 G OD1 ASP 86 G ASP 87 1_555 AB MG MG . G MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc26 WA O2G AGS . G AGS 549 1_555 AB MG MG . G MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.14 ? 
metalc ? metalc27 WA O1B AGS . G AGS 549 1_555 AB MG MG . G MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc28 WA O2A AGS . G AGS 549 1_555 AB MG MG . G MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.152 ? 
metalc ? metalc29 H OD1 ASP 86 H ASP 87 1_555 FB MG MG . H MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc30 BB O2G AGS . H AGS 549 1_555 FB MG MG . H MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? 
metalc ? metalc31 BB O1B AGS . H AGS 549 1_555 FB MG MG . H MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? 
metalc ? metalc32 BB O2A AGS . H AGS 549 1_555 FB MG MG . H MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.109 ? 
metalc ? metalc33 I OD1 ASP 86 I ASP 87 1_555 LB MG MG . I MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? 
metalc ? metalc34 HB O2G AGS . I AGS 549 1_555 LB MG MG . I MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc35 HB O1B AGS . I AGS 549 1_555 LB MG MG . I MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc36 HB O2A AGS . I AGS 549 1_555 LB MG MG . I MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
metalc ? metalc37 J OD1 ASP 86 J ASP 87 1_555 QB MG MG . J MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.12 ? 
metalc ? metalc38 MB O2G AGS . J AGS 549 1_555 QB MG MG . J MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
metalc ? metalc39 MB O1B AGS . J AGS 549 1_555 QB MG MG . J MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc40 MB O2A AGS . J AGS 549 1_555 QB MG MG . J MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc41 K OD1 ASP 86 K ASP 87 1_555 VB MG MG . K MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc42 RB O2G AGS . K AGS 549 1_555 VB MG MG . K MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.183 ? 
metalc ? metalc43 RB O1B AGS . K AGS 549 1_555 VB MG MG . K MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.123 ? 
metalc ? metalc44 RB O2A AGS . K AGS 549 1_555 VB MG MG . K MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? 
metalc ? metalc45 L OD1 ASP 86 L ASP 87 1_555 AC MG MG . L MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.177 ? 
metalc ? metalc46 WB O2G AGS . L AGS 549 1_555 AC MG MG . L MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? 
metalc ? metalc47 WB O1B AGS . L AGS 549 1_555 AC MG MG . L MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.266 ? 
metalc ? metalc48 WB O2A AGS . L AGS 549 1_555 AC MG MG . L MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.075 ? 
metalc ? metalc49 M OD1 ASP 86 M ASP 87 1_555 FC MG MG . M MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
metalc ? metalc50 BC O2G AGS . M AGS 549 1_555 FC MG MG . M MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.206 ? 
metalc ? metalc51 BC O1B AGS . M AGS 549 1_555 FC MG MG . M MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.13 ? 
metalc ? metalc52 BC O2A AGS . M AGS 549 1_555 FC MG MG . M MG 553 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? 
metalc ? metalc53 N OD1 ASP 86 N ASP 87 1_555 JC MG MG . N MG 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? 
metalc ? metalc54 GC O2G AGS . N AGS 549 1_555 JC MG MG . N MG 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? 
metalc ? metalc55 GC O1B AGS . N AGS 549 1_555 JC MG MG . N MG 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc56 GC O2A AGS . N AGS 549 1_555 JC MG MG . N MG 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.076 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O12 P3 S' 
_chem_comp.formula_weight    523.247 
_chem_comp.id                AGS 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     "ATP-GAMMA-S;ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE);ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE);ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE" 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG S1G AGS doub 1 n n 
PG O2G AGS sing 2 n n 
PG O3G AGS sing 3 n n 
PG O3B AGS sing 4 n n 
PB O1B AGS doub 5 n n 
PB O2B AGS sing 6 n n 
PB O3B AGS sing 7 n n 
PB O3A AGS sing 8 n n 
PA O1A AGS doub 9 n n 
PA O2A AGS sing 10 n n 
PA O3A AGS sing 11 n n 
PA O5' AGS sing 12 n n 
O5' C5' AGS sing 13 n n 
C5' C4' AGS sing 14 n n 
C4' O4' AGS sing 15 n n 
C4' C3' AGS sing 16 n n 
O4' C1' AGS sing 17 n n 
C3' O3' AGS sing 18 n n 
C3' C2' AGS sing 19 n n 
C2' O2' AGS sing 20 n n 
C2' C1' AGS sing 21 n n 
C1' N9 AGS sing 22 n n 
N9 C8 AGS sing 23 n y 
N9 C4 AGS sing 24 n y 
C8 N7 AGS doub 25 n y 
N7 C5 AGS sing 26 n y 
C5 C6 AGS sing 27 n y 
C5 C4 AGS doub 28 n y 
C6 N6 AGS sing 29 n n 
C6 N1 AGS doub 30 n y 
N1 C2 AGS sing 31 n y 
C2 N3 AGS doub 32 n y 
N3 C4 AGS sing 33 n y 
O2G HOG2 AGS sing 34 n n 
O3G H21 AGS sing 35 n n 
O2B HOB2 AGS sing 36 n n 
O2A HOA2 AGS sing 37 n n 
C5' "H5'1" AGS sing 38 n n 
C5' "H5'2" AGS sing 39 n n 
C4' H4' AGS sing 40 n n 
C3' H3' AGS sing 41 n n 
O3' HO3' AGS sing 42 n n 
C2' H2' AGS sing 43 n n 
O2' HO2' AGS sing 44 n n 
C1' H1' AGS sing 45 n n 
C8 H8 AGS sing 46 n n 
N6 HN61 AGS sing 47 n n 
N6 HN62 AGS sing 48 n n 
C2 H2 AGS sing 49 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3E76 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.007371 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.003832 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003474 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
O 2 AGS A 1 549 549 AGS AGS . 
P 3 TL A 1 550 550 TL TL . 
Q 3 TL A 1 551 551 TL TL . 
R 3 TL A 1 552 552 TL TL . 
S 4 MG A 1 553 553 MG MG . 
T 3 TL A 1 554 554 TL TL . 
U 2 AGS B 1 549 549 AGS AGS . 
V 3 TL B 1 550 550 TL TL . 
W 3 TL B 1 551 551 TL TL . 
X 3 TL B 1 552 552 TL TL . 
Y 4 MG B 1 553 553 MG MG . 
Z 3 TL B 1 554 554 TL TL . 
AA 2 AGS C 1 549 549 AGS AGS . 
BA 3 TL C 1 550 550 TL TL . 
CA 3 TL C 1 551 551 TL TL . 
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EA 4 MG C 1 553 553 MG MG . 
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