data_3EKO # _model_server_result.job_id Byy699Q3dt-HLUCh-zCCSA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-27 08:58:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3eko # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":902}' # _entry.id 3EKO # _exptl.entry_id 3EKO _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 94.971 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3EKO _cell.length_a 45.557 _cell.length_b 79.22 _cell.length_c 118.177 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3EKO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? monomeric 1 author_defined_assembly 1 ? monomeric 1 author_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,F 1 1 B,D,E,G 2 1 A,C,F 3 1 B,D,E,G 3 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 3_645 -x+1,y-1/2,-z+1/2 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 45.557 -39.61 59.0885 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'O4 P -3' _chem_comp.formula_weight 94.971 _chem_comp.id PO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P O1 PO4 doub 247 n n P O2 PO4 sing 248 n n P O3 PO4 sing 249 n n P O4 PO4 sing 250 n n # _atom_sites.entry_id 3EKO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021951 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012623 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008462 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 PYU A 1 901 901 PYU PYU . D 3 PO4 B 1 902 902 PO4 PO4 . E 2 PYU B 1 901 901 PYU PYU . F 4 HOH A 1 902 1 HOH WAT . F 4 HOH A 2 903 2 HOH WAT . F 4 HOH A 3 904 3 HOH WAT . F 4 HOH A 4 905 6 HOH WAT . F 4 HOH A 5 906 11 HOH WAT . F 4 HOH A 6 907 12 HOH WAT . F 4 HOH A 7 908 13 HOH WAT . F 4 HOH A 8 909 14 HOH WAT . F 4 HOH A 9 910 15 HOH WAT . F 4 HOH A 10 911 19 HOH WAT . F 4 HOH A 11 912 20 HOH WAT . F 4 HOH A 12 913 21 HOH WAT . F 4 HOH A 13 914 24 HOH WAT . F 4 HOH A 14 915 25 HOH WAT . F 4 HOH A 15 916 27 HOH WAT . F 4 HOH A 16 917 29 HOH WAT . F 4 HOH A 17 918 30 HOH WAT . F 4 HOH A 18 919 33 HOH WAT . F 4 HOH A 19 920 34 HOH WAT . F 4 HOH A 20 921 35 HOH WAT . F 4 HOH A 21 922 37 HOH WAT . F 4 HOH A 22 923 41 HOH WAT . F 4 HOH A 23 924 42 HOH WAT . F 4 HOH A 24 925 44 HOH WAT . F 4 HOH A 25 926 45 HOH WAT . F 4 HOH A 26 927 47 HOH WAT . F 4 HOH A 27 928 50 HOH WAT . F 4 HOH A 28 929 52 HOH WAT . F 4 HOH A 29 930 54 HOH WAT . F 4 HOH A 30 931 55 HOH WAT . F 4 HOH A 31 932 57 HOH WAT . F 4 HOH A 32 933 61 HOH WAT . F 4 HOH A 33 934 63 HOH WAT . F 4 HOH A 34 935 64 HOH WAT . F 4 HOH A 35 936 65 HOH WAT . F 4 HOH A 36 937 69 HOH WAT . F 4 HOH A 37 938 72 HOH WAT . F 4 HOH A 38 939 74 HOH WAT . F 4 HOH A 39 940 75 HOH WAT . F 4 HOH A 40 941 78 HOH WAT . F 4 HOH A 41 942 79 HOH WAT . F 4 HOH A 42 943 82 HOH WAT . F 4 HOH A 43 944 84 HOH WAT . F 4 HOH A 44 945 85 HOH WAT . F 4 HOH A 45 946 86 HOH WAT . F 4 HOH A 46 947 88 HOH WAT . F 4 HOH A 47 948 90 HOH WAT . F 4 HOH A 48 949 91 HOH WAT . F 4 HOH A 49 950 92 HOH WAT . F 4 HOH A 50 951 94 HOH WAT . F 4 HOH A 51 952 95 HOH WAT . F 4 HOH A 52 953 97 HOH WAT . F 4 HOH A 53 954 98 HOH WAT . F 4 HOH A 54 955 99 HOH WAT . F 4 HOH A 55 956 103 HOH WAT . F 4 HOH A 56 957 105 HOH WAT . F 4 HOH A 57 958 106 HOH WAT . F 4 HOH A 58 959 107 HOH WAT . F 4 HOH A 59 960 110 HOH WAT . F 4 HOH A 60 961 113 HOH WAT . F 4 HOH A 61 962 114 HOH WAT . F 4 HOH A 62 963 115 HOH WAT . F 4 HOH A 63 964 116 HOH WAT . F 4 HOH A 64 965 117 HOH WAT . F 4 HOH A 65 966 119 HOH WAT . F 4 HOH A 66 967 122 HOH WAT . F 4 HOH A 67 968 123 HOH WAT . F 4 HOH A 68 969 125 HOH WAT . F 4 HOH A 69 970 127 HOH WAT . F 4 HOH A 70 971 128 HOH WAT . F 4 HOH A 71 972 129 HOH WAT . F 4 HOH A 72 973 137 HOH WAT . F 4 HOH A 73 974 138 HOH WAT . F 4 HOH A 74 975 141 HOH WAT . F 4 HOH A 75 976 142 HOH WAT . F 4 HOH A 76 977 143 HOH WAT . F 4 HOH A 77 978 144 HOH WAT . F 4 HOH A 78 979 145 HOH WAT . F 4 HOH A 79 980 152 HOH WAT . F 4 HOH A 80 981 155 HOH WAT . F 4 HOH A 81 982 156 HOH WAT . F 4 HOH A 82 983 157 HOH WAT . F 4 HOH A 83 984 158 HOH WAT . F 4 HOH A 84 985 160 HOH WAT . F 4 HOH A 85 986 161 HOH WAT . F 4 HOH A 86 987 163 HOH WAT . F 4 HOH A 87 988 169 HOH WAT . F 4 HOH A 88 989 174 HOH WAT . F 4 HOH A 89 990 175 HOH WAT . F 4 HOH A 90 991 177 HOH WAT . F 4 HOH A 91 992 183 HOH WAT . F 4 HOH A 92 993 186 HOH WAT . F 4 HOH A 93 994 190 HOH WAT . F 4 HOH A 94 995 192 HOH WAT . F 4 HOH A 95 996 193 HOH WAT . F 4 HOH A 96 997 194 HOH WAT . F 4 HOH A 97 998 195 HOH WAT . F 4 HOH A 98 999 196 HOH WAT . F 4 HOH A 99 1000 197 HOH WAT . F 4 HOH A 100 1001 199 HOH WAT . F 4 HOH A 101 1002 200 HOH WAT . F 4 HOH A 102 1003 201 HOH WAT . F 4 HOH A 103 1004 202 HOH WAT . F 4 HOH A 104 1005 203 HOH WAT . F 4 HOH A 105 1006 205 HOH WAT . F 4 HOH A 106 1007 206 HOH WAT . F 4 HOH A 107 1008 208 HOH WAT . F 4 HOH A 108 1009 210 HOH WAT . F 4 HOH A 109 1010 211 HOH WAT . F 4 HOH A 110 1011 215 HOH WAT . F 4 HOH A 111 1012 217 HOH WAT . F 4 HOH A 112 1013 219 HOH WAT . F 4 HOH A 113 1014 221 HOH WAT . F 4 HOH A 114 1015 222 HOH WAT . F 4 HOH A 115 1016 223 HOH WAT . F 4 HOH A 116 1017 224 HOH WAT . F 4 HOH A 117 1018 225 HOH WAT . F 4 HOH A 118 1019 226 HOH WAT . F 4 HOH A 119 1020 228 HOH WAT . F 4 HOH A 120 1021 229 HOH WAT . F 4 HOH A 121 1022 232 HOH WAT . F 4 HOH A 122 1023 233 HOH WAT . F 4 HOH A 123 1024 236 HOH WAT . F 4 HOH A 124 1025 237 HOH WAT . F 4 HOH A 125 1026 238 HOH WAT . F 4 HOH A 126 1027 239 HOH WAT . F 4 HOH A 127 1028 241 HOH WAT . F 4 HOH A 128 1029 242 HOH WAT . F 4 HOH A 129 1030 243 HOH WAT . F 4 HOH A 130 1031 244 HOH WAT . F 4 HOH A 131 1032 245 HOH WAT . F 4 HOH A 132 1033 248 HOH WAT . F 4 HOH A 133 1034 250 HOH WAT . F 4 HOH A 134 1035 252 HOH WAT . F 4 HOH A 135 1036 254 HOH WAT . F 4 HOH A 136 1037 255 HOH WAT . F 4 HOH A 137 1038 256 HOH WAT . F 4 HOH A 138 1039 257 HOH WAT . F 4 HOH A 139 1040 258 HOH WAT . F 4 HOH A 140 1041 259 HOH WAT . F 4 HOH A 141 1042 261 HOH WAT . F 4 HOH A 142 1043 263 HOH WAT . F 4 HOH A 143 1044 265 HOH WAT . F 4 HOH A 144 1045 267 HOH WAT . F 4 HOH A 145 1046 268 HOH WAT . F 4 HOH A 146 1047 272 HOH WAT . F 4 HOH A 147 1048 273 HOH WAT . F 4 HOH A 148 1049 276 HOH WAT . F 4 HOH A 149 1050 277 HOH WAT . F 4 HOH A 150 1051 279 HOH WAT . F 4 HOH A 151 1052 280 HOH WAT . F 4 HOH A 152 1053 281 HOH WAT . F 4 HOH A 153 1054 282 HOH WAT . F 4 HOH A 154 1055 284 HOH WAT . F 4 HOH A 155 1056 285 HOH WAT . F 4 HOH A 156 1057 286 HOH WAT . F 4 HOH A 157 1058 287 HOH WAT . F 4 HOH A 158 1059 288 HOH WAT . F 4 HOH A 159 1060 290 HOH WAT . F 4 HOH A 160 1061 292 HOH WAT . F 4 HOH A 161 1062 293 HOH WAT . F 4 HOH A 162 1063 294 HOH WAT . F 4 HOH A 163 1064 295 HOH WAT . F 4 HOH A 164 1065 301 HOH WAT . F 4 HOH A 165 1066 302 HOH WAT . F 4 HOH A 166 1067 303 HOH WAT . F 4 HOH A 167 1068 306 HOH WAT . F 4 HOH A 168 1069 310 HOH WAT . F 4 HOH A 169 1070 312 HOH WAT . F 4 HOH A 170 1071 314 HOH WAT . F 4 HOH A 171 1072 315 HOH WAT . F 4 HOH A 172 1073 316 HOH WAT . F 4 HOH A 173 1074 317 HOH WAT . F 4 HOH A 174 1075 319 HOH WAT . F 4 HOH A 175 1076 173 HOH WAT . G 4 HOH B 1 992 182 HOH WAT . G 4 HOH B 2 993 187 HOH WAT . G 4 HOH B 3 994 4 HOH WAT . G 4 HOH B 4 995 5 HOH WAT . G 4 HOH B 5 996 7 HOH WAT . G 4 HOH B 6 997 8 HOH WAT . G 4 HOH B 7 998 9 HOH WAT . G 4 HOH B 8 999 10 HOH WAT . G 4 HOH B 9 1000 16 HOH WAT . G 4 HOH B 10 1001 17 HOH WAT . G 4 HOH B 11 1002 18 HOH WAT . G 4 HOH B 12 1003 22 HOH WAT . G 4 HOH B 13 1004 23 HOH WAT . G 4 HOH B 14 1005 26 HOH WAT . G 4 HOH B 15 1006 28 HOH WAT . G 4 HOH B 16 1007 31 HOH WAT . G 4 HOH B 17 1008 32 HOH WAT . G 4 HOH B 18 1009 36 HOH WAT . G 4 HOH B 19 1010 38 HOH WAT . G 4 HOH B 20 1011 39 HOH WAT . G 4 HOH B 21 1012 40 HOH WAT . G 4 HOH B 22 1013 43 HOH WAT . G 4 HOH B 23 1014 46 HOH WAT . G 4 HOH B 24 1015 48 HOH WAT . G 4 HOH B 25 1016 49 HOH WAT . G 4 HOH B 26 1017 51 HOH WAT . G 4 HOH B 27 1018 53 HOH WAT . G 4 HOH B 28 1019 56 HOH WAT . G 4 HOH B 29 1020 58 HOH WAT . G 4 HOH B 30 1021 59 HOH WAT . G 4 HOH B 31 1022 60 HOH WAT . G 4 HOH B 32 1023 62 HOH WAT . G 4 HOH B 33 1024 66 HOH WAT . G 4 HOH B 34 1025 67 HOH WAT . G 4 HOH B 35 1026 68 HOH WAT . G 4 HOH B 36 1027 70 HOH WAT . G 4 HOH B 37 1028 71 HOH WAT . G 4 HOH B 38 1029 73 HOH WAT . G 4 HOH B 39 1030 76 HOH WAT . G 4 HOH B 40 1031 77 HOH WAT . G 4 HOH B 41 1032 80 HOH WAT . G 4 HOH B 42 1033 81 HOH WAT . G 4 HOH B 43 1034 83 HOH WAT . G 4 HOH B 44 1035 87 HOH WAT . G 4 HOH B 45 1036 89 HOH WAT . G 4 HOH B 46 1037 93 HOH WAT . G 4 HOH B 47 1038 96 HOH WAT . G 4 HOH B 48 1039 100 HOH WAT . G 4 HOH B 49 1040 101 HOH WAT . G 4 HOH B 50 1041 102 HOH WAT . G 4 HOH B 51 1042 104 HOH WAT . G 4 HOH B 52 1043 108 HOH WAT . G 4 HOH B 53 1044 109 HOH WAT . G 4 HOH B 54 1045 111 HOH WAT . G 4 HOH B 55 1046 112 HOH WAT . G 4 HOH B 56 1047 118 HOH WAT . G 4 HOH B 57 1048 120 HOH WAT . G 4 HOH B 58 1049 121 HOH WAT . G 4 HOH B 59 1050 124 HOH WAT . G 4 HOH B 60 1051 126 HOH WAT . G 4 HOH B 61 1052 130 HOH WAT . G 4 HOH B 62 1053 131 HOH WAT . G 4 HOH B 63 1054 132 HOH WAT . G 4 HOH B 64 1055 133 HOH WAT . G 4 HOH B 65 1056 134 HOH WAT . G 4 HOH B 66 1057 135 HOH WAT . G 4 HOH B 67 1058 136 HOH WAT . G 4 HOH B 68 1059 139 HOH WAT . G 4 HOH B 69 1060 140 HOH WAT . G 4 HOH B 70 1061 146 HOH WAT . G 4 HOH B 71 1062 147 HOH WAT . G 4 HOH B 72 1063 148 HOH WAT . G 4 HOH B 73 1064 149 HOH WAT . G 4 HOH B 74 1065 150 HOH WAT . G 4 HOH B 75 1066 151 HOH WAT . G 4 HOH B 76 1067 153 HOH WAT . G 4 HOH B 77 1068 154 HOH WAT . G 4 HOH B 78 1069 159 HOH WAT . G 4 HOH B 79 1070 162 HOH WAT . G 4 HOH B 80 1071 164 HOH WAT . G 4 HOH B 81 1072 165 HOH WAT . G 4 HOH B 82 1073 166 HOH WAT . G 4 HOH B 83 1074 167 HOH WAT . G 4 HOH B 84 1075 168 HOH WAT . G 4 HOH B 85 1076 170 HOH WAT . G 4 HOH B 86 1077 171 HOH WAT . G 4 HOH B 87 1078 172 HOH WAT . G 4 HOH B 88 1079 176 HOH WAT . G 4 HOH B 89 1080 178 HOH WAT . G 4 HOH B 90 1081 179 HOH WAT . G 4 HOH B 91 1082 180 HOH WAT . G 4 HOH B 92 1083 181 HOH WAT . G 4 HOH B 93 1084 184 HOH WAT . G 4 HOH B 94 1085 185 HOH WAT . G 4 HOH B 95 1086 188 HOH WAT . G 4 HOH B 96 1087 189 HOH WAT . G 4 HOH B 97 1088 191 HOH WAT . G 4 HOH B 98 1089 198 HOH WAT . G 4 HOH B 99 1090 204 HOH WAT . G 4 HOH B 100 1091 207 HOH WAT . G 4 HOH B 101 1092 209 HOH WAT . G 4 HOH B 102 1093 212 HOH WAT . G 4 HOH B 103 1094 213 HOH WAT . G 4 HOH B 104 1095 214 HOH WAT . G 4 HOH B 105 1096 216 HOH WAT . G 4 HOH B 106 1097 218 HOH WAT . G 4 HOH B 107 1098 220 HOH WAT . G 4 HOH B 108 1099 227 HOH WAT . G 4 HOH B 109 1100 230 HOH WAT . G 4 HOH B 110 1101 231 HOH WAT . G 4 HOH B 111 1102 234 HOH WAT . G 4 HOH B 112 1103 235 HOH WAT . G 4 HOH B 113 1104 240 HOH WAT . G 4 HOH B 114 1105 246 HOH WAT . G 4 HOH B 115 1106 247 HOH WAT . G 4 HOH B 116 1107 249 HOH WAT . G 4 HOH B 117 1108 251 HOH WAT . G 4 HOH B 118 1109 253 HOH WAT . G 4 HOH B 119 1110 260 HOH WAT . G 4 HOH B 120 1111 262 HOH WAT . G 4 HOH B 121 1112 264 HOH WAT . G 4 HOH B 122 1113 266 HOH WAT . G 4 HOH B 123 1114 269 HOH WAT . G 4 HOH B 124 1115 270 HOH WAT . G 4 HOH B 125 1116 271 HOH WAT . G 4 HOH B 126 1117 274 HOH WAT . G 4 HOH B 127 1118 275 HOH WAT . G 4 HOH B 128 1119 278 HOH WAT . G 4 HOH B 129 1120 283 HOH WAT . G 4 HOH B 130 1121 289 HOH WAT . G 4 HOH B 131 1122 291 HOH WAT . G 4 HOH B 132 1123 296 HOH WAT . G 4 HOH B 133 1124 297 HOH WAT . G 4 HOH B 134 1125 298 HOH WAT . G 4 HOH B 135 1126 299 HOH WAT . G 4 HOH B 136 1127 300 HOH WAT . G 4 HOH B 137 1128 304 HOH WAT . G 4 HOH B 138 1129 305 HOH WAT . G 4 HOH B 139 1130 307 HOH WAT . G 4 HOH B 140 1131 308 HOH WAT . G 4 HOH B 141 1132 309 HOH WAT . G 4 HOH B 142 1133 311 HOH WAT . G 4 HOH B 143 1134 313 HOH WAT . G 4 HOH B 144 1135 318 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P PO4 . . . D 3 20.465 24.887 40.703 1 13.66 ? P PO4 902 B 1 HETATM 2 O O1 PO4 . . . D 3 19.256 24.062 40.997 1 14.07 ? O1 PO4 902 B 1 HETATM 3 O O2 PO4 . . . D 3 20.548 25.141 39.24 1 15.18 ? O2 PO4 902 B 1 HETATM 4 O O3 PO4 . . . D 3 20.365 26.181 41.428 1 15.28 ? O3 PO4 902 B 1 HETATM 5 O O4 PO4 . . . D 3 21.677 24.154 41.145 1 16.38 ? O4 PO4 902 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 46 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 258 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 5 #