data_3EKP
#
_model_server_result.job_id            mAOu3LvPXX4YWmirYLV_Iw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-13 07:51:38' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3ekp 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"V","auth_seq_id":606}' 
#
_entry.id    3EKP 
#
_exptl.entry_id    3EKP 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              59.044 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'ACETATE ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            3EKP 
_cell.length_a            91.969 
_cell.length_b            91.969 
_cell.length_c            106.222 
_cell.Z_PDB               24 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3EKP 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        169 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 61' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,W,X 1 1 
C,D,P,Q,R,S,T,U,V,Y,Z 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 F N N 
? 3 G N N 
? 3 H N N 
? 3 M N N 
? 3 N N N 
? 3 O N N 
? 3 Q N N 
? 3 R N N 
? 3 S N N 
? 3 T N N 
? 3 U N N 
? 3 V N N 
#
_chem_comp.formula           'C2 H3 O2 -1' 
_chem_comp.formula_weight    59.044 
_chem_comp.id                ACT 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'ACETATE ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C O ACT doub 73 n n 
C OXT ACT sing 74 n n 
C CH3 ACT sing 75 n n 
CH3 H1 ACT sing 76 n n 
CH3 H2 ACT sing 77 n n 
CH3 H3 ACT sing 78 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3EKP 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010873 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.006278 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.012555 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009414 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 PO4 A 1 501 501 PO4 PO4 . 
F 3 ACT A 1 601 601 ACT ACT . 
G 3 ACT A 1 602 602 ACT ACT . 
H 3 ACT A 1 603 603 ACT ACT . 
I 4 478 B 1 200 200 478 478 . 
J 2 PO4 B 1 502 502 PO4 PO4 . 
K 2 PO4 B 1 503 503 PO4 PO4 . 
L 2 PO4 B 1 505 505 PO4 PO4 . 
M 3 ACT B 1 604 604 ACT ACT . 
N 3 ACT B 1 605 605 ACT ACT . 
O 3 ACT B 1 606 606 ACT ACT . 
P 4 478 C 1 200 200 478 478 . 
Q 3 ACT C 1 601 601 ACT ACT . 
R 3 ACT C 1 603 603 ACT ACT . 
S 3 ACT C 1 604 604 ACT ACT . 
T 3 ACT C 1 605 605 ACT ACT . 
U 3 ACT D 1 602 602 ACT ACT . 
V 3 ACT D 1 606 606 ACT ACT . 
W 5 HOH A 1 604 12 HOH WAT . 
W 5 HOH A 2 605 14 HOH WAT . 
W 5 HOH A 3 606 17 HOH WAT . 
W 5 HOH A 4 607 22 HOH WAT . 
W 5 HOH A 5 608 24 HOH WAT . 
W 5 HOH A 6 609 34 HOH WAT . 
W 5 HOH A 7 610 41 HOH WAT . 
W 5 HOH A 8 611 45 HOH WAT . 
W 5 HOH A 9 612 46 HOH WAT . 
W 5 HOH A 10 613 50 HOH WAT . 
W 5 HOH A 11 614 55 HOH WAT . 
W 5 HOH A 12 615 81 HOH WAT . 
W 5 HOH A 13 616 82 HOH WAT . 
W 5 HOH A 14 617 83 HOH WAT . 
W 5 HOH A 15 618 84 HOH WAT . 
W 5 HOH A 16 619 111 HOH WAT . 
W 5 HOH A 17 620 113 HOH WAT . 
W 5 HOH A 18 621 120 HOH WAT . 
W 5 HOH A 19 622 121 HOH WAT . 
W 5 HOH A 20 623 137 HOH WAT . 
W 5 HOH A 21 624 149 HOH WAT . 
W 5 HOH A 22 625 152 HOH WAT . 
W 5 HOH A 23 626 155 HOH WAT . 
W 5 HOH A 24 627 158 HOH WAT . 
W 5 HOH A 25 628 162 HOH WAT . 
W 5 HOH A 26 629 164 HOH WAT . 
W 5 HOH A 27 630 169 HOH WAT . 
W 5 HOH A 28 631 173 HOH WAT . 
W 5 HOH A 29 632 175 HOH WAT . 
W 5 HOH A 30 633 176 HOH WAT . 
W 5 HOH A 31 634 180 HOH WAT . 
W 5 HOH A 32 635 182 HOH WAT . 
W 5 HOH A 33 636 185 HOH WAT . 
W 5 HOH A 34 637 188 HOH WAT . 
W 5 HOH A 35 638 190 HOH WAT . 
W 5 HOH A 36 639 200 HOH WAT . 
W 5 HOH A 37 640 204 HOH WAT . 
W 5 HOH A 38 641 214 HOH WAT . 
W 5 HOH A 39 642 215 HOH WAT . 
W 5 HOH A 40 643 218 HOH WAT . 
W 5 HOH A 41 644 227 HOH WAT . 
W 5 HOH A 42 645 229 HOH WAT . 
W 5 HOH A 43 646 237 HOH WAT . 
W 5 HOH A 44 647 238 HOH WAT . 
W 5 HOH A 45 648 252 HOH WAT . 
W 5 HOH A 46 649 262 HOH WAT . 
W 5 HOH A 47 650 268 HOH WAT . 
W 5 HOH A 48 651 277 HOH WAT . 
W 5 HOH A 49 652 289 HOH WAT . 
W 5 HOH A 50 653 295 HOH WAT . 
W 5 HOH A 51 654 309 HOH WAT . 
W 5 HOH A 52 655 310 HOH WAT . 
W 5 HOH A 53 656 312 HOH WAT . 
W 5 HOH A 54 657 313 HOH WAT . 
W 5 HOH A 55 658 314 HOH WAT . 
W 5 HOH A 56 659 316 HOH WAT . 
W 5 HOH A 57 660 318 HOH WAT . 
W 5 HOH A 58 661 319 HOH WAT . 
W 5 HOH A 59 662 2 HOH WAT . 
W 5 HOH A 60 663 23 HOH WAT . 
W 5 HOH A 61 664 28 HOH WAT . 
W 5 HOH A 62 665 30 HOH WAT . 
W 5 HOH A 63 666 274 HOH WAT . 
W 5 HOH A 64 667 61 HOH WAT . 
W 5 HOH A 65 668 90 HOH WAT . 
W 5 HOH A 66 669 99 HOH WAT . 
W 5 HOH A 67 670 336 HOH WAT . 
X 5 HOH B 1 613 47 HOH WAT . 
X 5 HOH B 2 614 52 HOH WAT . 
X 5 HOH B 3 615 54 HOH WAT . 
X 5 HOH B 4 616 74 HOH WAT . 
X 5 HOH B 5 617 77 HOH WAT . 
X 5 HOH B 6 618 1 HOH WAT . 
X 5 HOH B 7 619 4 HOH WAT . 
X 5 HOH B 8 620 8 HOH WAT . 
X 5 HOH B 9 621 15 HOH WAT . 
X 5 HOH B 10 622 18 HOH WAT . 
X 5 HOH B 11 623 25 HOH WAT . 
X 5 HOH B 12 624 26 HOH WAT . 
X 5 HOH B 13 625 27 HOH WAT . 
X 5 HOH B 14 626 40 HOH WAT . 
X 5 HOH B 15 627 44 HOH WAT . 
X 5 HOH B 16 628 59 HOH WAT . 
X 5 HOH B 17 629 129 HOH WAT . 
X 5 HOH B 18 630 130 HOH WAT . 
X 5 HOH B 19 631 131 HOH WAT . 
X 5 HOH B 20 632 134 HOH WAT . 
X 5 HOH B 21 633 141 HOH WAT . 
X 5 HOH B 22 634 144 HOH WAT . 
X 5 HOH B 23 635 150 HOH WAT . 
X 5 HOH B 24 636 154 HOH WAT . 
X 5 HOH B 25 637 161 HOH WAT . 
X 5 HOH B 26 638 170 HOH WAT . 
X 5 HOH B 27 639 171 HOH WAT . 
X 5 HOH B 28 640 191 HOH WAT . 
X 5 HOH B 29 641 194 HOH WAT . 
X 5 HOH B 30 642 205 HOH WAT . 
X 5 HOH B 31 643 210 HOH WAT . 
X 5 HOH B 32 644 212 HOH WAT . 
X 5 HOH B 33 645 220 HOH WAT . 
X 5 HOH B 34 646 221 HOH WAT . 
X 5 HOH B 35 647 234 HOH WAT . 
X 5 HOH B 36 648 242 HOH WAT . 
X 5 HOH B 37 649 245 HOH WAT . 
X 5 HOH B 38 650 247 HOH WAT . 
X 5 HOH B 39 651 266 HOH WAT . 
X 5 HOH B 40 652 272 HOH WAT . 
X 5 HOH B 41 653 276 HOH WAT . 
X 5 HOH B 42 654 299 HOH WAT . 
X 5 HOH B 43 655 308 HOH WAT . 
X 5 HOH B 44 656 317 HOH WAT . 
X 5 HOH B 45 657 320 HOH WAT . 
X 5 HOH B 46 658 321 HOH WAT . 
X 5 HOH B 47 659 323 HOH WAT . 
X 5 HOH B 48 660 325 HOH WAT . 
X 5 HOH B 49 661 326 HOH WAT . 
X 5 HOH B 50 662 327 HOH WAT . 
X 5 HOH B 51 663 328 HOH WAT . 
X 5 HOH B 52 664 329 HOH WAT . 
X 5 HOH B 53 665 71 HOH WAT . 
X 5 HOH B 54 666 72 HOH WAT . 
X 5 HOH B 55 667 62 HOH WAT . 
X 5 HOH B 56 668 63 HOH WAT . 
X 5 HOH B 57 669 88 HOH WAT . 
X 5 HOH B 58 670 91 HOH WAT . 
X 5 HOH B 59 671 98 HOH WAT . 
X 5 HOH B 60 672 340 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 1 623 75 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 2 624 78 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 3 625 261 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 4 626 322 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 5 627 7 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 6 628 9 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 7 629 11 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 8 630 19 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 9 631 20 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 10 632 33 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 11 633 39 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 12 634 42 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 13 635 57 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 14 636 69 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 15 637 70 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 16 638 101 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 17 639 106 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 18 640 107 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 19 641 109 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 20 642 110 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 21 643 115 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 22 644 118 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 23 645 125 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 24 646 126 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 25 647 132 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 26 648 133 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 27 649 135 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 28 650 143 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 29 651 145 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 30 652 147 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 31 653 153 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 32 654 159 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 33 655 168 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 34 656 174 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 35 657 181 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 36 658 184 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 37 659 195 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 38 660 208 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 39 661 223 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 40 662 226 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 41 663 235 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 42 664 239 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 43 665 240 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 44 666 244 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 45 667 263 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 46 668 264 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 47 669 265 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 48 670 270 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 49 671 278 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 50 672 279 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 51 673 284 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 52 674 288 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 53 675 290 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 54 676 294 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 55 677 301 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 56 678 306 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 57 679 330 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 58 680 331 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 59 681 332 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 60 682 333 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 61 683 338 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 62 684 87 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 63 685 89 HOH WAT . 
Y 5 HOH C 64 686 95 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 1 614 48 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 2 615 49 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 3 616 51 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 4 617 53 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 5 618 76 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 6 619 79 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 7 620 80 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 8 621 142 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 9 622 228 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 10 623 339 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 11 624 3 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 12 625 10 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 13 626 13 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 14 627 38 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 15 628 43 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 16 629 56 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 17 630 58 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 18 631 60 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 19 632 64 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 20 633 65 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 21 634 67 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 22 635 73 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 23 636 85 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 24 637 86 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 25 638 92 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 26 639 94 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 27 640 96 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 28 641 97 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 29 642 100 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 30 643 103 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 31 644 116 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 32 645 119 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 33 646 122 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 34 647 123 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 35 648 127 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 36 649 128 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 37 650 136 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 38 651 139 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 39 652 146 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 40 653 163 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 41 654 165 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 42 655 166 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 43 656 177 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 44 657 187 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 45 658 189 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 46 659 192 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 47 660 193 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 48 661 196 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 49 662 201 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 50 663 203 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 51 664 206 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 52 665 209 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 53 666 213 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 54 667 232 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 55 668 241 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 56 669 246 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 57 670 248 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 58 671 255 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 59 672 267 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 60 673 269 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 61 674 271 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 62 675 273 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 63 676 285 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 64 677 287 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 65 678 293 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 66 679 296 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 67 680 298 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 68 681 302 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 69 682 334 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 70 683 335 HOH WAT . 
Z 5 HOH D 71 684 337 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C ACT . . . V 3 20.303 59.176 -15.487 1 45.78 ? C ACT 606 D 1 
HETATM 2 O O ACT . . . V 3 20.735 58.109 -15.955 1 44.96 ? O ACT 606 D 1 
HETATM 3 O OXT ACT . . . V 3 21.011 59.639 -14.564 1 48.34 ? OXT ACT 606 D 1 
HETATM 4 C CH3 ACT . . . V 3 19.088 59.874 -16.031 1 46.1 ? CH3 ACT 606 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              6 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    11 
_model_server_stats.query_time_ms           276 
_model_server_stats.encode_time_ms          15 
_model_server_stats.element_count           4 
#