data_3EKS
#
_model_server_result.job_id            hy5lhFE-gTgGDKwxHqVzNQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-11 03:13:35' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3eks 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":800}' 
#
_entry.id    3EKS 
#
_exptl.entry_id    3EKS 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              507.181 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90.65 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3EKS 
_cell.length_a            195.207 
_cell.length_b            54.634 
_cell.length_c            38.569 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3EKS 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        5 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'C 1 2 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        ? 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    monomeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      1 
_pdbx_struct_assembly.details               author_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      2 
_struct_asym.id                             B 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A NE2 GLN 263 A GLN 263 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.453 ? 
metalc ? metalc2 A OG SER 265 A SER 265 1_555 D CA CA . A CA 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? 
metalc ? metalc3 B O2G ATP . A ATP 800 1_555 C CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.195 ? 
metalc ? metalc4 B O1B ATP . A ATP 800 1_555 C CA CA . A CA 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc5 C CA CA . A CA 901 1_555 F O HOH . A HOH 936 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc6 C CA CA . A CA 901 1_555 F O HOH . A HOH 969 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? 
metalc ? metalc7 C CA CA . A CA 901 1_555 F O HOH . A HOH 979 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.98 ? 
metalc ? metalc8 C CA CA . A CA 901 1_555 F O HOH . A HOH 1072 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc9 C CA CA . A CA 901 1_555 F O HOH . A HOH 1073 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc10 D CA CA . A CA 902 1_555 F O HOH . A HOH 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? 
metalc ? metalc11 D CA CA . A CA 902 1_555 F O HOH . A HOH 1074 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? 
metalc ? metalc12 D CA CA . A CA 902 1_555 F O HOH . A HOH 1075 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.981 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O13 P3' 
_chem_comp.formula_weight    507.181 
_chem_comp.id                ATP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G ATP doub 70 n n 
PG O2G ATP sing 71 n n 
PG O3G ATP sing 72 n n 
PG O3B ATP sing 73 n n 
O2G HOG2 ATP sing 74 n n 
O3G HOG3 ATP sing 75 n n 
PB O1B ATP doub 76 n n 
PB O2B ATP sing 77 n n 
PB O3B ATP sing 78 n n 
PB O3A ATP sing 79 n n 
O2B HOB2 ATP sing 80 n n 
PA O1A ATP doub 81 n n 
PA O2A ATP sing 82 n n 
PA O3A ATP sing 83 n n 
PA O5' ATP sing 84 n n 
O2A HOA2 ATP sing 85 n n 
O5' C5' ATP sing 86 n n 
C5' C4' ATP sing 87 n n 
C5' "H5'1" ATP sing 88 n n 
C5' "H5'2" ATP sing 89 n n 
C4' O4' ATP sing 90 n n 
C4' C3' ATP sing 91 n n 
C4' H4' ATP sing 92 n n 
O4' C1' ATP sing 93 n n 
C3' O3' ATP sing 94 n n 
C3' C2' ATP sing 95 n n 
C3' H3' ATP sing 96 n n 
O3' HO3' ATP sing 97 n n 
C2' O2' ATP sing 98 n n 
C2' C1' ATP sing 99 n n 
C2' H2' ATP sing 100 n n 
O2' HO2' ATP sing 101 n n 
C1' N9 ATP sing 102 n n 
C1' H1' ATP sing 103 n n 
N9 C8 ATP sing 104 n y 
N9 C4 ATP sing 105 n y 
C8 N7 ATP doub 106 n y 
C8 H8 ATP sing 107 n n 
N7 C5 ATP sing 108 n y 
C5 C6 ATP sing 109 n y 
C5 C4 ATP doub 110 n y 
C6 N6 ATP sing 111 n n 
C6 N1 ATP doub 112 n y 
N6 HN61 ATP sing 113 n n 
N6 HN62 ATP sing 114 n n 
N1 C2 ATP sing 115 n y 
C2 N3 ATP doub 116 n y 
C2 H2 ATP sing 117 n n 
N3 C4 ATP sing 118 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     3EKS 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005123 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000058 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.018304 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.025929 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
B 2 ATP A 1 800 800 ATP ATP . 
C 3 CA A 1 901 901 CA CA . 
D 3 CA A 1 902 902 CA CA . 
E 4 CY9 A 1 903 1 CY9 CY9 . 
F 5 HOH A 1 904 1 HOH WAT . 
F 5 HOH A 2 905 2 HOH WAT . 
F 5 HOH A 3 906 3 HOH WAT . 
F 5 HOH A 4 907 4 HOH WAT . 
F 5 HOH A 5 908 5 HOH WAT . 
F 5 HOH A 6 909 6 HOH WAT . 
F 5 HOH A 7 910 7 HOH WAT . 
F 5 HOH A 8 911 8 HOH WAT . 
F 5 HOH A 9 912 9 HOH WAT . 
F 5 HOH A 10 913 10 HOH WAT . 
F 5 HOH A 11 914 11 HOH WAT . 
F 5 HOH A 12 915 12 HOH WAT . 
F 5 HOH A 13 916 13 HOH WAT . 
F 5 HOH A 14 917 14 HOH WAT . 
F 5 HOH A 15 918 15 HOH WAT . 
F 5 HOH A 16 919 16 HOH WAT . 
F 5 HOH A 17 920 17 HOH WAT . 
F 5 HOH A 18 921 18 HOH WAT . 
F 5 HOH A 19 922 19 HOH WAT . 
F 5 HOH A 20 923 20 HOH WAT . 
F 5 HOH A 21 924 21 HOH WAT . 
F 5 HOH A 22 925 22 HOH WAT . 
F 5 HOH A 23 926 23 HOH WAT . 
F 5 HOH A 24 927 24 HOH WAT . 
F 5 HOH A 25 928 25 HOH WAT . 
F 5 HOH A 26 929 26 HOH WAT . 
F 5 HOH A 27 930 27 HOH WAT . 
F 5 HOH A 28 931 28 HOH WAT . 
F 5 HOH A 29 932 29 HOH WAT . 
F 5 HOH A 30 933 30 HOH WAT . 
F 5 HOH A 31 934 31 HOH WAT . 
F 5 HOH A 32 935 32 HOH WAT . 
F 5 HOH A 33 936 33 HOH WAT . 
F 5 HOH A 34 937 34 HOH WAT . 
F 5 HOH A 35 938 35 HOH WAT . 
F 5 HOH A 36 939 36 HOH WAT . 
F 5 HOH A 37 940 37 HOH WAT . 
F 5 HOH A 38 941 38 HOH WAT . 
F 5 HOH A 39 942 39 HOH WAT . 
F 5 HOH A 40 943 40 HOH WAT . 
F 5 HOH A 41 944 41 HOH WAT . 
F 5 HOH A 42 945 42 HOH WAT . 
F 5 HOH A 43 946 43 HOH WAT . 
F 5 HOH A 44 947 44 HOH WAT . 
F 5 HOH A 45 948 45 HOH WAT . 
F 5 HOH A 46 949 46 HOH WAT . 
F 5 HOH A 47 950 47 HOH WAT . 
F 5 HOH A 48 951 48 HOH WAT . 
F 5 HOH A 49 952 49 HOH WAT . 
F 5 HOH A 50 953 50 HOH WAT . 
F 5 HOH A 51 954 51 HOH WAT . 
F 5 HOH A 52 955 52 HOH WAT . 
F 5 HOH A 53 956 53 HOH WAT . 
F 5 HOH A 54 957 54 HOH WAT . 
F 5 HOH A 55 958 55 HOH WAT . 
F 5 HOH A 56 959 56 HOH WAT . 
F 5 HOH A 57 960 57 HOH WAT . 
F 5 HOH A 58 961 58 HOH WAT . 
F 5 HOH A 59 962 59 HOH WAT . 
F 5 HOH A 60 963 60 HOH WAT . 
F 5 HOH A 61 964 61 HOH WAT . 
F 5 HOH A 62 965 62 HOH WAT . 
F 5 HOH A 63 966 63 HOH WAT . 
F 5 HOH A 64 967 64 HOH WAT . 
F 5 HOH A 65 968 65 HOH WAT . 
F 5 HOH A 66 969 66 HOH WAT . 
F 5 HOH A 67 970 67 HOH WAT . 
F 5 HOH A 68 971 68 HOH WAT . 
F 5 HOH A 69 972 69 HOH WAT . 
F 5 HOH A 70 973 70 HOH WAT . 
F 5 HOH A 71 974 71 HOH WAT . 
F 5 HOH A 72 975 72 HOH WAT . 
F 5 HOH A 73 976 73 HOH WAT . 
F 5 HOH A 74 977 74 HOH WAT . 
F 5 HOH A 75 978 75 HOH WAT . 
F 5 HOH A 76 979 76 HOH WAT . 
F 5 HOH A 77 980 77 HOH WAT . 
F 5 HOH A 78 981 78 HOH WAT . 
F 5 HOH A 79 982 79 HOH WAT . 
F 5 HOH A 80 983 80 HOH WAT . 
F 5 HOH A 81 984 81 HOH WAT . 
F 5 HOH A 82 985 82 HOH WAT . 
F 5 HOH A 83 986 83 HOH WAT . 
F 5 HOH A 84 987 84 HOH WAT . 
F 5 HOH A 85 988 85 HOH WAT . 
F 5 HOH A 86 989 86 HOH WAT . 
F 5 HOH A 87 990 87 HOH WAT . 
F 5 HOH A 88 991 88 HOH WAT . 
F 5 HOH A 89 992 89 HOH WAT . 
F 5 HOH A 90 993 90 HOH WAT . 
F 5 HOH A 91 994 91 HOH WAT . 
F 5 HOH A 92 995 92 HOH WAT . 
F 5 HOH A 93 996 93 HOH WAT . 
F 5 HOH A 94 997 94 HOH WAT . 
F 5 HOH A 95 998 95 HOH WAT . 
F 5 HOH A 96 999 96 HOH WAT . 
F 5 HOH A 97 1000 97 HOH WAT . 
F 5 HOH A 98 1001 98 HOH WAT . 
F 5 HOH A 99 1002 99 HOH WAT . 
F 5 HOH A 100 1003 100 HOH WAT . 
F 5 HOH A 101 1004 101 HOH WAT . 
F 5 HOH A 102 1005 102 HOH WAT . 
F 5 HOH A 103 1006 103 HOH WAT . 
F 5 HOH A 104 1007 104 HOH WAT . 
F 5 HOH A 105 1008 105 HOH WAT . 
F 5 HOH A 106 1009 106 HOH WAT . 
F 5 HOH A 107 1010 107 HOH WAT . 
F 5 HOH A 108 1011 108 HOH WAT . 
F 5 HOH A 109 1012 109 HOH WAT . 
F 5 HOH A 110 1013 110 HOH WAT . 
F 5 HOH A 111 1014 111 HOH WAT . 
F 5 HOH A 112 1015 112 HOH WAT . 
F 5 HOH A 113 1016 113 HOH WAT . 
F 5 HOH A 114 1017 114 HOH WAT . 
F 5 HOH A 115 1018 115 HOH WAT . 
F 5 HOH A 116 1019 116 HOH WAT . 
F 5 HOH A 117 1020 117 HOH WAT . 
F 5 HOH A 118 1021 118 HOH WAT . 
F 5 HOH A 119 1022 119 HOH WAT . 
F 5 HOH A 120 1023 120 HOH WAT . 
F 5 HOH A 121 1024 121 HOH WAT . 
F 5 HOH A 122 1025 122 HOH WAT . 
F 5 HOH A 123 1026 123 HOH WAT . 
F 5 HOH A 124 1027 124 HOH WAT . 
F 5 HOH A 125 1028 125 HOH WAT . 
F 5 HOH A 126 1029 126 HOH WAT . 
F 5 HOH A 127 1030 127 HOH WAT . 
F 5 HOH A 128 1031 128 HOH WAT . 
F 5 HOH A 129 1032 129 HOH WAT . 
F 5 HOH A 130 1033 130 HOH WAT . 
F 5 HOH A 131 1034 131 HOH WAT . 
F 5 HOH A 132 1035 132 HOH WAT . 
F 5 HOH A 133 1036 133 HOH WAT . 
F 5 HOH A 134 1037 134 HOH WAT . 
F 5 HOH A 135 1038 135 HOH WAT . 
F 5 HOH A 136 1039 136 HOH WAT . 
F 5 HOH A 137 1040 137 HOH WAT . 
F 5 HOH A 138 1041 138 HOH WAT . 
F 5 HOH A 139 1042 139 HOH WAT . 
F 5 HOH A 140 1043 140 HOH WAT . 
F 5 HOH A 141 1044 141 HOH WAT . 
F 5 HOH A 142 1045 142 HOH WAT . 
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