data_3EKY # _model_server_result.job_id z5dB05LB-GCyfHZJbnEIHw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 06:27:27' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3eky # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":504}' # _entry.id 3EKY # _exptl.entry_id 3EKY _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 94.971 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'PHOSPHATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3EKY _cell.length_a 50.862 _cell.length_b 58.099 _cell.length_c 61.999 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3EKY _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 D N N ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N # _chem_comp.formula 'O4 P -3' _chem_comp.formula_weight 94.971 _chem_comp.id PO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'PHOSPHATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P O1 PO4 doub 365 n n P O2 PO4 sing 366 n n P O3 PO4 sing 367 n n P O4 PO4 sing 368 n n # _atom_sites.entry_id 3EKY _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.019661 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.017212 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.016129 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 DR7 A 1 100 1 DR7 DR7 . D 3 PO4 A 1 501 501 PO4 PO4 . E 3 PO4 B 1 502 502 PO4 PO4 . F 3 PO4 B 1 503 503 PO4 PO4 . G 3 PO4 B 1 504 504 PO4 PO4 . H 4 HOH A 1 502 1 HOH WAT . H 4 HOH A 2 503 3 HOH WAT . H 4 HOH A 3 504 4 HOH WAT . H 4 HOH A 4 505 5 HOH WAT . H 4 HOH A 5 506 11 HOH WAT . H 4 HOH A 6 507 12 HOH WAT . H 4 HOH A 7 508 13 HOH WAT . H 4 HOH A 8 509 16 HOH WAT . H 4 HOH A 9 510 17 HOH WAT . H 4 HOH A 10 511 18 HOH WAT . H 4 HOH A 11 512 19 HOH WAT . H 4 HOH A 12 513 20 HOH WAT . H 4 HOH A 13 514 44 HOH WAT . H 4 HOH A 14 515 49 HOH WAT . H 4 HOH A 15 516 50 HOH WAT . H 4 HOH A 16 517 52 HOH WAT . H 4 HOH A 17 518 53 HOH WAT . H 4 HOH A 18 519 55 HOH WAT . H 4 HOH A 19 520 56 HOH WAT . H 4 HOH A 20 521 57 HOH WAT . H 4 HOH A 21 522 60 HOH WAT . H 4 HOH A 22 523 61 HOH WAT . H 4 HOH A 23 524 63 HOH WAT . H 4 HOH A 24 525 65 HOH WAT . H 4 HOH A 25 526 66 HOH WAT . H 4 HOH A 26 527 67 HOH WAT . H 4 HOH A 27 528 68 HOH WAT . H 4 HOH A 28 529 69 HOH WAT . H 4 HOH A 29 530 71 HOH WAT . H 4 HOH A 30 531 72 HOH WAT . H 4 HOH A 31 532 75 HOH WAT . H 4 HOH A 32 533 86 HOH WAT . H 4 HOH A 33 534 88 HOH WAT . H 4 HOH A 34 535 90 HOH WAT . H 4 HOH A 35 536 92 HOH WAT . H 4 HOH A 36 537 94 HOH WAT . H 4 HOH A 37 538 95 HOH WAT . H 4 HOH A 38 539 97 HOH WAT . H 4 HOH A 39 540 98 HOH WAT . H 4 HOH A 40 541 102 HOH WAT . H 4 HOH A 41 542 106 HOH WAT . H 4 HOH A 42 543 107 HOH WAT . H 4 HOH A 43 544 108 HOH WAT . H 4 HOH A 44 545 111 HOH WAT . H 4 HOH A 45 546 112 HOH WAT . H 4 HOH A 46 547 113 HOH WAT . H 4 HOH A 47 548 114 HOH WAT . H 4 HOH A 48 549 116 HOH WAT . H 4 HOH A 49 550 117 HOH WAT . H 4 HOH A 50 551 118 HOH WAT . H 4 HOH A 51 552 119 HOH WAT . H 4 HOH A 52 553 120 HOH WAT . H 4 HOH A 53 554 122 HOH WAT . H 4 HOH A 54 555 123 HOH WAT . H 4 HOH A 55 556 127 HOH WAT . H 4 HOH A 56 557 128 HOH WAT . H 4 HOH A 57 558 129 HOH WAT . H 4 HOH A 58 559 131 HOH WAT . H 4 HOH A 59 560 134 HOH WAT . H 4 HOH A 60 561 135 HOH WAT . H 4 HOH A 61 562 136 HOH WAT . H 4 HOH A 62 563 138 HOH WAT . H 4 HOH A 63 564 140 HOH WAT . H 4 HOH A 64 565 141 HOH WAT . H 4 HOH A 65 566 145 HOH WAT . H 4 HOH A 66 567 146 HOH WAT . H 4 HOH A 67 568 149 HOH WAT . H 4 HOH A 68 569 154 HOH WAT . H 4 HOH A 69 570 155 HOH WAT . H 4 HOH A 70 571 170 HOH WAT . H 4 HOH A 71 572 176 HOH WAT . H 4 HOH A 72 573 177 HOH WAT . H 4 HOH A 73 574 178 HOH WAT . H 4 HOH A 74 575 179 HOH WAT . H 4 HOH A 75 576 180 HOH WAT . H 4 HOH A 76 577 181 HOH WAT . H 4 HOH A 77 578 183 HOH WAT . H 4 HOH A 78 579 185 HOH WAT . H 4 HOH A 79 580 194 HOH WAT . H 4 HOH A 80 581 195 HOH WAT . H 4 HOH A 81 582 196 HOH WAT . H 4 HOH A 82 583 197 HOH WAT . H 4 HOH A 83 584 198 HOH WAT . H 4 HOH A 84 585 199 HOH WAT . H 4 HOH A 85 586 200 HOH WAT . H 4 HOH A 86 587 201 HOH WAT . H 4 HOH A 87 588 202 HOH WAT . H 4 HOH A 88 589 7 HOH WAT . H 4 HOH A 89 590 10 HOH WAT . H 4 HOH A 90 591 23 HOH WAT . H 4 HOH A 91 592 24 HOH WAT . H 4 HOH A 92 593 27 HOH WAT . H 4 HOH A 93 594 28 HOH WAT . H 4 HOH A 94 595 32 HOH WAT . H 4 HOH A 95 596 33 HOH WAT . H 4 HOH A 96 597 36 HOH WAT . H 4 HOH A 97 598 40 HOH WAT . H 4 HOH A 98 599 43 HOH WAT . H 4 HOH A 99 600 79 HOH WAT . H 4 HOH A 100 601 80 HOH WAT . H 4 HOH A 101 602 81 HOH WAT . H 4 HOH A 102 603 82 HOH WAT . H 4 HOH A 103 604 150 HOH WAT . H 4 HOH A 104 605 151 HOH WAT . H 4 HOH A 105 606 188 HOH WAT . H 4 HOH A 106 607 190 HOH WAT . I 4 HOH B 1 505 2 HOH WAT . I 4 HOH B 2 506 14 HOH WAT . I 4 HOH B 3 507 15 HOH WAT . I 4 HOH B 4 508 45 HOH WAT . I 4 HOH B 5 509 46 HOH WAT . I 4 HOH B 6 510 47 HOH WAT . I 4 HOH B 7 511 48 HOH WAT . I 4 HOH B 8 512 51 HOH WAT . I 4 HOH B 9 513 54 HOH WAT . I 4 HOH B 10 514 58 HOH WAT . I 4 HOH B 11 515 59 HOH WAT . I 4 HOH B 12 516 62 HOH WAT . I 4 HOH B 13 517 64 HOH WAT . I 4 HOH B 14 518 70 HOH WAT . I 4 HOH B 15 519 73 HOH WAT . I 4 HOH B 16 520 74 HOH WAT . I 4 HOH B 17 521 76 HOH WAT . I 4 HOH B 18 522 87 HOH WAT . I 4 HOH B 19 523 89 HOH WAT . I 4 HOH B 20 524 91 HOH WAT . I 4 HOH B 21 525 93 HOH WAT . I 4 HOH B 22 526 99 HOH WAT . I 4 HOH B 23 527 144 HOH WAT . I 4 HOH B 24 528 182 HOH WAT . I 4 HOH B 25 529 184 HOH WAT . I 4 HOH B 26 530 6 HOH WAT . I 4 HOH B 27 531 8 HOH WAT . I 4 HOH B 28 532 9 HOH WAT . I 4 HOH B 29 533 21 HOH WAT . I 4 HOH B 30 534 22 HOH WAT . I 4 HOH B 31 535 25 HOH WAT . I 4 HOH B 32 536 26 HOH WAT . I 4 HOH B 33 537 29 HOH WAT . I 4 HOH B 34 538 30 HOH WAT . I 4 HOH B 35 539 31 HOH WAT . I 4 HOH B 36 540 34 HOH WAT . I 4 HOH B 37 541 35 HOH WAT . I 4 HOH B 38 542 37 HOH WAT . I 4 HOH B 39 543 38 HOH WAT . I 4 HOH B 40 544 39 HOH WAT . I 4 HOH B 41 545 41 HOH WAT . I 4 HOH B 42 546 42 HOH WAT . I 4 HOH B 43 547 77 HOH WAT . I 4 HOH B 44 548 78 HOH WAT . I 4 HOH B 45 549 83 HOH WAT . I 4 HOH B 46 550 84 HOH WAT . I 4 HOH B 47 551 85 HOH WAT . I 4 HOH B 48 552 100 HOH WAT . I 4 HOH B 49 553 101 HOH WAT . I 4 HOH B 50 554 103 HOH WAT . I 4 HOH B 51 555 104 HOH WAT . I 4 HOH B 52 556 105 HOH WAT . I 4 HOH B 53 557 109 HOH WAT . I 4 HOH B 54 558 110 HOH WAT . I 4 HOH B 55 559 115 HOH WAT . I 4 HOH B 56 560 121 HOH WAT . I 4 HOH B 57 561 124 HOH WAT . I 4 HOH B 58 562 125 HOH WAT . I 4 HOH B 59 563 126 HOH WAT . I 4 HOH B 60 564 130 HOH WAT . I 4 HOH B 61 565 132 HOH WAT . I 4 HOH B 62 566 133 HOH WAT . I 4 HOH B 63 567 137 HOH WAT . I 4 HOH B 64 568 139 HOH WAT . I 4 HOH B 65 569 142 HOH WAT . I 4 HOH B 66 570 143 HOH WAT . I 4 HOH B 67 571 147 HOH WAT . I 4 HOH B 68 572 148 HOH WAT . I 4 HOH B 69 573 152 HOH WAT . I 4 HOH B 70 574 153 HOH WAT . I 4 HOH B 71 575 156 HOH WAT . I 4 HOH B 72 576 157 HOH WAT . I 4 HOH B 73 577 158 HOH WAT . I 4 HOH B 74 578 159 HOH WAT . I 4 HOH B 75 579 160 HOH WAT . I 4 HOH B 76 580 161 HOH WAT . I 4 HOH B 77 581 162 HOH WAT . I 4 HOH B 78 582 163 HOH WAT . I 4 HOH B 79 583 165 HOH WAT . I 4 HOH B 80 584 166 HOH WAT . I 4 HOH B 81 585 167 HOH WAT . I 4 HOH B 82 586 168 HOH WAT . I 4 HOH B 83 587 169 HOH WAT . I 4 HOH B 84 588 171 HOH WAT . I 4 HOH B 85 589 172 HOH WAT . I 4 HOH B 86 590 173 HOH WAT . I 4 HOH B 87 591 174 HOH WAT . I 4 HOH B 88 592 175 HOH WAT . I 4 HOH B 89 593 186 HOH WAT . I 4 HOH B 90 594 187 HOH WAT . I 4 HOH B 91 595 189 HOH WAT . I 4 HOH B 92 596 191 HOH WAT . I 4 HOH B 93 597 192 HOH WAT . I 4 HOH B 94 598 193 HOH WAT . I 4 HOH B 95 599 203 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P PO4 . . . G 3 8.443 8.222 26.987 1 47.24 ? P PO4 504 B 1 HETATM 2 O O1 PO4 . . . G 3 9.879 8.469 27.358 1 47.07 ? O1 PO4 504 B 1 HETATM 3 O O2 PO4 . . . G 3 7.682 7.752 28.203 1 47.82 ? O2 PO4 504 B 1 HETATM 4 O O3 PO4 . . . G 3 8.352 7.174 25.906 1 47.48 ? O3 PO4 504 B 1 HETATM 5 O O4 PO4 . . . G 3 7.834 9.511 26.484 1 47.71 ? O4 PO4 504 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 62 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 9 _model_server_stats.query_time_ms 287 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 5 #