data_3EUB
#
_model_server_result.job_id            panofWlT4jKGWrgpQcZTng 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-01 12:35:33' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3eub 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"P","auth_seq_id":1333}' 
#
_entry.id    3EUB 
#
_exptl.entry_id    3EUB 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              395.352 
_entity.id                          6 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         96.88 
_cell.angle_beta          93.11 
_cell.angle_gamma         90.02 
_cell.entry_id            3EUB 
_cell.length_a            73.298 
_cell.length_b            133.176 
_cell.length_c            142.633 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3EUB 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 1 1 
G,H,I,J,K,L,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 6 P N N 
? 6 V N N 
? 6 BA N N 
? 6 HA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 43 A CYS 43 1_555 N FE2 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 48 A CYS 48 1_555 N FE2 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 51 A CYS 51 1_555 N FE1 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 73 A CYS 73 1_555 N FE1 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 113 A CYS 113 1_555 M FE1 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 116 A CYS 116 1_555 M FE2 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 M FE2 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 150 A CYS 150 1_555 M FE1 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc9 P S1' MTE . C MTE 1333 1_555 Q MO1 MOM . C MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc10 P S2' MTE . C MTE 1333 1_555 Q MO1 MOM . C MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc11 D SG CYS 43 J CYS 43 1_555 T FE2 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc12 D SG CYS 48 J CYS 48 1_555 T FE2 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc13 D SG CYS 51 J CYS 51 1_555 T FE1 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc14 D SG CYS 73 J CYS 73 1_555 T FE1 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc15 D SG CYS 113 J CYS 113 1_555 S FE1 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc16 D SG CYS 116 J CYS 116 1_555 S FE2 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc17 D SG CYS 148 J CYS 148 1_555 S FE2 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc18 D SG CYS 150 J CYS 150 1_555 S FE1 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc19 V S1' MTE . L MTE 1333 1_555 W MO1 MOM . L MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc20 V S2' MTE . L MTE 1333 1_555 W MO1 MOM . L MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc21 G SG CYS 43 S CYS 43 1_555 Z FE2 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc22 G SG CYS 48 S CYS 48 1_555 Z FE2 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc23 G SG CYS 51 S CYS 51 1_555 Z FE1 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc24 G SG CYS 73 S CYS 73 1_555 Z FE1 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc25 G SG CYS 113 S CYS 113 1_555 Y FE1 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc26 G SG CYS 116 S CYS 116 1_555 Y FE2 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc27 G SG CYS 148 S CYS 148 1_555 Y FE2 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc28 G SG CYS 150 S CYS 150 1_555 Y FE1 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc29 BA S1' MTE . U MTE 1333 1_555 CA MO1 MOM . U MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc30 BA S2' MTE . U MTE 1333 1_555 CA MO1 MOM . U MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc31 J SG CYS 43 2 CYS 43 1_555 FA FE2 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc32 J SG CYS 48 2 CYS 48 1_555 FA FE2 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc33 J SG CYS 51 2 CYS 51 1_555 FA FE1 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc34 J SG CYS 73 2 CYS 73 1_555 FA FE1 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc35 J SG CYS 113 2 CYS 113 1_555 EA FE1 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc36 J SG CYS 116 2 CYS 116 1_555 EA FE2 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc37 J SG CYS 148 2 CYS 148 1_555 EA FE2 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc38 J SG CYS 150 2 CYS 150 1_555 EA FE1 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc39 HA S1' MTE . 4 MTE 1333 1_555 IA MO1 MOM . 4 MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc40 HA S2' MTE . 4 MTE 1333 1_555 IA MO1 MOM . 4 MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H14 N5 O6 P S2' 
_chem_comp.formula_weight    395.352 
_chem_comp.id                MTE 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N1 C2 MTE doub 334 n y 
N1 C10 MTE sing 335 n y 
C2 N2 MTE sing 336 n n 
C2 N3 MTE sing 337 n y 
N2 HN21 MTE sing 338 n n 
N2 HN22 MTE sing 339 n n 
N3 C4 MTE sing 340 n y 
N3 HN3 MTE sing 341 n n 
C4 O4 MTE doub 342 n n 
C4 C9 MTE sing 343 n y 
N5 C6 MTE sing 344 n n 
N5 C9 MTE sing 345 n n 
N5 HN5 MTE sing 346 n n 
C6 C7 MTE sing 347 n n 
C6 C1' MTE sing 348 n n 
C6 H6 MTE sing 349 n n 
C7 N8 MTE sing 350 n n 
C7 O3' MTE sing 351 n n 
C7 H7 MTE sing 352 n n 
N8 C10 MTE sing 353 n n 
N8 HN8 MTE sing 354 n n 
C9 C10 MTE doub 355 n y 
C1' S1' MTE sing 356 n n 
C1' C2' MTE doub 357 n n 
S1' H1S MTE sing 358 n n 
C2' S2' MTE sing 359 n n 
C2' C3' MTE sing 360 n n 
S2' H2S MTE sing 361 n n 
C3' O3' MTE sing 362 n n 
C3' C4' MTE sing 363 n n 
C3' H3' MTE sing 364 n n 
C4' O4' MTE sing 365 n n 
C4' "H4'1" MTE sing 366 n n 
C4' "H4'2" MTE sing 367 n n 
O4' P MTE sing 368 n n 
P O1P MTE doub 369 n n 
P O2P MTE sing 370 n n 
P O3P MTE sing 371 n n 
O2P HOP2 MTE sing 372 n n 
O3P HOP3 MTE sing 373 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3EUB 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013643 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.000005 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000747 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007509 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.000908 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007072 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 4 FES A 1 601 601 FES FES . 
N 4 FES A 1 602 602 FES FES . 
O 5 FAD B 1 606 606 FAD FAD . 
P 6 MTE C 1 1333 1333 MTE MTE . 
Q 7 MOM C 1 1334 1334 MOM MOM . 
R 8 XAN C 1 7319 7319 XAN XAN . 
S 4 FES J 1 601 601 FES FES . 
T 4 FES J 1 602 602 FES FES . 
U 5 FAD K 1 606 606 FAD FAD . 
V 6 MTE L 1 1333 1333 MTE MTE . 
W 7 MOM L 1 1334 1334 MOM MOM . 
X 8 XAN L 1 7319 7319 XAN XAN . 
Y 4 FES S 1 601 601 FES FES . 
Z 4 FES S 1 602 602 FES FES . 
AA 5 FAD T 1 606 606 FAD FAD . 
BA 6 MTE U 1 1333 1333 MTE MTE . 
CA 7 MOM U 1 1334 1334 MOM MOM . 
DA 8 XAN U 1 7319 7319 XAN XAN . 
EA 4 FES 2 1 601 601 FES FES . 
FA 4 FES 2 1 602 602 FES FES . 
GA 5 FAD 3 1 606 606 FAD FAD . 
HA 6 MTE 4 1 1333 1333 MTE MTE . 
IA 7 MOM 4 1 1334 1334 MOM MOM . 
JA 8 XAN 4 1 7319 7319 XAN XAN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N1 MTE . . . P 6 -4.596 9.36 -8.639 1 12.07 ? N1 MTE 1333 C 1 
HETATM 2 C C2 MTE . . . P 6 -3.71 9.748 -7.69 1 11.91 ? C2 MTE 1333 C 1 
HETATM 3 N N2 MTE . . . P 6 -2.421 9.989 -8.074 1 11.28 ? N2 MTE 1333 C 1 
HETATM 4 N N3 MTE . . . P 6 -4.088 9.885 -6.394 1 12.62 ? N3 MTE 1333 C 1 
HETATM 5 C C4 MTE . . . P 6 -5.349 9.667 -5.972 1 11.66 ? C4 MTE 1333 C 1 
HETATM 6 O O4 MTE . . . P 6 -5.593 9.81 -4.767 1 11.61 ? O4 MTE 1333 C 1 
HETATM 7 N N5 MTE . . . P 6 -7.69 8.985 -6.699 1 11.06 ? N5 MTE 1333 C 1 
HETATM 8 C C6 MTE . . . P 6 -8.496 8.263 -7.703 1 10.69 ? C6 MTE 1333 C 1 
HETATM 9 C C7 MTE . . . P 6 -8.166 8.648 -9.142 1 9.38 ? C7 MTE 1333 C 1 
HETATM 10 N N8 MTE . . . P 6 -6.74 8.732 -9.333 1 10.48 ? N8 MTE 1333 C 1 
HETATM 11 C C9 MTE . . . P 6 -6.384 9.245 -6.959 1 11.34 ? C9 MTE 1333 C 1 
HETATM 12 C C10 MTE . . . P 6 -5.9 9.107 -8.356 1 11.88 ? C10 MTE 1333 C 1 
HETATM 13 C C1' MTE . . . P 6 -9.979 8.396 -7.532 1 9.78 ? C1' MTE 1333 C 1 
HETATM 14 S S1' MTE . . . P 6 -10.697 7.554 -6.28 1 11.55 ? S1' MTE 1333 C 1 
HETATM 15 C C2' MTE . . . P 6 -10.749 9.156 -8.311 1 9.75 ? C2' MTE 1333 C 1 
HETATM 16 S S2' MTE . . . P 6 -12.434 9.245 -8.072 1 7.66 ? S2' MTE 1333 C 1 
HETATM 17 C C3' MTE . . . P 6 -10.168 10.018 -9.397 1 11.13 ? C3' MTE 1333 C 1 
HETATM 18 O O3' MTE . . . P 6 -8.752 9.874 -9.562 1 9.04 ? O3' MTE 1333 C 1 
HETATM 19 C C4' MTE . . . P 6 -10.556 11.438 -8.944 1 13.03 ? C4' MTE 1333 C 1 
HETATM 20 O O4' MTE . . . P 6 -9.996 12.49 -9.727 1 15.17 ? O4' MTE 1333 C 1 
HETATM 21 P P MTE . . . P 6 -10.57 12.841 -11.167 1 14.08 ? P MTE 1333 C 1 
HETATM 22 O O1P MTE . . . P 6 -12.011 13.043 -10.803 1 15.5 ? O1P MTE 1333 C 1 
HETATM 23 O O2P MTE . . . P 6 -10.152 11.659 -12.001 1 14.19 ? O2P MTE 1333 C 1 
HETATM 24 O O3P MTE . . . P 6 -9.864 14.09 -11.622 1 17.39 ? O3P MTE 1333 C 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              20 
_model_server_stats.parse_time_ms           13 
_model_server_stats.create_model_time_ms    75 
_model_server_stats.query_time_ms           322 
_model_server_stats.encode_time_ms          7 
_model_server_stats.element_count           24 
#