data_3EUB
#
_model_server_result.job_id            Xr2PrzIJVo4BYCVflWdMQQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-01 12:27:52' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3eub 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"DA","auth_seq_id":7319}' 
#
_entry.id    3EUB 
#
_exptl.entry_id    3EUB 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              152.111 
_entity.id                          8 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            XANTHINE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         96.88 
_cell.angle_beta          93.11 
_cell.angle_gamma         90.02 
_cell.entry_id            3EUB 
_cell.length_a            73.298 
_cell.length_b            133.176 
_cell.length_c            142.633 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3EUB 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        1 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 1 1 
G,H,I,J,K,L,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 8 R N N 
? 8 X N N 
? 8 DA N N 
? 8 JA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A SG CYS 43 A CYS 43 1_555 N FE2 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 48 A CYS 48 1_555 N FE2 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 51 A CYS 51 1_555 N FE1 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 73 A CYS 73 1_555 N FE1 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? 
metalc ? metalc5 A SG CYS 113 A CYS 113 1_555 M FE1 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc6 A SG CYS 116 A CYS 116 1_555 M FE2 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? 
metalc ? metalc7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 M FE2 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? 
metalc ? metalc8 A SG CYS 150 A CYS 150 1_555 M FE1 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? 
metalc ? metalc9 P S1' MTE . C MTE 1333 1_555 Q MO1 MOM . C MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc10 P S2' MTE . C MTE 1333 1_555 Q MO1 MOM . C MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? 
metalc ? metalc11 D SG CYS 43 J CYS 43 1_555 T FE2 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? 
metalc ? metalc12 D SG CYS 48 J CYS 48 1_555 T FE2 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? 
metalc ? metalc13 D SG CYS 51 J CYS 51 1_555 T FE1 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc14 D SG CYS 73 J CYS 73 1_555 T FE1 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc15 D SG CYS 113 J CYS 113 1_555 S FE1 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc16 D SG CYS 116 J CYS 116 1_555 S FE2 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc17 D SG CYS 148 J CYS 148 1_555 S FE2 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc18 D SG CYS 150 J CYS 150 1_555 S FE1 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? 
metalc ? metalc19 V S1' MTE . L MTE 1333 1_555 W MO1 MOM . L MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc20 V S2' MTE . L MTE 1333 1_555 W MO1 MOM . L MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? 
metalc ? metalc21 G SG CYS 43 S CYS 43 1_555 Z FE2 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? 
metalc ? metalc22 G SG CYS 48 S CYS 48 1_555 Z FE2 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? 
metalc ? metalc23 G SG CYS 51 S CYS 51 1_555 Z FE1 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc24 G SG CYS 73 S CYS 73 1_555 Z FE1 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? 
metalc ? metalc25 G SG CYS 113 S CYS 113 1_555 Y FE1 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc26 G SG CYS 116 S CYS 116 1_555 Y FE2 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? 
metalc ? metalc27 G SG CYS 148 S CYS 148 1_555 Y FE2 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? 
metalc ? metalc28 G SG CYS 150 S CYS 150 1_555 Y FE1 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? 
metalc ? metalc29 BA S1' MTE . U MTE 1333 1_555 CA MO1 MOM . U MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? 
metalc ? metalc30 BA S2' MTE . U MTE 1333 1_555 CA MO1 MOM . U MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc31 J SG CYS 43 2 CYS 43 1_555 FA FE2 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc32 J SG CYS 48 2 CYS 48 1_555 FA FE2 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? 
metalc ? metalc33 J SG CYS 51 2 CYS 51 1_555 FA FE1 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? 
metalc ? metalc34 J SG CYS 73 2 CYS 73 1_555 FA FE1 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc35 J SG CYS 113 2 CYS 113 1_555 EA FE1 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
metalc ? metalc36 J SG CYS 116 2 CYS 116 1_555 EA FE2 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc37 J SG CYS 148 2 CYS 148 1_555 EA FE2 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? 
metalc ? metalc38 J SG CYS 150 2 CYS 150 1_555 EA FE1 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? 
metalc ? metalc39 HA S1' MTE . 4 MTE 1333 1_555 IA MO1 MOM . 4 MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? 
metalc ? metalc40 HA S2' MTE . 4 MTE 1333 1_555 IA MO1 MOM . 4 MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? 
#
_chem_comp.formula           'C5 H4 N4 O2' 
_chem_comp.formula_weight    152.111 
_chem_comp.id                XAN 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              XANTHINE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
N9 C4 XAN sing 513 n y 
N9 C8 XAN sing 514 n y 
N9 HN9 XAN sing 515 n n 
C4 N3 XAN sing 516 n y 
C4 C5 XAN doub 517 n y 
N3 C2 XAN sing 518 n y 
N3 HN3 XAN sing 519 n n 
C2 O2 XAN doub 520 n n 
C2 N1 XAN sing 521 n y 
N1 C6 XAN sing 522 n y 
N1 HN1 XAN sing 523 n n 
C6 O6 XAN doub 524 n n 
C6 C5 XAN sing 525 n y 
C5 N7 XAN sing 526 n y 
N7 C8 XAN doub 527 n y 
C8 H8 XAN sing 528 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3EUB 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.013643 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.000005 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000747 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.007509 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0.000908 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.007072 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 4 FES A 1 601 601 FES FES . 
N 4 FES A 1 602 602 FES FES . 
O 5 FAD B 1 606 606 FAD FAD . 
P 6 MTE C 1 1333 1333 MTE MTE . 
Q 7 MOM C 1 1334 1334 MOM MOM . 
R 8 XAN C 1 7319 7319 XAN XAN . 
S 4 FES J 1 601 601 FES FES . 
T 4 FES J 1 602 602 FES FES . 
U 5 FAD K 1 606 606 FAD FAD . 
V 6 MTE L 1 1333 1333 MTE MTE . 
W 7 MOM L 1 1334 1334 MOM MOM . 
X 8 XAN L 1 7319 7319 XAN XAN . 
Y 4 FES S 1 601 601 FES FES . 
Z 4 FES S 1 602 602 FES FES . 
AA 5 FAD T 1 606 606 FAD FAD . 
BA 6 MTE U 1 1333 1333 MTE MTE . 
CA 7 MOM U 1 1334 1334 MOM MOM . 
DA 8 XAN U 1 7319 7319 XAN XAN . 
EA 4 FES 2 1 601 601 FES FES . 
FA 4 FES 2 1 602 602 FES FES . 
GA 5 FAD 3 1 606 606 FAD FAD . 
HA 6 MTE 4 1 1333 1333 MTE MTE . 
IA 7 MOM 4 1 1334 1334 MOM MOM . 
JA 8 XAN 4 1 7319 7319 XAN XAN . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 N N9 XAN . . . DA 8 -37.713 16.15 -45.682 1 41.95 ? N9 XAN 7319 U 1 
HETATM 2 C C4 XAN . . . DA 8 -37.643 16.004 -44.351 1 41.23 ? C4 XAN 7319 U 1 
HETATM 3 N N3 XAN . . . DA 8 -36.908 16.551 -43.365 1 40.37 ? N3 XAN 7319 U 1 
HETATM 4 C C2 XAN . . . DA 8 -37.094 16.149 -42.078 1 41.9 ? C2 XAN 7319 U 1 
HETATM 5 O O2 XAN . . . DA 8 -36.398 16.656 -41.154 1 41.76 ? O2 XAN 7319 U 1 
HETATM 6 N N1 XAN . . . DA 8 -38.005 15.201 -41.726 1 41.64 ? N1 XAN 7319 U 1 
HETATM 7 C C6 XAN . . . DA 8 -38.796 14.586 -42.623 1 41.1 ? C6 XAN 7319 U 1 
HETATM 8 O O6 XAN . . . DA 8 -39.64 13.722 -42.307 1 41.26 ? O6 XAN 7319 U 1 
HETATM 9 C C5 XAN . . . DA 8 -38.652 14.966 -44.036 1 41.27 ? C5 XAN 7319 U 1 
HETATM 10 N N7 XAN . . . DA 8 -39.248 14.576 -45.182 1 41.47 ? N7 XAN 7319 U 1 
HETATM 11 C C8 XAN . . . DA 8 -38.669 15.304 -46.169 1 41.61 ? C8 XAN 7319 U 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              20 
_model_server_stats.parse_time_ms           12 
_model_server_stats.create_model_time_ms    59 
_model_server_stats.query_time_ms           307 
_model_server_stats.encode_time_ms          10 
_model_server_stats.element_count           11 
#