data_3EUB # _model_server_result.job_id '_a11MDSK2IxU2Rg4Zsml2w' _model_server_result.datetime_utc '2024-12-15 20:23:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3eub # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":7319}' # _entry.id 3EUB # _exptl.entry_id 3EUB _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 152.111 _entity.id 8 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description XANTHINE _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 96.88 _cell.angle_beta 93.11 _cell.angle_gamma 90.02 _cell.entry_id 3EUB _cell.length_a 73.298 _cell.length_b 133.176 _cell.length_c 142.633 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3EUB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 1 PISA hexameric 6 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,C,D,E,F,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X 1 1 G,H,I,J,K,L,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 8 R N N ? 8 X N N ? 8 DA N N ? 8 JA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A SG CYS 43 A CYS 43 1_555 N FE2 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? metalc ? metalc2 A SG CYS 48 A CYS 48 1_555 N FE2 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc3 A SG CYS 51 A CYS 51 1_555 N FE1 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc4 A SG CYS 73 A CYS 73 1_555 N FE1 FES . A FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.438 ? metalc ? metalc5 A SG CYS 113 A CYS 113 1_555 M FE1 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc6 A SG CYS 116 A CYS 116 1_555 M FE2 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.277 ? metalc ? metalc7 A SG CYS 148 A CYS 148 1_555 M FE2 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.139 ? metalc ? metalc8 A SG CYS 150 A CYS 150 1_555 M FE1 FES . A FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc9 P S1' MTE . C MTE 1333 1_555 Q MO1 MOM . C MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc10 P S2' MTE . C MTE 1333 1_555 Q MO1 MOM . C MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? metalc ? metalc11 D SG CYS 43 J CYS 43 1_555 T FE2 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.416 ? metalc ? metalc12 D SG CYS 48 J CYS 48 1_555 T FE2 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc13 D SG CYS 51 J CYS 51 1_555 T FE1 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc14 D SG CYS 73 J CYS 73 1_555 T FE1 FES . J FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc15 D SG CYS 113 J CYS 113 1_555 S FE1 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc16 D SG CYS 116 J CYS 116 1_555 S FE2 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? metalc ? metalc17 D SG CYS 148 J CYS 148 1_555 S FE2 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc18 D SG CYS 150 J CYS 150 1_555 S FE1 FES . J FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.241 ? metalc ? metalc19 V S1' MTE . L MTE 1333 1_555 W MO1 MOM . L MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc20 V S2' MTE . L MTE 1333 1_555 W MO1 MOM . L MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.494 ? metalc ? metalc21 G SG CYS 43 S CYS 43 1_555 Z FE2 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc22 G SG CYS 48 S CYS 48 1_555 Z FE2 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.217 ? metalc ? metalc23 G SG CYS 51 S CYS 51 1_555 Z FE1 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc24 G SG CYS 73 S CYS 73 1_555 Z FE1 FES . S FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc25 G SG CYS 113 S CYS 113 1_555 Y FE1 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc26 G SG CYS 116 S CYS 116 1_555 Y FE2 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.27 ? metalc ? metalc27 G SG CYS 148 S CYS 148 1_555 Y FE2 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? metalc ? metalc28 G SG CYS 150 S CYS 150 1_555 Y FE1 FES . S FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.223 ? metalc ? metalc29 BA S1' MTE . U MTE 1333 1_555 CA MO1 MOM . U MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc30 BA S2' MTE . U MTE 1333 1_555 CA MO1 MOM . U MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? metalc ? metalc31 J SG CYS 43 2 CYS 43 1_555 FA FE2 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? metalc ? metalc32 J SG CYS 48 2 CYS 48 1_555 FA FE2 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.2 ? metalc ? metalc33 J SG CYS 51 2 CYS 51 1_555 FA FE1 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc34 J SG CYS 73 2 CYS 73 1_555 FA FE1 FES . 2 FES 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc35 J SG CYS 113 2 CYS 113 1_555 EA FE1 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc36 J SG CYS 116 2 CYS 116 1_555 EA FE2 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc37 J SG CYS 148 2 CYS 148 1_555 EA FE2 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.155 ? metalc ? metalc38 J SG CYS 150 2 CYS 150 1_555 EA FE1 FES . 2 FES 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc39 HA S1' MTE . 4 MTE 1333 1_555 IA MO1 MOM . 4 MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.204 ? metalc ? metalc40 HA S2' MTE . 4 MTE 1333 1_555 IA MO1 MOM . 4 MOM 1334 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.563 ? # _chem_comp.formula 'C5 H4 N4 O2' _chem_comp.formula_weight 152.111 _chem_comp.id XAN _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name XANTHINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N9 C4 XAN sing 513 n y N9 C8 XAN sing 514 n y N9 HN9 XAN sing 515 n n C4 N3 XAN sing 516 n y C4 C5 XAN doub 517 n y N3 C2 XAN sing 518 n y N3 HN3 XAN sing 519 n n C2 O2 XAN doub 520 n n C2 N1 XAN sing 521 n y N1 C6 XAN sing 522 n y N1 HN1 XAN sing 523 n n C6 O6 XAN doub 524 n n C6 C5 XAN sing 525 n y C5 N7 XAN sing 526 n y N7 C8 XAN doub 527 n y C8 H8 XAN sing 528 n n # _atom_sites.entry_id 3EUB _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013643 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000005 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000747 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007509 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000908 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007072 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code M 4 FES A 1 601 601 FES FES . N 4 FES A 1 602 602 FES FES . O 5 FAD B 1 606 606 FAD FAD . P 6 MTE C 1 1333 1333 MTE MTE . Q 7 MOM C 1 1334 1334 MOM MOM . R 8 XAN C 1 7319 7319 XAN XAN . S 4 FES J 1 601 601 FES FES . T 4 FES J 1 602 602 FES FES . U 5 FAD K 1 606 606 FAD FAD . V 6 MTE L 1 1333 1333 MTE MTE . W 7 MOM L 1 1334 1334 MOM MOM . X 8 XAN L 1 7319 7319 XAN XAN . Y 4 FES S 1 601 601 FES FES . Z 4 FES S 1 602 602 FES FES . AA 5 FAD T 1 606 606 FAD FAD . BA 6 MTE U 1 1333 1333 MTE MTE . CA 7 MOM U 1 1334 1334 MOM MOM . DA 8 XAN U 1 7319 7319 XAN XAN . EA 4 FES 2 1 601 601 FES FES . FA 4 FES 2 1 602 602 FES FES . GA 5 FAD 3 1 606 606 FAD FAD . HA 6 MTE 4 1 1333 1333 MTE MTE . IA 7 MOM 4 1 1334 1334 MOM MOM . JA 8 XAN 4 1 7319 7319 XAN XAN . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N9 XAN . . . R 8 -18.279 8.849 -4.666 1 27.77 ? N9 XAN 7319 C 1 HETATM 2 C C4 XAN . . . R 8 -19.577 8.788 -4.962 1 26.51 ? C4 XAN 7319 C 1 HETATM 3 N N3 XAN . . . R 8 -20.704 9.154 -4.351 1 27.11 ? N3 XAN 7319 C 1 HETATM 4 C C2 XAN . . . R 8 -21.913 8.938 -4.92 1 28.6 ? C2 XAN 7319 C 1 HETATM 5 O O2 XAN . . . R 8 -22.949 9.287 -4.302 1 28.55 ? O2 XAN 7319 C 1 HETATM 6 N N1 XAN . . . R 8 -22.056 8.36 -6.134 1 28.32 ? N1 XAN 7319 C 1 HETATM 7 C C6 XAN . . . R 8 -20.993 7.94 -6.855 1 28.41 ? C6 XAN 7319 C 1 HETATM 8 O O6 XAN . . . R 8 -21.115 7.408 -7.991 1 27.76 ? O6 XAN 7319 C 1 HETATM 9 C C5 XAN . . . R 8 -19.638 8.135 -6.277 1 28.1 ? C5 XAN 7319 C 1 HETATM 10 N N7 XAN . . . R 8 -18.366 7.851 -6.665 1 27.81 ? N7 XAN 7319 C 1 HETATM 11 C C8 XAN . . . R 8 -17.555 8.29 -5.677 1 27.73 ? C8 XAN 7319 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 21 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 63 _model_server_stats.query_time_ms 314 _model_server_stats.encode_time_ms 7 _model_server_stats.element_count 11 #