data_3F4H # _model_server_result.job_id UsSMhoS5jJqsM_nJlwnAUA _model_server_result.datetime_utc '2025-07-13 01:07:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3f4h # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":200}' # _entry.id 3F4H # _exptl.entry_id 3F4H _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 405.405 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 1-deoxy-1-[8-(dimethylamino)-7-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-D-ribitol _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3F4H _cell.length_a 70.726 _cell.length_b 70.726 _cell.length_c 135.575 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3F4H _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 152 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id L _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OP2 A 14 X A 14 1_555 E MG MG . X MG 306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.481 ? metalc ? metalc2 A OP1 A 22 X A 22 1_555 J MG MG . X MG 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.128 ? metalc ? metalc3 A OP2 U 23 X U 23 1_555 J MG MG . X MG 314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? metalc ? metalc4 A O6 G 28 X G 28 1_555 G MG MG . X MG 310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? metalc ? metalc5 B O4 U 33 Y U 89 1_555 O MG MG . Y MG 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc6 B OP2 A 36 Y A 92 1_555 O MG MG . Y MG 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.073 ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog1 A N2 G 1 X G 1 1_555 B N3 C 56 Y C 112 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog2 A N1 G 2 X G 2 1_555 B O2 U 55 Y U 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog3 A O6 G 2 X G 2 1_555 B N3 U 55 Y U 111 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-U PAIR' hydrog4 A N1 A 3 X A 3 1_555 B N3 U 54 Y U 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog5 A N3 U 4 X U 4 1_555 B N1 A 53 Y A 109 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog6 A O2 C 5 X C 5 1_555 B N1 G 52 Y G 108 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog7 A N3 U 6 X U 6 1_555 B N1 A 51 Y A 107 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog8 A N3 U 7 X U 7 1_555 B N1 A 50 Y A 106 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog9 A O2 C 8 X C 8 1_555 B N2 G 49 Y G 105 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog10 A N2 G 9 X G 9 1_555 B N7 A 48 Y A 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-G MISPAIR' hydrog11 A O6 G 10 X G 10 1_555 A N2 G 47 X G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog12 A N2 G 11 X G 11 1_555 A O2 C 31 X C 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog13 A N2 G 12 X G 12 1_555 B N3 G 37 Y G 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_4_PAIR hydrog14 A N3 G 12 X G 12 1_555 B N2 G 37 Y G 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog15 A O2 C 13 X C 13 1_555 A N1 G 28 X G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog16 A N6 A 14 X A 14 1_555 A N3 G 28 X G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog17 A N7 A 14 X A 14 1_555 A N2 G 28 X G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N1 G 15 X G 15 1_555 A N3 C 27 X C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N2 G 15 X G 15 1_555 A O2 C 27 X C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A O6 G 15 X G 15 1_555 A N4 C 27 X C 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N1 G 16 X G 16 1_555 A N3 C 26 X C 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N2 G 16 X G 16 1_555 A O2 C 26 X C 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A O6 G 16 X G 16 1_555 A N4 C 26 X C 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N1 G 17 X G 17 1_555 A N3 C 25 X C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N2 G 17 X G 17 1_555 A O2 C 25 X C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O6 G 17 X G 17 1_555 A N4 C 25 X C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog27 A N3 U 18 X U 18 1_555 A N7 A 22 X A 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog28 A O2 U 18 X U 18 1_555 A N6 A 22 X A 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog29 A N2 G 19 X G 19 1_555 B N7 A 34 Y A 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog30 A N3 G 19 X G 19 1_555 B N6 A 34 Y A 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N1 A 29 X A 29 1_555 B N3 U 38 Y U 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N6 A 29 X A 29 1_555 B O4 U 38 Y U 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A N3 C 30 X C 30 1_555 B N1 G 37 Y G 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N4 C 30 X C 30 1_555 B O6 G 37 Y G 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A O2 C 30 X C 30 1_555 B N2 G 37 Y G 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 A N3 C 31 X C 31 1_555 B N1 G 28 Y G 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N4 C 31 X C 31 1_555 B O6 G 28 Y G 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A O2 C 31 X C 31 1_555 B N2 G 28 Y G 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N1 G 32 X G 32 1_555 B N3 C 27 Y C 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A N2 G 32 X G 32 1_555 B O2 C 27 Y C 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A O6 G 32 X G 32 1_555 B N4 C 27 Y C 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N1 G 33 X G 33 1_555 A N3 C 46 X C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A N2 G 33 X G 33 1_555 A O2 C 46 X C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A O6 G 33 X G 33 1_555 A N4 C 46 X C 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog45 A N2 G 33 X G 33 1_555 B N3 A 48 Y A 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N3 U 34 X U 34 1_555 A N1 A 45 X A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A O4 U 34 X U 34 1_555 A N6 A 45 X A 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A N1 G 35 X G 35 1_555 A N3 C 44 X C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N2 G 35 X G 35 1_555 A O2 C 44 X C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A O6 G 35 X G 35 1_555 A N4 C 44 X C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A N1 G 36 X G 36 1_555 A N3 C 43 X C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N2 G 36 X G 36 1_555 A O2 C 43 X C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A O6 G 36 X G 36 1_555 A N4 C 43 X C 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog54 A N3 U 37 X U 37 1_555 A N7 A 40 X A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog55 A O2 U 37 X U 37 1_555 A N6 A 40 X A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog56 A N6 A 38 X A 38 1_555 B N3 G 14 Y G 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog57 A N7 A 38 X A 38 1_555 B N2 G 14 Y G 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog58 A N2 G 41 X G 41 1_555 B N3 A 7 Y A 63 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 A N1 G 41 X G 41 1_555 B N3 C 26 Y C 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 A N2 G 41 X G 41 1_555 B O2 C 26 Y C 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 A O6 G 41 X G 41 1_555 B N4 C 26 Y C 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 A N3 U 42 X U 42 1_555 B N1 A 25 Y A 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 A O4 U 42 X U 42 1_555 B N6 A 25 Y A 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 A N1 A 49 X A 49 1_555 B N3 U 4 Y U 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 A N6 A 49 X A 49 1_555 B O4 U 4 Y U 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 A N1 A 50 X A 50 1_555 B N3 U 3 Y U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog67 A N6 A 50 X A 50 1_555 B O4 U 3 Y U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog68 A N1 G 51 X G 51 1_555 B N3 C 2 Y C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog69 A N2 G 51 X G 51 1_555 B O2 C 2 Y C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog70 A O6 G 51 X G 51 1_555 B N4 C 2 Y C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 A N3 C 52 X C 52 1_555 B N1 G 1 Y G 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 A N4 C 52 X C 52 1_555 B O6 G 1 Y G 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 A O2 C 52 X C 52 1_555 B N2 G 1 Y G 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog74 B N2 G 6 Y G 62 1_555 B O2 C 27 Y C 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 B N3 U 8 Y U 64 1_555 B N1 A 24 Y A 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog76 B O4 U 8 Y U 64 1_555 B N6 A 24 Y A 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 B N3 U 9 Y U 65 1_555 B N1 A 23 Y A 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 B O4 U 9 Y U 65 1_555 B N6 A 23 Y A 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 B N3 U 10 Y U 66 1_555 B N1 A 22 Y A 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog80 B O4 U 10 Y U 66 1_555 B N6 A 22 Y A 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog81 B N1 G 11 Y G 67 1_555 B N3 C 21 Y C 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog82 B N2 G 11 Y G 67 1_555 B O2 C 21 Y C 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog83 B O6 G 11 Y G 67 1_555 B N4 C 21 Y C 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog84 B N1 G 12 Y G 68 1_555 B N3 C 20 Y C 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog85 B N2 G 12 Y G 68 1_555 B O2 C 20 Y C 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog86 B O6 G 12 Y G 68 1_555 B N4 C 20 Y C 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog87 B N3 U 13 Y U 69 1_555 B N7 A 17 Y A 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog88 B O2 U 13 Y U 69 1_555 B N6 A 17 Y A 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog89 B N1 A 29 Y A 85 1_555 B N1 G 42 Y G 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog90 B N6 A 29 Y A 85 1_555 B O6 G 42 Y G 98 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog91 B N3 C 30 Y C 86 1_555 B N1 G 41 Y G 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog92 B N4 C 30 Y C 86 1_555 B O6 G 41 Y G 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog93 B O2 C 30 Y C 86 1_555 B N2 G 41 Y G 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog94 B N1 A 31 Y A 87 1_555 B N3 U 40 Y U 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog95 B N6 A 31 Y A 87 1_555 B O4 U 40 Y U 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog96 B N1 G 32 Y G 88 1_555 B N7 A 36 Y A 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog97 B N1 G 32 Y G 88 1_555 B N3 C 39 Y C 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog98 B N2 G 32 Y G 88 1_555 B O2 C 39 Y C 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog99 B O6 G 32 Y G 88 1_555 B N4 C 39 Y C 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog100 B N3 U 33 Y U 89 1_555 B N7 A 36 Y A 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog101 B O2 U 33 Y U 89 1_555 B N6 A 36 Y A 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C18 H23 N5 O6' _chem_comp.formula_weight 405.405 _chem_comp.id RS3 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 1-deoxy-1-[8-(dimethylamino)-7-methyl-2,4-dioxo-3,4-dihydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-D-ribitol _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms Roseoflavin # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C4 C4A RS3 sing 118 n n C4 O4 RS3 doub 119 n n N3 C4 RS3 sing 120 n n N3 HN3 RS3 sing 121 n n C2 N1 RS3 sing 122 n n C2 N3 RS3 sing 123 n n O2 C2 RS3 doub 124 n n C4A N5 RS3 doub 125 n n C10 N10 RS3 sing 126 n n C10 C4A RS3 sing 127 n n N1 C10 RS3 doub 128 n n N5 C5A RS3 sing 129 n n C5A C6 RS3 doub 130 n y C6 C7 RS3 sing 131 n y C6 H6 RS3 sing 132 n n C7 C7M RS3 sing 133 n n C7M H17M RS3 sing 134 n n C7M H27M RS3 sing 135 n n C7M H37M RS3 sing 136 n n C8 N8 RS3 sing 137 n n C8 C7 RS3 doub 138 n y N8 C20 RS3 sing 139 n n C19 N8 RS3 sing 140 n n C19 H119 RS3 sing 141 n n C19 H219 RS3 sing 142 n n C19 H319 RS3 sing 143 n n C20 H120 RS3 sing 144 n n C20 H220 RS3 sing 145 n n C20 H320 RS3 sing 146 n n C9 C8 RS3 sing 147 n y C9 H9 RS3 sing 148 n n C9A C9 RS3 doub 149 n y C9A C5A RS3 sing 150 n y N10 C9A RS3 sing 151 n n C1' N10 RS3 sing 152 n n C1' H11' RS3 sing 153 n n C1' H21' RS3 sing 154 n n C2' C1' RS3 sing 155 n n C2' H2' RS3 sing 156 n n O2' C2' RS3 sing 157 n n O2' HO2' RS3 sing 158 n n C3' C4' RS3 sing 159 n n C3' C2' RS3 sing 160 n n C3' H3' RS3 sing 161 n n O3' C3' RS3 sing 162 n n O3' HO3' RS3 sing 163 n n C4' O4' RS3 sing 164 n n C4' H4' RS3 sing 165 n n O4' HO4' RS3 sing 166 n n C5' C4' RS3 sing 167 n n C5' H15' RS3 sing 168 n n C5' H25' RS3 sing 169 n n O5' C5' RS3 sing 170 n n O5' HO5' RS3 sing 171 n n # _atom_sites.entry_id 3F4H _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.014139 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.008163 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016326 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007376 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 K X 1 300 300 K K . D 4 MG X 1 302 302 MG MG . E 4 MG X 1 306 306 MG MG . F 4 MG X 1 307 307 MG MG . G 4 MG X 1 310 310 MG MG . H 4 MG X 1 311 311 MG MG . I 4 MG X 1 312 312 MG MG . J 4 MG X 1 314 314 MG MG . K 4 MG X 1 315 315 MG MG . L 5 RS3 Y 1 200 200 RS3 RSF . M 3 K Y 1 301 301 K K . N 4 MG Y 1 303 303 MG MG . O 4 MG Y 1 305 305 MG MG . P 4 MG Y 1 309 309 MG MG . Q 6 HOH X 1 500 500 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O4 RS3 . . . L 5 27.204 31.806 19.931 1 89.75 ? O4 RS3 200 Y 1 HETATM 2 C C4 RS3 . . . L 5 27.623 32.702 19.157 1 89.87 ? C4 RS3 200 Y 1 HETATM 3 N N3 RS3 . . . L 5 27.943 32.411 17.871 1 89.89 ? N3 RS3 200 Y 1 HETATM 4 C C2 RS3 . . . L 5 28.394 33.376 17.03 1 89.92 ? C2 RS3 200 Y 1 HETATM 5 O O2 RS3 . . . L 5 28.677 33.073 15.844 1 89.96 ? O2 RS3 200 Y 1 HETATM 6 C C4A RS3 . . . L 5 27.761 34.007 19.616 1 89.85 ? C4A RS3 200 Y 1 HETATM 7 C C10 RS3 . . . L 5 28.227 35.002 18.751 1 89.91 ? C10 RS3 200 Y 1 HETATM 8 N N1 RS3 . . . L 5 28.533 34.66 17.466 1 89.81 ? N1 RS3 200 Y 1 HETATM 9 N N5 RS3 . . . L 5 27.45 34.306 20.896 1 89.95 ? N5 RS3 200 Y 1 HETATM 10 C C5A RS3 . . . L 5 27.586 35.572 21.341 1 89.83 ? C5A RS3 200 Y 1 HETATM 11 C C6 RS3 . . . L 5 27.263 35.871 22.66 1 89.7 ? C6 RS3 200 Y 1 HETATM 12 C C7 RS3 . . . L 5 27.395 37.166 23.149 1 89.79 ? C7 RS3 200 Y 1 HETATM 13 C C7M RS3 . . . L 5 27.026 37.42 24.588 1 89.63 ? C7M RS3 200 Y 1 HETATM 14 C C8 RS3 . . . L 5 27.859 38.183 22.305 1 89.96 ? C8 RS3 200 Y 1 HETATM 15 N N8 RS3 . . . L 5 28.014 39.478 22.715 1 89.69 ? N8 RS3 200 Y 1 HETATM 16 C C19 RS3 . . . L 5 28.5 40.475 21.78 1 89.8 ? C19 RS3 200 Y 1 HETATM 17 C C20 RS3 . . . L 5 27.706 39.914 24.067 1 89.89 ? C20 RS3 200 Y 1 HETATM 18 C C9 RS3 . . . L 5 28.179 37.867 20.979 1 89.9 ? C9 RS3 200 Y 1 HETATM 19 C C9A RS3 . . . L 5 28.047 36.57 20.484 1 89.61 ? C9A RS3 200 Y 1 HETATM 20 N N10 RS3 . . . L 5 28.356 36.277 19.2 1 89.62 ? N10 RS3 200 Y 1 HETATM 21 C C1' RS3 . . . L 5 28.856 37.337 18.303 1 89.16 ? C1' RS3 200 Y 1 HETATM 22 C C2' RS3 . . . L 5 27.703 37.986 17.54 1 88.32 ? C2' RS3 200 Y 1 HETATM 23 O O2' RS3 . . . L 5 27.021 36.964 16.812 1 87.97 ? O2' RS3 200 Y 1 HETATM 24 C C3' RS3 . . . L 5 28.156 39.065 16.552 1 88.48 ? C3' RS3 200 Y 1 HETATM 25 O O3' RS3 . . . L 5 29.154 38.542 15.683 1 88.52 ? O3' RS3 200 Y 1 HETATM 26 C C4' RS3 . . . L 5 28.73 40.323 17.191 1 88.92 ? C4' RS3 200 Y 1 HETATM 27 O O4' RS3 . . . L 5 28.233 40.475 18.517 1 89.94 ? O4' RS3 200 Y 1 HETATM 28 C C5' RS3 . . . L 5 28.345 41.556 16.385 1 89.78 ? C5' RS3 200 Y 1 HETATM 29 O O5' RS3 . . . L 5 29.204 41.663 15.245 1 90.64 ? O5' RS3 200 Y 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 311 _model_server_stats.encode_time_ms 15 _model_server_stats.element_count 29 #