data_3G6W
#
_model_server_result.job_id            ohdP6ndjZ1GUgQa1WVMAqg 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-10-14 05:23:51' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3g6w 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"O","auth_seq_id":301}' 
#
_entry.id    3G6W 
#
_exptl.entry_id    3G6W 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              523.18 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          92.8 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3G6W 
_cell.length_a            60.038 
_cell.length_b            98.758 
_cell.length_c            73.528 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3G6W 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    tetrameric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      4 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 I N N 
? 2 O N N 
? 2 P N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 T O HOH . A HOH 217 1_555 H MG MG . A MG 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? 
metalc ? metalc2 T O HOH . A HOH 218 1_555 H MG MG . A MG 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? 
metalc ? metalc3 T O HOH . A HOH 229 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? 
metalc ? metalc4 E O1B GTP . A GTP 301 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.95 ? 
metalc ? metalc5 E O1A GTP . A GTP 301 1_555 F MG MG . A MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.992 ? 
metalc ? metalc6 F MG MG . A MG 302 1_555 P O1B GTP . D GTP 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? 
metalc ? metalc7 F MG MG . A MG 302 1_555 P O1A GTP . D GTP 217 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.974 ? 
metalc ? metalc8 G O3A PRP . A PRP 303 1_555 H MG MG . A MG 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc9 G O1B PRP . A PRP 303 1_555 H MG MG . A MG 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc10 G O2B PRP . A PRP 303 1_555 H MG MG . A MG 305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? 
metalc ? metalc11 U O HOH . B HOH 218 1_555 J MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? 
metalc ? metalc12 I O1B GTP . B GTP 301 1_555 J MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? 
metalc ? metalc13 I O1A GTP . B GTP 301 1_555 J MG MG . B MG 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? 
metalc ? metalc14 J MG MG . B MG 302 1_555 W O HOH . D HOH 218 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.928 ? 
metalc ? metalc15 J MG MG . B MG 302 1_555 O O1A GTP . D GTP 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? 
metalc ? metalc16 J MG MG . B MG 302 1_555 O O1B GTP . D GTP 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? 
metalc ? metalc17 W O HOH . D HOH 219 1_555 S MG MG . D MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? 
metalc ? metalc18 W O HOH . D HOH 220 1_555 S MG MG . D MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? 
metalc ? metalc19 Q O1B PRP . D PRP 303 1_555 S MG MG . D MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.875 ? 
metalc ? metalc20 Q O3B PRP . D PRP 303 1_555 S MG MG . D MG 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H16 N5 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    523.18 
_chem_comp.id                GTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PG O1G GTP doub 116 n n 
PG O2G GTP sing 117 n n 
PG O3G GTP sing 118 n n 
PG O3B GTP sing 119 n n 
O2G HOG2 GTP sing 120 n n 
O3G HOG3 GTP sing 121 n n 
O3B PB GTP sing 122 n n 
PB O1B GTP doub 123 n n 
PB O2B GTP sing 124 n n 
PB O3A GTP sing 125 n n 
O2B HOB2 GTP sing 126 n n 
O3A PA GTP sing 127 n n 
PA O1A GTP doub 128 n n 
PA O2A GTP sing 129 n n 
PA O5' GTP sing 130 n n 
O2A HOA2 GTP sing 131 n n 
O5' C5' GTP sing 132 n n 
C5' C4' GTP sing 133 n n 
C5' H5' GTP sing 134 n n 
C5' "H5''" GTP sing 135 n n 
C4' O4' GTP sing 136 n n 
C4' C3' GTP sing 137 n n 
C4' H4' GTP sing 138 n n 
O4' C1' GTP sing 139 n n 
C3' O3' GTP sing 140 n n 
C3' C2' GTP sing 141 n n 
C3' H3' GTP sing 142 n n 
O3' HO3' GTP sing 143 n n 
C2' O2' GTP sing 144 n n 
C2' C1' GTP sing 145 n n 
C2' H2' GTP sing 146 n n 
O2' HO2' GTP sing 147 n n 
C1' N9 GTP sing 148 n n 
C1' H1' GTP sing 149 n n 
N9 C8 GTP sing 150 n y 
N9 C4 GTP sing 151 n y 
C8 N7 GTP doub 152 n y 
C8 H8 GTP sing 153 n n 
N7 C5 GTP sing 154 n y 
C5 C6 GTP sing 155 n n 
C5 C4 GTP doub 156 n y 
C6 O6 GTP doub 157 n n 
C6 N1 GTP sing 158 n n 
N1 C2 GTP sing 159 n n 
N1 HN1 GTP sing 160 n n 
C2 N2 GTP sing 161 n n 
C2 N3 GTP doub 162 n n 
N2 HN21 GTP sing 163 n n 
N2 HN22 GTP sing 164 n n 
N3 C4 GTP sing 165 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3G6W 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.016656 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000815 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.010126 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.013617 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 GTP A 1 301 301 GTP GTP . 
F 3 MG A 1 302 302 MG MG2 . 
G 4 PRP A 1 303 303 PRP PRP . 
H 3 MG A 1 305 305 MG MG2 . 
I 2 GTP B 1 301 301 GTP GTP . 
J 3 MG B 1 302 302 MG MG2 . 
K 5 HSX B 1 306 306 HSX R5P . 
L 6 POP B 1 307 307 POP POP . 
M 5 HSX C 1 306 306 HSX R5P . 
N 6 POP C 1 307 307 POP POP . 
O 2 GTP D 1 301 301 GTP GTP . 
P 2 GTP D 1 217 301 GTP GTP . 
Q 4 PRP D 1 303 303 PRP PRP . 
R 5 HSX D 1 306 306 HSX R5P . 
S 3 MG D 1 304 304 MG MG2 . 
T 7 HOH A 1 217 44 HOH HOH . 
T 7 HOH A 2 218 48 HOH HOH . 
T 7 HOH A 3 219 46 HOH HOH . 
T 7 HOH A 4 220 1 HOH HOH . 
T 7 HOH A 5 221 3 HOH HOH . 
T 7 HOH A 6 222 5 HOH HOH . 
T 7 HOH A 7 223 18 HOH HOH . 
T 7 HOH A 8 224 20 HOH HOH . 
T 7 HOH A 9 225 24 HOH HOH . 
T 7 HOH A 10 226 25 HOH HOH . 
T 7 HOH A 11 227 28 HOH HOH . 
T 7 HOH A 12 228 23 HOH HOH . 
T 7 HOH A 13 229 51 HOH HOH . 
U 7 HOH B 1 218 47 HOH HOH . 
U 7 HOH B 2 219 6 HOH HOH . 
U 7 HOH B 3 220 17 HOH HOH . 
U 7 HOH B 4 221 19 HOH HOH . 
U 7 HOH B 5 222 26 HOH HOH . 
V 7 HOH C 1 217 10 HOH HOH . 
V 7 HOH C 2 218 11 HOH HOH . 
V 7 HOH C 3 219 12 HOH HOH . 
V 7 HOH C 4 220 13 HOH HOH . 
V 7 HOH C 5 221 14 HOH HOH . 
V 7 HOH C 6 222 15 HOH HOH . 
V 7 HOH C 7 223 22 HOH HOH . 
V 7 HOH C 8 225 27 HOH HOH . 
W 7 HOH D 1 218 50 HOH HOH . 
W 7 HOH D 2 219 49 HOH HOH . 
W 7 HOH D 3 220 45 HOH HOH . 
W 7 HOH D 4 221 2 HOH HOH . 
W 7 HOH D 5 222 4 HOH HOH . 
W 7 HOH D 6 223 8 HOH HOH . 
W 7 HOH D 7 224 16 HOH HOH . 
W 7 HOH D 8 225 21 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PG GTP . . . O 2 -11.497 6.849 9.125 1 39.48 ? PG GTP 301 D 1 
HETATM 2 O O1G GTP . . . O 2 -12.711 7.327 9.868 1 40.92 ? O1G GTP 301 D 1 
HETATM 3 O O2G GTP . . . O 2 -11.603 5.502 8.48 1 39.25 ? O2G GTP 301 D 1 
HETATM 4 O O3G GTP . . . O 2 -10.365 6.859 10.059 1 39.5 ? O3G GTP 301 D 1 
HETATM 5 O O3B GTP . . . O 2 -11.213 7.879 8.025 1 38.78 ? O3B GTP 301 D 1 
HETATM 6 P PB GTP . . . O 2 -9.919 8.029 7.139 1 37.12 ? PB GTP 301 D 1 
HETATM 7 O O1B GTP . . . O 2 -8.748 7.643 7.941 1 40.92 ? O1B GTP 301 D 1 
HETATM 8 O O2B GTP . . . O 2 -9.812 9.423 6.647 1 38.6 ? O2B GTP 301 D 1 
HETATM 9 O O3A GTP . . . O 2 -10.104 7.033 5.973 1 36.66 ? O3A GTP 301 D 1 
HETATM 10 P PA GTP . . . O 2 -9.096 6.065 5.22 1 36.06 ? PA GTP 301 D 1 
HETATM 11 O O1A GTP . . . O 2 -7.738 6.213 5.861 1 32.92 ? O1A GTP 301 D 1 
HETATM 12 O O2A GTP . . . O 2 -9.149 6.443 3.78 1 35.54 ? O2A GTP 301 D 1 
HETATM 13 O O5' GTP . . . O 2 -9.755 4.633 5.518 1 35.16 ? O5' GTP 301 D 1 
HETATM 14 C C5' GTP . . . O 2 -11.115 4.316 5.258 1 37.64 ? C5' GTP 301 D 1 
HETATM 15 C C4' GTP . . . O 2 -11.37 2.853 5.457 1 39.52 ? C4' GTP 301 D 1 
HETATM 16 O O4' GTP . . . O 2 -10.245 2.046 5.016 1 39.25 ? O4' GTP 301 D 1 
HETATM 17 C C3' GTP . . . O 2 -11.65 2.434 6.908 1 40.3 ? C3' GTP 301 D 1 
HETATM 18 O O3' GTP . . . O 2 -13.06 2.381 7.18 1 42.41 ? O3' GTP 301 D 1 
HETATM 19 C C2' GTP . . . O 2 -10.913 1.117 7.065 1 40.49 ? C2' GTP 301 D 1 
HETATM 20 O O2' GTP . . . O 2 -11.825 -0.016 7.044 1 40.89 ? O2' GTP 301 D 1 
HETATM 21 C C1' GTP . . . O 2 -9.942 1.004 5.945 1 39.86 ? C1' GTP 301 D 1 
HETATM 22 N N9 GTP . . . O 2 -8.512 1.19 6.305 1 41.11 ? N9 GTP 301 D 1 
HETATM 23 C C8 GTP . . . O 2 -7.822 2.384 6.48 1 41.06 ? C8 GTP 301 D 1 
HETATM 24 N N7 GTP . . . O 2 -6.565 2.25 6.757 1 41.62 ? N7 GTP 301 D 1 
HETATM 25 C C5 GTP . . . O 2 -6.375 0.884 6.766 1 42.56 ? C5 GTP 301 D 1 
HETATM 26 C C6 GTP . . . O 2 -5.165 0.086 6.982 1 42.33 ? C6 GTP 301 D 1 
HETATM 27 O O6 GTP . . . O 2 -4.007 0.461 7.196 1 38.88 ? O6 GTP 301 D 1 
HETATM 28 N N1 GTP . . . O 2 -5.435 -1.331 6.926 1 42.9 ? N1 GTP 301 D 1 
HETATM 29 C C2 GTP . . . O 2 -6.698 -1.888 6.685 1 42.52 ? C2 GTP 301 D 1 
HETATM 30 N N2 GTP . . . O 2 -6.759 -3.216 6.645 1 45.54 ? N2 GTP 301 D 1 
HETATM 31 N N3 GTP . . . O 2 -7.806 -1.158 6.489 1 42.28 ? N3 GTP 301 D 1 
HETATM 32 C C4 GTP . . . O 2 -7.585 0.217 6.522 1 42.18 ? C4 GTP 301 D 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              8 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           296 
_model_server_stats.encode_time_ms          6 
_model_server_stats.element_count           32 
#