data_3GBV # _model_server_result.job_id Zst-AaTUfHEhJCzzlL83Pg _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 10:39:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3gbv # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":1}' # _entry.id 3GBV # _exptl.entry_id 3GBV _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3GBV _cell.length_a 43.976 _cell.length_b 240.568 _cell.length_c 119.214 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3GBV _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 3 _struct_asym.id I _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C VAL 73 A VAL 130 1_555 A N MSE 74 A MSE 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale2 A C MSE 74 A MSE 131 1_555 A N PHE 75 A PHE 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale3 A C ARG 126 A ARG 183 1_555 A N MSE 127 A MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale4 A C MSE 127 A MSE 184 1_555 A N LEU 128 A LEU 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale5 A C LEU 128 A LEU 185 1_555 A N MSE 129 A MSE 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale6 A C MSE 129 A MSE 186 1_555 A N LEU 130 A LEU 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale7 A C TYR 164 A TYR 221 1_555 A N MSE 165 A MSE 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale8 A C MSE 165 A MSE 222 1_555 A N GLN 166 A GLN 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale9 A C ARG 189 A ARG 246 1_555 A N MSE 190 A MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale10 A C MSE 190 A MSE 247 1_555 A N LEU 191 A LEU 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale11 A C TYR 280 A TYR 337 1_555 A N MSE 281 A MSE 338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale12 A C MSE 281 A MSE 338 1_555 A N PRO 282 A PRO 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? covale ? covale13 B C VAL 73 B VAL 130 1_555 B N MSE 74 B MSE 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale14 B C MSE 74 B MSE 131 1_555 B N PHE 75 B PHE 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale15 B C ARG 126 B ARG 183 1_555 B N MSE 127 B MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale16 B C MSE 127 B MSE 184 1_555 B N LEU 128 B LEU 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale17 B C LEU 128 B LEU 185 1_555 B N MSE 129 B MSE 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale18 B C MSE 129 B MSE 186 1_555 B N LEU 130 B LEU 187 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale19 B C TYR 164 B TYR 221 1_555 B N MSE 165 B MSE 222 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale20 B C MSE 165 B MSE 222 1_555 B N GLN 166 B GLN 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? covale ? covale21 B C ARG 189 B ARG 246 1_555 B N MSE 190 B MSE 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale22 B C MSE 190 B MSE 247 1_555 B N LEU 191 B LEU 248 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale23 B C TYR 280 B TYR 337 1_555 B N MSE 281 B MSE 338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? covale ? covale24 B C MSE 281 B MSE 338 1_555 B N PRO 282 B PRO 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? metalc ? metalc1 I NA NA . B NA 1 1_555 B OH TYR 53 B TYR 110 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc2 I NA NA . B NA 1 1_555 B O LYS 143 B LYS 200 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc3 I NA NA . B NA 1 1_555 B O ILE 149 B ILE 206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? metalc ? metalc4 I NA NA . B NA 1 1_555 B OE1 GLN 154 B GLN 211 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? metalc ? metalc5 I NA NA . B NA 1 1_555 G O2 EDO . B EDO 364 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.767 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3GBV _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.02274 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004157 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008388 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 EDO A 1 362 318 EDO EDO . D 2 EDO A 1 363 319 EDO EDO . E 2 EDO B 1 363 321 EDO EDO . F 2 EDO B 1 362 320 EDO EDO . G 2 EDO B 1 364 322 EDO EDO . H 2 EDO B 1 365 323 EDO EDO . I 3 NA B 1 1 1 NA NA . J 4 HOH A 1 2 2 HOH WAT . J 4 HOH A 2 6 6 HOH WAT . J 4 HOH A 3 9 9 HOH WAT . J 4 HOH A 4 18 18 HOH WAT . J 4 HOH A 5 20 20 HOH WAT . J 4 HOH A 6 22 22 HOH WAT . J 4 HOH A 7 24 24 HOH WAT . J 4 HOH A 8 27 27 HOH WAT . J 4 HOH A 9 28 28 HOH WAT . J 4 HOH A 10 31 31 HOH WAT . J 4 HOH A 11 32 32 HOH WAT . J 4 HOH A 12 35 35 HOH WAT . J 4 HOH A 13 36 36 HOH WAT . J 4 HOH A 14 37 37 HOH WAT . J 4 HOH A 15 42 42 HOH WAT . J 4 HOH A 16 43 43 HOH WAT . J 4 HOH A 17 46 46 HOH WAT . J 4 HOH A 18 47 47 HOH WAT . J 4 HOH A 19 49 49 HOH WAT . J 4 HOH A 20 50 50 HOH WAT . J 4 HOH A 21 52 52 HOH WAT . J 4 HOH A 22 54 54 HOH WAT . J 4 HOH A 23 57 57 HOH WAT . J 4 HOH A 24 364 60 HOH WAT . J 4 HOH A 25 365 62 HOH WAT . J 4 HOH A 26 366 63 HOH WAT . J 4 HOH A 27 367 64 HOH WAT . J 4 HOH A 28 368 65 HOH WAT . J 4 HOH A 29 369 67 HOH WAT . J 4 HOH A 30 370 69 HOH WAT . J 4 HOH A 31 371 71 HOH WAT . J 4 HOH A 32 372 72 HOH WAT . J 4 HOH A 33 373 74 HOH WAT . J 4 HOH A 34 374 75 HOH WAT . J 4 HOH A 35 375 77 HOH WAT . J 4 HOH A 36 376 79 HOH WAT . J 4 HOH A 37 377 80 HOH WAT . J 4 HOH A 38 378 82 HOH WAT . J 4 HOH A 39 379 89 HOH WAT . J 4 HOH A 40 380 90 HOH WAT . J 4 HOH A 41 381 92 HOH WAT . J 4 HOH A 42 382 96 HOH WAT . J 4 HOH A 43 383 98 HOH WAT . J 4 HOH A 44 384 99 HOH WAT . J 4 HOH A 45 385 100 HOH WAT . J 4 HOH A 46 386 103 HOH WAT . J 4 HOH A 47 387 106 HOH WAT . J 4 HOH A 48 388 108 HOH WAT . J 4 HOH A 49 389 109 HOH WAT . J 4 HOH A 50 390 112 HOH WAT . J 4 HOH A 51 391 114 HOH WAT . J 4 HOH A 52 392 116 HOH WAT . J 4 HOH A 53 393 117 HOH WAT . J 4 HOH A 54 394 119 HOH WAT . J 4 HOH A 55 395 125 HOH WAT . J 4 HOH A 56 396 129 HOH WAT . J 4 HOH A 57 397 133 HOH WAT . J 4 HOH A 58 398 134 HOH WAT . J 4 HOH A 59 399 136 HOH WAT . J 4 HOH A 60 400 137 HOH WAT . J 4 HOH A 61 401 138 HOH WAT . J 4 HOH A 62 402 139 HOH WAT . J 4 HOH A 63 403 141 HOH WAT . J 4 HOH A 64 404 142 HOH WAT . J 4 HOH A 65 405 143 HOH WAT . J 4 HOH A 66 406 144 HOH WAT . J 4 HOH A 67 407 145 HOH WAT . J 4 HOH A 68 408 146 HOH WAT . J 4 HOH A 69 409 147 HOH WAT . J 4 HOH A 70 410 151 HOH WAT . J 4 HOH A 71 411 152 HOH WAT . J 4 HOH A 72 412 153 HOH WAT . J 4 HOH A 73 413 158 HOH WAT . J 4 HOH A 74 414 161 HOH WAT . J 4 HOH A 75 415 162 HOH WAT . J 4 HOH A 76 416 163 HOH WAT . J 4 HOH A 77 417 167 HOH WAT . J 4 HOH A 78 418 168 HOH WAT . J 4 HOH A 79 419 170 HOH WAT . J 4 HOH A 80 420 171 HOH WAT . J 4 HOH A 81 421 173 HOH WAT . J 4 HOH A 82 422 178 HOH WAT . J 4 HOH A 83 423 179 HOH WAT . J 4 HOH A 84 424 180 HOH WAT . J 4 HOH A 85 425 181 HOH WAT . J 4 HOH A 86 426 184 HOH WAT . J 4 HOH A 87 427 187 HOH WAT . J 4 HOH A 88 428 188 HOH WAT . J 4 HOH A 89 429 196 HOH WAT . J 4 HOH A 90 430 198 HOH WAT . K 4 HOH B 1 3 3 HOH WAT . K 4 HOH B 2 4 4 HOH WAT . K 4 HOH B 3 5 5 HOH WAT . K 4 HOH B 4 7 7 HOH WAT . K 4 HOH B 5 8 8 HOH WAT . K 4 HOH B 6 10 10 HOH WAT . K 4 HOH B 7 11 11 HOH WAT . K 4 HOH B 8 12 12 HOH WAT . K 4 HOH B 9 13 13 HOH WAT . K 4 HOH B 10 14 14 HOH WAT . K 4 HOH B 11 15 15 HOH WAT . K 4 HOH B 12 16 16 HOH WAT . K 4 HOH B 13 17 17 HOH WAT . K 4 HOH B 14 19 19 HOH WAT . K 4 HOH B 15 21 21 HOH WAT . K 4 HOH B 16 23 23 HOH WAT . K 4 HOH B 17 25 25 HOH WAT . K 4 HOH B 18 26 26 HOH WAT . K 4 HOH B 19 29 29 HOH WAT . K 4 HOH B 20 30 30 HOH WAT . K 4 HOH B 21 33 33 HOH WAT . K 4 HOH B 22 34 34 HOH WAT . K 4 HOH B 23 38 38 HOH WAT . K 4 HOH B 24 39 39 HOH WAT . K 4 HOH B 25 40 40 HOH WAT . K 4 HOH B 26 41 41 HOH WAT . K 4 HOH B 27 44 44 HOH WAT . K 4 HOH B 28 45 45 HOH WAT . K 4 HOH B 29 48 48 HOH WAT . K 4 HOH B 30 51 51 HOH WAT . K 4 HOH B 31 53 53 HOH WAT . K 4 HOH B 32 55 55 HOH WAT . K 4 HOH B 33 56 56 HOH WAT . K 4 HOH B 34 366 1 HOH WAT . K 4 HOH B 35 367 58 HOH WAT . K 4 HOH B 36 368 59 HOH WAT . K 4 HOH B 37 369 61 HOH WAT . K 4 HOH B 38 370 66 HOH WAT . K 4 HOH B 39 371 68 HOH WAT . K 4 HOH B 40 372 70 HOH WAT . K 4 HOH B 41 373 73 HOH WAT . K 4 HOH B 42 374 76 HOH WAT . K 4 HOH B 43 375 78 HOH WAT . K 4 HOH B 44 376 81 HOH WAT . K 4 HOH B 45 377 83 HOH WAT . K 4 HOH B 46 378 84 HOH WAT . K 4 HOH B 47 379 85 HOH WAT . K 4 HOH B 48 380 86 HOH WAT . K 4 HOH B 49 381 87 HOH WAT . K 4 HOH B 50 382 88 HOH WAT . K 4 HOH B 51 383 91 HOH WAT . K 4 HOH B 52 384 93 HOH WAT . K 4 HOH B 53 385 94 HOH WAT . K 4 HOH B 54 386 95 HOH WAT . K 4 HOH B 55 387 97 HOH WAT . K 4 HOH B 56 388 101 HOH WAT . K 4 HOH B 57 389 102 HOH WAT . K 4 HOH B 58 390 104 HOH WAT . K 4 HOH B 59 391 105 HOH WAT . K 4 HOH B 60 392 107 HOH WAT . K 4 HOH B 61 393 110 HOH WAT . K 4 HOH B 62 394 111 HOH WAT . K 4 HOH B 63 395 113 HOH WAT . K 4 HOH B 64 396 115 HOH WAT . K 4 HOH B 65 397 118 HOH WAT . K 4 HOH B 66 398 120 HOH WAT . K 4 HOH B 67 399 121 HOH WAT . K 4 HOH B 68 400 122 HOH WAT . K 4 HOH B 69 401 123 HOH WAT . K 4 HOH B 70 402 124 HOH WAT . K 4 HOH B 71 403 126 HOH WAT . K 4 HOH B 72 404 127 HOH WAT . K 4 HOH B 73 405 128 HOH WAT . K 4 HOH B 74 406 130 HOH WAT . K 4 HOH B 75 407 131 HOH WAT . K 4 HOH B 76 408 132 HOH WAT . K 4 HOH B 77 409 135 HOH WAT . K 4 HOH B 78 410 140 HOH WAT . K 4 HOH B 79 411 148 HOH WAT . K 4 HOH B 80 412 149 HOH WAT . K 4 HOH B 81 413 150 HOH WAT . K 4 HOH B 82 414 154 HOH WAT . K 4 HOH B 83 415 155 HOH WAT . K 4 HOH B 84 416 156 HOH WAT . K 4 HOH B 85 417 157 HOH WAT . K 4 HOH B 86 418 159 HOH WAT . K 4 HOH B 87 419 160 HOH WAT . K 4 HOH B 88 420 164 HOH WAT . K 4 HOH B 89 421 165 HOH WAT . K 4 HOH B 90 422 166 HOH WAT . K 4 HOH B 91 423 169 HOH WAT . K 4 HOH B 92 424 172 HOH WAT . K 4 HOH B 93 425 174 HOH WAT . K 4 HOH B 94 426 175 HOH WAT . K 4 HOH B 95 427 176 HOH WAT . K 4 HOH B 96 428 177 HOH WAT . K 4 HOH B 97 429 182 HOH WAT . K 4 HOH B 98 430 183 HOH WAT . K 4 HOH B 99 431 185 HOH WAT . K 4 HOH B 100 432 186 HOH WAT . K 4 HOH B 101 433 189 HOH WAT . K 4 HOH B 102 434 190 HOH WAT . K 4 HOH B 103 435 191 HOH WAT . K 4 HOH B 104 436 192 HOH WAT . K 4 HOH B 105 437 193 HOH WAT . K 4 HOH B 106 438 194 HOH WAT . K 4 HOH B 107 439 195 HOH WAT . K 4 HOH B 108 440 197 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 15.23 _atom_site.Cartn_y 69.158 _atom_site.Cartn_z -7.589 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 32.13 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 1 _atom_site.auth_asym_id B _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 7 _model_server_stats.parse_time_ms 21 _model_server_stats.create_model_time_ms 12 _model_server_stats.query_time_ms 260 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #