data_3GDW
#
_model_server_result.job_id            e-4d-iktuMFCOx8-grl8Tw 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 01:18:14' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3gdw 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"C","auth_seq_id":701}' 
#
_entry.id    3GDW 
#
_exptl.entry_id    3GDW 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              62.068 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            1,2-ETHANEDIOL 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3GDW 
_cell.length_a            43.127 
_cell.length_b            71.418 
_cell.length_c            94.502 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3GDW 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      2 
_struct_asym.id                             C 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C LEU 10 A LEU 550 1_555 A N MSE 11 A MSE 551 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale2 A C MSE 11 A MSE 551 1_555 A N HIS 12 A HIS 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale3 A C SER 19 A SER 559 1_555 A N MSE 20 A MSE 560 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale4 A C MSE 20 A MSE 560 1_555 A N LEU 21 A LEU 561 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale5 A C ALA 35 A ALA 575 1_555 A N MSE 36 A MSE 576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale6 A C MSE 36 A MSE 576 1_555 A N ASN 37 A ASN 577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale7 A C ASN 37 A ASN 577 1_555 A N MSE 38 A MSE 578 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale8 A C MSE 38 A MSE 578 1_555 A N PRO 39 A PRO 579 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale9 A C THR 41 A THR 581 1_555 A N MSE 42 A MSE 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale10 A C MSE 42 A MSE 582 1_555 A N GLU 43 A GLU 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale11 A C THR 46 A THR 586 1_555 A N MSE 47 A MSE 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale12 A C MSE 47 A MSE 587 1_555 A N TYR 48 A TYR 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.346 ? 
covale ? covale13 A C ASP 71 A ASP 611 1_555 A N MSE 72 A MSE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.317 ? 
covale ? covale14 A C MSE 72 A MSE 612 1_555 A N GLY 73 A GLY 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale15 A C ASN 80 A ASN 620 1_555 A N MSE 81 A MSE 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale16 A C MSE 81 A MSE 621 1_555 A N LEU 82 A LEU 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale17 A C THR 94 A THR 634 1_555 A N MSE 95 A MSE 635 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale18 A C THR 94 A THR 634 1_555 A N MSE 95 A MSE 635 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale19 A C MSE 95 A MSE 635 1_555 A N THR 96 A THR 636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale20 A C THR 98 A THR 638 1_555 A N MSE 99 A MSE 639 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale21 A C THR 98 A THR 638 1_555 A N MSE 99 A MSE 639 1_555 ? ? ? ? B ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale22 A C THR 98 A THR 638 1_555 A N MSE 99 A MSE 639 1_555 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale23 A C MSE 99 A MSE 639 1_555 A N ILE 100 A ILE 640 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale24 A C MSE 99 A MSE 639 1_555 A N ILE 100 A ILE 640 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale25 A C MSE 99 A MSE 639 1_555 A N ILE 100 A ILE 640 1_555 ? C ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale26 A C ARG 106 A ARG 646 1_555 A N MSE 107 A MSE 647 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale27 A C ARG 106 A ARG 646 1_555 A N MSE 107 A MSE 647 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale28 A C MSE 107 A MSE 647 1_555 A N ALA 108 A ALA 648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale29 B C LEU 10 B LEU 550 1_555 B N MSE 11 B MSE 551 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale30 B C MSE 11 B MSE 551 1_555 B N HIS 12 B HIS 552 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale31 B C SER 19 B SER 559 1_555 B N MSE 20 B MSE 560 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale32 B C MSE 20 B MSE 560 1_555 B N LEU 21 B LEU 561 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale33 B C ALA 35 B ALA 575 1_555 B N MSE 36 B MSE 576 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale34 B C MSE 36 B MSE 576 1_555 B N ASN 37 B ASN 577 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale35 B C ASN 37 B ASN 577 1_555 B N MSE 38 B MSE 578 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale36 B C MSE 38 B MSE 578 1_555 B N PRO 39 B PRO 579 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.349 ? 
covale ? covale37 B C THR 41 B THR 581 1_555 B N MSE 42 B MSE 582 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale38 B C MSE 42 B MSE 582 1_555 B N GLU 43 B GLU 583 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale39 B C THR 46 B THR 586 1_555 B N MSE 47 B MSE 587 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale40 B C MSE 47 B MSE 587 1_555 B N TYR 48 B TYR 588 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale41 B C ASP 71 B ASP 611 1_555 B N MSE 72 B MSE 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale42 B C MSE 72 B MSE 612 1_555 B N GLY 73 B GLY 613 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? 
covale ? covale43 B C ASN 80 B ASN 620 1_555 B N MSE 81 B MSE 621 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale44 B C MSE 81 B MSE 621 1_555 B N LEU 82 B LEU 622 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale45 B C THR 94 B THR 634 1_555 B N MSE 95 B MSE 635 1_555 ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.339 ? 
covale ? covale46 B C THR 94 B THR 634 1_555 B N MSE 95 B MSE 635 1_555 ? B ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? 
covale ? covale47 B C MSE 95 B MSE 635 1_555 B N THR 96 B THR 636 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale48 B C THR 98 B THR 638 1_555 B N MSE 99 B MSE 639 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale49 B C MSE 99 B MSE 639 1_555 B N ILE 100 B ILE 640 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale50 B C ARG 106 B ARG 646 1_555 B N MSE 107 B MSE 647 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale51 B C MSE 107 B MSE 647 1_555 B N ALA 108 B ALA 648 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
#
_chem_comp.formula           'C2 H6 O2' 
_chem_comp.formula_weight    62.068 
_chem_comp.id                EDO 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              1,2-ETHANEDIOL 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     'ETHYLENE GLYCOL' 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 O1 EDO sing 70 n n 
C1 C2 EDO sing 71 n n 
C1 H11 EDO sing 72 n n 
C1 H12 EDO sing 73 n n 
O1 HO1 EDO sing 74 n n 
C2 O2 EDO sing 75 n n 
C2 H21 EDO sing 76 n n 
C2 H22 EDO sing 77 n n 
O2 HO2 EDO sing 78 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3GDW 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.023187 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.014002 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.010582 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 EDO B 1 701 701 EDO EDO . 
D 3 HOH A 1 1 1 HOH HOH . 
D 3 HOH A 2 2 2 HOH HOH . 
D 3 HOH A 3 3 3 HOH HOH . 
D 3 HOH A 4 4 4 HOH HOH . 
D 3 HOH A 5 6 6 HOH HOH . 
D 3 HOH A 6 8 8 HOH HOH . 
D 3 HOH A 7 11 11 HOH HOH . 
D 3 HOH A 8 13 13 HOH HOH . 
D 3 HOH A 9 17 17 HOH HOH . 
D 3 HOH A 10 19 19 HOH HOH . 
D 3 HOH A 11 21 21 HOH HOH . 
D 3 HOH A 12 24 24 HOH HOH . 
D 3 HOH A 13 25 25 HOH HOH . 
D 3 HOH A 14 26 26 HOH HOH . 
D 3 HOH A 15 27 27 HOH HOH . 
D 3 HOH A 16 28 28 HOH HOH . 
D 3 HOH A 17 29 29 HOH HOH . 
D 3 HOH A 18 30 30 HOH HOH . 
D 3 HOH A 19 32 32 HOH HOH . 
D 3 HOH A 20 33 33 HOH HOH . 
D 3 HOH A 21 34 34 HOH HOH . 
D 3 HOH A 22 36 36 HOH HOH . 
D 3 HOH A 23 37 37 HOH HOH . 
D 3 HOH A 24 40 40 HOH HOH . 
D 3 HOH A 25 44 44 HOH HOH . 
D 3 HOH A 26 45 45 HOH HOH . 
D 3 HOH A 27 46 46 HOH HOH . 
D 3 HOH A 28 47 47 HOH HOH . 
D 3 HOH A 29 48 48 HOH HOH . 
D 3 HOH A 30 51 51 HOH HOH . 
D 3 HOH A 31 60 60 HOH HOH . 
D 3 HOH A 32 61 61 HOH HOH . 
D 3 HOH A 33 62 62 HOH HOH . 
D 3 HOH A 34 63 63 HOH HOH . 
D 3 HOH A 35 64 64 HOH HOH . 
D 3 HOH A 36 65 65 HOH HOH . 
D 3 HOH A 37 66 66 HOH HOH . 
D 3 HOH A 38 67 67 HOH HOH . 
D 3 HOH A 39 68 68 HOH HOH . 
D 3 HOH A 40 69 69 HOH HOH . 
D 3 HOH A 41 70 70 HOH HOH . 
D 3 HOH A 42 71 71 HOH HOH . 
D 3 HOH A 43 74 74 HOH HOH . 
D 3 HOH A 44 77 77 HOH HOH . 
D 3 HOH A 45 78 78 HOH HOH . 
D 3 HOH A 46 79 79 HOH HOH . 
D 3 HOH A 47 82 82 HOH HOH . 
D 3 HOH A 48 83 83 HOH HOH . 
D 3 HOH A 49 84 84 HOH HOH . 
D 3 HOH A 50 86 86 HOH HOH . 
D 3 HOH A 51 87 87 HOH HOH . 
D 3 HOH A 52 88 88 HOH HOH . 
D 3 HOH A 53 89 89 HOH HOH . 
D 3 HOH A 54 90 90 HOH HOH . 
D 3 HOH A 55 92 92 HOH HOH . 
D 3 HOH A 56 94 94 HOH HOH . 
D 3 HOH A 57 95 95 HOH HOH . 
D 3 HOH A 58 101 101 HOH HOH . 
D 3 HOH A 59 105 105 HOH HOH . 
D 3 HOH A 60 106 106 HOH HOH . 
D 3 HOH A 61 107 107 HOH HOH . 
D 3 HOH A 62 109 109 HOH HOH . 
D 3 HOH A 63 111 111 HOH HOH . 
D 3 HOH A 64 116 116 HOH HOH . 
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