data_3GIK # _model_server_result.job_id 792XRZx8rJFPTA3Rb863Iw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-18 14:31:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3gik # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":414}' # _entry.id 3GIK # _exptl.entry_id 3GIK _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 507.181 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3GIK _cell.length_a 99.855 _cell.length_b 112.399 _cell.length_c 52.834 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3GIK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 18 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' DG 12 D DG 12 1_555 B P DOC 13 D DOC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? covale ? covale2 C O3' DC 5 E DC 905 1_555 C P 8OG 6 E 8OG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.583 ? covale ? covale3 C O3' 8OG 6 E 8OG 906 1_555 C P DC 7 E DC 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? metalc ? metalc1 A OD2 ASP 7 A ASP 7 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 7 A ASP 7 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc3 A O PHE 8 A PHE 8 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc4 A OD2 ASP 105 A ASP 105 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 106 A GLU 106 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.877 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 106 A GLU 106 1_555 E CA CA . A CA 415 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.318 ? metalc ? metalc7 A O ALA 181 A ALA 181 1_555 G CA CA . A CA 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.33 ? metalc ? metalc8 A O ILE 186 A ILE 186 1_555 G CA CA . A CA 417 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? metalc ? metalc9 D O1G DGT . A DGT 414 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? metalc ? metalc10 D O1B DGT . A DGT 414 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc11 D O2A DGT . A DGT 414 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? metalc ? metalc12 D O3G DGT . A DGT 414 1_555 F CA CA . A CA 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.198 ? metalc ? metalc13 E CA CA . A CA 415 1_555 H O HOH . A HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc14 E CA CA . A CA 415 1_555 B OP1 DOC 13 D DOC 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.118 ? metalc ? metalc15 E CA CA . A CA 415 1_555 I O HOH . D HOH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.564 ? metalc ? metalc16 G CA CA . A CA 417 1_555 H O HOH . A HOH 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? metalc ? metalc17 G CA CA . A CA 417 1_555 H O HOH . A HOH 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog1 B N2 DG 1 D DG 1 1_555 C O2 DC 18 E DC 918 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 B N3 DT 2 D DT 2 1_555 C N1 DA 17 E DA 917 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 B O4 DT 2 D DT 2 1_555 C N6 DA 17 E DA 917 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DT-DA PAIR' hydrog4 B O4 DT 3 D DT 3 1_555 C N6 DA 16 E DA 916 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 B N1 DG 4 D DG 4 1_555 C N3 DC 15 E DC 915 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 B N2 DG 4 D DG 4 1_555 C O2 DC 15 E DC 915 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 B O6 DG 4 D DG 4 1_555 C N4 DC 15 E DC 915 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog8 B N1 DG 5 D DG 5 1_555 C N3 DC 14 E DC 914 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog9 B N2 DG 5 D DG 5 1_555 C O2 DC 15 E DC 915 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog10 B N1 DA 6 D DA 6 1_555 C N3 DT 13 E DT 913 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 B N3 DT 7 D DT 7 1_555 C N1 DA 12 E DA 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 B O4 DT 7 D DT 7 1_555 C N6 DA 12 E DA 912 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 B N1 DG 8 D DG 8 1_555 C N3 DC 11 E DC 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 B N2 DG 8 D DG 8 1_555 C O2 DC 11 E DC 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 B O6 DG 8 D DG 8 1_555 C N4 DC 11 E DC 911 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 B N1 DG 9 D DG 9 1_555 C N3 DC 10 E DC 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 B N2 DG 9 D DG 9 1_555 C O2 DC 10 E DC 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 B O6 DG 9 D DG 9 1_555 C N4 DC 10 E DC 910 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 B N3 DT 10 D DT 10 1_555 C N1 DA 9 E DA 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 B O4 DT 10 D DT 10 1_555 C N6 DA 9 E DA 909 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 B N1 DA 11 D DA 11 1_555 C N3 DT 8 E DT 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 B N6 DA 11 D DA 11 1_555 C O4 DT 8 E DT 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 B N1 DG 12 D DG 12 1_555 C N3 DC 7 E DC 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 B N2 DG 12 D DG 12 1_555 C O2 DC 7 E DC 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 B O6 DG 12 D DG 12 1_555 C N4 DC 7 E DC 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C10 H16 N5 O13 P3' _chem_comp.formula_weight 507.181 _chem_comp.id DGT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PG O1G DGT sing 235 n n PG O2G DGT sing 236 n n O1G HO1G DGT sing 237 n n O2G HO2G DGT sing 238 n n O3G PG DGT doub 239 n n O3B PG DGT sing 240 n n PB O3B DGT sing 241 n n PB O1B DGT sing 242 n n PB O3A DGT sing 243 n n O1B HO1B DGT sing 244 n n O2B PB DGT doub 245 n n PA O3A DGT sing 246 n n PA O1A DGT sing 247 n n O1A HO1A DGT sing 248 n n O2A PA DGT doub 249 n n O5' PA DGT sing 250 n n O5' C5' DGT sing 251 n n C5' H5' DGT sing 252 n n C5' "H5'A" DGT sing 253 n n C4' C5' DGT sing 254 n n C4' H4' DGT sing 255 n n O4' C4' DGT sing 256 n n C3' C4' DGT sing 257 n n C3' O3' DGT sing 258 n n C3' H3' DGT sing 259 n n O3' HO3' DGT sing 260 n n C2' C3' DGT sing 261 n n C2' C1' DGT sing 262 n n C2' H2' DGT sing 263 n n C2' "H2'A" DGT sing 264 n n C1' O4' DGT sing 265 n n C1' H1' DGT sing 266 n n N9 C1' DGT sing 267 n n N9 C4 DGT sing 268 n y C8 N9 DGT sing 269 n y C8 H8 DGT sing 270 n n N7 C8 DGT doub 271 n y N7 C5 DGT sing 272 n y C5 C6 DGT sing 273 n n C5 C4 DGT doub 274 n y C6 N1 DGT sing 275 n n O6 C6 DGT doub 276 n n N1 C2 DGT sing 277 n n C2 N3 DGT doub 278 n n C2 N2 DGT sing 279 n n N2 HN2 DGT sing 280 n n N2 HN2A DGT sing 281 n n C4 N3 DGT sing 282 n n N1 H16 DGT sing 283 n n # _atom_sites.entry_id 3GIK _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010015 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.008897 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.018927 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 DGT A 1 414 414 DGT DGT . E 5 CA A 1 415 415 CA CA . F 5 CA A 1 416 416 CA CA . G 5 CA A 1 417 417 CA CA . H 6 HOH A 1 502 502 HOH HOH . H 6 HOH A 2 504 504 HOH HOH . H 6 HOH A 3 505 505 HOH HOH . H 6 HOH A 4 506 506 HOH HOH . H 6 HOH A 5 512 512 HOH HOH . H 6 HOH A 6 518 518 HOH HOH . H 6 HOH A 7 519 519 HOH HOH . H 6 HOH A 8 520 520 HOH HOH . H 6 HOH A 9 522 522 HOH HOH . H 6 HOH A 10 523 523 HOH HOH . H 6 HOH A 11 529 529 HOH HOH . H 6 HOH A 12 531 531 HOH HOH . H 6 HOH A 13 539 539 HOH HOH . I 6 HOH D 1 503 503 HOH HOH . I 6 HOH D 2 537 537 HOH HOH . J 6 HOH E 1 513 513 HOH HOH . J 6 HOH E 2 528 528 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PG DGT . . . D 4 26.482 22.237 1.547 1 50.47 ? PG DGT 414 A 1 HETATM 2 O O1G DGT . . . D 4 26.942 23.158 2.698 1 48.28 ? O1G DGT 414 A 1 HETATM 3 O O2G DGT . . . D 4 26.178 22.888 0.178 1 48.06 ? O2G DGT 414 A 1 HETATM 4 O O3G DGT . . . D 4 25.039 22.62 1.936 1 50.41 ? O3G DGT 414 A 1 HETATM 5 O O3B DGT . . . D 4 26.019 20.706 1.922 1 44.05 ? O3B DGT 414 A 1 HETATM 6 P PB DGT . . . D 4 26.532 20.316 3.392 1 39.12 ? PB DGT 414 A 1 HETATM 7 O O1B DGT . . . D 4 26.83 21.541 4.185 1 44.2 ? O1B DGT 414 A 1 HETATM 8 O O2B DGT . . . D 4 27.839 19.559 3.317 1 40.84 ? O2B DGT 414 A 1 HETATM 9 O O3A DGT . . . D 4 25.43 19.458 4.151 1 38.62 ? O3A DGT 414 A 1 HETATM 10 P PA DGT . . . D 4 24.753 20.19 5.416 1 38.08 ? PA DGT 414 A 1 HETATM 11 O O1A DGT . . . D 4 23.236 20.107 5.248 1 37.4 ? O1A DGT 414 A 1 HETATM 12 O O2A DGT . . . D 4 25.179 21.621 5.529 1 41.84 ? O2A DGT 414 A 1 HETATM 13 O O5' DGT . . . D 4 25.227 19.433 6.77 1 35.79 ? O5' DGT 414 A 1 HETATM 14 C C5' DGT . . . D 4 26.367 19.961 7.472 1 32.74 ? C5' DGT 414 A 1 HETATM 15 C C4' DGT . . . D 4 27.569 19.019 7.562 1 28.92 ? C4' DGT 414 A 1 HETATM 16 O O4' DGT . . . D 4 27.332 18.008 8.551 1 28.52 ? O4' DGT 414 A 1 HETATM 17 C C3' DGT . . . D 4 27.821 18.298 6.265 1 28.12 ? C3' DGT 414 A 1 HETATM 18 O O3' DGT . . . D 4 28.877 18.915 5.538 1 26.73 ? O3' DGT 414 A 1 HETATM 19 C C2' DGT . . . D 4 28.141 16.872 6.665 1 27.67 ? C2' DGT 414 A 1 HETATM 20 C C1' DGT . . . D 4 27.499 16.698 8.028 1 27.57 ? C1' DGT 414 A 1 HETATM 21 N N9 DGT . . . D 4 26.234 15.984 7.811 1 29.55 ? N9 DGT 414 A 1 HETATM 22 C C8 DGT . . . D 4 25.062 16.446 7.233 1 30.87 ? C8 DGT 414 A 1 HETATM 23 N N7 DGT . . . D 4 24.094 15.552 7.17 1 30.25 ? N7 DGT 414 A 1 HETATM 24 C C5 DGT . . . D 4 24.662 14.426 7.733 1 29.44 ? C5 DGT 414 A 1 HETATM 25 C C6 DGT . . . D 4 24.132 13.143 7.933 1 29.11 ? C6 DGT 414 A 1 HETATM 26 O O6 DGT . . . D 4 23.022 12.691 7.669 1 27.01 ? O6 DGT 414 A 1 HETATM 27 N N1 DGT . . . D 4 25.06 12.308 8.532 1 30.28 ? N1 DGT 414 A 1 HETATM 28 C C2 DGT . . . D 4 26.323 12.613 8.916 1 28.36 ? C2 DGT 414 A 1 HETATM 29 N N2 DGT . . . D 4 26.994 11.625 9.466 1 30.15 ? N2 DGT 414 A 1 HETATM 30 N N3 DGT . . . D 4 26.837 13.811 8.738 1 29.19 ? N3 DGT 414 A 1 HETATM 31 C C4 DGT . . . D 4 25.968 14.665 8.134 1 30.21 ? C4 DGT 414 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 18 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 3 _model_server_stats.query_time_ms 304 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 31 #