data_3GS5 # _model_server_result.job_id cfOGovPwuHbm-PqtYu9zaw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 09:28:16' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3gs5 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"E","auth_seq_id":28}' # _entry.id 3GS5 # _exptl.entry_id 3GS5 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3GS5 _cell.length_a 93.83 _cell.length_b 93.83 _cell.length_c 132.09 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3GS5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 5 _struct_asym.id E _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' G 25 A G 25 1_555 C P S9L . A S9L 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? covale ? covale2 C O3' S9L . A S9L 26 1_555 B P G 1 C G 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 C 2 A C 2 1_555 A N1 G 25 A G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 C 2 A C 2 1_555 A O6 G 25 A G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 C 2 A C 2 1_555 A N2 G 25 A G 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 C 3 A C 3 1_555 A N1 G 24 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 C 3 A C 3 1_555 A O6 G 24 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 C 3 A C 3 1_555 A N2 G 24 A G 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N3 C 4 A C 4 1_555 A N1 G 23 A G 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N4 C 4 A C 4 1_555 A O6 G 23 A G 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O2 C 4 A C 4 1_555 A N2 G 23 A G 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog10 A N3 A 5 A A 5 1_555 A N6 A 21 A A 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog11 A N3 A 5 A A 5 1_555 A N6 A 22 A A 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 G 6 A G 6 1_555 B N3 C 11 C C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N2 G 6 A G 6 1_555 B O2 C 11 C C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O6 G 6 A G 6 1_555 B N4 C 11 C C 37 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog15 A O4 U 7 A U 7 1_555 A N2 G 20 A G 20 1_555 ? ? ? ? A ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog16 A N4 C 8 A C 8 1_555 A N1 A 19 A A 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N3 C 9 A C 9 1_555 A N1 G 18 A G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N4 C 9 A C 9 1_555 A O6 G 18 A G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A O2 C 9 A C 9 1_555 A N2 G 18 A G 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N1 A 10 A A 10 1_555 A N3 U 17 A U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N6 A 10 A A 10 1_555 A O4 U 17 A U 17 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N3 C 11 A C 11 1_555 A N1 G 16 A G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N4 C 11 A C 11 1_555 A O6 G 16 A G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O2 C 11 A C 11 1_555 A N2 G 16 A G 16 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N3 C 12 A C 12 1_555 A N1 G 15 A G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N4 C 12 A C 12 1_555 A O6 G 15 A G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A O2 C 12 A C 12 1_555 A N2 G 15 A G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N1 G 13 A G 13 1_555 A N3 C 14 A C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N2 G 13 A G 13 1_555 A O2 C 14 A C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A O6 G 13 A G 13 1_555 A N4 C 14 A C 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B N1 G 1 C G 27 1_555 B N3 C 36 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N2 G 1 C G 27 1_555 B O2 C 36 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B O6 G 1 C G 27 1_555 B N4 C 36 C C 62 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B N1 G 2 C G 28 1_555 B N3 C 35 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N2 G 2 C G 28 1_555 B O2 C 35 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B O6 G 2 C G 28 1_555 B N4 C 35 C C 61 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B N3 C 3 C C 29 1_555 B N1 G 34 C G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N4 C 3 C C 29 1_555 B O6 G 34 C G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B O2 C 3 C C 29 1_555 B N2 G 34 C G 60 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 B N1 A 4 C A 30 1_555 B N3 U 33 C U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 B N6 A 4 C A 30 1_555 B O4 U 33 C U 59 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 B N1 G 5 C G 31 1_555 B N3 C 32 C C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 B N2 G 5 C G 31 1_555 B O2 C 32 C C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 B O6 G 5 C G 31 1_555 B N4 C 32 C C 58 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog45 B N1 A 6 C A 32 1_555 B N4 C 31 C C 57 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog46 B N2 G 7 C G 33 1_555 B N7 A 30 C A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog47 B N3 G 7 C G 33 1_555 B N6 A 30 C A 56 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog48 B N6 A 8 C A 34 1_555 B O2 U 28 C U 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog49 B N7 A 8 C A 34 1_555 B N3 U 28 C U 54 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog50 B N6 A 9 C A 35 1_555 B N1 A 27 C A 53 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog51 B N6 A 10 C A 36 1_555 B N7 A 25 C A 51 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog52 B N1 A 12 C A 38 1_555 B N1 G 23 C G 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog53 B N6 A 12 C A 38 1_555 B O6 G 23 C G 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 B N3 C 13 C C 39 1_555 B N1 G 22 C G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 B N4 C 13 C C 39 1_555 B O6 G 22 C G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 B O2 C 13 C C 39 1_555 B N2 G 22 C G 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 B N1 A 14 C A 40 1_555 B N3 U 21 C U 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 B N6 A 14 C A 40 1_555 B O4 U 21 C U 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 B N3 C 15 C C 41 1_555 B N1 G 20 C G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 B N4 C 15 C C 41 1_555 B O6 G 20 C G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 B O2 C 15 C C 41 1_555 B N2 G 20 C G 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 B N1 G 16 C G 42 1_555 B N3 C 19 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 B N2 G 16 C G 42 1_555 B O2 C 19 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 B O6 G 16 C G 42 1_555 B N4 C 19 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 B N1 A 17 C A 43 1_555 B N3 U 18 C U 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 B N6 A 17 C A 43 1_555 B O4 U 18 C U 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 168 n n S O2 SO4 doub 169 n n S O3 SO4 sing 170 n n S O4 SO4 sing 171 n n # _atom_sites.entry_id 3GS5 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010658 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006153 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012306 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007571 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 3 S9L A 1 26 26 S9L S9L . D 4 NCO A 1 27 2 NCO NCO . E 5 SO4 A 1 28 23 SO4 SO4 . F 4 NCO C 1 1 1 NCO NCO . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S SO4 . . . E 5 40.387 26.718 57.524 1 150.32 ? S SO4 28 A 1 HETATM 2 O O1 SO4 . . . E 5 41.611 25.901 57.624 1 148.76 ? O1 SO4 28 A 1 HETATM 3 O O2 SO4 . . . E 5 40.537 27.653 56.394 1 149.7 ? O2 SO4 28 A 1 HETATM 4 O O3 SO4 . . . E 5 39.223 25.836 57.3 1 149.52 ? O3 SO4 28 A 1 HETATM 5 O O4 SO4 . . . E 5 40.187 27.485 58.771 1 150.23 ? O4 SO4 28 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 12 _model_server_stats.query_time_ms 288 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 5 #