data_3GYX
#
_model_server_result.job_id            dIJ8AyelntzKpZbt_n9fuQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-03-06 08:47:59' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3gyx 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"U","auth_seq_id":2000}' 
#
_entry.id    3GYX 
#
_exptl.entry_id    3GYX 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              351.64 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    12 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            3GYX 
_cell.length_a            199.629 
_cell.length_b            199.629 
_cell.length_c            317.422 
_cell.Z_PDB               36 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3GYX 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        152 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 31 2 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 5 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 6 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,M,N,O,EA,FA 1 1 
C,D,P,Q,R,GA,HA 2 1 
E,F,S,T,U,IA,JA 3 1 
G,H,V,W,X,KA,LA 4 1 
I,J,Y,Z,AA,MA,NA 5 1 
K,L,BA,CA,DA,OA,PA 6 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 4 N N N 
? 4 O N N 
? 4 Q N N 
? 4 R N N 
? 4 T N N 
? 4 U N N 
? 4 W N N 
? 4 X N N 
? 4 Z N N 
? 4 AA N N 
? 4 CA N N 
? 4 DA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 B SG CYS 155 B CYS 156 1_555 B SG CYS 161 B CYS 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf2 D SG CYS 155 D CYS 156 1_555 D SG CYS 161 D CYS 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf3 F SG CYS 155 F CYS 156 1_555 F SG CYS 161 F CYS 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? 
disulf ? disulf4 H SG CYS 155 H CYS 156 1_555 H SG CYS 161 H CYS 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? 
disulf ? disulf5 J SG CYS 155 J CYS 156 1_555 J SG CYS 161 J CYS 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
disulf ? disulf6 L SG CYS 155 L CYS 156 1_555 L SG CYS 161 L CYS 162 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? 
metalc ? metalc1 B SG CYS 9 B CYS 10 1_555 O FE4 SF4 . B SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc2 B SG CYS 20 B CYS 21 1_555 O FE3 SF4 . B SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc3 B SG CYS 24 B CYS 25 1_555 N FE4 SF4 . B SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc4 B SG CYS 46 B CYS 47 1_555 N FE1 SF4 . B SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 49 B CYS 50 1_555 N FE3 SF4 . B SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 52 B CYS 53 1_555 N FE2 SF4 . B SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 56 B CYS 57 1_555 O FE1 SF4 . B SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.365 ? 
metalc ? metalc8 D SG CYS 9 D CYS 10 1_555 R FE4 SF4 . D SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc9 D SG CYS 12 D CYS 13 1_555 R FE2 SF4 . D SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc10 D SG CYS 20 D CYS 21 1_555 R FE3 SF4 . D SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc11 D SG CYS 24 D CYS 25 1_555 Q FE4 SF4 . D SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc12 D SG CYS 46 D CYS 47 1_555 Q FE1 SF4 . D SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc13 D SG CYS 49 D CYS 50 1_555 Q FE3 SF4 . D SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? 
metalc ? metalc14 D SG CYS 52 D CYS 53 1_555 Q FE2 SF4 . D SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc15 D SG CYS 56 D CYS 57 1_555 R FE1 SF4 . D SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc16 F SG CYS 9 F CYS 10 1_555 U FE4 SF4 . F SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc17 F SG CYS 12 F CYS 13 1_555 U FE2 SF4 . F SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? 
metalc ? metalc18 F SG CYS 20 F CYS 21 1_555 U FE3 SF4 . F SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc19 F SG CYS 24 F CYS 25 1_555 T FE4 SF4 . F SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.275 ? 
metalc ? metalc20 F SG CYS 46 F CYS 47 1_555 T FE1 SF4 . F SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc21 F SG CYS 49 F CYS 50 1_555 T FE3 SF4 . F SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc22 F SG CYS 52 F CYS 53 1_555 T FE2 SF4 . F SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc23 F SG CYS 56 F CYS 57 1_555 U FE1 SF4 . F SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? 
metalc ? metalc24 H SG CYS 9 H CYS 10 1_555 X FE4 SF4 . H SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc25 H SG CYS 12 H CYS 13 1_555 X FE2 SF4 . H SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? 
metalc ? metalc26 H SG CYS 20 H CYS 21 1_555 X FE3 SF4 . H SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc27 H SG CYS 24 H CYS 25 1_555 W FE4 SF4 . H SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc28 H SG CYS 46 H CYS 47 1_555 W FE1 SF4 . H SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc29 H SG CYS 49 H CYS 50 1_555 W FE3 SF4 . H SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc30 H SG CYS 52 H CYS 53 1_555 W FE2 SF4 . H SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? 
metalc ? metalc31 H SG CYS 56 H CYS 57 1_555 X FE1 SF4 . H SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc32 J SG CYS 9 J CYS 10 1_555 AA FE4 SF4 . J SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc33 J SG CYS 12 J CYS 13 1_555 AA FE2 SF4 . J SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc34 J SG CYS 20 J CYS 21 1_555 AA FE3 SF4 . J SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc35 J SG CYS 24 J CYS 25 1_555 Z FE4 SF4 . J SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? 
metalc ? metalc36 J SG CYS 46 J CYS 47 1_555 Z FE1 SF4 . J SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? 
metalc ? metalc37 J SG CYS 49 J CYS 50 1_555 Z FE3 SF4 . J SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc38 J SG CYS 52 J CYS 53 1_555 Z FE2 SF4 . J SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? 
metalc ? metalc39 J SG CYS 56 J CYS 57 1_555 AA FE1 SF4 . J SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc40 L SG CYS 9 L CYS 10 1_555 DA FE4 SF4 . L SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc41 L SG CYS 12 L CYS 13 1_555 DA FE2 SF4 . L SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc42 L SG CYS 20 L CYS 21 1_555 DA FE3 SF4 . L SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc43 L SG CYS 24 L CYS 25 1_555 CA FE4 SF4 . L SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? 
metalc ? metalc44 L SG CYS 46 L CYS 47 1_555 CA FE1 SF4 . L SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc45 L SG CYS 49 L CYS 50 1_555 CA FE3 SF4 . L SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc46 L SG CYS 52 L CYS 53 1_555 CA FE2 SF4 . L SF4 1000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? 
metalc ? metalc47 L SG CYS 56 L CYS 57 1_555 DA FE1 SF4 . L SF4 2000 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe4 S4' 
_chem_comp.formula_weight    351.64 
_chem_comp.id                SF4 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IRON/SULFUR CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S2 SF4 sing 381 n n 
FE1 S3 SF4 sing 382 n n 
FE1 S4 SF4 sing 383 n n 
FE2 S1 SF4 sing 384 n n 
FE2 S3 SF4 sing 385 n n 
FE2 S4 SF4 sing 386 n n 
FE3 S1 SF4 sing 387 n n 
FE3 S2 SF4 sing 388 n n 
FE3 S4 SF4 sing 389 n n 
FE4 S1 SF4 sing 390 n n 
FE4 S2 SF4 sing 391 n n 
FE4 S3 SF4 sing 392 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3GYX 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005009 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.002892 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.005784 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00315 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
M 3 FAD A 1 1000 1000 FAD FAD . 
N 4 SF4 B 1 1000 1000 SF4 FS4 . 
O 4 SF4 B 1 2000 2000 SF4 FS4 . 
P 3 FAD C 1 1000 1000 FAD FAD . 
Q 4 SF4 D 1 1000 1000 SF4 FS4 . 
R 4 SF4 D 1 2000 2000 SF4 FS4 . 
S 3 FAD E 1 1000 1000 FAD FAD . 
T 4 SF4 F 1 1000 1000 SF4 FS4 . 
U 4 SF4 F 1 2000 2000 SF4 FS4 . 
V 3 FAD G 1 1000 1000 FAD FAD . 
W 4 SF4 H 1 1000 1000 SF4 FS4 . 
X 4 SF4 H 1 2000 2000 SF4 FS4 . 
Y 3 FAD I 1 1000 1000 FAD FAD . 
Z 4 SF4 J 1 1000 1000 SF4 FS4 . 
AA 4 SF4 J 1 2000 2000 SF4 FS4 . 
BA 3 FAD K 1 1000 1000 FAD FAD . 
CA 4 SF4 L 1 1000 1000 SF4 FS4 . 
DA 4 SF4 L 1 2000 2000 SF4 FS4 . 
EA 5 HOH A 1 665 115 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 2 666 366 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 3 667 376 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 4 668 388 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 5 669 467 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 6 670 662 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 7 723 723 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 8 828 828 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 9 928 928 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 10 1013 1013 HOH HOH . 
EA 5 HOH A 11 1123 1123 HOH HOH . 
FA 5 HOH B 1 993 993 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 1 665 39 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 2 666 77 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 3 667 112 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 4 668 283 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 5 669 318 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 6 670 404 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 7 671 529 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 8 672 630 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 9 1071 1071 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 10 1130 1130 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 11 1140 1140 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 12 1308 1308 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 13 1690 1690 HOH HOH . 
GA 5 HOH C 14 1826 1826 HOH HOH . 
HA 5 HOH D 1 424 424 HOH HOH . 
HA 5 HOH D 2 1028 1028 HOH HOH . 
HA 5 HOH D 3 1032 1032 HOH HOH . 
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IA 5 HOH E 2 666 160 HOH HOH . 
IA 5 HOH E 3 667 167 HOH HOH . 
IA 5 HOH E 4 668 228 HOH HOH . 
IA 5 HOH E 5 669 296 HOH HOH . 
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IA 5 HOH E 7 671 530 HOH HOH . 
IA 5 HOH E 8 672 603 HOH HOH . 
IA 5 HOH E 9 800 800 HOH HOH . 
IA 5 HOH E 10 860 860 HOH HOH . 
IA 5 HOH E 11 1114 1114 HOH HOH . 
IA 5 HOH E 12 1316 1316 HOH HOH . 
JA 5 HOH F 1 175 175 HOH HOH . 
JA 5 HOH F 2 733 733 HOH HOH . 
JA 5 HOH F 3 1242 1242 HOH HOH . 
KA 5 HOH G 1 665 65 HOH HOH . 
KA 5 HOH G 2 666 340 HOH HOH . 
KA 5 HOH G 3 667 517 HOH HOH . 
KA 5 HOH G 4 668 637 HOH HOH . 
KA 5 HOH G 5 986 986 HOH HOH . 
KA 5 HOH G 6 1043 1043 HOH HOH . 
LA 5 HOH H 1 168 36 HOH HOH . 
LA 5 HOH H 2 221 221 HOH HOH . 
LA 5 HOH H 3 421 421 HOH HOH . 
LA 5 HOH H 4 810 810 HOH HOH . 
LA 5 HOH H 5 1098 1098 HOH HOH . 
MA 5 HOH I 1 665 612 HOH HOH . 
MA 5 HOH I 2 666 614 HOH HOH . 
NA 5 HOH J 1 216 216 HOH HOH . 
NA 5 HOH J 2 275 275 HOH HOH . 
NA 5 HOH J 3 1164 1164 HOH HOH . 
OA 5 HOH K 1 665 78 HOH HOH . 
OA 5 HOH K 2 666 177 HOH HOH . 
OA 5 HOH K 3 667 281 HOH HOH . 
OA 5 HOH K 4 668 314 HOH HOH . 
OA 5 HOH K 5 669 321 HOH HOH . 
OA 5 HOH K 6 670 393 HOH HOH . 
OA 5 HOH K 7 1416 1416 HOH HOH . 
PA 5 HOH L 1 435 435 HOH HOH . 
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