data_3H32 # _model_server_result.job_id ee4eFEjwz9eFHtIhX3ibYg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 01:19:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3h32 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":501}' # _entry.id 3H32 # _exptl.entry_id 3H32 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 6 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 122.78 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3H32 _cell.length_a 264.72 _cell.length_b 97.32 _cell.length_c 132.49 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3H32 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 6 K N N ? 6 L N N ? 6 M N N ? 6 N N N # _pdbx_entity_branch.entity_id 5 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 5 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 5 3 2 MAN NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 5 4 3 MAN MAN C1 O1 . O3 HO3 . sing 4 ? 5 5 4 NAG MAN C1 O1 . O2 HO2 . sing 5 ? 5 6 5 GAL NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 6 ? 5 7 6 SIA GAL C2 O2 . O6 HO6 . sing 7 ? 5 8 3 MAN MAN C1 O1 . O6 HO6 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 5 n I NAG 1 G 1 NAG G 470 NAG 5 n I NAG 2 G 2 NAG G 471 NAG 5 n I MAN 3 G 3 MAN G 472 MAN 5 n I MAN 4 G 4 MAN G 474 MAN 5 n I NAG 5 G 5 NAG G 477 NAG 5 n I GAL 6 G 6 GAL G 478 GAL 5 n I SIA 7 G 7 SIA G 479 SIA 5 n I MAN 8 G 8 MAN G 473 MAN 5 n J NAG 1 H 1 NAG H 470 NAG 5 n J NAG 2 H 2 NAG H 471 NAG 5 n J MAN 3 H 3 MAN H 472 MAN 5 n J MAN 4 H 4 MAN H 474 MAN 5 n J NAG 5 H 5 NAG H 477 NAG 5 n J GAL 6 H 6 GAL H 478 GAL 5 n J SIA 7 H 7 SIA H 479 SIA 5 n J MAN 8 H 8 MAN H 473 MAN # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 161 A CYS 161 1_555 A SG CYS 165 A CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 161 A CYS 161 1_555 B SG CYS 193 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 161 A CYS 161 1_555 C SG CYS 41 C CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.915 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 165 A CYS 165 1_555 B SG CYS 193 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 165 A CYS 165 1_555 C SG CYS 41 C CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 193 B CYS 193 1_555 C SG CYS 41 C CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.157 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 197 B CYS 197 1_555 C SG CYS 45 C CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 201 B CYS 201 1_555 B SG CYS 286 B CYS 286 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.045 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 211 B CYS 211 1_555 B SG CYS 240 B CYS 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.009 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 394 B CYS 394 1_555 B SG CYS 407 B CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 59 C CYS 153 1_555 C SG CYS 88 C CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 232 C CYS 326 1_555 C SG CYS 245 C CYS 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? disulf ? disulf13 D SG CYS 161 D CYS 161 1_555 D SG CYS 165 D CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? disulf ? disulf14 D SG CYS 161 D CYS 161 1_555 F SG CYS 41 F CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? disulf ? disulf15 D SG CYS 165 D CYS 165 1_555 E SG CYS 193 E CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf16 D SG CYS 165 D CYS 165 1_555 F SG CYS 41 F CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? disulf ? disulf17 E SG CYS 193 E CYS 193 1_555 F SG CYS 41 F CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? disulf ? disulf18 E SG CYS 197 E CYS 197 1_555 F SG CYS 45 F CYS 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? disulf ? disulf19 E SG CYS 201 E CYS 201 1_555 E SG CYS 286 E CYS 286 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? disulf ? disulf20 E SG CYS 211 E CYS 211 1_555 E SG CYS 240 E CYS 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf21 E SG CYS 394 E CYS 394 1_555 E SG CYS 407 E CYS 407 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf22 F SG CYS 59 F CYS 153 1_555 F SG CYS 88 F CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? disulf ? disulf23 F SG CYS 232 F CYS 326 1_555 F SG CYS 245 F CYS 339 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? covale ? covale1 B ND2 ASN 364 B ASN 364 1_555 I C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? covale ? covale2 E ND2 ASN 364 E ASN 364 1_555 J C1 NAG . H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.46 ? covale ? covale3 I O4 NAG . G NAG 1 1_555 I C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.389 ? covale ? covale4 I O4 NAG . G NAG 2 1_555 I C1 MAN . G MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? covale ? covale5 I O3 MAN . G MAN 3 1_555 I C1 MAN . G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.416 ? covale ? covale6 I O6 MAN . G MAN 3 1_555 I C1 MAN . G MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.409 ? covale ? covale7 I O2 MAN . G MAN 4 1_555 I C1 NAG . G NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? covale ? covale8 I O4 NAG . G NAG 5 1_555 I C1 GAL . G GAL 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.391 ? covale ? covale9 I O6 GAL . G GAL 6 1_555 I C2 SIA . G SIA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.402 ? covale ? covale10 J O4 NAG . H NAG 1 1_555 J C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.387 ? covale ? covale11 J O4 NAG . H NAG 2 1_555 J C1 MAN . H MAN 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.401 ? covale ? covale12 J O3 MAN . H MAN 3 1_555 J C1 MAN . H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? covale ? covale13 J O6 MAN . H MAN 3 1_555 J C1 MAN . H MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? covale ? covale14 J O2 MAN . H MAN 4 1_555 J C1 NAG . H NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.396 ? covale ? covale15 J O4 NAG . H NAG 5 1_555 J C1 GAL . H GAL 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.407 ? covale ? covale16 J O6 GAL . H GAL 6 1_555 J C2 SIA . H SIA 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.415 ? metalc ? metalc1 B OD1 ASP 381 B ASP 381 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? metalc ? metalc2 B OD1 ASP 383 B ASP 383 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.203 ? metalc ? metalc3 B O TRP 385 B TRP 385 1_555 K CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.05 ? metalc ? metalc4 C OD1 ASP 224 C ASP 318 1_555 L CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.693 ? metalc ? metalc5 C OD2 ASP 226 C ASP 320 1_555 L CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc6 C O GLU 229 C GLU 323 1_555 L CA CA . C CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.213 ? metalc ? metalc7 E OD1 ASP 381 E ASP 381 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc8 E OD1 ASP 383 E ASP 383 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? metalc ? metalc9 E OD2 ASP 383 E ASP 383 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.999 ? metalc ? metalc10 E O TRP 385 E TRP 385 1_555 M CA CA . E CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc11 F O GLU 229 F GLU 323 1_555 N CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.775 ? metalc ? metalc12 F N GLY 230 F GLY 324 1_555 N CA CA . F CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3H32 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.003778 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002433 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010275 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008977 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code K 6 CA B 1 502 2 CA CA . L 6 CA C 1 501 1 CA CA . M 6 CA E 1 502 2 CA CA . N 6 CA F 1 501 1 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id N _atom_site.label_entity_id 6 _atom_site.Cartn_x 170.969 _atom_site.Cartn_y 72.029 _atom_site.Cartn_z 37.031 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 108.63 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 501 _atom_site.auth_asym_id F _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 0 _model_server_stats.parse_time_ms 11 _model_server_stats.create_model_time_ms 14 _model_server_stats.query_time_ms 280 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #