data_3HBF # _model_server_result.job_id eBHUMIHeDktTJwhrdN5yTg _model_server_result.datetime_utc '2025-06-30 04:42:53' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3hbf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":900}' # _entry.id 3HBF # _exptl.entry_id 3HBF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 404.161 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 96.25 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3HBF _cell.length_a 49.166 _cell.length_b 77.581 _cell.length_c 59.554 _cell.Z_PDB 2 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3HBF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C9 H14 N2 O12 P2' _chem_comp.formula_weight 404.161 _chem_comp.id UDP _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "URIDINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type 'rna linking' _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1 C2 UDP sing 393 n n N1 C6 UDP sing 394 n n N1 C1' UDP sing 395 n n C2 N3 UDP sing 396 n n C2 O2 UDP doub 397 n n N3 C4 UDP sing 398 n n N3 HN3 UDP sing 399 n n C4 C5 UDP sing 400 n n C4 O4 UDP doub 401 n n C5 C6 UDP doub 402 n n C5 H5 UDP sing 403 n n C6 H6 UDP sing 404 n n C1' C2' UDP sing 405 n n C1' O4' UDP sing 406 n n C1' H1' UDP sing 407 n n C2' O2' UDP sing 408 n n C2' C3' UDP sing 409 n n C2' H2' UDP sing 410 n n O2' HO2' UDP sing 411 n n C3' C4' UDP sing 412 n n C3' O3' UDP sing 413 n n C3' H3' UDP sing 414 n n C4' O4' UDP sing 415 n n C4' C5' UDP sing 416 n n C4' H4' UDP sing 417 n n O3' HO3' UDP sing 418 n n C5' O5' UDP sing 419 n n C5' "H5'1" UDP sing 420 n n C5' "H5'2" UDP sing 421 n n O5' PA UDP sing 422 n n PA O1A UDP doub 423 n n PA O2A UDP sing 424 n n PA O3A UDP sing 425 n n O2A HOA2 UDP sing 426 n n O3A PB UDP sing 427 n n PB O1B UDP doub 428 n n PB O2B UDP sing 429 n n PB O3B UDP sing 430 n n O2B HOB2 UDP sing 431 n n O3B HOB3 UDP sing 432 n n # _atom_sites.entry_id 3HBF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.020339 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002227 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01289 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.016892 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 UDP A 1 900 900 UDP UDP . C 3 MYC A 1 901 901 MYC MYC . D 4 HOH A 1 455 1 HOH WAT . D 4 HOH A 2 456 2 HOH WAT . D 4 HOH A 3 457 3 HOH WAT . D 4 HOH A 4 458 4 HOH WAT . D 4 HOH A 5 459 5 HOH WAT . D 4 HOH A 6 460 6 HOH WAT . D 4 HOH A 7 461 7 HOH WAT . D 4 HOH A 8 462 8 HOH WAT . D 4 HOH A 9 463 9 HOH WAT . D 4 HOH A 10 464 10 HOH WAT . D 4 HOH A 11 465 11 HOH WAT . D 4 HOH A 12 466 12 HOH WAT . D 4 HOH A 13 467 13 HOH WAT . D 4 HOH A 14 468 14 HOH WAT . D 4 HOH A 15 469 15 HOH WAT . D 4 HOH A 16 470 16 HOH WAT . D 4 HOH A 17 471 17 HOH WAT . D 4 HOH A 18 472 18 HOH WAT . D 4 HOH A 19 473 19 HOH WAT . D 4 HOH A 20 474 20 HOH WAT . D 4 HOH A 21 475 21 HOH WAT . D 4 HOH A 22 476 22 HOH WAT . D 4 HOH A 23 477 23 HOH WAT . D 4 HOH A 24 478 24 HOH WAT . D 4 HOH A 25 479 25 HOH WAT . D 4 HOH A 26 480 26 HOH WAT . D 4 HOH A 27 481 27 HOH WAT . D 4 HOH A 28 482 28 HOH WAT . D 4 HOH A 29 483 29 HOH WAT . D 4 HOH A 30 484 30 HOH WAT . D 4 HOH A 31 485 31 HOH WAT . D 4 HOH A 32 486 32 HOH WAT . D 4 HOH A 33 487 33 HOH WAT . D 4 HOH A 34 488 34 HOH WAT . D 4 HOH A 35 489 35 HOH WAT . D 4 HOH A 36 490 36 HOH WAT . D 4 HOH A 37 491 37 HOH WAT . D 4 HOH A 38 492 38 HOH WAT . D 4 HOH A 39 493 39 HOH WAT . D 4 HOH A 40 494 40 HOH WAT . D 4 HOH A 41 495 41 HOH WAT . D 4 HOH A 42 496 42 HOH WAT . D 4 HOH A 43 497 43 HOH WAT . D 4 HOH A 44 498 44 HOH WAT . D 4 HOH A 45 499 45 HOH WAT . D 4 HOH A 46 500 46 HOH WAT . D 4 HOH A 47 501 47 HOH WAT . D 4 HOH A 48 502 48 HOH WAT . D 4 HOH A 49 503 49 HOH WAT . D 4 HOH A 50 504 50 HOH WAT . D 4 HOH A 51 505 51 HOH WAT . D 4 HOH A 52 506 52 HOH WAT . D 4 HOH A 53 507 53 HOH WAT . D 4 HOH A 54 508 54 HOH WAT . D 4 HOH A 55 509 55 HOH WAT . D 4 HOH A 56 510 56 HOH WAT . D 4 HOH A 57 511 57 HOH WAT . D 4 HOH A 58 512 58 HOH WAT . D 4 HOH A 59 513 59 HOH WAT . D 4 HOH A 60 514 60 HOH WAT . D 4 HOH A 61 515 61 HOH WAT . D 4 HOH A 62 516 62 HOH WAT . D 4 HOH A 63 517 63 HOH WAT . D 4 HOH A 64 518 64 HOH WAT . D 4 HOH A 65 519 65 HOH WAT . D 4 HOH A 66 520 66 HOH WAT . D 4 HOH A 67 521 67 HOH WAT . D 4 HOH A 68 522 68 HOH WAT . D 4 HOH A 69 523 69 HOH WAT . D 4 HOH A 70 524 70 HOH WAT . D 4 HOH A 71 525 71 HOH WAT . D 4 HOH A 72 526 72 HOH WAT . D 4 HOH A 73 527 73 HOH WAT . D 4 HOH A 74 528 74 HOH WAT . D 4 HOH A 75 529 75 HOH WAT . D 4 HOH A 76 530 76 HOH WAT . D 4 HOH A 77 531 77 HOH WAT . D 4 HOH A 78 532 78 HOH WAT . D 4 HOH A 79 533 79 HOH WAT . D 4 HOH A 80 534 80 HOH WAT . D 4 HOH A 81 535 81 HOH WAT . D 4 HOH A 82 536 82 HOH WAT . D 4 HOH A 83 537 83 HOH WAT . D 4 HOH A 84 538 84 HOH WAT . D 4 HOH A 85 539 85 HOH WAT . D 4 HOH A 86 540 86 HOH WAT . D 4 HOH A 87 541 87 HOH WAT . D 4 HOH A 88 542 88 HOH WAT . D 4 HOH A 89 543 89 HOH WAT . D 4 HOH A 90 544 90 HOH WAT . D 4 HOH A 91 545 91 HOH WAT . D 4 HOH A 92 546 92 HOH WAT . D 4 HOH A 93 547 93 HOH WAT . D 4 HOH A 94 548 94 HOH WAT . D 4 HOH A 95 549 95 HOH WAT . D 4 HOH A 96 550 96 HOH WAT . D 4 HOH A 97 551 97 HOH WAT . D 4 HOH A 98 552 98 HOH WAT . D 4 HOH A 99 553 99 HOH WAT . D 4 HOH A 100 554 100 HOH WAT . D 4 HOH A 101 555 101 HOH WAT . D 4 HOH A 102 556 102 HOH WAT . D 4 HOH A 103 557 103 HOH WAT . D 4 HOH A 104 558 104 HOH WAT . D 4 HOH A 105 559 105 HOH WAT . D 4 HOH A 106 560 106 HOH WAT . D 4 HOH A 107 561 107 HOH WAT . D 4 HOH A 108 562 108 HOH WAT . D 4 HOH A 109 563 109 HOH WAT . D 4 HOH A 110 564 110 HOH WAT . D 4 HOH A 111 565 111 HOH WAT . D 4 HOH A 112 566 112 HOH WAT . D 4 HOH A 113 567 113 HOH WAT . D 4 HOH A 114 568 114 HOH WAT . D 4 HOH A 115 569 115 HOH WAT . D 4 HOH A 116 570 116 HOH WAT . D 4 HOH A 117 571 117 HOH WAT . D 4 HOH A 118 572 118 HOH WAT . D 4 HOH A 119 573 119 HOH WAT . D 4 HOH A 120 574 120 HOH WAT . D 4 HOH A 121 575 121 HOH WAT . D 4 HOH A 122 576 122 HOH WAT . D 4 HOH A 123 577 123 HOH WAT . D 4 HOH A 124 578 124 HOH WAT . D 4 HOH A 125 579 125 HOH WAT . D 4 HOH A 126 580 126 HOH WAT . D 4 HOH A 127 581 127 HOH WAT . D 4 HOH A 128 582 128 HOH WAT . D 4 HOH A 129 583 129 HOH WAT . D 4 HOH A 130 584 130 HOH WAT . D 4 HOH A 131 585 131 HOH WAT . D 4 HOH A 132 586 132 HOH WAT . D 4 HOH A 133 587 133 HOH WAT . D 4 HOH A 134 588 134 HOH WAT . D 4 HOH A 135 589 135 HOH WAT . D 4 HOH A 136 590 136 HOH WAT . D 4 HOH A 137 591 137 HOH WAT . D 4 HOH A 138 592 138 HOH WAT . D 4 HOH A 139 593 139 HOH WAT . D 4 HOH A 140 594 140 HOH WAT . D 4 HOH A 141 595 141 HOH WAT . D 4 HOH A 142 596 142 HOH WAT . D 4 HOH A 143 597 143 HOH WAT . D 4 HOH A 144 598 144 HOH WAT . D 4 HOH A 145 599 145 HOH WAT . D 4 HOH A 146 600 146 HOH WAT . D 4 HOH A 147 601 147 HOH WAT . D 4 HOH A 148 602 148 HOH WAT . D 4 HOH A 149 603 149 HOH WAT . D 4 HOH A 150 604 150 HOH WAT . D 4 HOH A 151 605 151 HOH WAT . D 4 HOH A 152 606 152 HOH WAT . D 4 HOH A 153 607 153 HOH WAT . D 4 HOH A 154 608 154 HOH WAT . D 4 HOH A 155 609 155 HOH WAT . D 4 HOH A 156 610 156 HOH WAT . D 4 HOH A 157 611 157 HOH WAT . D 4 HOH A 158 612 158 HOH WAT . D 4 HOH A 159 613 159 HOH WAT . D 4 HOH A 160 614 160 HOH WAT . D 4 HOH A 161 615 161 HOH WAT . D 4 HOH A 162 616 162 HOH WAT . D 4 HOH A 163 617 163 HOH WAT . D 4 HOH A 164 618 164 HOH WAT . D 4 HOH A 165 619 165 HOH WAT . D 4 HOH A 166 620 166 HOH WAT . D 4 HOH A 167 621 167 HOH WAT . D 4 HOH A 168 622 168 HOH WAT . D 4 HOH A 169 623 169 HOH WAT . D 4 HOH A 170 624 170 HOH WAT . D 4 HOH A 171 625 171 HOH WAT . D 4 HOH A 172 626 172 HOH WAT . D 4 HOH A 173 627 173 HOH WAT . D 4 HOH A 174 628 174 HOH WAT . D 4 HOH A 175 629 175 HOH WAT . D 4 HOH A 176 630 176 HOH WAT . D 4 HOH A 177 631 177 HOH WAT . D 4 HOH A 178 632 178 HOH WAT . D 4 HOH A 179 633 179 HOH WAT . D 4 HOH A 180 634 180 HOH WAT . D 4 HOH A 181 635 181 HOH WAT . D 4 HOH A 182 636 182 HOH WAT . D 4 HOH A 183 637 183 HOH WAT . D 4 HOH A 184 638 184 HOH WAT . D 4 HOH A 185 639 185 HOH WAT . D 4 HOH A 186 640 186 HOH WAT . D 4 HOH A 187 641 187 HOH WAT . D 4 HOH A 188 642 188 HOH WAT . D 4 HOH A 189 643 189 HOH WAT . D 4 HOH A 190 644 190 HOH WAT . D 4 HOH A 191 645 191 HOH WAT . D 4 HOH A 192 646 192 HOH WAT . D 4 HOH A 193 647 193 HOH WAT . D 4 HOH A 194 648 194 HOH WAT . D 4 HOH A 195 649 195 HOH WAT . D 4 HOH A 196 650 196 HOH WAT . D 4 HOH A 197 651 197 HOH WAT . D 4 HOH A 198 652 198 HOH WAT . D 4 HOH A 199 653 199 HOH WAT . D 4 HOH A 200 654 200 HOH WAT . D 4 HOH A 201 655 201 HOH WAT . D 4 HOH A 202 656 202 HOH WAT . D 4 HOH A 203 657 203 HOH WAT . D 4 HOH A 204 658 204 HOH WAT . D 4 HOH A 205 659 205 HOH WAT . D 4 HOH A 206 660 206 HOH WAT . D 4 HOH A 207 661 207 HOH WAT . D 4 HOH A 208 662 208 HOH WAT . D 4 HOH A 209 663 209 HOH WAT . D 4 HOH A 210 664 210 HOH WAT . D 4 HOH A 211 665 211 HOH WAT . D 4 HOH A 212 666 212 HOH WAT . D 4 HOH A 213 667 213 HOH WAT . D 4 HOH A 214 668 214 HOH WAT . D 4 HOH A 215 669 215 HOH WAT . D 4 HOH A 216 670 216 HOH WAT . D 4 HOH A 217 671 217 HOH WAT . D 4 HOH A 218 672 218 HOH WAT . D 4 HOH A 219 673 219 HOH WAT . D 4 HOH A 220 674 220 HOH WAT . D 4 HOH A 221 675 221 HOH WAT . D 4 HOH A 222 676 222 HOH WAT . D 4 HOH A 223 677 223 HOH WAT . D 4 HOH A 224 678 224 HOH WAT . D 4 HOH A 225 679 225 HOH WAT . D 4 HOH A 226 680 226 HOH WAT . D 4 HOH A 227 681 227 HOH WAT . D 4 HOH A 228 682 228 HOH WAT . D 4 HOH A 229 683 229 HOH WAT . D 4 HOH A 230 684 230 HOH WAT . D 4 HOH A 231 685 231 HOH WAT . D 4 HOH A 232 686 232 HOH WAT . D 4 HOH A 233 687 233 HOH WAT . D 4 HOH A 234 688 234 HOH WAT . D 4 HOH A 235 689 235 HOH WAT . D 4 HOH A 236 690 236 HOH WAT . D 4 HOH A 237 691 237 HOH WAT . D 4 HOH A 238 692 238 HOH WAT . D 4 HOH A 239 693 239 HOH WAT . D 4 HOH A 240 694 240 HOH WAT . D 4 HOH A 241 695 241 HOH WAT . D 4 HOH A 242 696 242 HOH WAT . D 4 HOH A 243 697 243 HOH WAT . D 4 HOH A 244 698 244 HOH WAT . D 4 HOH A 245 699 245 HOH WAT . D 4 HOH A 246 700 246 HOH WAT . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 UDP . . . B 2 21.69 3.084 -2.905 1 27.41 ? N1 UDP 900 A 1 HETATM 2 C C2 UDP . . . B 2 22.06 4.186 -3.689 1 27.11 ? C2 UDP 900 A 1 HETATM 3 N N3 UDP . . . B 2 22.038 4.068 -5.084 1 25.24 ? N3 UDP 900 A 1 HETATM 4 C C4 UDP . . . B 2 21.665 2.861 -5.688 1 26.44 ? C4 UDP 900 A 1 HETATM 5 C C5 UDP . . . B 2 21.303 1.766 -4.909 1 25.85 ? C5 UDP 900 A 1 HETATM 6 C C6 UDP . . . B 2 21.315 1.882 -3.523 1 23.92 ? C6 UDP 900 A 1 HETATM 7 O O2 UDP . . . B 2 22.454 5.229 -3.17 1 27.42 ? O2 UDP 900 A 1 HETATM 8 O O4 UDP . . . B 2 21.671 2.773 -6.915 1 29.51 ? O4 UDP 900 A 1 HETATM 9 C C1' UDP . . . B 2 21.66 3.189 -1.427 1 23 ? C1' UDP 900 A 1 HETATM 10 C C2' UDP . . . B 2 20.227 3.434 -0.952 1 20.22 ? C2' UDP 900 A 1 HETATM 11 O O2' UDP . . . B 2 19.971 4.84 -1.018 1 17.46 ? O2' UDP 900 A 1 HETATM 12 C C3' UDP . . . B 2 20.324 2.989 0.509 1 23.94 ? C3' UDP 900 A 1 HETATM 13 C C4' UDP . . . B 2 21.375 1.875 0.458 1 25.28 ? C4' UDP 900 A 1 HETATM 14 O O4' UDP . . . B 2 22.01 1.93 -0.832 1 24.77 ? O4' UDP 900 A 1 HETATM 15 O O3' UDP . . . B 2 20.77 4.06 1.345 1 20.33 ? O3' UDP 900 A 1 HETATM 16 C C5' UDP . . . B 2 20.701 0.51 0.607 1 23.77 ? C5' UDP 900 A 1 HETATM 17 O O5' UDP . . . B 2 20.389 0.258 1.978 1 27 ? O5' UDP 900 A 1 HETATM 18 P PA UDP . . . B 2 19.105 -0.623 2.382 1 25.91 ? PA UDP 900 A 1 HETATM 19 O O1A UDP . . . B 2 19.042 -0.711 3.858 1 30.07 ? O1A UDP 900 A 1 HETATM 20 O O2A UDP . . . B 2 17.924 -0.077 1.675 1 28.32 ? O2A UDP 900 A 1 HETATM 21 O O3A UDP . . . B 2 19.379 -2.081 1.752 1 30.53 ? O3A UDP 900 A 1 HETATM 22 P PB UDP . . . B 2 20.808 -2.827 1.76 1 30.33 ? PB UDP 900 A 1 HETATM 23 O O1B UDP . . . B 2 21.795 -2.197 0.855 1 39.01 ? O1B UDP 900 A 1 HETATM 24 O O2B UDP . . . B 2 20.463 -4.348 1.361 1 38.52 ? O2B UDP 900 A 1 HETATM 25 O O3B UDP . . . B 2 21.324 -2.885 3.284 1 37.54 ? O3B UDP 900 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 75 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 362 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 25 #