data_3HNE
#
_model_server_result.job_id            mfkDYkfXLw-KNWnydpvXzA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-07 18:42:44' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3hne 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":805}' 
#
_entry.id    3HNE 
#
_exptl.entry_id    3HNE 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3HNE 
_cell.length_a            69.147 
_cell.length_b            114.372 
_cell.length_c            222.474 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3HNE 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 H N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 D MG MG . A MG 801 1_555 C O2B TTP . A TTP 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.208 ? 
metalc ? metalc2 D MG MG . A MG 801 1_555 C O3G TTP . A TTP 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.28 ? 
metalc ? metalc3 I MG MG . B MG 802 1_555 H O2A TTP . B TTP 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
metalc ? metalc4 I MG MG . B MG 802 1_555 H O2B TTP . B TTP 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? 
metalc ? metalc5 I MG MG . B MG 802 1_555 H O3G TTP . B TTP 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? 
metalc ? metalc6 I MG MG . B MG 802 1_555 H O1G TTP . B TTP 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? 
metalc ? metalc7 K MG MG . B MG 803 1_555 J O3B ATP . B ATP 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? 
metalc ? metalc8 L MG MG . B MG 804 1_555 J O2B ATP . B ATP 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.221 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 387 n n 
PA O2A TTP sing 388 n n 
PA O3A TTP sing 389 n n 
PA O5' TTP sing 390 n n 
O2A HOA2 TTP sing 391 n n 
O3A PB TTP sing 392 n n 
PB O1B TTP doub 393 n n 
PB O2B TTP sing 394 n n 
PB O3B TTP sing 395 n n 
O2B HOB2 TTP sing 396 n n 
O3B PG TTP sing 397 n n 
PG O1G TTP doub 398 n n 
PG O2G TTP sing 399 n n 
PG O3G TTP sing 400 n n 
O2G HOG2 TTP sing 401 n n 
O3G HOG3 TTP sing 402 n n 
O5' C5' TTP sing 403 n n 
C5' C4' TTP sing 404 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 405 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 406 n n 
C4' O4' TTP sing 407 n n 
C4' C3' TTP sing 408 n n 
C4' H4' TTP sing 409 n n 
O4' C1' TTP sing 410 n n 
C3' O3' TTP sing 411 n n 
C3' C2' TTP sing 412 n n 
C3' H3' TTP sing 413 n n 
O3' HO3' TTP sing 414 n n 
C2' C1' TTP sing 415 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 416 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 417 n n 
C1' N1 TTP sing 418 n n 
C1' H1' TTP sing 419 n n 
N1 C2 TTP sing 420 n n 
N1 C6 TTP sing 421 n n 
C2 O2 TTP doub 422 n n 
C2 N3 TTP sing 423 n n 
N3 C4 TTP sing 424 n n 
N3 HN3 TTP sing 425 n n 
C4 O4 TTP doub 426 n n 
C4 C5 TTP sing 427 n n 
C5 C5M TTP sing 428 n n 
C5 C6 TTP doub 429 n n 
C5M HM51 TTP sing 430 n n 
C5M HM52 TTP sing 431 n n 
C5M HM53 TTP sing 432 n n 
C6 H6 TTP sing 433 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3HNE 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014462 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008743 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004495 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 TTP A 1 806 806 TTP TTP . 
D 3 MG A 1 801 801 MG MG . 
E 4 SO4 A 1 808 808 SO4 SO4 . 
F 4 SO4 A 1 809 809 SO4 SO4 . 
G 4 SO4 A 1 812 812 SO4 SO4 . 
H 2 TTP B 1 805 805 TTP TTP . 
I 3 MG B 1 802 802 MG MG . 
J 5 ATP B 1 807 807 ATP ATP . 
K 3 MG B 1 803 803 MG MG . 
L 3 MG B 1 804 804 MG MG . 
M 4 SO4 B 1 810 810 SO4 SO4 . 
N 4 SO4 B 1 811 811 SO4 SO4 . 
O 4 SO4 B 1 813 813 SO4 SO4 . 
P 6 HOH A 1 901 901 HOH HOH . 
P 6 HOH A 2 902 902 HOH HOH . 
P 6 HOH A 3 903 903 HOH HOH . 
P 6 HOH A 4 904 904 HOH HOH . 
P 6 HOH A 5 905 905 HOH HOH . 
P 6 HOH A 6 906 906 HOH HOH . 
P 6 HOH A 7 907 907 HOH HOH . 
P 6 HOH A 8 908 908 HOH HOH . 
P 6 HOH A 9 909 909 HOH HOH . 
P 6 HOH A 10 910 910 HOH HOH . 
P 6 HOH A 11 911 911 HOH HOH . 
P 6 HOH A 12 912 912 HOH HOH . 
P 6 HOH A 13 913 913 HOH HOH . 
P 6 HOH A 14 914 914 HOH HOH . 
P 6 HOH A 15 915 915 HOH HOH . 
P 6 HOH A 16 916 916 HOH HOH . 
P 6 HOH A 17 917 917 HOH HOH . 
P 6 HOH A 18 918 918 HOH HOH . 
P 6 HOH A 19 919 919 HOH HOH . 
P 6 HOH A 20 920 920 HOH HOH . 
P 6 HOH A 21 938 938 HOH HOH . 
P 6 HOH A 22 939 939 HOH HOH . 
P 6 HOH A 23 940 940 HOH HOH . 
P 6 HOH A 24 941 941 HOH HOH . 
P 6 HOH A 25 942 942 HOH HOH . 
P 6 HOH A 26 943 943 HOH HOH . 
P 6 HOH A 27 944 944 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 1 921 921 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 2 922 922 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 3 923 923 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 4 924 924 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 5 925 925 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 6 926 926 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 7 927 927 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 8 928 928 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 9 929 929 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 10 930 930 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 11 931 931 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 12 932 932 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 13 933 933 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 14 934 934 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 15 935 935 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 16 936 936 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 17 937 937 HOH HOH . 
Q 6 HOH B 18 945 945 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . H 2 -4.83 8.27 -10 1 74.73 ? PA TTP 805 B 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . H 2 -4.262 8.296 -11.397 1 73.77 ? O1A TTP 805 B 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . H 2 -4.188 7.193 -9.162 1 74.57 ? O2A TTP 805 B 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . H 2 -4.618 9.672 -9.261 1 79.11 ? O3A TTP 805 B 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . H 2 -3.16 10.104 -8.736 1 82.11 ? PB TTP 805 B 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . H 2 -2.805 11.385 -9.465 1 82.28 ? O1B TTP 805 B 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . H 2 -2.18 8.98 -9.002 1 80.65 ? O2B TTP 805 B 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . H 2 -3.329 10.435 -7.162 1 82.7 ? O3B TTP 805 B 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . H 2 -3.514 9.284 -6.048 1 84.05 ? PG TTP 805 B 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . H 2 -2.198 8.553 -5.849 1 83.38 ? O1G TTP 805 B 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . H 2 -4.072 9.864 -4.752 1 82.04 ? O2G TTP 805 B 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . H 2 -4.496 8.288 -6.613 1 85.41 ? O3G TTP 805 B 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . H 2 -6.431 8.226 -9.944 1 73.21 ? O5' TTP 805 B 1 
HETATM 14 C C5' TTP . . . H 2 -7.024 7.969 -8.686 1 72.57 ? C5' TTP 805 B 1 
HETATM 15 C C4' TTP . . . H 2 -8.512 7.715 -8.833 1 74.13 ? C4' TTP 805 B 1 
HETATM 16 O O4' TTP . . . H 2 -9.145 8.899 -9.28 1 74.28 ? O4' TTP 805 B 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . H 2 -8.892 6.619 -9.828 1 75.14 ? C3' TTP 805 B 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . H 2 -10.054 5.938 -9.321 1 75.5 ? O3' TTP 805 B 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . H 2 -9.278 7.348 -11.099 1 74.28 ? C2' TTP 805 B 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . H 2 -9.849 8.614 -10.498 1 74.92 ? C1' TTP 805 B 1 
HETATM 21 N N1 TTP . . . H 2 -9.692 9.775 -11.333 1 74.39 ? N1 TTP 805 B 1 
HETATM 22 C C2 TTP . . . H 2 -10.854 10.45 -11.759 1 75.13 ? C2 TTP 805 B 1 
HETATM 23 O O2 TTP . . . H 2 -11.991 10.025 -11.459 1 74.83 ? O2 TTP 805 B 1 
HETATM 24 N N3 TTP . . . H 2 -10.757 11.553 -12.509 1 76.54 ? N3 TTP 805 B 1 
HETATM 25 C C4 TTP . . . H 2 -9.566 12.053 -12.856 1 75.61 ? C4 TTP 805 B 1 
HETATM 26 O O4 TTP . . . H 2 -9.514 13.089 -13.552 1 75.09 ? O4 TTP 805 B 1 
HETATM 27 C C5 TTP . . . H 2 -8.332 11.355 -12.399 1 75.53 ? C5 TTP 805 B 1 
HETATM 28 C C5M TTP . . . H 2 -6.961 11.865 -12.764 1 75.36 ? C5M TTP 805 B 1 
HETATM 29 C C6 TTP . . . H 2 -8.467 10.212 -11.623 1 74.61 ? C6 TTP 805 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              29 
_model_server_stats.parse_time_ms           18 
_model_server_stats.create_model_time_ms    27 
_model_server_stats.query_time_ms           313 
_model_server_stats.encode_time_ms          11 
_model_server_stats.element_count           29 
#