data_3HNF
#
_model_server_result.job_id            U0rmHItR7RNFOzchDO8CzQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-07-31 00:08:24' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3hnf 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":803}' 
#
_entry.id    3HNF 
#
_exptl.entry_id    3HNF 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3HNF 
_cell.length_a            68.856 
_cell.length_b            114.388 
_cell.length_c            220.003 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3HNF 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 H N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 C MG MG . A MG 801 1_555 D O2B TTP . A TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.224 ? 
metalc ? metalc2 C MG MG . A MG 801 1_555 D O2A TTP . A TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.487 ? 
metalc ? metalc3 C MG MG . A MG 801 1_555 D O3G TTP . A TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? 
metalc ? metalc4 C MG MG . A MG 801 1_555 D O1G TTP . A TTP 804 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? 
metalc ? metalc5 G MG MG . B MG 802 1_555 H O2A TTP . B TTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc6 G MG MG . B MG 802 1_555 H O3B TTP . B TTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc7 G MG MG . B MG 802 1_555 H O3G TTP . B TTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.395 ? 
metalc ? metalc8 G MG MG . B MG 802 1_555 H O2B TTP . B TTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.896 ? 
metalc ? metalc9 G MG MG . B MG 802 1_555 H O1G TTP . B TTP 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.977 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 386 n n 
PA O2A TTP sing 387 n n 
PA O3A TTP sing 388 n n 
PA O5' TTP sing 389 n n 
O2A HOA2 TTP sing 390 n n 
O3A PB TTP sing 391 n n 
PB O1B TTP doub 392 n n 
PB O2B TTP sing 393 n n 
PB O3B TTP sing 394 n n 
O2B HOB2 TTP sing 395 n n 
O3B PG TTP sing 396 n n 
PG O1G TTP doub 397 n n 
PG O2G TTP sing 398 n n 
PG O3G TTP sing 399 n n 
O2G HOG2 TTP sing 400 n n 
O3G HOG3 TTP sing 401 n n 
O5' C5' TTP sing 402 n n 
C5' C4' TTP sing 403 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 404 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 405 n n 
C4' O4' TTP sing 406 n n 
C4' C3' TTP sing 407 n n 
C4' H4' TTP sing 408 n n 
O4' C1' TTP sing 409 n n 
C3' O3' TTP sing 410 n n 
C3' C2' TTP sing 411 n n 
C3' H3' TTP sing 412 n n 
O3' HO3' TTP sing 413 n n 
C2' C1' TTP sing 414 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 415 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 416 n n 
C1' N1 TTP sing 417 n n 
C1' H1' TTP sing 418 n n 
N1 C2 TTP sing 419 n n 
N1 C6 TTP sing 420 n n 
C2 O2 TTP doub 421 n n 
C2 N3 TTP sing 422 n n 
N3 C4 TTP sing 423 n n 
N3 HN3 TTP sing 424 n n 
C4 O4 TTP doub 425 n n 
C4 C5 TTP sing 426 n n 
C5 C5M TTP sing 427 n n 
C5 C6 TTP doub 428 n n 
C5M HM51 TTP sing 429 n n 
C5M HM52 TTP sing 430 n n 
C5M HM53 TTP sing 431 n n 
C6 H6 TTP sing 432 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3HNF 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014523 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008742 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.004545 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 MG A 1 801 801 MG MG . 
D 3 TTP A 1 804 804 TTP TTP . 
E 4 SO4 A 1 807 807 SO4 SO4 . 
F 4 SO4 A 1 808 808 SO4 SO4 . 
G 2 MG B 1 802 802 MG MG . 
H 3 TTP B 1 803 803 TTP TTP . 
I 5 DTP B 1 805 805 DTP DTP . 
J 4 SO4 B 1 806 806 SO4 SO4 . 
K 4 SO4 B 1 809 809 SO4 SO4 . 
L 6 HOH A 1 793 1 HOH HOH . 
L 6 HOH A 2 794 2 HOH HOH . 
L 6 HOH A 3 795 3 HOH HOH . 
L 6 HOH A 4 796 4 HOH HOH . 
L 6 HOH A 5 797 5 HOH HOH . 
L 6 HOH A 6 798 6 HOH HOH . 
L 6 HOH A 7 799 7 HOH HOH . 
L 6 HOH A 8 800 8 HOH HOH . 
L 6 HOH A 9 802 9 HOH HOH . 
L 6 HOH A 10 803 10 HOH HOH . 
L 6 HOH A 11 805 11 HOH HOH . 
L 6 HOH A 12 806 12 HOH HOH . 
L 6 HOH A 13 809 34 HOH HOH . 
L 6 HOH A 14 810 35 HOH HOH . 
L 6 HOH A 15 811 36 HOH HOH . 
L 6 HOH A 16 812 37 HOH HOH . 
L 6 HOH A 17 813 38 HOH HOH . 
L 6 HOH A 18 814 39 HOH HOH . 
L 6 HOH A 19 815 40 HOH HOH . 
L 6 HOH A 20 816 44 HOH HOH . 
L 6 HOH A 21 817 45 HOH HOH . 
L 6 HOH A 22 818 46 HOH HOH . 
M 6 HOH B 1 793 13 HOH HOH . 
M 6 HOH B 2 794 14 HOH HOH . 
M 6 HOH B 3 795 15 HOH HOH . 
M 6 HOH B 4 796 16 HOH HOH . 
M 6 HOH B 5 797 17 HOH HOH . 
M 6 HOH B 6 798 18 HOH HOH . 
M 6 HOH B 7 799 19 HOH HOH . 
M 6 HOH B 8 800 20 HOH HOH . 
M 6 HOH B 9 801 21 HOH HOH . 
M 6 HOH B 10 804 22 HOH HOH . 
M 6 HOH B 11 807 23 HOH HOH . 
M 6 HOH B 12 808 24 HOH HOH . 
M 6 HOH B 13 810 25 HOH HOH . 
M 6 HOH B 14 811 26 HOH HOH . 
M 6 HOH B 15 812 27 HOH HOH . 
M 6 HOH B 16 813 28 HOH HOH . 
M 6 HOH B 17 814 29 HOH HOH . 
M 6 HOH B 18 815 30 HOH HOH . 
M 6 HOH B 19 816 31 HOH HOH . 
M 6 HOH B 20 817 32 HOH HOH . 
M 6 HOH B 21 818 33 HOH HOH . 
M 6 HOH B 22 819 41 HOH HOH . 
M 6 HOH B 23 820 42 HOH HOH . 
M 6 HOH B 24 821 43 HOH HOH . 
M 6 HOH B 25 822 47 HOH HOH . 
M 6 HOH B 26 823 48 HOH HOH . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 P PA TTP . . . H 3 -3.93 8.337 -10.235 1 55.81 ? PA TTP 803 B 1 
HETATM 2 O O1A TTP . . . H 3 -4.336 8.336 -11.677 1 56.21 ? O1A TTP 803 B 1 
HETATM 3 O O2A TTP . . . H 3 -3.021 7.18 -9.891 1 54.6 ? O2A TTP 803 B 1 
HETATM 4 O O3A TTP . . . H 3 -3.197 9.707 -9.901 1 60.38 ? O3A TTP 803 B 1 
HETATM 5 P PB TTP . . . H 3 -2.2 9.712 -8.649 1 64.21 ? PB TTP 803 B 1 
HETATM 6 O O1B TTP . . . H 3 -2.034 11.124 -8.129 1 64.13 ? O1B TTP 803 B 1 
HETATM 7 O O2B TTP . . . H 3 -0.882 9.091 -9.066 1 63.78 ? O2B TTP 803 B 1 
HETATM 8 O O3B TTP . . . H 3 -2.945 8.783 -7.571 1 65.06 ? O3B TTP 803 B 1 
HETATM 9 P PG TTP . . . H 3 -2.368 8.64 -6.077 1 66.77 ? PG TTP 803 B 1 
HETATM 10 O O1G TTP . . . H 3 -0.869 8.883 -6.037 1 67.04 ? O1G TTP 803 B 1 
HETATM 11 O O2G TTP . . . H 3 -3.143 9.677 -5.284 1 64.61 ? O2G TTP 803 B 1 
HETATM 12 O O3G TTP . . . H 3 -2.55 7.217 -5.577 1 66.07 ? O3G TTP 803 B 1 
HETATM 13 O O5' TTP . . . H 3 -5.203 8.47 -9.273 1 55.05 ? O5' TTP 803 B 1 
HETATM 14 C C5' TTP . . . H 3 -5.994 7.331 -9.005 1 54.9 ? C5' TTP 803 B 1 
HETATM 15 C C4' TTP . . . H 3 -7.433 7.609 -9.374 1 55.53 ? C4' TTP 803 B 1 
HETATM 16 O O4' TTP . . . H 3 -7.642 8.976 -9.724 1 56.63 ? O4' TTP 803 B 1 
HETATM 17 C C3' TTP . . . H 3 -7.824 6.788 -10.571 1 55.95 ? C3' TTP 803 B 1 
HETATM 18 O O3' TTP . . . H 3 -8.714 5.767 -10.113 1 56 ? O3' TTP 803 B 1 
HETATM 19 C C2' TTP . . . H 3 -8.493 7.766 -11.525 1 56.26 ? C2' TTP 803 B 1 
HETATM 20 C C1' TTP . . . H 3 -8.583 9.091 -10.781 1 56.73 ? C1' TTP 803 B 1 
HETATM 21 N N1 TTP . . . H 3 -8.226 10.261 -11.6 1 57.08 ? N1 TTP 803 B 1 
HETATM 22 C C2 TTP . . . H 3 -9.175 10.919 -12.454 1 57.98 ? C2 TTP 803 B 1 
HETATM 23 O O2 TTP . . . H 3 -10.348 10.514 -12.537 1 59.28 ? O2 TTP 803 B 1 
HETATM 24 N N3 TTP . . . H 3 -8.882 11.988 -13.206 1 56.69 ? N3 TTP 803 B 1 
HETATM 25 C C4 TTP . . . H 3 -7.653 12.489 -13.166 1 57.46 ? C4 TTP 803 B 1 
HETATM 26 O O4 TTP . . . H 3 -7.381 13.496 -13.861 1 57.62 ? O4 TTP 803 B 1 
HETATM 27 C C5 TTP . . . H 3 -6.636 11.828 -12.287 1 58.17 ? C5 TTP 803 B 1 
HETATM 28 C C5M TTP . . . H 3 -5.226 12.345 -12.204 1 58.93 ? C5M TTP 803 B 1 
HETATM 29 C C6 TTP . . . H 3 -6.979 10.724 -11.523 1 56.85 ? C6 TTP 803 B 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              24 
_model_server_stats.parse_time_ms           9 
_model_server_stats.create_model_time_ms    11 
_model_server_stats.query_time_ms           286 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           29 
#