data_3HQO # _model_server_result.job_id hzKIq8tYZIdNqylmPrmyyg _model_server_result.datetime_utc '2024-11-27 22:23:13' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3hqo # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":502}' # _entry.id 3HQO # _exptl.entry_id 3HQO _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90.03 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3HQO _cell.length_a 107.516 _cell.length_b 128.133 _cell.length_c 204.361 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3HQO _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 5 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 1 2 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 4 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,E,F,G,H,I 1 1,2 B,J,K,L,M,N 2 1,3 C,O,P,Q,R 3 1,2 D,S,T,U,V 4 1,4 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_555 -x,y,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 0 0 3 'crystal symmetry operation' 2_554 -x,y,-z-1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0.107003 0 -204.360972 4 'crystal symmetry operation' 2_654 -x+1,y,-z-1 -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 107.623003 0 -204.360972 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 O N N ? 2 S N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD1 ASN 52 K ASN 51 1_555 G K K . K K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.207 ? metalc ? metalc2 A OG SER 54 K SER 53 1_555 G K K . K K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 84 K ASP 83 1_555 G K K . K K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.993 ? metalc ? metalc4 A O THR 85 K THR 84 1_555 G K K . K K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.884 ? metalc ? metalc5 A OG SER 212 K SER 211 1_555 G K K . K K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.33 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 241 K GLU 240 1_555 F MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc7 A OD2 ASP 265 K ASP 264 1_555 F MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.424 ? metalc ? metalc8 E MG MG . K MG 500 1_555 I O1B ATP . K ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc9 E MG MG . K MG 500 1_555 I O1G ATP . K ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? metalc ? metalc10 E MG MG . K MG 500 1_555 I O1A ATP . K ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.987 ? metalc ? metalc11 F MG MG . K MG 502 1_555 H O4 OXL . K OXL 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc12 F MG MG . K MG 502 1_555 I O2G ATP . K ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc13 G K K . K K 504 1_555 I O3G ATP . K ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASN 52 A ASN 51 1_555 L K K . A K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.27 ? metalc ? metalc15 B OG SER 54 A SER 53 1_555 L K K . A K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 84 A ASP 83 1_555 L K K . A K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.072 ? metalc ? metalc17 B O THR 85 A THR 84 1_555 L K K . A K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.916 ? metalc ? metalc18 B OG SER 212 A SER 211 1_555 L K K . A K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.261 ? metalc ? metalc19 B OE1 GLU 241 A GLU 240 1_555 K MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.705 ? metalc ? metalc20 B OD2 ASP 265 A ASP 264 1_555 K MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.686 ? metalc ? metalc21 J MG MG . A MG 500 1_555 N O1G ATP . A ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? metalc ? metalc22 J MG MG . A MG 500 1_555 N O1B ATP . A ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc23 J MG MG . A MG 500 1_555 N O1A ATP . A ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.977 ? metalc ? metalc24 K MG MG . A MG 502 1_555 M O4 OXL . A OXL 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.162 ? metalc ? metalc25 K MG MG . A MG 502 1_555 N O2G ATP . A ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc26 L K K . A K 504 1_555 N O3G ATP . A ATP 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.099 ? metalc ? metalc27 C OG SER 54 B SER 53 1_555 P K K . B K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.066 ? metalc ? metalc28 C OD1 ASP 84 B ASP 83 1_555 P K K . B K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.842 ? metalc ? metalc29 C O THR 85 B THR 84 1_555 P K K . B K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.05 ? metalc ? metalc30 C OG SER 212 B SER 211 1_555 P K K . B K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.047 ? metalc ? metalc31 C OE1 GLU 241 B GLU 240 1_555 O MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.613 ? metalc ? metalc32 C OD2 ASP 265 B ASP 264 1_555 O MG MG . B MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.228 ? metalc ? metalc33 O MG MG . B MG 502 1_555 Q O4 OXL . B OXL 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? metalc ? metalc34 D OD1 ASN 52 C ASN 51 1_555 T K K . C K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.101 ? metalc ? metalc35 D OG SER 54 C SER 53 1_555 T K K . C K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? metalc ? metalc36 D OD1 ASP 84 C ASP 83 1_555 T K K . C K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.91 ? metalc ? metalc37 D O THR 85 C THR 84 1_555 T K K . C K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.787 ? metalc ? metalc38 D OG SER 212 C SER 211 1_555 T K K . C K 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.212 ? metalc ? metalc39 D OE1 GLU 241 C GLU 240 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.764 ? metalc ? metalc40 D OD2 ASP 265 C ASP 264 1_555 S MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? metalc ? metalc41 S MG MG . C MG 502 1_555 U O4 OXL . C OXL 510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.156 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3HQO _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009301 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000004 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.007804 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004893 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 MG K 1 500 500 MG MG . F 2 MG K 1 502 502 MG MG . G 3 K K 1 504 504 K K . H 4 OXL K 1 510 510 OXL OXL . I 5 ATP K 1 1001 1001 ATP ATP . J 2 MG A 1 500 500 MG MG . K 2 MG A 1 502 502 MG MG . L 3 K A 1 504 504 K K . M 4 OXL A 1 510 510 OXL OXL . N 5 ATP A 1 1001 1001 ATP ATP . O 2 MG B 1 502 502 MG MG . P 3 K B 1 504 504 K K . Q 4 OXL B 1 510 510 OXL OXL . R 5 ATP B 1 1001 1001 ATP ATP . S 2 MG C 1 502 502 MG MG . T 3 K C 1 504 504 K K . U 4 OXL C 1 510 510 OXL OXL . V 5 ATP C 1 1001 1001 ATP ATP . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 27.012 _atom_site.Cartn_y -14.45 _atom_site.Cartn_z -71.841 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 46.68 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 19 _model_server_stats.query_time_ms 422 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #