data_3I08 # _model_server_result.job_id Fulctqn3Qd9QMe8rmq-Xqw _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 05:25:15' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3i08 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":1667}' # _entry.id 3I08 # _exptl.entry_id 3I08 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3I08 _cell.length_a 65.868 _cell.length_b 65.868 _cell.length_c 322.586 _cell.Z_PDB 16 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3I08 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 96 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 43 21 2' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id ? dimeric 2 author_defined_assembly 1 ? dimeric 2 author_defined_assembly 2 PISA tetrameric 4 software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,L,M 1 1 C,D,I,J,K,N,O 2 1 A,B,E,F,G,H,L,M 3 1 C,D,I,J,K,N,O 3 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 7_455 y-1,x,-z 0 1 0 1 0 0 0 0 -1 -65.868 0 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 5 A CYS 1450 1_555 A SG CYS 28 A CYS 1473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 10 A CYS 1455 1_555 A SG CYS 23 A CYS 1468 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 19 A CYS 1464 1_555 A SG CYS 35 A CYS 1480 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? disulf ? disulf4 A SG CYS 46 A CYS 1491 1_555 A SG CYS 70 A CYS 1515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? disulf ? disulf5 A SG CYS 52 A CYS 1497 1_555 A SG CYS 65 A CYS 1510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? disulf ? disulf6 A SG CYS 61 A CYS 1506 1_555 A SG CYS 77 A CYS 1522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? disulf ? disulf7 A SG CYS 84 A CYS 1529 1_555 A SG CYS 110 A CYS 1555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.098 ? disulf ? disulf8 A SG CYS 92 A CYS 1537 1_555 A SG CYS 105 A CYS 1550 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.969 ? disulf ? disulf9 A SG CYS 101 A CYS 1546 1_555 A SG CYS 117 A CYS 1562 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.108 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 21 B CYS 1686 1_555 B SG CYS 28 B CYS 1693 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.099 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 5 C CYS 1450 1_555 C SG CYS 28 C CYS 1473 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 10 C CYS 1455 1_555 C SG CYS 23 C CYS 1468 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? disulf ? disulf13 C SG CYS 19 C CYS 1464 1_555 C SG CYS 35 C CYS 1480 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.052 ? disulf ? disulf14 C SG CYS 46 C CYS 1491 1_555 C SG CYS 70 C CYS 1515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? disulf ? disulf15 C SG CYS 52 C CYS 1497 1_555 C SG CYS 65 C CYS 1510 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.085 ? disulf ? disulf16 C SG CYS 61 C CYS 1506 1_555 C SG CYS 77 C CYS 1522 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.068 ? disulf ? disulf17 C SG CYS 84 C CYS 1529 1_555 C SG CYS 110 C CYS 1555 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? disulf ? disulf18 C SG CYS 92 C CYS 1537 1_555 C SG CYS 105 C CYS 1550 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.971 ? disulf ? disulf19 C SG CYS 101 C CYS 1546 1_555 C SG CYS 117 C CYS 1562 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? disulf ? disulf20 D SG CYS 21 D CYS 1686 1_555 D SG CYS 28 D CYS 1693 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.091 ? metalc ? metalc1 E CA CA . A CA 1 1_555 A O ASP 13 A ASP 1458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.469 ? metalc ? metalc2 E CA CA . A CA 1 1_555 A OD1 ASN 16 A ASN 1461 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc3 E CA CA . A CA 1 1_555 A O VAL 18 A VAL 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.522 ? metalc ? metalc4 E CA CA . A CA 1 1_555 A OG SER 20 A SER 1465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? metalc ? metalc5 E CA CA . A CA 1 1_555 A OD1 ASP 31 A ASP 1476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc6 E CA CA . A CA 1 1_555 A OD2 ASP 34 A ASP 1479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc7 A O TYR 55 A TYR 1500 1_555 F CA CA . A CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc8 A O HIS 60 A HIS 1505 1_555 F CA CA . A CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.462 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 62 A ASP 1507 1_555 F CA CA . A CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.126 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASP 73 A ASP 1518 1_555 F CA CA . A CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc11 A OD2 ASP 73 A ASP 1518 1_555 F CA CA . A CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.531 ? metalc ? metalc12 A OD2 ASP 76 A ASP 1521 1_555 F CA CA . A CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc13 A O HIS 95 A HIS 1540 1_555 G CA CA . A CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.496 ? metalc ? metalc14 A OD2 ASP 98 A ASP 1543 1_555 G CA CA . A CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc15 A O HIS 100 A HIS 1545 1_555 G CA CA . A CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.234 ? metalc ? metalc16 A OD1 ASP 102 A ASP 1547 1_555 G CA CA . A CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.353 ? metalc ? metalc17 A OD1 ASP 113 A ASP 1558 1_555 G CA CA . A CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc18 A OD2 ASP 113 A ASP 1558 1_555 G CA CA . A CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.484 ? metalc ? metalc19 A OD2 ASP 116 A ASP 1561 1_555 G CA CA . A CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.697 ? metalc ? metalc20 I CA CA . C CA 1 1_555 C O ASP 13 C ASP 1458 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc21 I CA CA . C CA 1 1_555 C OD1 ASN 16 C ASN 1461 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc22 I CA CA . C CA 1 1_555 C O VAL 18 C VAL 1463 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.608 ? metalc ? metalc23 I CA CA . C CA 1 1_555 C OG SER 20 C SER 1465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.756 ? metalc ? metalc24 I CA CA . C CA 1 1_555 C OD1 ASP 31 C ASP 1476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc25 I CA CA . C CA 1 1_555 C OD2 ASP 34 C ASP 1479 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc26 C O TYR 55 C TYR 1500 1_555 J CA CA . C CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.39 ? metalc ? metalc27 C OD2 ASP 58 C ASP 1503 1_555 J CA CA . C CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.92 ? metalc ? metalc28 C O HIS 60 C HIS 1505 1_555 J CA CA . C CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.478 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 62 C ASP 1507 1_555 J CA CA . C CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? metalc ? metalc30 C OD1 ASP 73 C ASP 1518 1_555 J CA CA . C CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc31 C OD2 ASP 73 C ASP 1518 1_555 J CA CA . C CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.66 ? metalc ? metalc32 C OD2 ASP 76 C ASP 1521 1_555 J CA CA . C CA 1666 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.173 ? metalc ? metalc33 C O HIS 95 C HIS 1540 1_555 K CA CA . C CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? metalc ? metalc34 C OD2 ASP 98 C ASP 1543 1_555 K CA CA . C CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc35 C O HIS 100 C HIS 1545 1_555 K CA CA . C CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc36 C OD1 ASP 102 C ASP 1547 1_555 K CA CA . C CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.384 ? metalc ? metalc37 C OD1 ASP 113 C ASP 1558 1_555 K CA CA . C CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc38 C OD2 ASP 113 C ASP 1558 1_555 K CA CA . C CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.352 ? metalc ? metalc39 C OD2 ASP 116 C ASP 1561 1_555 K CA CA . C CA 1667 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.567 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3I08 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.015182 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.015182 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.0031 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA A 1 1 1 CA CA . F 3 CA A 1 1666 1 CA CA . G 3 CA A 1 1667 1 CA CA . H 4 CL A 1 1668 1 CL CL . I 3 CA C 1 1 1 CA CA . J 3 CA C 1 1666 1 CA CA . K 3 CA C 1 1667 1 CA CA . L 5 HOH A 1 6 6 HOH HOH . L 5 HOH A 2 9 9 HOH HOH . L 5 HOH A 3 15 15 HOH HOH . L 5 HOH A 4 16 16 HOH HOH . L 5 HOH A 5 21 21 HOH HOH . M 5 HOH B 1 1 1 HOH HOH . M 5 HOH B 2 7 7 HOH HOH . M 5 HOH B 3 14 14 HOH HOH . N 5 HOH C 1 2 2 HOH HOH . N 5 HOH C 2 3 3 HOH HOH . N 5 HOH C 3 4 4 HOH HOH . N 5 HOH C 4 5 5 HOH HOH . N 5 HOH C 5 8 8 HOH HOH . N 5 HOH C 6 11 11 HOH HOH . N 5 HOH C 7 12 12 HOH HOH . N 5 HOH C 8 13 13 HOH HOH . N 5 HOH C 9 17 17 HOH HOH . N 5 HOH C 10 19 19 HOH HOH . N 5 HOH C 11 22 22 HOH HOH . O 5 HOH D 1 10 10 HOH HOH . O 5 HOH D 2 20 20 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -19.797 _atom_site.Cartn_y 22.674 _atom_site.Cartn_z -5.799 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 51.53 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 1667 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 19 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 310 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #