data_3I2S # _model_server_result.job_id qIFLPAwLMOOSb1gHEGAKJA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 17:26:29' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3i2s # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":102}' # _entry.id 3I2S # _exptl.entry_id 3I2S _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 161.116 _entity.id 5 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'COBALT HEXAMMINE(III)' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3I2S _cell.length_a 92.83 _cell.length_b 92.83 _cell.length_c 132.69 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3I2S _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 178 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61 2 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details trimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 3 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 E N N ? 5 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A O3' C 4 A C -2 1_555 A P A2M 5 A A2M -1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.601 ? covale ? covale2 A O3' A2M 5 A A2M -1 1_555 A P G 6 A G 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.619 ? covale ? covale3 B O3' A 8 B A 9 1_555 B P 1DP 9 B 1DP 10 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.613 ? covale ? covale4 B O3' 1DP 9 B 1DP 10 1_555 B P G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.6 ? covale ? covale5 B O3' G 12 B G 13 1_555 B P S9L 13 B S9L 14 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.613 ? covale ? covale6 B O3' S9L 13 B S9L 14 1_555 B P G 14 B G 15 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.608 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 C 2 A C -4 1_555 B N1 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 C 2 A C -4 1_555 B O6 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 C 2 A C -4 1_555 B N2 G 12 B G 13 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N3 C 3 A C -3 1_555 B N1 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N4 C 3 A C -3 1_555 B O6 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O2 C 3 A C -3 1_555 B N2 G 11 B G 12 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N3 C 4 A C -2 1_555 B N1 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N4 C 4 A C -2 1_555 B O6 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O2 C 4 A C -2 1_555 B N2 G 10 B G 11 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A2M-A MISPAIR' hydrog10 A N3 A2M 5 A A2M -1 1_555 B N6 A 8 B A 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N1 G 6 A G 1 1_555 B N3 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N2 G 6 A G 1 1_555 B O2 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A O6 G 6 A G 1 1_555 B N4 C 24 B C 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog14 A O4 U 7 A U 2 1_555 B N2 G 7 B G 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog15 A N4 C 8 A C 3 1_555 B N1 A 6 B A 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 C 9 A C 4 1_555 B N1 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N4 C 9 A C 4 1_555 B O6 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O2 C 9 A C 4 1_555 B N2 G 5 B G 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N1 A 10 A A 5 1_555 B N3 U 4 B U 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N6 A 10 A A 5 1_555 B O4 U 4 B U 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog21 A O2 C 11 A C 6 1_555 B N2 G 3 B G 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N3 C 12 A C 7 1_555 B N1 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N4 C 12 A C 7 1_555 B O6 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O2 C 12 A C 7 1_555 B N2 G 2 B G 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog25 A N1 G 13 A G 8 1_555 B N3 C 1 B C 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 B N1 G 14 B G 15 1_555 C N3 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 B N2 G 14 B G 15 1_555 C O2 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 B O6 G 14 B G 15 1_555 C N4 C 19 C C 49 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 B N1 G 15 B G 16 1_555 C N3 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 B N2 G 15 B G 16 1_555 C O2 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 B O6 G 15 B G 16 1_555 C N4 C 18 C C 48 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 B N3 C 16 B C 17 1_555 C N1 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 B N4 C 16 B C 17 1_555 C O6 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 B O2 C 16 B C 17 1_555 C N2 G 17 C G 47 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 B N1 A 17 B A 18 1_555 C N3 U 16 C U 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog36 B N6 A 17 B A 18 1_555 C O4 U 16 C U 46 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 B N1 G 18 B G 19 1_555 C N3 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 B N2 G 18 B G 19 1_555 C O2 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 B O6 G 18 B G 19 1_555 C N4 C 15 C C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-C MISPAIR' hydrog40 B N1 A 19 B A 20 1_555 C N4 C 14 C C 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog41 B N2 G 20 B G 21 1_555 C N7 A 13 C A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_11_PAIR hydrog42 B N3 G 20 B G 21 1_555 C N6 A 13 C A 43 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog43 B N6 A 21 B A 22 1_555 C O2 U 11 C U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog44 B N7 A 21 B A 22 1_555 C N3 U 11 C U 41 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_5_PAIR hydrog45 B N6 A 22 B A 23 1_555 C N1 A 10 C A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_5_PAIR hydrog46 B N7 A 22 B A 23 1_555 C N6 A 10 C A 40 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog47 B N6 A 23 B A 24 1_555 C N7 A 8 C A 38 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog48 B N1 A 25 B A 26 1_555 C N1 G 6 C G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_8_PAIR hydrog49 B N6 A 25 B A 26 1_555 C O6 G 6 C G 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 B N3 C 26 B C 27 1_555 C N1 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 B N4 C 26 B C 27 1_555 C O6 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 B O2 C 26 B C 27 1_555 C N2 G 5 C G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 B N1 A 27 B A 28 1_555 C N3 U 4 C U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 B N6 A 27 B A 28 1_555 C O4 U 4 C U 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog55 B N3 C 28 B C 29 1_555 C N1 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog56 B N4 C 28 B C 29 1_555 C O6 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 B O2 C 28 B C 29 1_555 C N2 G 3 C G 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 B N1 G 29 B G 30 1_555 C N3 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 B N2 G 29 B G 30 1_555 C O2 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 B O6 G 29 B G 30 1_555 C N4 C 2 C C 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 B N1 A 30 B A 31 1_555 C N3 U 1 C U 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 B N6 A 30 B A 31 1_555 C O4 U 1 C U 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'Co H18 N6 3' _chem_comp.formula_weight 161.116 _chem_comp.id NCO _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'COBALT HEXAMMINE(III)' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CO N1 NCO sing 198 n n CO N2 NCO sing 199 n n CO N3 NCO sing 200 n n CO N4 NCO sing 201 n n CO N5 NCO sing 202 n n CO N6 NCO sing 203 n n N1 HN11 NCO sing 204 n n N1 HN12 NCO sing 205 n n N1 HN13 NCO sing 206 n n N2 HN21 NCO sing 207 n n N2 HN22 NCO sing 208 n n N2 HN23 NCO sing 209 n n N3 HN31 NCO sing 210 n n N3 HN32 NCO sing 211 n n N3 HN33 NCO sing 212 n n N4 HN41 NCO sing 213 n n N4 HN42 NCO sing 214 n n N4 HN43 NCO sing 215 n n N5 HN51 NCO sing 216 n n N5 HN52 NCO sing 217 n n N5 HN53 NCO sing 218 n n N6 HN61 NCO sing 219 n n N6 HN62 NCO sing 220 n n N6 HN63 NCO sing 221 n n # _atom_sites.entry_id 3I2S _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010772 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.006219 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.012439 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.007536 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code D 4 SO4 A 1 103 1 SO4 SO4 . E 5 NCO B 1 101 1 NCO NCO . F 5 NCO B 1 102 2 NCO NCO . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 CO CO NCO . . . F 5 40.457 26.184 52.338 1 80.55 ? CO NCO 102 B 1 HETATM 2 N N1 NCO . . . F 5 40.569 24.482 51.246 1 81.55 ? N1 NCO 102 B 1 HETATM 3 N N2 NCO . . . F 5 39.273 26.911 50.881 1 82.53 ? N2 NCO 102 B 1 HETATM 4 N N3 NCO . . . F 5 38.982 25.522 53.498 1 81.08 ? N3 NCO 102 B 1 HETATM 5 N N4 NCO . . . F 5 41.932 26.984 51.32 1 80.93 ? N4 NCO 102 B 1 HETATM 6 N N5 NCO . . . F 5 40.387 27.837 53.34 1 83.64 ? N5 NCO 102 B 1 HETATM 7 N N6 NCO . . . F 5 41.718 25.417 53.73 1 82.19 ? N6 NCO 102 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 46 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 1 _model_server_stats.query_time_ms 192 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 7 #