data_3I3Y
#
_model_server_result.job_id            6zyGbADv2Uqs0ueJd_GIyA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-21 14:14:32' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3i3y 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":311}' 
#
_entry.id    3I3Y 
#
_exptl.entry_id    3I3Y 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              150.13 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  man 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            alpha-D-ribofuranose 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          99.45 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3I3Y 
_cell.length_a            54.488 
_cell.length_b            105.9 
_cell.length_c            121.152 
_cell.Z_PDB               8 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3I3Y 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,H,I,J,M,O 1 1 
B,D,E,F,G,K,L,N,P 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             L 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C LEU 80 A LEU 78 1_555 A N MSE 81 A MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale2 A C MSE 81 A MSE 79 1_555 A N LEU 82 A LEU 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale3 A C GLU 121 A GLU 119 1_555 A N MSE 122 A MSE 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale4 A C MSE 122 A MSE 120 1_555 A N ILE 123 A ILE 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale5 A C HIS 125 A HIS 123 1_555 A N MSE 126 A MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale6 A C MSE 126 A MSE 124 1_555 A N ALA 127 A ALA 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale7 A C GLY 157 A GLY 155 1_555 A N MSE 158 A MSE 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale8 A C MSE 158 A MSE 156 1_555 A N THR 159 A THR 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale9 A C VAL 239 A VAL 237 1_555 A N MSE 240 A MSE 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale10 A C MSE 240 A MSE 238 1_555 A N LEU 241 A LEU 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale11 B C LEU 80 B LEU 78 1_555 B N MSE 81 B MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale12 B C MSE 81 B MSE 79 1_555 B N LEU 82 B LEU 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale13 B C GLU 121 B GLU 119 1_555 B N MSE 122 B MSE 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale14 B C MSE 122 B MSE 120 1_555 B N ILE 123 B ILE 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale15 B C HIS 125 B HIS 123 1_555 B N MSE 126 B MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale16 B C MSE 126 B MSE 124 1_555 B N ALA 127 B ALA 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale17 B C GLY 157 B GLY 155 1_555 B N MSE 158 B MSE 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale18 B C MSE 158 B MSE 156 1_555 B N THR 159 B THR 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale19 B C VAL 239 B VAL 237 1_555 B N MSE 240 B MSE 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale20 B C MSE 240 B MSE 238 1_555 B N LEU 241 B LEU 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale21 C C LEU 80 C LEU 78 1_555 C N MSE 81 C MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale22 C C MSE 81 C MSE 79 1_555 C N LEU 82 C LEU 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale23 C C GLU 121 C GLU 119 1_555 C N MSE 122 C MSE 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale24 C C MSE 122 C MSE 120 1_555 C N ILE 123 C ILE 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale25 C C HIS 125 C HIS 123 1_555 C N MSE 126 C MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale26 C C MSE 126 C MSE 124 1_555 C N ALA 127 C ALA 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale27 C C GLY 157 C GLY 155 1_555 C N MSE 158 C MSE 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale28 C C MSE 158 C MSE 156 1_555 C N THR 159 C THR 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale29 C C VAL 239 C VAL 237 1_555 C N MSE 240 C MSE 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale30 C C MSE 240 C MSE 238 1_555 C N LEU 241 C LEU 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale31 D C LEU 80 D LEU 78 1_555 D N MSE 81 D MSE 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale32 D C MSE 81 D MSE 79 1_555 D N LEU 82 D LEU 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale33 D C GLU 121 D GLU 119 1_555 D N MSE 122 D MSE 120 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale34 D C MSE 122 D MSE 120 1_555 D N ILE 123 D ILE 121 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale35 D C HIS 125 D HIS 123 1_555 D N MSE 126 D MSE 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale36 D C MSE 126 D MSE 124 1_555 D N ALA 127 D ALA 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale37 D C GLY 157 D GLY 155 1_555 D N MSE 158 D MSE 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale38 D C MSE 158 D MSE 156 1_555 D N THR 159 D THR 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale39 D C VAL 239 D VAL 237 1_555 D N MSE 240 D MSE 238 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale40 D C MSE 240 D MSE 238 1_555 D N LEU 241 D LEU 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
#
_chem_comp.formula           'C5 H10 O5' 
_chem_comp.formula_weight    150.13 
_chem_comp.id                RIB 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              alpha-D-ribofuranose 
_chem_comp.type              'd-saccharide, alpha linking' 
_chem_comp.pdbx_synonyms     alpha-D-ribose;D-ribose;ribose 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
O5 C5 RIB sing 290 n n 
O5 HO5 RIB sing 291 n n 
C5 C4 RIB sing 292 n n 
C5 H51 RIB sing 293 n n 
C5 H52 RIB sing 294 n n 
C4 O4 RIB sing 295 n n 
C4 C3 RIB sing 296 n n 
C4 H4 RIB sing 297 n n 
O4 C1 RIB sing 298 n n 
C3 O3 RIB sing 299 n n 
C3 C2 RIB sing 300 n n 
C3 H3 RIB sing 301 n n 
O3 HO3 RIB sing 302 n n 
C2 O2 RIB sing 303 n n 
C2 C1 RIB sing 304 n n 
C2 H2 RIB sing 305 n n 
O2 HO2 RIB sing 306 n n 
C1 O1 RIB sing 307 n n 
C1 H1 RIB sing 308 n n 
O1 HO1 RIB sing 309 n n 
#
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
RIB DRibfa 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
RIB a-D-ribofuranose 'COMMON NAME' GMML 1 
RIB a-D-Ribf 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 
RIB Rib 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 
#
_atom_sites.entry_id                     3I3Y 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.018353 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.003055 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009443 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.008368 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 SO4 B 1 298 3 SO4 SO4 . 
F 2 SO4 B 1 299 5 SO4 SO4 . 
G 2 SO4 B 1 300 6 SO4 SO4 . 
H 2 SO4 C 1 1 1 SO4 SO4 . 
I 2 SO4 C 1 298 2 SO4 SO4 . 
J 3 GOL C 1 501 501 GOL GOL . 
K 2 SO4 D 1 298 4 SO4 SO4 . 
L 4 RIB D 1 311 311 RIB RIB . 
M 5 HOH A 1 1 1 HOH TIP . 
M 5 HOH A 2 298 9 HOH TIP . 
M 5 HOH A 3 299 12 HOH TIP . 
M 5 HOH A 4 300 15 HOH TIP . 
M 5 HOH A 5 301 16 HOH TIP . 
M 5 HOH A 6 302 18 HOH TIP . 
M 5 HOH A 7 303 19 HOH TIP . 
M 5 HOH A 8 304 21 HOH TIP . 
M 5 HOH A 9 305 27 HOH TIP . 
M 5 HOH A 10 306 32 HOH TIP . 
M 5 HOH A 11 307 37 HOH TIP . 
M 5 HOH A 12 308 40 HOH TIP . 
M 5 HOH A 13 309 56 HOH TIP . 
M 5 HOH A 14 310 70 HOH TIP . 
M 5 HOH A 15 311 71 HOH TIP . 
M 5 HOH A 16 312 80 HOH TIP . 
M 5 HOH A 17 313 84 HOH TIP . 
M 5 HOH A 18 314 85 HOH TIP . 
M 5 HOH A 19 315 92 HOH TIP . 
M 5 HOH A 20 316 95 HOH TIP . 
M 5 HOH A 21 317 101 HOH TIP . 
M 5 HOH A 22 318 105 HOH TIP . 
M 5 HOH A 23 319 106 HOH TIP . 
M 5 HOH A 24 320 107 HOH TIP . 
M 5 HOH A 25 321 112 HOH TIP . 
M 5 HOH A 26 322 116 HOH TIP . 
M 5 HOH A 27 323 117 HOH TIP . 
M 5 HOH A 28 324 121 HOH TIP . 
M 5 HOH A 29 325 122 HOH TIP . 
M 5 HOH A 30 326 137 HOH TIP . 
M 5 HOH A 31 327 140 HOH TIP . 
M 5 HOH A 32 328 141 HOH TIP . 
M 5 HOH A 33 329 145 HOH TIP . 
M 5 HOH A 34 330 149 HOH TIP . 
M 5 HOH A 35 331 156 HOH TIP . 
M 5 HOH A 36 332 157 HOH TIP . 
M 5 HOH A 37 333 158 HOH TIP . 
M 5 HOH A 38 334 160 HOH TIP . 
M 5 HOH A 39 335 162 HOH TIP . 
M 5 HOH A 40 336 171 HOH TIP . 
M 5 HOH A 41 337 172 HOH TIP . 
M 5 HOH A 42 338 183 HOH TIP . 
M 5 HOH A 43 339 184 HOH TIP . 
M 5 HOH A 44 340 189 HOH TIP . 
M 5 HOH A 45 341 190 HOH TIP . 
M 5 HOH A 46 342 195 HOH TIP . 
M 5 HOH A 47 343 200 HOH TIP . 
M 5 HOH A 48 344 206 HOH TIP . 
M 5 HOH A 49 345 209 HOH TIP . 
M 5 HOH A 50 346 210 HOH TIP . 
M 5 HOH A 51 347 212 HOH TIP . 
M 5 HOH A 52 348 225 HOH TIP . 
M 5 HOH A 53 349 226 HOH TIP . 
M 5 HOH A 54 350 230 HOH TIP . 
M 5 HOH A 55 351 232 HOH TIP . 
M 5 HOH A 56 352 233 HOH TIP . 
M 5 HOH A 57 353 234 HOH TIP . 
M 5 HOH A 58 354 236 HOH TIP . 
M 5 HOH A 59 355 238 HOH TIP . 
M 5 HOH A 60 356 240 HOH TIP . 
N 5 HOH B 1 301 10 HOH TIP . 
N 5 HOH B 2 302 17 HOH TIP . 
N 5 HOH B 3 303 22 HOH TIP . 
N 5 HOH B 4 304 23 HOH TIP . 
N 5 HOH B 5 305 31 HOH TIP . 
N 5 HOH B 6 306 34 HOH TIP . 
N 5 HOH B 7 307 38 HOH TIP . 
N 5 HOH B 8 308 39 HOH TIP . 
N 5 HOH B 9 309 42 HOH TIP . 
N 5 HOH B 10 310 43 HOH TIP . 
N 5 HOH B 11 311 51 HOH TIP . 
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