data_3ICF # _model_server_result.job_id Feibv3dL5IKoKDXDR4IQRw _model_server_result.datetime_utc '2024-11-05 01:20:05' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3icf # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":602}' # _entry.id 3ICF # _exptl.entry_id 3ICF _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 55.845 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'FE (III) ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 4 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3ICF _cell.length_a 47.194 _cell.length_b 47.194 _cell.length_c 237.096 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3ICF _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 145 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 32' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dimeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 2 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 C N N ? 2 D N N ? 2 H N N ? 2 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 A C MSE 12 A MSE 190 1_555 A N SER 13 A SER 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale2 A C LYS 19 A LYS 197 1_555 A N MSE 20 A MSE 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale3 A C MSE 20 A MSE 198 1_555 A N VAL 21 A VAL 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? covale ? covale4 A C SER 52 A SER 230 1_555 A N MSE 53 A MSE 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale5 A C MSE 53 A MSE 231 1_555 A N VAL 54 A VAL 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.32 ? covale ? covale6 A C ASN 137 A ASN 315 1_555 A N MSE 138 A MSE 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale7 A C MSE 138 A MSE 316 1_555 A N ASN 139 A ASN 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? covale ? covale8 A C ASN 158 A ASN 336 1_555 A N MSE 159 A MSE 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.345 ? covale ? covale9 A C MSE 159 A MSE 337 1_555 A N PHE 160 A PHE 338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? covale ? covale10 A C VAL 179 A VAL 357 1_555 A N MSE 180 A MSE 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale11 A C MSE 180 A MSE 358 1_555 A N HIS 181 A HIS 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale12 A C PHE 210 A PHE 388 1_555 A N MSE 211 A MSE 389 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale13 A C MSE 211 A MSE 389 1_555 A N GLU 212 A GLU 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? covale ? covale14 A C GLY 223 A GLY 401 1_555 A N MSE 224 A MSE 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale15 A C MSE 224 A MSE 402 1_555 A N GLY 225 A GLY 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale16 A C ARG 259 A ARG 437 1_555 A N MSE 260 A MSE 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale17 A C MSE 260 A MSE 438 1_555 A N GLY 261 A GLY 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale18 A C LEU 271 A LEU 449 1_555 A N MSE 272 A MSE 450 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale19 A C MSE 272 A MSE 450 1_555 A N THR 273 A THR 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale20 A C PRO 325 A PRO 503 1_555 A N MSE 326 A MSE 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale21 A C MSE 326 A MSE 504 1_555 A N ALA 327 A ALA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale22 B C MSE 12 B MSE 190 1_555 B N SER 13 B SER 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale23 B C LYS 19 B LYS 197 1_555 B N MSE 20 B MSE 198 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale24 B C MSE 20 B MSE 198 1_555 B N VAL 21 B VAL 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale25 B C SER 52 B SER 230 1_555 B N MSE 53 B MSE 231 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale26 B C MSE 53 B MSE 231 1_555 B N VAL 54 B VAL 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.316 ? covale ? covale27 B C ASN 137 B ASN 315 1_555 B N MSE 138 B MSE 316 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale28 B C MSE 138 B MSE 316 1_555 B N ASN 139 B ASN 317 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.336 ? covale ? covale29 B C ASN 158 B ASN 336 1_555 B N MSE 159 B MSE 337 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale30 B C MSE 159 B MSE 337 1_555 B N PHE 160 B PHE 338 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? covale ? covale31 B C VAL 179 B VAL 357 1_555 B N MSE 180 B MSE 358 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? covale ? covale32 B C MSE 180 B MSE 358 1_555 B N HIS 181 B HIS 359 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? covale ? covale33 B C PHE 210 B PHE 388 1_555 B N MSE 211 B MSE 389 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? covale ? covale34 B C MSE 211 B MSE 389 1_555 B N GLU 212 B GLU 390 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? covale ? covale35 B C GLY 223 B GLY 401 1_555 B N MSE 224 B MSE 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? covale ? covale36 B C MSE 224 B MSE 402 1_555 B N GLY 225 B GLY 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? covale ? covale37 B C ARG 259 B ARG 437 1_555 B N MSE 260 B MSE 438 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? covale ? covale38 B C MSE 260 B MSE 438 1_555 B N GLY 261 B GLY 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale39 B C LEU 271 B LEU 449 1_555 B N MSE 272 B MSE 450 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? covale ? covale40 B C MSE 272 B MSE 450 1_555 B N THR 273 B THR 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? covale ? covale41 B C PRO 325 B PRO 503 1_555 B N MSE 326 B MSE 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? covale ? covale42 B C MSE 326 B MSE 504 1_555 B N ALA 327 B ALA 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.337 ? metalc ? metalc1 E O4 PO4 . A PO4 1 1_555 C FE FE . A FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? metalc ? metalc2 E O1 PO4 . A PO4 1 1_555 D FE FE . A FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? metalc ? metalc3 A O SER 41 A SER 219 1_555 G NA NA . A NA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc4 A OG SER 41 A SER 219 1_555 G NA NA . A NA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc5 A OG1 THR 45 A THR 223 1_555 G NA NA . A NA 515 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.239 ? metalc ? metalc6 A OD2 ASP 71 A ASP 249 1_555 D FE FE . A FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? metalc ? metalc7 A NE2 HIS 73 A HIS 251 1_555 D FE FE . A FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.957 ? metalc ? metalc8 A OD2 ASP 100 A ASP 278 1_555 C FE FE . A FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? metalc ? metalc9 A OD2 ASP 100 A ASP 278 1_555 D FE FE . A FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.087 ? metalc ? metalc10 A OD1 ASN 132 A ASN 310 1_555 C FE FE . A FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.067 ? metalc ? metalc11 A NE2 HIS 181 A HIS 359 1_555 C FE FE . A FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.88 ? metalc ? metalc12 A ND1 HIS 256 A HIS 434 1_555 C FE FE . A FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.896 ? metalc ? metalc13 G NA NA . A NA 515 1_555 B O SER 41 B SER 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.227 ? metalc ? metalc14 G NA NA . A NA 515 1_555 B OG SER 41 B SER 219 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc15 G NA NA . A NA 515 1_555 B OG1 THR 45 B THR 223 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc16 M O HOH . A HOH 517 1_555 D FE FE . A FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.919 ? metalc ? metalc17 J O1 PO4 . B PO4 2 1_555 H FE FE . B FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? metalc ? metalc18 J O2 PO4 . B PO4 2 1_555 I FE FE . B FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? metalc ? metalc19 B OD2 ASP 71 B ASP 249 1_555 I FE FE . B FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? metalc ? metalc20 B NE2 HIS 73 B HIS 251 1_555 I FE FE . B FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.954 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 100 B ASP 278 1_555 H FE FE . B FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? metalc ? metalc22 B OD2 ASP 100 B ASP 278 1_555 I FE FE . B FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.079 ? metalc ? metalc23 B OD1 ASN 132 B ASN 310 1_555 H FE FE . B FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc24 B NE2 HIS 181 B HIS 359 1_555 H FE FE . B FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.895 ? metalc ? metalc25 B ND1 HIS 256 B HIS 434 1_555 H FE FE . B FE 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.889 ? metalc ? metalc26 N O HOH . B HOH 518 1_555 I FE FE . B FE 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.814 ? # _chem_comp.formula 'Fe 3' _chem_comp.formula_weight 55.845 _chem_comp.id FE _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'FE (III) ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3ICF _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021189 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.012234 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.024467 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004218 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code C 2 FE A 1 601 601 FE FE . D 2 FE A 1 602 602 FE FE . E 3 PO4 A 1 1 1 PO4 PO4 . F 4 EDO A 1 514 1 EDO EDO . G 5 NA A 1 515 1 NA NA . H 2 FE B 1 601 601 FE FE . I 2 FE B 1 602 602 FE FE . J 3 PO4 B 1 2 2 PO4 PO4 . K 4 EDO B 1 1 1 EDO EDO . L 6 CL B 1 514 1 CL CL . M 7 HOH A 1 2 2 HOH HOH . M 7 HOH A 2 3 3 HOH HOH . M 7 HOH A 3 4 4 HOH HOH . M 7 HOH A 4 13 13 HOH HOH . M 7 HOH A 5 14 14 HOH HOH . M 7 HOH A 6 15 15 HOH HOH . M 7 HOH A 7 16 16 HOH HOH . M 7 HOH A 8 17 17 HOH HOH . M 7 HOH A 9 18 18 HOH HOH . M 7 HOH A 10 21 21 HOH HOH . M 7 HOH A 11 24 24 HOH HOH . M 7 HOH A 12 26 26 HOH HOH . M 7 HOH A 13 27 27 HOH HOH . M 7 HOH A 14 29 29 HOH HOH . M 7 HOH A 15 30 30 HOH HOH . M 7 HOH A 16 33 33 HOH HOH . M 7 HOH A 17 34 34 HOH HOH . M 7 HOH A 18 38 38 HOH HOH . M 7 HOH A 19 39 39 HOH HOH . M 7 HOH A 20 40 40 HOH HOH . M 7 HOH A 21 41 41 HOH HOH . M 7 HOH A 22 42 42 HOH HOH . M 7 HOH A 23 43 43 HOH HOH . M 7 HOH A 24 46 46 HOH HOH . M 7 HOH A 25 50 50 HOH HOH . M 7 HOH A 26 53 53 HOH HOH . M 7 HOH A 27 60 60 HOH HOH . M 7 HOH A 28 62 62 HOH HOH . M 7 HOH A 29 64 64 HOH HOH . M 7 HOH A 30 65 65 HOH HOH . M 7 HOH A 31 72 72 HOH HOH . M 7 HOH A 32 75 75 HOH HOH . M 7 HOH A 33 78 78 HOH HOH . M 7 HOH A 34 79 79 HOH HOH . M 7 HOH A 35 83 83 HOH HOH . M 7 HOH A 36 84 84 HOH HOH . M 7 HOH A 37 85 85 HOH HOH . M 7 HOH A 38 516 2 HOH HOH . M 7 HOH A 39 517 1 HOH HOH . M 7 HOH A 40 518 1 HOH HOH . M 7 HOH A 41 521 3 HOH HOH . N 7 HOH B 1 3 3 HOH HOH . N 7 HOH B 2 4 4 HOH HOH . N 7 HOH B 3 5 5 HOH HOH . N 7 HOH B 4 8 8 HOH HOH . N 7 HOH B 5 19 19 HOH HOH . N 7 HOH B 6 20 20 HOH HOH . N 7 HOH B 7 22 22 HOH HOH . N 7 HOH B 8 25 25 HOH HOH . N 7 HOH B 9 28 28 HOH HOH . N 7 HOH B 10 37 37 HOH HOH . N 7 HOH B 11 44 44 HOH HOH . N 7 HOH B 12 47 47 HOH HOH . N 7 HOH B 13 48 48 HOH HOH . N 7 HOH B 14 51 51 HOH HOH . N 7 HOH B 15 55 55 HOH HOH . N 7 HOH B 16 56 56 HOH HOH . N 7 HOH B 17 57 57 HOH HOH . N 7 HOH B 18 59 59 HOH HOH . N 7 HOH B 19 63 63 HOH HOH . N 7 HOH B 20 66 66 HOH HOH . N 7 HOH B 21 67 67 HOH HOH . N 7 HOH B 22 69 69 HOH HOH . N 7 HOH B 23 70 70 HOH HOH . N 7 HOH B 24 73 73 HOH HOH . N 7 HOH B 25 74 74 HOH HOH . N 7 HOH B 26 81 81 HOH HOH . N 7 HOH B 27 82 82 HOH HOH . N 7 HOH B 28 515 1 HOH HOH . N 7 HOH B 29 516 3 HOH HOH . N 7 HOH B 30 517 2 HOH HOH . N 7 HOH B 31 518 2 HOH HOH . N 7 HOH B 32 519 3 HOH HOH . N 7 HOH B 33 520 2 HOH HOH . N 7 HOH B 34 522 1 HOH HOH . N 7 HOH B 35 523 2 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol FE _atom_site.label_atom_id FE _atom_site.label_comp_id FE _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 14.107 _atom_site.Cartn_y -17.683 _atom_site.Cartn_z 10.115 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 52.25 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id FE _atom_site.auth_comp_id FE _atom_site.auth_seq_id 602 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 27 _model_server_stats.create_model_time_ms 7 _model_server_stats.query_time_ms 273 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #