data_3ICT
#
_model_server_result.job_id            UiPlnxHe6gnfINxdoskOGQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-28 18:27:10' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3ict 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"G","auth_seq_id":600}' 
#
_entry.id    3ICT 
#
_exptl.entry_id    3ICT 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              427.201 
_entity.id                          4 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    1 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          101.84 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3ICT 
_cell.length_a            67.62 
_cell.length_b            110.55 
_cell.length_c            80.08 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3ICT 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
_pdbx_struct_assembly.method_details        PISA 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details    dimeric 
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count      2 
_pdbx_struct_assembly.details               author_and_software_defined_assembly 
_pdbx_struct_assembly.id                    1 
#
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list       A,B,C,D,E,F,G,H,I 
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id        1 
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression    1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
_struct_asym.details                        ? 
_struct_asym.entity_id                      4 
_struct_asym.id                             G 
_struct_asym.pdbx_modified                  N 
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag    N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C ILE 65 A ILE 31 1_555 A N MSE 66 A MSE 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale2 A C MSE 66 A MSE 32 1_555 A N VAL 67 A VAL 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale3 A C ARG 101 A ARG 67 1_555 A N MSE 102 A MSE 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale4 A C MSE 102 A MSE 68 1_555 A N SER 103 A SER 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale5 A C GLU 201 A GLU 167 1_555 A N MSE 202 A MSE 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale6 A C MSE 202 A MSE 168 1_555 A N VAL 203 A VAL 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale7 A C GLU 217 A GLU 183 1_555 A N MSE 218 A MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale8 A C MSE 218 A MSE 184 1_555 A N ALA 219 A ALA 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.319 ? 
covale ? covale9 A C VAL 222 A VAL 188 1_555 A N MSE 223 A MSE 189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale10 A C MSE 223 A MSE 189 1_555 A N PRO 224 A PRO 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? 
covale ? covale11 A C GLU 229 A GLU 195 1_555 A N MSE 230 A MSE 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale12 A C MSE 230 A MSE 196 1_555 A N ALA 231 A ALA 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale13 A C HIS 237 A HIS 203 1_555 A N MSE 238 A MSE 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale14 A C MSE 238 A MSE 204 1_555 A N LYS 239 A LYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale15 A C ASP 272 A ASP 238 1_555 A N MSE 273 A MSE 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale16 A C MSE 273 A MSE 239 1_555 A N LEU 274 A LEU 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale17 A C THR 331 A THR 297 1_555 A N MSE 332 A MSE 298 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale18 A C MSE 332 A MSE 298 1_555 A N ILE 333 A ILE 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale19 A C ARG 344 A ARG 310 1_555 A N MSE 345 A MSE 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale20 A C MSE 345 A MSE 311 1_555 A N LEU 346 A LEU 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale21 A C ARG 438 A ARG 404 1_555 A N MSE 439 A MSE 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale22 A C MSE 439 A MSE 405 1_555 A N ASP 440 A ASP 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale23 A C ASN 474 A ASN 440 1_555 A N MSE 475 A MSE 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale24 A C MSE 475 A MSE 441 1_555 A N VAL 476 A VAL 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale25 A C GLY 518 A GLY 484 1_555 A N MSE 519 A MSE 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale26 A C MSE 519 A MSE 485 1_555 A N ILE 520 A ILE 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale27 A C GLY 551 A GLY 517 1_555 A N MSE 552 A MSE 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale28 A C MSE 552 A MSE 518 1_555 A N ARG 553 A ARG 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale29 A C ARG 559 A ARG 525 1_555 A N MSE 560 A MSE 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale30 A C MSE 560 A MSE 526 1_555 A N LEU 561 A LEU 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.334 ? 
covale ? covale31 A C LEU 561 A LEU 527 1_555 A N MSE 562 A MSE 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale32 A C MSE 562 A MSE 528 1_555 A N GLU 563 A GLU 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale33 B C ILE 65 B ILE 31 1_555 B N MSE 66 B MSE 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale34 B C MSE 66 B MSE 32 1_555 B N VAL 67 B VAL 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale35 B C ARG 101 B ARG 67 1_555 B N MSE 102 B MSE 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale36 B C MSE 102 B MSE 68 1_555 B N SER 103 B SER 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale37 B C GLU 201 B GLU 167 1_555 B N MSE 202 B MSE 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale38 B C MSE 202 B MSE 168 1_555 B N VAL 203 B VAL 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale39 B C GLU 217 B GLU 183 1_555 B N MSE 218 B MSE 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.34 ? 
covale ? covale40 B C MSE 218 B MSE 184 1_555 B N ALA 219 B ALA 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale41 B C VAL 222 B VAL 188 1_555 B N MSE 223 B MSE 189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale42 B C MSE 223 B MSE 189 1_555 B N PRO 224 B PRO 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.348 ? 
covale ? covale43 B C GLU 229 B GLU 195 1_555 B N MSE 230 B MSE 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale44 B C MSE 230 B MSE 196 1_555 B N ALA 231 B ALA 197 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale45 B C HIS 237 B HIS 203 1_555 B N MSE 238 B MSE 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale46 B C MSE 238 B MSE 204 1_555 B N LYS 239 B LYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale47 B C ASP 272 B ASP 238 1_555 B N MSE 273 B MSE 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale48 B C MSE 273 B MSE 239 1_555 B N LEU 274 B LEU 240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale49 B C THR 331 B THR 297 1_555 B N MSE 332 B MSE 298 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale50 B C MSE 332 B MSE 298 1_555 B N ILE 333 B ILE 299 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale51 B C ARG 344 B ARG 310 1_555 B N MSE 345 B MSE 311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale52 B C MSE 345 B MSE 311 1_555 B N LEU 346 B LEU 312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale53 B C ARG 438 B ARG 404 1_555 B N MSE 439 B MSE 405 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale54 B C MSE 439 B MSE 405 1_555 B N ASP 440 B ASP 406 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale55 B C ASN 474 B ASN 440 1_555 B N MSE 475 B MSE 441 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale56 B C MSE 475 B MSE 441 1_555 B N VAL 476 B VAL 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale57 B C GLY 518 B GLY 484 1_555 B N MSE 519 B MSE 485 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale58 B C MSE 519 B MSE 485 1_555 B N ILE 520 B ILE 486 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale59 B C GLY 551 B GLY 517 1_555 B N MSE 552 B MSE 518 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale60 B C MSE 552 B MSE 518 1_555 B N ARG 553 B ARG 519 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.343 ? 
covale ? covale61 B C ARG 559 B ARG 525 1_555 B N MSE 560 B MSE 526 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? 
covale ? covale62 B C MSE 560 B MSE 526 1_555 B N LEU 561 B LEU 527 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale63 B C LEU 561 B LEU 527 1_555 B N MSE 562 B MSE 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale64 B C MSE 562 B MSE 528 1_555 B N GLU 563 B GLU 529 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H15 N5 O10 P2' 
_chem_comp.formula_weight    427.201 
_chem_comp.id                ADP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     n 
_chem_comp.name              "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PB O1B ADP doub 1 n n 
PB O2B ADP sing 2 n n 
PB O3B ADP sing 3 n n 
PB O3A ADP sing 4 n n 
O2B HOB2 ADP sing 5 n n 
O3B HOB3 ADP sing 6 n n 
PA O1A ADP doub 7 n n 
PA O2A ADP sing 8 n n 
PA O3A ADP sing 9 n n 
PA O5' ADP sing 10 n n 
O2A HOA2 ADP sing 11 n n 
O5' C5' ADP sing 12 n n 
C5' C4' ADP sing 13 n n 
C5' "H5'1" ADP sing 14 n n 
C5' "H5'2" ADP sing 15 n n 
C4' O4' ADP sing 16 n n 
C4' C3' ADP sing 17 n n 
C4' H4' ADP sing 18 n n 
O4' C1' ADP sing 19 n n 
C3' O3' ADP sing 20 n n 
C3' C2' ADP sing 21 n n 
C3' H3' ADP sing 22 n n 
O3' HO3' ADP sing 23 n n 
C2' O2' ADP sing 24 n n 
C2' C1' ADP sing 25 n n 
C2' H2' ADP sing 26 n n 
O2' HO2' ADP sing 27 n n 
C1' N9 ADP sing 28 n n 
C1' H1' ADP sing 29 n n 
N9 C8 ADP sing 30 n y 
N9 C4 ADP sing 31 n y 
C8 N7 ADP doub 32 n y 
C8 H8 ADP sing 33 n n 
N7 C5 ADP sing 34 n y 
C5 C6 ADP sing 35 n y 
C5 C4 ADP doub 36 n y 
C6 N6 ADP sing 37 n n 
C6 N1 ADP doub 38 n y 
N6 HN61 ADP sing 39 n n 
N6 HN62 ADP sing 40 n n 
N1 C2 ADP sing 41 n y 
C2 N3 ADP doub 42 n y 
C2 H2 ADP sing 43 n n 
N3 C4 ADP sing 44 n y 
#
_atom_sites.entry_id                     3ICT 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.014789 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.0031 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009046 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012759 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 FAD A 1 555 440 FAD FAD . 
D 3 COA A 1 556 441 COA COA . 
E 2 FAD B 1 555 439 FAD FAD . 
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HETATM 21 C C5 ADP . . . G 4 19.284 69.838 7.776 1 69.2 ? C5 ADP 600 B 1 
HETATM 22 C C6 ADP . . . G 4 20.034 69.408 6.568 1 69.31 ? C6 ADP 600 B 1 
HETATM 23 N N6 ADP . . . G 4 19.614 69.771 5.333 1 69.33 ? N6 ADP 600 B 1 
HETATM 24 N N1 ADP . . . G 4 21.144 68.64 6.742 1 69.2 ? N1 ADP 600 B 1 
HETATM 25 C C2 ADP . . . G 4 21.573 68.273 7.965 1 69.03 ? C2 ADP 600 B 1 
HETATM 26 N N3 ADP . . . G 4 20.943 68.635 9.101 1 68.67 ? N3 ADP 600 B 1 
HETATM 27 C C4 ADP . . . G 4 19.819 69.397 9.075 1 68.75 ? C4 ADP 600 B 1 
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