data_3IIM # _model_server_result.job_id qwiQgRuO3jGBs9xP5fesdA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-13 11:10:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3iim # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":175}' # _entry.id 3IIM # _exptl.entry_id 3IIM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 411.202 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3IIM _cell.length_a 99.276 _cell.length_b 99.276 _cell.length_c 57.969 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3IIM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 169 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 61' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # _chem_comp.formula 'C10 H15 N5 O9 P2' _chem_comp.formula_weight 411.202 _chem_comp.id DAT _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "2'-DEOXYADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms DADP # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag PB O1B DAT doub 83 n n PB O2B DAT sing 84 n n PB O3B DAT sing 85 n n PB O3A DAT sing 86 n n O2B HOB2 DAT sing 87 n n O3B HOB3 DAT sing 88 n n PA O1A DAT doub 89 n n PA O2A DAT sing 90 n n PA O3A DAT sing 91 n n PA O5' DAT sing 92 n n O2A HOA2 DAT sing 93 n n O5' C5' DAT sing 94 n n C5' C4' DAT sing 95 n n C5' "H5'1" DAT sing 96 n n C5' "H5'2" DAT sing 97 n n C4' O4' DAT sing 98 n n C4' C3' DAT sing 99 n n C4' H4' DAT sing 100 n n O4' C1' DAT sing 101 n n C3' O3' DAT sing 102 n n C3' C2' DAT sing 103 n n C3' H3' DAT sing 104 n n O3' HO3' DAT sing 105 n n C2' C1' DAT sing 106 n n C2' "H2'1" DAT sing 107 n n C2' "H2'2" DAT sing 108 n n C1' N9 DAT sing 109 n n C1' H1' DAT sing 110 n n N9 C8 DAT sing 111 n y N9 C4 DAT sing 112 n y C8 N7 DAT doub 113 n y C8 H8 DAT sing 114 n n N7 C5 DAT sing 115 n y C5 C6 DAT sing 116 n y C5 C4 DAT doub 117 n y C6 N6 DAT sing 118 n n C6 N1 DAT doub 119 n y N6 HN61 DAT sing 120 n n N6 HN62 DAT sing 121 n n N1 C2 DAT sing 122 n y C2 N3 DAT doub 123 n y C2 H2 DAT sing 124 n n N3 C4 DAT sing 125 n y # _atom_sites.entry_id 3IIM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.010073 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.005816 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011631 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.017251 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 DTV A 1 173 173 DTV DTV . C 3 EPE A 1 174 174 EPE EPE . D 4 DAT A 1 175 175 DAT DAT . E 5 SO4 A 1 176 176 SO4 SO4 . F 5 SO4 A 1 177 177 SO4 SO4 . G 5 SO4 A 1 178 178 SO4 SO4 . H 5 SO4 A 1 179 179 SO4 SO4 . I 6 HOH A 1 180 180 HOH HOH . I 6 HOH A 2 181 181 HOH HOH . I 6 HOH A 3 182 182 HOH HOH . I 6 HOH A 4 183 183 HOH HOH . I 6 HOH A 5 184 184 HOH HOH . I 6 HOH A 6 185 185 HOH HOH . I 6 HOH A 7 186 186 HOH HOH . I 6 HOH A 8 187 187 HOH HOH . I 6 HOH A 9 188 188 HOH HOH . I 6 HOH A 10 189 189 HOH HOH . I 6 HOH A 11 190 190 HOH HOH . I 6 HOH A 12 191 191 HOH HOH . I 6 HOH A 13 192 192 HOH HOH . I 6 HOH A 14 193 193 HOH HOH . I 6 HOH A 15 194 194 HOH HOH . I 6 HOH A 16 195 195 HOH HOH . I 6 HOH A 17 196 196 HOH HOH . I 6 HOH A 18 197 197 HOH HOH . I 6 HOH A 19 198 198 HOH HOH . I 6 HOH A 20 199 199 HOH HOH . I 6 HOH A 21 200 200 HOH HOH . I 6 HOH A 22 201 201 HOH HOH . I 6 HOH A 23 202 202 HOH HOH . I 6 HOH A 24 203 203 HOH HOH . I 6 HOH A 25 204 204 HOH HOH . I 6 HOH A 26 205 205 HOH HOH . I 6 HOH A 27 206 206 HOH HOH . I 6 HOH A 28 207 207 HOH HOH . I 6 HOH A 29 208 208 HOH HOH . I 6 HOH A 30 209 209 HOH HOH . I 6 HOH A 31 210 210 HOH HOH . I 6 HOH A 32 211 211 HOH HOH . I 6 HOH A 33 212 212 HOH HOH . I 6 HOH A 34 213 213 HOH HOH . I 6 HOH A 35 214 214 HOH HOH . I 6 HOH A 36 215 215 HOH HOH . I 6 HOH A 37 216 216 HOH HOH . I 6 HOH A 38 217 217 HOH HOH . I 6 HOH A 39 218 218 HOH HOH . I 6 HOH A 40 219 219 HOH HOH . I 6 HOH A 41 220 220 HOH HOH . I 6 HOH A 42 221 221 HOH HOH . I 6 HOH A 43 222 222 HOH HOH . I 6 HOH A 44 223 223 HOH HOH . I 6 HOH A 45 224 224 HOH HOH . I 6 HOH A 46 225 225 HOH HOH . I 6 HOH A 47 226 226 HOH HOH . I 6 HOH A 48 227 227 HOH HOH . I 6 HOH A 49 228 228 HOH HOH . I 6 HOH A 50 229 229 HOH HOH . I 6 HOH A 51 230 230 HOH HOH . I 6 HOH A 52 231 231 HOH HOH . I 6 HOH A 53 232 232 HOH HOH . I 6 HOH A 54 233 233 HOH HOH . I 6 HOH A 55 234 234 HOH HOH . I 6 HOH A 56 235 235 HOH HOH . I 6 HOH A 57 236 236 HOH HOH . I 6 HOH A 58 237 237 HOH HOH . I 6 HOH A 59 238 238 HOH HOH . I 6 HOH A 60 239 239 HOH HOH . I 6 HOH A 61 240 240 HOH HOH . I 6 HOH A 62 241 241 HOH HOH . I 6 HOH A 63 242 242 HOH HOH . I 6 HOH A 64 243 243 HOH HOH . I 6 HOH A 65 244 244 HOH HOH . I 6 HOH A 66 245 245 HOH HOH . I 6 HOH A 67 246 246 HOH HOH . I 6 HOH A 68 247 247 HOH HOH . I 6 HOH A 69 248 248 HOH HOH . I 6 HOH A 70 249 249 HOH HOH . I 6 HOH A 71 250 250 HOH HOH . I 6 HOH A 72 251 251 HOH HOH . I 6 HOH A 73 252 252 HOH HOH . I 6 HOH A 74 253 253 HOH HOH . I 6 HOH A 75 254 254 HOH HOH . I 6 HOH A 76 255 255 HOH HOH . I 6 HOH A 77 256 256 HOH HOH . I 6 HOH A 78 257 257 HOH HOH . I 6 HOH A 79 258 258 HOH HOH . I 6 HOH A 80 259 259 HOH HOH . I 6 HOH A 81 260 260 HOH HOH . I 6 HOH A 82 261 261 HOH HOH . I 6 HOH A 83 262 262 HOH HOH . I 6 HOH A 84 263 263 HOH HOH . I 6 HOH A 85 264 264 HOH HOH . I 6 HOH A 86 265 265 HOH HOH . I 6 HOH A 87 266 266 HOH HOH . I 6 HOH A 88 267 267 HOH HOH . I 6 HOH A 89 268 268 HOH HOH . I 6 HOH A 90 269 269 HOH HOH . I 6 HOH A 91 270 270 HOH HOH . I 6 HOH A 92 271 271 HOH HOH . I 6 HOH A 93 272 272 HOH HOH . I 6 HOH A 94 273 273 HOH HOH . I 6 HOH A 95 274 274 HOH HOH . I 6 HOH A 96 275 275 HOH HOH . I 6 HOH A 97 276 276 HOH HOH . I 6 HOH A 98 277 277 HOH HOH . I 6 HOH A 99 278 278 HOH HOH . I 6 HOH A 100 279 279 HOH HOH . I 6 HOH A 101 280 280 HOH HOH . I 6 HOH A 102 281 281 HOH HOH . I 6 HOH A 103 282 282 HOH HOH . I 6 HOH A 104 283 283 HOH HOH . I 6 HOH A 105 284 284 HOH HOH . I 6 HOH A 106 285 285 HOH HOH . I 6 HOH A 107 286 286 HOH HOH . I 6 HOH A 108 287 287 HOH HOH . I 6 HOH A 109 288 288 HOH HOH . I 6 HOH A 110 289 289 HOH HOH . I 6 HOH A 111 290 290 HOH HOH . I 6 HOH A 112 291 291 HOH HOH . I 6 HOH A 113 292 292 HOH HOH . I 6 HOH A 114 293 293 HOH HOH . I 6 HOH A 115 294 294 HOH HOH . I 6 HOH A 116 295 295 HOH HOH . I 6 HOH A 117 296 296 HOH HOH . I 6 HOH A 118 297 297 HOH HOH . I 6 HOH A 119 298 298 HOH HOH . I 6 HOH A 120 299 299 HOH HOH . I 6 HOH A 121 300 300 HOH HOH . I 6 HOH A 122 301 301 HOH HOH . I 6 HOH A 123 302 302 HOH HOH . I 6 HOH A 124 303 303 HOH HOH . I 6 HOH A 125 304 304 HOH HOH . I 6 HOH A 126 305 305 HOH HOH . I 6 HOH A 127 306 306 HOH HOH . I 6 HOH A 128 307 307 HOH HOH . I 6 HOH A 129 308 308 HOH HOH . I 6 HOH A 130 309 309 HOH HOH . I 6 HOH A 131 310 310 HOH HOH . I 6 HOH A 132 311 311 HOH HOH . I 6 HOH A 133 312 312 HOH HOH . I 6 HOH A 134 313 313 HOH HOH . I 6 HOH A 135 314 314 HOH HOH . I 6 HOH A 136 315 315 HOH HOH . I 6 HOH A 137 316 316 HOH HOH . I 6 HOH A 138 317 317 HOH HOH . I 6 HOH A 139 318 318 HOH HOH . I 6 HOH A 140 319 319 HOH HOH . I 6 HOH A 141 320 320 HOH HOH . I 6 HOH A 142 321 321 HOH HOH . I 6 HOH A 143 322 322 HOH HOH . I 6 HOH A 144 323 323 HOH HOH . I 6 HOH A 145 324 324 HOH HOH . I 6 HOH A 146 325 325 HOH HOH . I 6 HOH A 147 326 326 HOH HOH . I 6 HOH A 148 327 327 HOH HOH . I 6 HOH A 149 328 328 HOH HOH . I 6 HOH A 150 329 329 HOH HOH . I 6 HOH A 151 330 330 HOH HOH . I 6 HOH A 152 331 331 HOH HOH . I 6 HOH A 153 332 332 HOH HOH . I 6 HOH A 154 333 333 HOH HOH . I 6 HOH A 155 334 334 HOH HOH . I 6 HOH A 156 335 335 HOH HOH . I 6 HOH A 157 336 336 HOH HOH . I 6 HOH A 158 337 337 HOH HOH . I 6 HOH A 159 338 338 HOH HOH . I 6 HOH A 160 339 339 HOH HOH . I 6 HOH A 161 340 340 HOH HOH . I 6 HOH A 162 341 341 HOH HOH . I 6 HOH A 163 342 342 HOH HOH . I 6 HOH A 164 343 343 HOH HOH . I 6 HOH A 165 344 344 HOH HOH . I 6 HOH A 166 345 345 HOH HOH . I 6 HOH A 167 346 346 HOH HOH . I 6 HOH A 168 347 347 HOH HOH . I 6 HOH A 169 348 348 HOH HOH . I 6 HOH A 170 349 349 HOH HOH . I 6 HOH A 171 350 350 HOH HOH . I 6 HOH A 172 351 351 HOH HOH . I 6 HOH A 173 352 352 HOH HOH . I 6 HOH A 174 353 353 HOH HOH . I 6 HOH A 175 354 354 HOH HOH . I 6 HOH A 176 355 355 HOH HOH . I 6 HOH A 177 356 356 HOH HOH . I 6 HOH A 178 357 357 HOH HOH . I 6 HOH A 179 358 358 HOH HOH . I 6 HOH A 180 359 359 HOH HOH . I 6 HOH A 181 360 360 HOH HOH . I 6 HOH A 182 361 361 HOH HOH . I 6 HOH A 183 362 362 HOH HOH . I 6 HOH A 184 363 363 HOH HOH . I 6 HOH A 185 364 364 HOH HOH . I 6 HOH A 186 365 365 HOH HOH . I 6 HOH A 187 366 366 HOH HOH . I 6 HOH A 188 367 367 HOH HOH . I 6 HOH A 189 368 368 HOH HOH . I 6 HOH A 190 369 369 HOH HOH . I 6 HOH A 191 370 370 HOH HOH . I 6 HOH A 192 371 371 HOH HOH . I 6 HOH A 193 372 372 HOH HOH . I 6 HOH A 194 373 373 HOH HOH . I 6 HOH A 195 374 374 HOH HOH . I 6 HOH A 196 375 375 HOH HOH . I 6 HOH A 197 376 376 HOH HOH . I 6 HOH A 198 377 377 HOH HOH . I 6 HOH A 199 378 378 HOH HOH . I 6 HOH A 200 379 379 HOH HOH . I 6 HOH A 201 380 380 HOH HOH . I 6 HOH A 202 381 381 HOH HOH . I 6 HOH A 203 382 382 HOH HOH . I 6 HOH A 204 383 383 HOH HOH . I 6 HOH A 205 384 384 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P PB DAT . . . D 4 -21.443 -26.796 -7.611 1 25.37 ? PB DAT 175 A 1 HETATM 2 O O1B DAT . . . D 4 -22.621 -26.766 -8.506 1 25.63 ? O1B DAT 175 A 1 HETATM 3 O O2B DAT . . . D 4 -20.793 -28.239 -7.453 1 26.37 ? O2B DAT 175 A 1 HETATM 4 O O3B DAT . . . D 4 -21.856 -26.274 -6.183 1 24.55 ? O3B DAT 175 A 1 HETATM 5 P PA DAT . . . D 4 -18.915 -25.995 -8.932 1 31.67 ? PA DAT 175 A 1 HETATM 6 O O1A DAT . . . D 4 -17.837 -26.671 -8.163 1 28.32 ? O1A DAT 175 A 1 HETATM 7 O O2A DAT . . . D 4 -19.335 -26.814 -10.234 1 29.91 ? O2A DAT 175 A 1 HETATM 8 O O3A DAT . . . D 4 -20.331 -25.728 -8.089 1 28.18 ? O3A DAT 175 A 1 HETATM 9 O O5' DAT . . . D 4 -18.498 -24.485 -9.317 1 32.73 ? O5' DAT 175 A 1 HETATM 10 C C5' DAT . . . D 4 -19.346 -23.665 -10.145 1 35.18 ? C5' DAT 175 A 1 HETATM 11 C C4' DAT . . . D 4 -18.479 -22.703 -10.993 1 35.9 ? C4' DAT 175 A 1 HETATM 12 O O4' DAT . . . D 4 -17.829 -21.744 -10.121 1 36.74 ? O4' DAT 175 A 1 HETATM 13 C C3' DAT . . . D 4 -17.352 -23.428 -11.735 1 36.64 ? C3' DAT 175 A 1 HETATM 14 O O3' DAT . . . D 4 -17.073 -22.722 -12.946 1 36.76 ? O3' DAT 175 A 1 HETATM 15 C C2' DAT . . . D 4 -16.161 -23.305 -10.797 1 36.4 ? C2' DAT 175 A 1 HETATM 16 C C1' DAT . . . D 4 -16.381 -21.927 -10.175 1 35.96 ? C1' DAT 175 A 1 HETATM 17 N N9 DAT . . . D 4 -16.05 -21.765 -8.743 1 34.96 ? N9 DAT 175 A 1 HETATM 18 C C8 DAT . . . D 4 -16.295 -22.635 -7.754 1 33.6 ? C8 DAT 175 A 1 HETATM 19 N N7 DAT . . . D 4 -15.862 -22.119 -6.598 1 33.7 ? N7 DAT 175 A 1 HETATM 20 C C5 DAT . . . D 4 -15.364 -20.91 -6.85 1 33.6 ? C5 DAT 175 A 1 HETATM 21 C C6 DAT . . . D 4 -14.791 -19.915 -6.065 1 34.57 ? C6 DAT 175 A 1 HETATM 22 N N6 DAT . . . D 4 -14.664 -20.076 -4.741 1 32.44 ? N6 DAT 175 A 1 HETATM 23 N N1 DAT . . . D 4 -14.36 -18.781 -6.67 1 34.54 ? N1 DAT 175 A 1 HETATM 24 C C2 DAT . . . D 4 -14.484 -18.593 -7.984 1 34.06 ? C2 DAT 175 A 1 HETATM 25 N N3 DAT . . . D 4 -15.036 -19.525 -8.748 1 35.24 ? N3 DAT 175 A 1 HETATM 26 C C4 DAT . . . D 4 -15.478 -20.685 -8.215 1 34.71 ? C4 DAT 175 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 6 _model_server_stats.create_model_time_ms 2 _model_server_stats.query_time_ms 300 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 26 #