data_3IMX # _model_server_result.job_id rokOdk1T6vamDUgL8Up1sQ _model_server_result.datetime_utc '2024-12-26 23:30:51' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3imx # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":467}' # _entry.id 3IMX # _exptl.entry_id 3IMX _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 22.99 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SODIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3IMX _cell.length_a 45.5 _cell.length_b 90.3 _cell.length_c 116.2 _cell.Z_PDB 4 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3IMX _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 4 _struct_asym.id D _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O MET 228 A MET 238 1_555 D NA NA . A NA 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.473 ? metalc ? metalc2 A O VAL 231 A VAL 241 1_555 D NA NA . A NA 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.475 ? metalc ? metalc3 A O VAL 234 A VAL 244 1_555 D NA NA . A NA 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc4 A O GLY 236 A GLY 246 1_555 D NA NA . A NA 467 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.502 ? metalc ? metalc5 D NA NA . A NA 467 1_555 E O HOH . A HOH 694 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.558 ? # _chem_comp.formula 'Na 1' _chem_comp.formula_weight 22.99 _chem_comp.id NA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SODIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3IMX _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.021978 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.011074 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.008606 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 GLC A 1 1 1 GLC GLC . C 3 B84 A 1 466 1 B84 B84 . D 4 NA A 1 467 1 NA NA . E 5 HOH A 1 2 2 HOH WAT . E 5 HOH A 2 3 3 HOH WAT . E 5 HOH A 3 4 4 HOH WAT . E 5 HOH A 4 5 5 HOH WAT . E 5 HOH A 5 6 6 HOH WAT . E 5 HOH A 6 7 7 HOH WAT . E 5 HOH A 7 8 8 HOH WAT . E 5 HOH A 8 9 9 HOH WAT . E 5 HOH A 9 10 10 HOH WAT . E 5 HOH A 10 468 1 HOH WAT . E 5 HOH A 11 469 11 HOH WAT . E 5 HOH A 12 470 12 HOH WAT . E 5 HOH A 13 471 13 HOH WAT . E 5 HOH A 14 472 14 HOH WAT . E 5 HOH A 15 473 15 HOH WAT . E 5 HOH A 16 474 16 HOH WAT . E 5 HOH A 17 475 17 HOH WAT . E 5 HOH A 18 476 18 HOH WAT . E 5 HOH A 19 477 19 HOH WAT . E 5 HOH A 20 478 20 HOH WAT . E 5 HOH A 21 479 21 HOH WAT . E 5 HOH A 22 480 22 HOH WAT . E 5 HOH A 23 481 23 HOH WAT . E 5 HOH A 24 482 24 HOH WAT . E 5 HOH A 25 483 25 HOH WAT . E 5 HOH A 26 484 26 HOH WAT . E 5 HOH A 27 485 27 HOH WAT . E 5 HOH A 28 486 28 HOH WAT . E 5 HOH A 29 487 29 HOH WAT . E 5 HOH A 30 488 30 HOH WAT . E 5 HOH A 31 489 31 HOH WAT . E 5 HOH A 32 490 32 HOH WAT . E 5 HOH A 33 491 33 HOH WAT . E 5 HOH A 34 492 34 HOH WAT . E 5 HOH A 35 493 35 HOH WAT . E 5 HOH A 36 494 36 HOH WAT . E 5 HOH A 37 495 37 HOH WAT . E 5 HOH A 38 496 38 HOH WAT . E 5 HOH A 39 497 39 HOH WAT . E 5 HOH A 40 498 40 HOH WAT . E 5 HOH A 41 499 41 HOH WAT . E 5 HOH A 42 500 42 HOH WAT . E 5 HOH A 43 501 43 HOH WAT . E 5 HOH A 44 502 44 HOH WAT . E 5 HOH A 45 503 45 HOH WAT . E 5 HOH A 46 504 46 HOH WAT . E 5 HOH A 47 505 47 HOH WAT . E 5 HOH A 48 506 48 HOH WAT . E 5 HOH A 49 507 49 HOH WAT . E 5 HOH A 50 508 50 HOH WAT . E 5 HOH A 51 509 51 HOH WAT . E 5 HOH A 52 510 52 HOH WAT . E 5 HOH A 53 511 53 HOH WAT . E 5 HOH A 54 512 54 HOH WAT . E 5 HOH A 55 513 55 HOH WAT . E 5 HOH A 56 514 56 HOH WAT . E 5 HOH A 57 515 57 HOH WAT . E 5 HOH A 58 516 58 HOH WAT . E 5 HOH A 59 517 59 HOH WAT . E 5 HOH A 60 518 60 HOH WAT . E 5 HOH A 61 519 61 HOH WAT . E 5 HOH A 62 520 62 HOH WAT . E 5 HOH A 63 521 63 HOH WAT . E 5 HOH A 64 522 64 HOH WAT . E 5 HOH A 65 523 65 HOH WAT . E 5 HOH A 66 524 66 HOH WAT . E 5 HOH A 67 525 67 HOH WAT . E 5 HOH A 68 526 68 HOH WAT . E 5 HOH A 69 527 69 HOH WAT . E 5 HOH A 70 528 70 HOH WAT . E 5 HOH A 71 529 71 HOH WAT . E 5 HOH A 72 530 72 HOH WAT . E 5 HOH A 73 531 73 HOH WAT . E 5 HOH A 74 532 74 HOH WAT . E 5 HOH A 75 533 75 HOH WAT . E 5 HOH A 76 534 76 HOH WAT . E 5 HOH A 77 535 77 HOH WAT . E 5 HOH A 78 536 78 HOH WAT . E 5 HOH A 79 537 79 HOH WAT . E 5 HOH A 80 538 80 HOH WAT . E 5 HOH A 81 539 81 HOH WAT . E 5 HOH A 82 540 82 HOH WAT . E 5 HOH A 83 541 83 HOH WAT . E 5 HOH A 84 542 84 HOH WAT . E 5 HOH A 85 543 85 HOH WAT . E 5 HOH A 86 544 86 HOH WAT . E 5 HOH A 87 545 87 HOH WAT . E 5 HOH A 88 546 88 HOH WAT . E 5 HOH A 89 547 89 HOH WAT . E 5 HOH A 90 548 90 HOH WAT . E 5 HOH A 91 549 91 HOH WAT . E 5 HOH A 92 550 92 HOH WAT . E 5 HOH A 93 551 93 HOH WAT . E 5 HOH A 94 552 94 HOH WAT . E 5 HOH A 95 553 95 HOH WAT . E 5 HOH A 96 554 96 HOH WAT . E 5 HOH A 97 555 97 HOH WAT . E 5 HOH A 98 556 98 HOH WAT . E 5 HOH A 99 557 99 HOH WAT . E 5 HOH A 100 558 100 HOH WAT . E 5 HOH A 101 559 101 HOH WAT . E 5 HOH A 102 560 102 HOH WAT . E 5 HOH A 103 561 103 HOH WAT . E 5 HOH A 104 562 104 HOH WAT . E 5 HOH A 105 563 105 HOH WAT . E 5 HOH A 106 564 106 HOH WAT . E 5 HOH A 107 565 107 HOH WAT . E 5 HOH A 108 566 108 HOH WAT . E 5 HOH A 109 567 109 HOH WAT . E 5 HOH A 110 568 110 HOH WAT . E 5 HOH A 111 569 111 HOH WAT . E 5 HOH A 112 570 112 HOH WAT . E 5 HOH A 113 571 113 HOH WAT . E 5 HOH A 114 572 114 HOH WAT . E 5 HOH A 115 573 115 HOH WAT . E 5 HOH A 116 574 116 HOH WAT . E 5 HOH A 117 575 117 HOH WAT . E 5 HOH A 118 576 118 HOH WAT . E 5 HOH A 119 577 119 HOH WAT . E 5 HOH A 120 578 120 HOH WAT . E 5 HOH A 121 579 121 HOH WAT . E 5 HOH A 122 580 122 HOH WAT . E 5 HOH A 123 581 123 HOH WAT . E 5 HOH A 124 582 124 HOH WAT . E 5 HOH A 125 583 125 HOH WAT . E 5 HOH A 126 584 126 HOH WAT . E 5 HOH A 127 585 127 HOH WAT . E 5 HOH A 128 586 128 HOH WAT . E 5 HOH A 129 587 129 HOH WAT . E 5 HOH A 130 588 130 HOH WAT . E 5 HOH A 131 589 131 HOH WAT . E 5 HOH A 132 590 132 HOH WAT . E 5 HOH A 133 591 133 HOH WAT . E 5 HOH A 134 592 134 HOH WAT . E 5 HOH A 135 593 135 HOH WAT . E 5 HOH A 136 594 136 HOH WAT . E 5 HOH A 137 595 137 HOH WAT . E 5 HOH A 138 596 138 HOH WAT . E 5 HOH A 139 597 139 HOH WAT . E 5 HOH A 140 598 140 HOH WAT . E 5 HOH A 141 599 141 HOH WAT . E 5 HOH A 142 600 142 HOH WAT . E 5 HOH A 143 601 143 HOH WAT . E 5 HOH A 144 602 144 HOH WAT . E 5 HOH A 145 603 145 HOH WAT . E 5 HOH A 146 604 146 HOH WAT . E 5 HOH A 147 605 147 HOH WAT . E 5 HOH A 148 606 148 HOH WAT . E 5 HOH A 149 607 149 HOH WAT . E 5 HOH A 150 608 150 HOH WAT . E 5 HOH A 151 609 151 HOH WAT . E 5 HOH A 152 610 152 HOH WAT . E 5 HOH A 153 611 153 HOH WAT . E 5 HOH A 154 612 154 HOH WAT . E 5 HOH A 155 613 155 HOH WAT . E 5 HOH A 156 614 156 HOH WAT . E 5 HOH A 157 615 157 HOH WAT . E 5 HOH A 158 616 158 HOH WAT . E 5 HOH A 159 617 159 HOH WAT . E 5 HOH A 160 618 160 HOH WAT . E 5 HOH A 161 619 161 HOH WAT . E 5 HOH A 162 620 162 HOH WAT . E 5 HOH A 163 621 163 HOH WAT . E 5 HOH A 164 622 164 HOH WAT . E 5 HOH A 165 623 165 HOH WAT . E 5 HOH A 166 624 166 HOH WAT . E 5 HOH A 167 625 167 HOH WAT . E 5 HOH A 168 626 168 HOH WAT . E 5 HOH A 169 627 169 HOH WAT . E 5 HOH A 170 628 170 HOH WAT . E 5 HOH A 171 629 171 HOH WAT . E 5 HOH A 172 630 172 HOH WAT . E 5 HOH A 173 631 173 HOH WAT . E 5 HOH A 174 632 174 HOH WAT . E 5 HOH A 175 633 175 HOH WAT . E 5 HOH A 176 634 176 HOH WAT . E 5 HOH A 177 635 177 HOH WAT . E 5 HOH A 178 636 178 HOH WAT . E 5 HOH A 179 637 179 HOH WAT . E 5 HOH A 180 638 180 HOH WAT . E 5 HOH A 181 639 181 HOH WAT . E 5 HOH A 182 640 182 HOH WAT . E 5 HOH A 183 641 183 HOH WAT . E 5 HOH A 184 642 184 HOH WAT . E 5 HOH A 185 643 185 HOH WAT . E 5 HOH A 186 644 186 HOH WAT . E 5 HOH A 187 645 187 HOH WAT . E 5 HOH A 188 646 188 HOH WAT . E 5 HOH A 189 647 189 HOH WAT . E 5 HOH A 190 648 190 HOH WAT . E 5 HOH A 191 649 191 HOH WAT . E 5 HOH A 192 650 192 HOH WAT . E 5 HOH A 193 651 193 HOH WAT . E 5 HOH A 194 652 194 HOH WAT . E 5 HOH A 195 653 195 HOH WAT . E 5 HOH A 196 654 196 HOH WAT . E 5 HOH A 197 655 197 HOH WAT . E 5 HOH A 198 656 198 HOH WAT . E 5 HOH A 199 657 199 HOH WAT . E 5 HOH A 200 658 200 HOH WAT . E 5 HOH A 201 659 201 HOH WAT . E 5 HOH A 202 660 202 HOH WAT . E 5 HOH A 203 661 203 HOH WAT . E 5 HOH A 204 662 204 HOH WAT . E 5 HOH A 205 663 205 HOH WAT . E 5 HOH A 206 664 206 HOH WAT . E 5 HOH A 207 665 207 HOH WAT . E 5 HOH A 208 666 208 HOH WAT . E 5 HOH A 209 667 209 HOH WAT . E 5 HOH A 210 668 210 HOH WAT . E 5 HOH A 211 669 211 HOH WAT . E 5 HOH A 212 670 212 HOH WAT . E 5 HOH A 213 671 213 HOH WAT . E 5 HOH A 214 672 214 HOH WAT . E 5 HOH A 215 673 215 HOH WAT . E 5 HOH A 216 674 216 HOH WAT . E 5 HOH A 217 675 217 HOH WAT . E 5 HOH A 218 676 218 HOH WAT . E 5 HOH A 219 677 219 HOH WAT . E 5 HOH A 220 678 220 HOH WAT . E 5 HOH A 221 679 221 HOH WAT . E 5 HOH A 222 680 222 HOH WAT . E 5 HOH A 223 681 223 HOH WAT . E 5 HOH A 224 682 224 HOH WAT . E 5 HOH A 225 683 225 HOH WAT . E 5 HOH A 226 684 226 HOH WAT . E 5 HOH A 227 685 227 HOH WAT . E 5 HOH A 228 686 228 HOH WAT . E 5 HOH A 229 687 229 HOH WAT . E 5 HOH A 230 688 230 HOH WAT . E 5 HOH A 231 689 231 HOH WAT . E 5 HOH A 232 690 232 HOH WAT . E 5 HOH A 233 691 233 HOH WAT . E 5 HOH A 234 692 234 HOH WAT . E 5 HOH A 235 693 235 HOH WAT . E 5 HOH A 236 694 236 HOH WAT . E 5 HOH A 237 695 237 HOH WAT . E 5 HOH A 238 696 238 HOH WAT . E 5 HOH A 239 697 239 HOH WAT . E 5 HOH A 240 698 240 HOH WAT . E 5 HOH A 241 699 241 HOH WAT . E 5 HOH A 242 700 242 HOH WAT . E 5 HOH A 243 701 243 HOH WAT . E 5 HOH A 244 702 244 HOH WAT . E 5 HOH A 245 703 245 HOH WAT . E 5 HOH A 246 704 246 HOH WAT . E 5 HOH A 247 705 247 HOH WAT . E 5 HOH A 248 706 248 HOH WAT . E 5 HOH A 249 707 249 HOH WAT . E 5 HOH A 250 708 250 HOH WAT . E 5 HOH A 251 709 251 HOH WAT . E 5 HOH A 252 710 252 HOH WAT . E 5 HOH A 253 711 253 HOH WAT . E 5 HOH A 254 712 254 HOH WAT . E 5 HOH A 255 713 255 HOH WAT . E 5 HOH A 256 714 256 HOH WAT . E 5 HOH A 257 715 257 HOH WAT . E 5 HOH A 258 716 258 HOH WAT . E 5 HOH A 259 717 259 HOH WAT . E 5 HOH A 260 718 260 HOH WAT . E 5 HOH A 261 719 261 HOH WAT . E 5 HOH A 262 720 262 HOH WAT . E 5 HOH A 263 721 263 HOH WAT . E 5 HOH A 264 722 264 HOH WAT . E 5 HOH A 265 723 265 HOH WAT . E 5 HOH A 266 724 266 HOH WAT . E 5 HOH A 267 725 267 HOH WAT . E 5 HOH A 268 726 268 HOH WAT . E 5 HOH A 269 727 269 HOH WAT . E 5 HOH A 270 728 270 HOH WAT . E 5 HOH A 271 729 271 HOH WAT . E 5 HOH A 272 730 272 HOH WAT . E 5 HOH A 273 731 273 HOH WAT . E 5 HOH A 274 732 274 HOH WAT . E 5 HOH A 275 733 275 HOH WAT . E 5 HOH A 276 734 276 HOH WAT . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol NA _atom_site.label_atom_id NA _atom_site.label_comp_id NA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id D _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x -4.67 _atom_site.Cartn_y -15.106 _atom_site.Cartn_z -12.784 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 26.61 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id NA _atom_site.auth_comp_id NA _atom_site.auth_seq_id 467 _atom_site.auth_asym_id A _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 6 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 5 _model_server_stats.query_time_ms 281 _model_server_stats.encode_time_ms 8 _model_server_stats.element_count 1 #