data_3IWN # _model_server_result.job_id HJLL6c7BRKa2pFF52SKnpw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-11 10:46:01' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3iwn # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":601}' # _entry.id 3IWN # _exptl.entry_id 3IWN _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 690.411 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description "9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one)" _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3IWN _cell.length_a 31.8 _cell.length_b 91 _cell.length_c 280.1 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3IWN _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,C,E 1 1 B,D,F 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order hydrog 'C-G PAIR' hydrog1 A N4 C 1 A C 1 1_555 A O6 G 92 A G 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N1 A 2 A A 2 1_555 A N3 U 91 A U 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N6 A 2 A A 2 1_555 A O4 U 91 A U 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog4 A O2 C 3 A C 3 1_555 A N2 G 89 A G 89 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog5 A N2 G 4 A G 4 1_555 A N7 A 6 A A 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A N1 G 4 A G 4 1_555 A N3 C 88 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N2 G 4 A G 4 1_555 A O2 C 88 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A O6 G 4 A G 4 1_555 A N4 C 88 A C 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N1 G 11 A G 11 1_555 A N3 C 36 A C 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N2 G 11 A G 11 1_555 A O2 C 36 A C 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O6 G 11 A G 11 1_555 A N4 C 36 A C 36 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N3 C 12 A C 12 1_555 A N1 G 35 A G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N4 C 12 A C 12 1_555 A O6 G 35 A G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O2 C 12 A C 12 1_555 A N2 G 35 A G 35 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A N3 C 16 A C 16 1_555 A N1 G 31 A G 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N4 C 16 A C 16 1_555 A O6 G 31 A G 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A O2 C 16 A C 16 1_555 A N2 G 31 A G 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A N3 C 17 A C 17 1_555 A N1 G 30 A G 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N4 C 17 A C 17 1_555 A O6 G 30 A G 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A O2 C 17 A C 17 1_555 A N2 G 30 A G 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A N1 A 18 A A 18 1_555 A N3 U 29 A U 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog22 A N6 A 18 A A 18 1_555 A O4 U 29 A U 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog23 A N3 U 19 A U 19 1_555 A O6 G 28 A G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog24 A O2 U 19 A U 19 1_555 A N1 G 28 A G 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N3 U 20 A U 20 1_555 A N1 A 27 A A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A O4 U 20 A U 20 1_555 A N6 A 27 A A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N3 C 21 A C 21 1_555 A N1 G 26 A G 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N4 C 21 A C 21 1_555 A O6 G 26 A G 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O2 C 21 A C 21 1_555 A N2 G 26 A G 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog30 A N2 G 22 A G 22 1_555 A N7 A 25 A A 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog31 A N3 A 25 A A 25 1_555 A N2 G 74 A G 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog32 A N4 C 34 A C 34 1_555 A O6 G 78 A G 78 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog33 A N2 G 35 A G 35 1_555 A N3 A 39 A A 39 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog34 A N6 A 38 A A 38 1_555 A O2 U 85 A U 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog35 A N7 A 38 A A 38 1_555 A N3 U 85 A U 85 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog36 A N1 G 40 A G 40 1_555 A O2 U 84 A U 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog37 A O6 G 40 A G 40 1_555 A N3 U 84 A U 84 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N3 C 41 A C 41 1_555 A N1 G 83 A G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A N4 C 41 A C 41 1_555 A O6 G 83 A G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog40 A O2 C 41 A C 41 1_555 A N2 G 83 A G 83 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N3 C 42 A C 42 1_555 A N1 G 82 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N4 C 42 A C 42 1_555 A O6 G 82 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O2 C 42 A C 42 1_555 A N2 G 82 A G 82 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-C MISPAIR' hydrog44 A O2 U 43 A U 43 1_555 A N4 C 45 A C 45 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog45 A N4 C 44 A C 44 1_555 A N1 A 77 A A 77 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A N3 C 44 A C 44 1_555 A N1 G 81 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog47 A N4 C 44 A C 44 1_555 A O6 G 81 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog48 A O2 C 44 A C 44 1_555 A N2 G 81 A G 81 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog49 A N3 C 45 A C 45 1_555 A N1 G 80 A G 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog50 A N4 C 45 A C 45 1_555 A O6 G 80 A G 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog51 A O2 C 45 A C 45 1_555 A N2 G 80 A G 80 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog52 A N1 G 46 A G 46 1_555 A N3 C 79 A C 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog53 A N2 G 46 A G 46 1_555 A O2 C 79 A C 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog54 A O6 G 46 A G 46 1_555 A N4 C 79 A C 79 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog55 A N1 G 47 A G 47 1_555 A O2 U 76 A U 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog56 A O6 G 47 A G 47 1_555 A N3 U 76 A U 76 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog57 A N3 C 48 A C 48 1_555 A N1 G 75 A G 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog58 A N4 C 48 A C 48 1_555 A O6 G 75 A G 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog59 A O2 C 48 A C 48 1_555 A N2 G 75 A G 75 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog60 A N3 C 49 A C 49 1_555 A N1 G 74 A G 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog61 A N4 C 49 A C 49 1_555 A O6 G 74 A G 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog62 A O2 C 49 A C 49 1_555 A N2 G 74 A G 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog63 A N3 U 50 A U 50 1_555 A N1 A 73 A A 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog64 A O4 U 50 A U 50 1_555 A N6 A 73 A A 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog65 A N1 A 51 A A 51 1_555 A N3 U 72 A U 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog66 A N6 A 51 A A 51 1_555 A O4 U 72 A U 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog67 A N6 A 52 A A 52 1_555 A N3 A 73 A A 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-U PAIR' hydrog68 A N6 A 53 A A 53 1_555 A O2 U 72 A U 72 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog69 A N3 C 54 A C 54 1_555 A N2 G 71 A G 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED WATSON-CRICK' hydrog70 A O2 C 54 A C 54 1_555 A N1 G 71 A G 71 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog71 A N1 G 55 A G 55 1_555 A N3 C 70 A C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog72 A N2 G 55 A G 55 1_555 A O2 C 70 A C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog73 A O6 G 55 A G 55 1_555 A N4 C 70 A C 70 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog74 A N1 G 56 A G 56 1_555 A N3 C 69 A C 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog75 A N2 G 56 A G 56 1_555 A O2 C 69 A C 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog76 A O6 G 56 A G 56 1_555 A N4 C 69 A C 69 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog77 A N3 C 57 A C 57 1_555 A N1 G 68 A G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog78 A N4 C 57 A C 57 1_555 A O6 G 68 A G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog79 A O2 C 57 A C 57 1_555 A N2 G 68 A G 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog80 B O2 C 1 B C 101 1_555 B N2 G 92 B G 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog81 B N6 A 2 B A 102 1_555 B O6 G 89 B G 189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog82 B N1 A 2 B A 102 1_555 B N3 U 91 B U 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog83 B N6 A 2 B A 102 1_555 B O4 U 91 B U 191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog84 B O2 C 3 B C 103 1_555 B N2 G 89 B G 189 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog85 B N1 G 4 B G 104 1_555 B N3 C 88 B C 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog86 B N2 G 4 B G 104 1_555 B O2 C 88 B C 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog87 B O6 G 4 B G 104 1_555 B N4 C 88 B C 188 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog88 B N3 G 4 B G 104 1_555 B N6 A 90 B A 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog89 B O6 G 9 B G 109 1_555 B N6 A 37 B A 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog90 B N1 G 11 B G 111 1_555 B N3 C 36 B C 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog91 B N2 G 11 B G 111 1_555 B O2 C 36 B C 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog92 B O6 G 11 B G 111 1_555 B N4 C 36 B C 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog93 B N3 C 12 B C 112 1_555 B N1 G 35 B G 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog94 B N4 C 12 B C 112 1_555 B O6 G 35 B G 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog95 B O2 C 12 B C 112 1_555 B N2 G 35 B G 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog96 B N3 A 13 B A 113 1_555 B N1 G 35 B G 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-G MISPAIR' hydrog97 B N7 A 14 B A 114 1_555 B N2 G 32 B G 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog98 B N3 C 16 B C 116 1_555 B N1 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog99 B N4 C 16 B C 116 1_555 B O6 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog100 B O2 C 16 B C 116 1_555 B N2 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog101 B N3 C 17 B C 117 1_555 B N1 G 30 B G 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog102 B N4 C 17 B C 117 1_555 B O6 G 30 B G 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog103 B O2 C 17 B C 117 1_555 B N2 G 30 B G 130 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog104 B N3 C 17 B C 117 1_555 B N1 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog105 B N4 C 17 B C 117 1_555 B O6 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog106 B O2 C 17 B C 117 1_555 B N2 G 31 B G 131 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog107 B N1 A 18 B A 118 1_555 B N3 U 29 B U 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog108 B N6 A 18 B A 118 1_555 B O4 U 29 B U 129 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog109 B O2 U 19 B U 119 1_555 B N2 G 28 B G 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog110 B N3 U 20 B U 120 1_555 B N1 A 27 B A 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog111 B O4 U 20 B U 120 1_555 B N6 A 27 B A 127 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-G MISPAIR' hydrog112 B O2 U 20 B U 120 1_555 B N2 G 28 B G 128 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog113 B O2 C 21 B C 121 1_555 B N2 G 26 B G 126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog114 B N2 G 22 B G 122 1_555 B N7 A 25 B A 125 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog115 B N3 C 34 B C 134 1_555 B N2 G 78 B G 178 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-A MISPAIR' hydrog116 B N2 G 35 B G 135 1_555 B N3 A 39 B A 139 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog117 B N6 A 38 B A 138 1_555 B O2 U 85 B U 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'REVERSED HOOGSTEEN' hydrog118 B N7 A 38 B A 138 1_555 B N3 U 85 B U 185 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog119 B N1 G 40 B G 140 1_555 B O2 U 84 B U 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_28_PAIR hydrog120 B O6 G 40 B G 140 1_555 B N3 U 84 B U 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog121 B N3 C 41 B C 141 1_555 B N1 G 83 B G 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog122 B N4 C 41 B C 141 1_555 B O6 G 83 B G 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog123 B O2 C 41 B C 141 1_555 B N2 G 83 B G 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog124 B N3 C 42 B C 142 1_555 B N1 G 82 B G 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog125 B N4 C 42 B C 142 1_555 B O6 G 82 B G 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog126 B O2 C 42 B C 142 1_555 B N2 G 82 B G 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog127 B N3 C 44 B C 144 1_555 B N1 G 81 B G 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog128 B N4 C 44 B C 144 1_555 B O6 G 81 B G 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog129 B O2 C 44 B C 144 1_555 B N2 G 81 B G 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog130 B N3 C 45 B C 145 1_555 B N1 G 80 B G 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog131 B N4 C 45 B C 145 1_555 B O6 G 80 B G 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog132 B O2 C 45 B C 145 1_555 B N2 G 80 B G 180 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-G PAIR' hydrog133 B N4 C 45 B C 145 1_555 B O6 G 81 B G 181 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-C PAIR' hydrog134 B N1 G 46 B G 146 1_555 B O2 C 79 B C 179 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog135 B N1 G 47 B G 147 1_555 B O4 U 76 B U 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog136 B N3 C 48 B C 148 1_555 B N1 G 75 B G 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog137 B N4 C 48 B C 148 1_555 B O6 G 75 B G 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog138 B O2 C 48 B C 148 1_555 B N2 G 75 B G 175 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_18_PAIR hydrog139 B N3 C 48 B C 148 1_555 B N3 U 76 B U 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_18_PAIR hydrog140 B N4 C 48 B C 148 1_555 B O4 U 76 B U 176 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog141 B N3 C 49 B C 149 1_555 B N1 G 74 B G 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog142 B N4 C 49 B C 149 1_555 B O6 G 74 B G 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog143 B O2 C 49 B C 149 1_555 B N2 G 74 B G 174 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog144 B N3 U 50 B U 150 1_555 B N1 A 73 B A 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog145 B O4 U 50 B U 150 1_555 B N6 A 73 B A 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-U PAIR' hydrog146 B N1 A 51 B A 151 1_555 B N3 U 72 B U 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'A-A MISPAIR' hydrog147 B N6 A 52 B A 152 1_555 B N3 A 73 B A 173 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog148 B N3 C 54 B C 154 1_555 B N1 G 71 B G 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog149 B N4 C 54 B C 154 1_555 B O6 G 71 B G 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog150 B O2 C 54 B C 154 1_555 B N2 G 71 B G 171 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog151 B N1 G 55 B G 155 1_555 B N3 C 70 B C 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog152 B N2 G 55 B G 155 1_555 B O2 C 70 B C 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog153 B O6 G 55 B G 155 1_555 B N4 C 70 B C 170 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog154 B N1 G 56 B G 156 1_555 B N3 C 69 B C 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog155 B N2 G 56 B G 156 1_555 B O2 C 69 B C 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog156 B O6 G 56 B G 156 1_555 B N4 C 69 B C 169 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog157 B N3 C 57 B C 157 1_555 B N1 G 68 B G 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog158 B N4 C 57 B C 157 1_555 B O6 G 68 B G 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog159 B O2 C 57 B C 157 1_555 B N2 G 68 B G 168 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C20 H24 N10 O14 P2' _chem_comp.formula_weight 690.411 _chem_comp.id C2E _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name "9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one)" _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms 'c-di-GMP;Cyclic diguanosine monophosphate' # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag P1 O2P C2E sing 145 n n O1P P1 C2E doub 146 n n O5' P1 C2E sing 147 n n C5' O5' C2E sing 148 n n C4' O4' C2E sing 149 n n C4' C5' C2E sing 150 n n C3' C4' C2E sing 151 n n O3' P11 C2E sing 152 n n O3' C3' C2E sing 153 n n C2' C3' C2E sing 154 n n C2' C1' C2E sing 155 n n O2' C2' C2E sing 156 n n C1' O4' C2E sing 157 n n C1' N9 C2E sing 158 n n N9 C4 C2E sing 159 n y N9 C8 C2E sing 160 n y C8 N7 C2E doub 161 n y C5 N7 C2E sing 162 n y C5 C6 C2E sing 163 n n C6 O6 C2E doub 164 n n N1 C6 C2E sing 165 n n C2 N1 C2E sing 166 n n N2 C2 C2E sing 167 n n N3 C2 C2E doub 168 n n N3 C4 C2E sing 169 n n C4 C5 C2E doub 170 n y P11 O21 C2E sing 171 n n P11 O5A C2E sing 172 n n O11 P11 C2E doub 173 n n C5A O5A C2E sing 174 n n C5A C4A C2E sing 175 n n C4A O4A C2E sing 176 n n C4A C3A C2E sing 177 n n O4A C1A C2E sing 178 n n C3A C2A C2E sing 179 n n O3A C3A C2E sing 180 n n O3A P1 C2E sing 181 n n C2A O2A C2E sing 182 n n C1A C2A C2E sing 183 n n C1A N91 C2E sing 184 n n N91 C41 C2E sing 185 n y C81 N71 C2E doub 186 n y C81 N91 C2E sing 187 n y N71 C51 C2E sing 188 n y C51 C41 C2E doub 189 n y C51 C61 C2E sing 190 n n C61 O61 C2E doub 191 n n C61 N11 C2E sing 192 n n C21 N11 C2E sing 193 n n C21 N21 C2E sing 194 n n N31 C21 C2E doub 195 n n C41 N31 C2E sing 196 n n O2P HO2P C2E sing 197 n n C5' "H5'1" C2E sing 198 n n C5' "H5'2" C2E sing 199 n n C4' H4' C2E sing 200 n n C3' H3' C2E sing 201 n n C2' H2' C2E sing 202 n n O2' HO2' C2E sing 203 n n C1' H1' C2E sing 204 n n C8 H8 C2E sing 205 n n N1 HN1 C2E sing 206 n n N2 HN21 C2E sing 207 n n N2 HN22 C2E sing 208 n n O21 HO21 C2E sing 209 n n C5A H511 C2E sing 210 n n C5A H512 C2E sing 211 n n C4A H4A C2E sing 212 n n C3A H3A C2E sing 213 n n C2A H2A C2E sing 214 n n O2A HO2A C2E sing 215 n n C1A H1A C2E sing 216 n n C81 H81 C2E sing 217 n n N11 HN11 C2E sing 218 n n N21 HN24 C2E sing 219 n n N21 HN23 C2E sing 220 n n # _atom_sites.entry_id 3IWN _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.031447 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.010989 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00357 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 C2E A 1 501 501 C2E C2E . F 3 C2E B 1 601 601 C2E C2E . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 P P1 C2E . . . F 3 -51.433 -54.782 1.926 1 64.08 ? P1 C2E 601 B 1 HETATM 2 O O2P C2E . . . F 3 -50.077 -54.185 1.559 1 63.93 ? O2P C2E 601 B 1 HETATM 3 O O1P C2E . . . F 3 -52.56 -53.79 1.759 1 63.98 ? O1P C2E 601 B 1 HETATM 4 O O5' C2E . . . F 3 -51.767 -56.073 1.019 1 63.77 ? O5' C2E 601 B 1 HETATM 5 C C5' C2E . . . F 3 -52.983 -56.817 1.164 1 63.42 ? C5' C2E 601 B 1 HETATM 6 C C4' C2E . . . F 3 -52.945 -57.961 0.154 1 63.37 ? C4' C2E 601 B 1 HETATM 7 O O4' C2E . . . F 3 -52.654 -57.411 -1.144 1 63.64 ? O4' C2E 601 B 1 HETATM 8 C C3' C2E . . . F 3 -51.823 -58.944 0.467 1 63.08 ? C3' C2E 601 B 1 HETATM 9 O O3' C2E . . . F 3 -52.23 -59.985 1.357 1 62.12 ? O3' C2E 601 B 1 HETATM 10 C C2' C2E . . . F 3 -51.358 -59.354 -0.904 1 63.38 ? C2' C2E 601 B 1 HETATM 11 O O2' C2E . . . F 3 -51.997 -60.573 -1.323 1 63.48 ? O2' C2E 601 B 1 HETATM 12 C C1' C2E . . . F 3 -51.67 -58.196 -1.841 1 63.63 ? C1' C2E 601 B 1 HETATM 13 N N9 C2E . . . F 3 -50.46 -57.354 -2.052 1 63.82 ? N9 C2E 601 B 1 HETATM 14 C C8 C2E . . . F 3 -50.427 -56 -2.115 1 63.89 ? C8 C2E 601 B 1 HETATM 15 N N7 C2E . . . F 3 -49.172 -55.54 -2.314 1 64.07 ? N7 C2E 601 B 1 HETATM 16 C C5 C2E . . . F 3 -48.366 -56.614 -2.384 1 64.16 ? C5 C2E 601 B 1 HETATM 17 C C6 C2E . . . F 3 -46.904 -56.869 -2.58 1 64.27 ? C6 C2E 601 B 1 HETATM 18 O O6 C2E . . . F 3 -46.094 -55.911 -2.733 1 64.35 ? O6 C2E 601 B 1 HETATM 19 N N1 C2E . . . F 3 -46.462 -58.164 -2.588 1 64.27 ? N1 C2E 601 B 1 HETATM 20 C C2 C2E . . . F 3 -47.308 -59.229 -2.424 1 64.22 ? C2 C2E 601 B 1 HETATM 21 N N2 C2E . . . F 3 -46.81 -60.487 -2.442 1 64.27 ? N2 C2E 601 B 1 HETATM 22 N N3 C2E . . . F 3 -48.659 -59.065 -2.239 1 64.03 ? N3 C2E 601 B 1 HETATM 23 C C4 C2E . . . F 3 -49.227 -57.808 -2.212 1 64 ? C4 C2E 601 B 1 HETATM 24 P P11 C2E . . . F 3 -51.007 -60.407 2.286 1 61.55 ? P11 C2E 601 B 1 HETATM 25 O O21 C2E . . . F 3 -49.872 -60.885 1.432 1 61.6 ? O21 C2E 601 B 1 HETATM 26 O O11 C2E . . . F 3 -51.485 -61.498 3.201 1 61.77 ? O11 C2E 601 B 1 HETATM 27 O O5A C2E . . . F 3 -50.556 -59.112 3.136 1 61.79 ? O5A C2E 601 B 1 HETATM 28 C C5A C2E . . . F 3 -51.492 -58.48 4.026 1 61.71 ? C5A C2E 601 B 1 HETATM 29 C C4A C2E . . . F 3 -50.853 -57.282 4.722 1 61.86 ? C4A C2E 601 B 1 HETATM 30 O O4A C2E . . . F 3 -49.693 -57.64 5.513 1 61.34 ? O4A C2E 601 B 1 HETATM 31 C C3A C2E . . . F 3 -50.393 -56.197 3.747 1 61.98 ? C3A C2E 601 B 1 HETATM 32 O O3A C2E . . . F 3 -51.425 -55.237 3.477 1 63.07 ? O3A C2E 601 B 1 HETATM 33 C C2A C2E . . . F 3 -49.172 -55.628 4.388 1 61.36 ? C2A C2E 601 B 1 HETATM 34 O O2A C2E . . . F 3 -49.496 -54.388 5.037 1 60.93 ? O2A C2E 601 B 1 HETATM 35 C C1A C2E . . . F 3 -48.651 -56.674 5.363 1 60.86 ? C1A C2E 601 B 1 HETATM 36 N N91 C2E . . . F 3 -47.421 -57.303 4.834 1 60.12 ? N91 C2E 601 B 1 HETATM 37 C C81 C2E . . . F 3 -47.243 -58.602 4.511 1 59.86 ? C81 C2E 601 B 1 HETATM 38 N N71 C2E . . . F 3 -45.981 -58.829 4.073 1 59.68 ? N71 C2E 601 B 1 HETATM 39 C C51 C2E . . . F 3 -45.324 -57.654 4.112 1 59.36 ? C51 C2E 601 B 1 HETATM 40 C C61 C2E . . . F 3 -43.953 -57.167 3.798 1 59.14 ? C61 C2E 601 B 1 HETATM 41 O O61 C2E . . . F 3 -43.071 -57.94 3.375 1 59.34 ? O61 C2E 601 B 1 HETATM 42 N N11 C2E . . . F 3 -43.671 -55.848 3.98 1 58.87 ? N11 C2E 601 B 1 HETATM 43 C C21 C2E . . . F 3 -44.609 -54.965 4.446 1 58.9 ? C21 C2E 601 B 1 HETATM 44 N N21 C2E . . . F 3 -44.272 -53.671 4.605 1 58.68 ? N21 C2E 601 B 1 HETATM 45 N N31 C2E . . . F 3 -45.887 -55.349 4.757 1 59.15 ? N31 C2E 601 B 1 HETATM 46 C C41 C2E . . . F 3 -46.284 -56.659 4.613 1 59.6 ? C41 C2E 601 B 1 # _model_server_stats.io_time_ms 72 _model_server_stats.parse_time_ms 7 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 297 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 46 #