data_3J1F # _model_server_result.job_id 6J0pSeGuMqfcC8uKFC4PyA _model_server_result.datetime_utc '2024-10-19 04:36:44' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3j1f # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"RA","auth_seq_id":801}' # _entry.id 3J1F # _exptl.entry_id 3J1F _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 18 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3J1F _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3J1F _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 T N N ? 3 V N N ? 3 X N N ? 3 Z N N ? 3 BA N N ? 3 DA N N ? 3 FA N N ? 3 HA N N ? 3 JA N N ? 3 LA N N ? 3 NA N N ? 3 PA N N ? 3 RA N N ? 3 TA N N ? 3 VA N N ? 3 XA N N ? 3 ZA N N ? 3 BB N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 102 A ASP 102 1_555 T MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? metalc ? metalc2 S O2B ATP . A ATP 800 1_555 T MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.831 ? metalc ? metalc3 S O3G ATP . A ATP 800 1_555 T MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.872 ? metalc ? metalc4 S O2A ATP . A ATP 800 1_555 T MG MG . A MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.875 ? metalc ? metalc5 B OD2 ASP 102 B ASP 102 1_555 V MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.845 ? metalc ? metalc6 U O2B ATP . B ATP 800 1_555 V MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.846 ? metalc ? metalc7 U O3G ATP . B ATP 800 1_555 V MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? metalc ? metalc8 U O2A ATP . B ATP 800 1_555 V MG MG . B MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.961 ? metalc ? metalc9 C OD2 ASP 102 C ASP 102 1_555 X MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.771 ? metalc ? metalc10 W O2B ATP . C ATP 800 1_555 X MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.785 ? metalc ? metalc11 W O3G ATP . C ATP 800 1_555 X MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.849 ? metalc ? metalc12 W O2A ATP . C ATP 800 1_555 X MG MG . C MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.996 ? metalc ? metalc13 D OD2 ASP 102 D ASP 102 1_555 Z MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.861 ? metalc ? metalc14 Y O3G ATP . D ATP 800 1_555 Z MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.805 ? metalc ? metalc15 Y O2A ATP . D ATP 800 1_555 Z MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.865 ? metalc ? metalc16 Y O2B ATP . D ATP 800 1_555 Z MG MG . D MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.916 ? metalc ? metalc17 E OD2 ASP 102 E ASP 102 1_555 BA MG MG . E MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc18 AA O3G ATP . E ATP 800 1_555 BA MG MG . E MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.811 ? metalc ? metalc19 AA O2A ATP . E ATP 800 1_555 BA MG MG . E MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? metalc ? metalc20 AA O2B ATP . E ATP 800 1_555 BA MG MG . E MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.998 ? metalc ? metalc21 F OD2 ASP 102 F ASP 102 1_555 DA MG MG . F MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.908 ? metalc ? metalc22 CA O1G ATP . F ATP 800 1_555 DA MG MG . F MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.864 ? metalc ? metalc23 CA O2B ATP . F ATP 800 1_555 DA MG MG . F MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.87 ? metalc ? metalc24 CA O2A ATP . F ATP 800 1_555 DA MG MG . F MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.887 ? metalc ? metalc25 G OD2 ASP 102 G ASP 102 1_555 FA MG MG . G MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.894 ? metalc ? metalc26 EA O3G ATP . G ATP 800 1_555 FA MG MG . G MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.793 ? metalc ? metalc27 EA O2B ATP . G ATP 800 1_555 FA MG MG . G MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.824 ? metalc ? metalc28 EA O2A ATP . G ATP 800 1_555 FA MG MG . G MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.925 ? metalc ? metalc29 H OD2 ASP 102 H ASP 102 1_555 HA MG MG . H MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.912 ? metalc ? metalc30 GA O1G ATP . H ATP 800 1_555 HA MG MG . H MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.805 ? metalc ? metalc31 GA O2B ATP . H ATP 800 1_555 HA MG MG . H MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.817 ? metalc ? metalc32 GA O2A ATP . H ATP 800 1_555 HA MG MG . H MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.883 ? metalc ? metalc33 I OD1 ASP 102 I ASP 102 1_555 JA MG MG . I MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.863 ? metalc ? metalc34 IA O1G ATP . I ATP 800 1_555 JA MG MG . I MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.804 ? metalc ? metalc35 IA O2B ATP . I ATP 800 1_555 JA MG MG . I MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.869 ? metalc ? metalc36 IA O2A ATP . I ATP 800 1_555 JA MG MG . I MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.907 ? metalc ? metalc37 J OD2 ASP 102 K ASP 102 1_555 LA MG MG . K MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.8 ? metalc ? metalc38 KA O1A ATP . K ATP 800 1_555 LA MG MG . K MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.848 ? metalc ? metalc39 KA O2G ATP . K ATP 800 1_555 LA MG MG . K MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.853 ? metalc ? metalc40 KA O1B ATP . K ATP 800 1_555 LA MG MG . K MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.921 ? metalc ? metalc41 K OD2 ASP 102 L ASP 102 1_555 NA MG MG . L MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.815 ? metalc ? metalc42 MA O2G ATP . L ATP 800 1_555 NA MG MG . L MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.822 ? metalc ? metalc43 MA O1B ATP . L ATP 800 1_555 NA MG MG . L MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.914 ? metalc ? metalc44 MA O1A ATP . L ATP 800 1_555 NA MG MG . L MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.082 ? metalc ? metalc45 L OD2 ASP 102 M ASP 102 1_555 PA MG MG . M MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.884 ? metalc ? metalc46 OA O2G ATP . M ATP 800 1_555 PA MG MG . M MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.725 ? metalc ? metalc47 OA O1B ATP . M ATP 800 1_555 PA MG MG . M MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.876 ? metalc ? metalc48 OA O1A ATP . M ATP 800 1_555 PA MG MG . M MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.909 ? metalc ? metalc49 M OD2 ASP 102 N ASP 102 1_555 RA MG MG . N MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.93 ? metalc ? metalc50 QA O1B ATP . N ATP 800 1_555 RA MG MG . N MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.85 ? metalc ? metalc51 QA O2G ATP . N ATP 800 1_555 RA MG MG . N MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.877 ? metalc ? metalc52 QA O1A ATP . N ATP 800 1_555 RA MG MG . N MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.004 ? metalc ? metalc53 N OD1 ASP 102 O ASP 102 1_555 TA MG MG . O MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.75 ? metalc ? metalc54 SA O2G ATP . O ATP 800 1_555 TA MG MG . O MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.785 ? metalc ? metalc55 SA O1A ATP . O ATP 800 1_555 TA MG MG . O MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.868 ? metalc ? metalc56 SA O1B ATP . O ATP 800 1_555 TA MG MG . O MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.917 ? metalc ? metalc57 O OD2 ASP 102 P ASP 102 1_555 VA MG MG . P MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.854 ? metalc ? metalc58 UA O2G ATP . P ATP 800 1_555 VA MG MG . P MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.719 ? metalc ? metalc59 UA O1A ATP . P ATP 800 1_555 VA MG MG . P MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.863 ? metalc ? metalc60 UA O1B ATP . P ATP 800 1_555 VA MG MG . P MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.944 ? metalc ? metalc61 P OD2 ASP 102 Q ASP 102 1_555 XA MG MG . Q MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.87 ? metalc ? metalc62 WA O3G ATP . Q ATP 800 1_555 XA MG MG . Q MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.829 ? metalc ? metalc63 WA O1A ATP . Q ATP 800 1_555 XA MG MG . Q MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.829 ? metalc ? metalc64 WA O1B ATP . Q ATP 800 1_555 XA MG MG . Q MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.893 ? metalc ? metalc65 Q OD2 ASP 102 R ASP 102 1_555 ZA MG MG . R MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.812 ? metalc ? metalc66 YA O1B ATP . R ATP 800 1_555 ZA MG MG . R MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.838 ? metalc ? metalc67 YA O2G ATP . R ATP 800 1_555 ZA MG MG . R MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? metalc ? metalc68 YA O1A ATP . R ATP 800 1_555 ZA MG MG . R MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.932 ? metalc ? metalc69 R OD2 ASP 102 S ASP 102 1_555 BB MG MG . S MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.78 ? metalc ? metalc70 AB O1B ATP . S ATP 800 1_555 BB MG MG . S MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.779 ? metalc ? metalc71 AB O2G ATP . S ATP 800 1_555 BB MG MG . S MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.847 ? metalc ? metalc72 AB O1A ATP . S ATP 800 1_555 BB MG MG . S MG 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.913 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3J1F _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 2 ATP A 1 800 800 ATP ATP . T 3 MG A 1 801 801 MG MG . U 2 ATP B 1 800 800 ATP ATP . V 3 MG B 1 801 801 MG MG . W 2 ATP C 1 800 800 ATP ATP . X 3 MG C 1 801 801 MG MG . Y 2 ATP D 1 800 800 ATP ATP . Z 3 MG D 1 801 801 MG MG . AA 2 ATP E 1 800 800 ATP ATP . BA 3 MG E 1 801 801 MG MG . CA 2 ATP F 1 800 800 ATP ATP . DA 3 MG F 1 801 801 MG MG . EA 2 ATP G 1 800 800 ATP ATP . FA 3 MG G 1 801 801 MG MG . GA 2 ATP H 1 800 800 ATP ATP . HA 3 MG H 1 801 801 MG MG . IA 2 ATP I 1 800 800 ATP ATP . JA 3 MG I 1 801 801 MG MG . KA 2 ATP K 1 800 800 ATP ATP . LA 3 MG K 1 801 801 MG MG . MA 2 ATP L 1 800 800 ATP ATP . NA 3 MG L 1 801 801 MG MG . OA 2 ATP M 1 800 800 ATP ATP . PA 3 MG M 1 801 801 MG MG . QA 2 ATP N 1 800 800 ATP ATP . RA 3 MG N 1 801 801 MG MG . SA 2 ATP O 1 800 800 ATP ATP . TA 3 MG O 1 801 801 MG MG . UA 2 ATP P 1 800 800 ATP ATP . VA 3 MG P 1 801 801 MG MG . WA 2 ATP Q 1 800 800 ATP ATP . XA 3 MG Q 1 801 801 MG MG . YA 2 ATP R 1 800 800 ATP ATP . ZA 3 MG R 1 801 801 MG MG . AB 2 ATP S 1 800 800 ATP ATP . BB 3 MG S 1 801 801 MG MG . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id RA _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x 45.138 _atom_site.Cartn_y 48.178 _atom_site.Cartn_z -25.577 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 0 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 801 _atom_site.auth_asym_id N _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 30 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 94 _model_server_stats.query_time_ms 307 _model_server_stats.encode_time_ms 3 _model_server_stats.element_count 1 #