data_3J41 # _model_server_result.job_id ZEcPh-IMNDHQehW-PBJuYw _model_server_result.datetime_utc '2024-12-27 00:17:57' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3j41 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":203}' # _entry.id 3J41 # _exptl.entry_id 3J41 _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3J41 _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3J41 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N ? 3 M N N ? 3 N N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 E OD1 ASP 21 E ASP 20 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? metalc ? metalc2 E OD2 ASP 21 E ASP 20 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.573 ? metalc ? metalc3 E OD2 ASP 23 E ASP 22 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc4 E OD2 ASP 25 E ASP 24 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc5 E OD1 ASP 25 E ASP 24 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.592 ? metalc ? metalc6 E O THR 27 E THR 26 1_555 G CA CA . E CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc7 E OD1 ASP 59 E ASP 58 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.506 ? metalc ? metalc8 E OD2 ASP 59 E ASP 58 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.548 ? metalc ? metalc9 E OD1 ASN 61 E ASN 60 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.717 ? metalc ? metalc10 E O THR 63 E THR 62 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.719 ? metalc ? metalc11 E OD1 ASP 65 E ASP 64 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.528 ? metalc ? metalc12 E OD2 ASP 65 E ASP 64 1_555 H CA CA . E CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.586 ? metalc ? metalc13 E OD2 ASP 94 E ASP 93 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc14 E OD1 ASP 94 E ASP 93 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.595 ? metalc ? metalc15 E OD2 ASP 96 E ASP 95 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc16 E OD1 ASP 96 E ASP 95 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc17 E OD1 ASN 98 E ASN 97 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? metalc ? metalc18 E O TYR 100 E TYR 99 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc19 E OE1 GLU 105 E GLU 104 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.619 ? metalc ? metalc20 E OE2 GLU 105 E GLU 104 1_555 I CA CA . E CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc21 E OD1 ASP 130 E ASP 129 1_555 J CA CA . E CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc22 E OD2 ASP 130 E ASP 129 1_555 J CA CA . E CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.708 ? metalc ? metalc23 E OD1 ASP 132 E ASP 131 1_555 J CA CA . E CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc24 E OD1 ASP 134 E ASP 133 1_555 J CA CA . E CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc25 E O GLN 136 E GLN 135 1_555 J CA CA . E CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc26 E OE1 GLU 141 E GLU 140 1_555 J CA CA . E CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.57 ? metalc ? metalc27 E OE2 GLU 141 E GLU 140 1_555 J CA CA . E CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.577 ? metalc ? metalc28 F OD1 ASP 21 F ASP 20 1_555 K CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.505 ? metalc ? metalc29 F OD2 ASP 21 F ASP 20 1_555 K CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.572 ? metalc ? metalc30 F OD2 ASP 23 F ASP 22 1_555 K CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.474 ? metalc ? metalc31 F OD2 ASP 25 F ASP 24 1_555 K CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc32 F OD1 ASP 25 F ASP 24 1_555 K CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.591 ? metalc ? metalc33 F O THR 27 F THR 26 1_555 K CA CA . F CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc34 F OD1 ASP 59 F ASP 58 1_555 L CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.517 ? metalc ? metalc35 F OD2 ASP 59 F ASP 58 1_555 L CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.555 ? metalc ? metalc36 F OD1 ASN 61 F ASN 60 1_555 L CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc37 F O THR 63 F THR 62 1_555 L CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.743 ? metalc ? metalc38 F OD1 ASP 65 F ASP 64 1_555 L CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc39 F OD2 ASP 65 F ASP 64 1_555 L CA CA . F CA 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc40 F OD2 ASP 94 F ASP 93 1_555 M CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? metalc ? metalc41 F OD1 ASP 94 F ASP 93 1_555 M CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc42 F OD2 ASP 96 F ASP 95 1_555 M CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc43 F OD1 ASP 96 F ASP 95 1_555 M CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc44 F OD1 ASN 98 F ASN 97 1_555 M CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.607 ? metalc ? metalc45 F O TYR 100 F TYR 99 1_555 M CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.636 ? metalc ? metalc46 F OE1 GLU 105 F GLU 104 1_555 M CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.621 ? metalc ? metalc47 F OE2 GLU 105 F GLU 104 1_555 M CA CA . F CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.714 ? metalc ? metalc48 F OD1 ASP 130 F ASP 129 1_555 N CA CA . F CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.526 ? metalc ? metalc49 F OD2 ASP 130 F ASP 129 1_555 N CA CA . F CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? metalc ? metalc50 F OD1 ASP 132 F ASP 131 1_555 N CA CA . F CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.468 ? metalc ? metalc51 F OD1 ASP 134 F ASP 133 1_555 N CA CA . F CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.519 ? metalc ? metalc52 F O GLN 136 F GLN 135 1_555 N CA CA . F CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.597 ? metalc ? metalc53 F OE1 GLU 141 F GLU 140 1_555 N CA CA . F CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.568 ? metalc ? metalc54 F OE2 GLU 141 F GLU 140 1_555 N CA CA . F CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.578 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3J41 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 3 CA E 1 201 149 CA CA . H 3 CA E 1 202 150 CA CA . I 3 CA E 1 203 151 CA CA . J 3 CA E 1 204 152 CA CA . K 3 CA F 1 201 149 CA CA . L 3 CA F 1 202 150 CA CA . M 3 CA F 1 203 151 CA CA . N 3 CA F 1 204 152 CA CA . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id I _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -11.208 _atom_site.Cartn_y -10.028 _atom_site.Cartn_z -44.224 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 0 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 203 _atom_site.auth_asym_id E _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 11 _model_server_stats.parse_time_ms 10 _model_server_stats.create_model_time_ms 8 _model_server_stats.query_time_ms 282 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #