data_3J6F # _model_server_result.job_id pz6WhUR7UsiR7DhXgO7bgQ _model_server_result.datetime_utc '2024-11-29 13:48:47' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3j6f # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"RA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 3J6F # _exptl.entry_id 3J6F _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3J6F _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3J6F _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 T N N ? 4 W N N ? 4 Z N N ? 4 CA N N ? 4 FA N N ? 4 IA N N ? 4 LA N N ? 4 OA N N ? 4 RA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 B SG CYS 239 B CYS 241 1_555 B SG CYS 354 B CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf2 D SG CYS 239 D CYS 241 1_555 D SG CYS 354 D CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf3 F SG CYS 239 F CYS 241 1_555 F SG CYS 354 F CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf4 H SG CYS 239 H CYS 241 1_555 H SG CYS 354 H CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? disulf ? disulf5 J SG CYS 239 J CYS 241 1_555 J SG CYS 354 J CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf6 L SG CYS 239 L CYS 241 1_555 L SG CYS 354 L CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? disulf ? disulf7 N SG CYS 239 N CYS 241 1_555 N SG CYS 354 N CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf8 P SG CYS 239 P CYS 241 1_555 P SG CYS 354 P CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? disulf ? disulf9 R SG CYS 239 R CYS 241 1_555 R SG CYS 354 R CYS 356 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? metalc ? metalc1 S O1G GTP . A GTP 501 1_555 T MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc2 T MG MG . A MG 502 1_555 TA O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc3 T MG MG . A MG 502 1_555 TA O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc4 T MG MG . A MG 502 1_555 TA O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc5 T MG MG . A MG 502 1_555 TA O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc6 V O1G GTP . C GTP 501 1_555 W MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc7 W MG MG . C MG 502 1_555 UA O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc8 W MG MG . C MG 502 1_555 UA O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc9 W MG MG . C MG 502 1_555 UA O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc10 W MG MG . C MG 502 1_555 UA O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc11 Y O1G GTP . E GTP 501 1_555 Z MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc12 Z MG MG . E MG 502 1_555 VA O HOH . E HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc13 Z MG MG . E MG 502 1_555 VA O HOH . E HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc14 Z MG MG . E MG 502 1_555 VA O HOH . E HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc15 Z MG MG . E MG 502 1_555 VA O HOH . E HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc16 BA O1G GTP . G GTP 501 1_555 CA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc17 CA MG MG . G MG 502 1_555 WA O HOH . G HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc18 CA MG MG . G MG 502 1_555 WA O HOH . G HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc19 CA MG MG . G MG 502 1_555 WA O HOH . G HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc20 CA MG MG . G MG 502 1_555 WA O HOH . G HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc21 EA O1G GTP . I GTP 501 1_555 FA MG MG . I MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc22 FA MG MG . I MG 502 1_555 XA O HOH . I HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc23 FA MG MG . I MG 502 1_555 XA O HOH . I HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc24 FA MG MG . I MG 502 1_555 XA O HOH . I HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc25 FA MG MG . I MG 502 1_555 XA O HOH . I HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc26 HA O1G GTP . K GTP 501 1_555 IA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc27 IA MG MG . K MG 502 1_555 YA O HOH . K HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc28 IA MG MG . K MG 502 1_555 YA O HOH . K HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc29 IA MG MG . K MG 502 1_555 YA O HOH . K HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc30 IA MG MG . K MG 502 1_555 YA O HOH . K HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc31 KA O1G GTP . M GTP 501 1_555 LA MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc32 LA MG MG . M MG 502 1_555 ZA O HOH . M HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc33 LA MG MG . M MG 502 1_555 ZA O HOH . M HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc34 LA MG MG . M MG 502 1_555 ZA O HOH . M HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc35 LA MG MG . M MG 502 1_555 ZA O HOH . M HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc36 NA O1G GTP . O GTP 501 1_555 OA MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc37 OA MG MG . O MG 502 1_555 AB O HOH . O HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc38 OA MG MG . O MG 502 1_555 AB O HOH . O HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc39 OA MG MG . O MG 502 1_555 AB O HOH . O HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc40 OA MG MG . O MG 502 1_555 AB O HOH . O HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc41 QA O1G GTP . Q GTP 501 1_555 RA MG MG . Q MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc42 RA MG MG . Q MG 502 1_555 BB O HOH . Q HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc43 RA MG MG . Q MG 502 1_555 BB O HOH . Q HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc44 RA MG MG . Q MG 502 1_555 BB O HOH . Q HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc45 RA MG MG . Q MG 502 1_555 BB O HOH . Q HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3J6F _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 3 GTP A 1 501 501 GTP GTP . T 4 MG A 1 502 502 MG MG . U 5 GDP B 1 901 901 GDP GDP . V 3 GTP C 1 501 501 GTP GTP . W 4 MG C 1 502 502 MG MG . X 5 GDP D 1 901 901 GDP GDP . Y 3 GTP E 1 501 501 GTP GTP . Z 4 MG E 1 502 502 MG MG . AA 5 GDP F 1 901 901 GDP GDP . BA 3 GTP G 1 501 501 GTP GTP . CA 4 MG G 1 502 502 MG MG . DA 5 GDP H 1 901 901 GDP GDP . EA 3 GTP I 1 501 501 GTP GTP . FA 4 MG I 1 502 502 MG MG . GA 5 GDP J 1 901 901 GDP GDP . HA 3 GTP K 1 501 501 GTP GTP . IA 4 MG K 1 502 502 MG MG . JA 5 GDP L 1 901 901 GDP GDP . KA 3 GTP M 1 501 501 GTP GTP . LA 4 MG M 1 502 502 MG MG . MA 5 GDP N 1 901 901 GDP GDP . NA 3 GTP O 1 501 501 GTP GTP . OA 4 MG O 1 502 502 MG MG . PA 5 GDP P 1 901 901 GDP GDP . QA 3 GTP Q 1 501 501 GTP GTP . RA 4 MG Q 1 502 502 MG MG . SA 5 GDP R 1 901 901 GDP GDP . TA 6 HOH A 1 601 601 HOH HOH . TA 6 HOH A 2 602 602 HOH HOH . TA 6 HOH A 3 603 603 HOH HOH . TA 6 HOH A 4 604 604 HOH HOH . UA 6 HOH C 1 601 601 HOH HOH . UA 6 HOH C 2 602 602 HOH HOH . UA 6 HOH C 3 603 603 HOH HOH . UA 6 HOH C 4 604 604 HOH HOH . VA 6 HOH E 1 601 601 HOH HOH . VA 6 HOH E 2 602 602 HOH HOH . VA 6 HOH E 3 603 603 HOH HOH . VA 6 HOH E 4 604 604 HOH HOH . WA 6 HOH G 1 601 601 HOH HOH . WA 6 HOH G 2 602 602 HOH HOH . WA 6 HOH G 3 603 603 HOH HOH . WA 6 HOH G 4 604 604 HOH HOH . XA 6 HOH I 1 601 601 HOH HOH . XA 6 HOH I 2 602 602 HOH HOH . XA 6 HOH I 3 603 603 HOH HOH . XA 6 HOH I 4 604 604 HOH HOH . YA 6 HOH K 1 601 601 HOH HOH . YA 6 HOH K 2 602 602 HOH HOH . YA 6 HOH K 3 603 603 HOH HOH . YA 6 HOH K 4 604 604 HOH HOH . ZA 6 HOH M 1 601 601 HOH HOH . ZA 6 HOH M 2 602 602 HOH HOH . ZA 6 HOH M 3 603 603 HOH HOH . ZA 6 HOH M 4 604 604 HOH HOH . AB 6 HOH O 1 601 601 HOH HOH . AB 6 HOH O 2 602 602 HOH HOH . AB 6 HOH O 3 603 603 HOH HOH . AB 6 HOH O 4 604 604 HOH HOH . BB 6 HOH Q 1 601 601 HOH HOH . BB 6 HOH Q 2 602 602 HOH HOH . BB 6 HOH Q 3 603 603 HOH HOH . BB 6 HOH Q 4 604 604 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id RA _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 56.96 _atom_site.Cartn_y -22.87 _atom_site.Cartn_z 96.284 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 0 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id Q _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 25 _model_server_stats.parse_time_ms 12 _model_server_stats.create_model_time_ms 77 _model_server_stats.query_time_ms 295 _model_server_stats.encode_time_ms 4 _model_server_stats.element_count 1 #