data_3J6G # _model_server_result.job_id vK_00_hiZmcpl0GP4ODOTA _model_server_result.datetime_utc '2025-02-05 10:47:59' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3j6g # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"ZA","auth_seq_id":502}' # _entry.id 3J6G # _exptl.entry_id 3J6G _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' # _entity.details ? _entity.formula_weight 24.305 _entity.id 4 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'MAGNESIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 9 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3J6G _cell.length_a 1 _cell.length_b 1 _cell.length_c 1 _cell.Z_PDB 1 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3J6G _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall . _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 18 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB,HB,IB,JB,KB _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 4 T N N ? 4 X N N ? 4 BA N N ? 4 FA N N ? 4 JA N N ? 4 NA N N ? 4 RA N N ? 4 VA N N ? 4 ZA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 S O1G GTP . A GTP 501 1_555 T MG MG . A MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc2 T MG MG . A MG 502 1_555 CB O HOH . A HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc3 T MG MG . A MG 502 1_555 CB O HOH . A HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc4 T MG MG . A MG 502 1_555 CB O HOH . A HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc5 T MG MG . A MG 502 1_555 CB O HOH . A HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc6 W O1G GTP . C GTP 501 1_555 X MG MG . C MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc7 X MG MG . C MG 502 1_555 DB O HOH . C HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc8 X MG MG . C MG 502 1_555 DB O HOH . C HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc9 X MG MG . C MG 502 1_555 DB O HOH . C HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc10 X MG MG . C MG 502 1_555 DB O HOH . C HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc11 AA O1G GTP . E GTP 501 1_555 BA MG MG . E MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc12 BA MG MG . E MG 502 1_555 EB O HOH . E HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc13 BA MG MG . E MG 502 1_555 EB O HOH . E HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc14 BA MG MG . E MG 502 1_555 EB O HOH . E HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc15 BA MG MG . E MG 502 1_555 EB O HOH . E HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc16 EA O1G GTP . G GTP 501 1_555 FA MG MG . G MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc17 FA MG MG . G MG 502 1_555 FB O HOH . G HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc18 FA MG MG . G MG 502 1_555 FB O HOH . G HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc19 FA MG MG . G MG 502 1_555 FB O HOH . G HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc20 FA MG MG . G MG 502 1_555 FB O HOH . G HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc21 IA O1G GTP . I GTP 501 1_555 JA MG MG . I MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc22 JA MG MG . I MG 502 1_555 GB O HOH . I HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc23 JA MG MG . I MG 502 1_555 GB O HOH . I HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc24 JA MG MG . I MG 502 1_555 GB O HOH . I HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc25 JA MG MG . I MG 502 1_555 GB O HOH . I HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc26 MA O1G GTP . K GTP 501 1_555 NA MG MG . K MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc27 NA MG MG . K MG 502 1_555 HB O HOH . K HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc28 NA MG MG . K MG 502 1_555 HB O HOH . K HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc29 NA MG MG . K MG 502 1_555 HB O HOH . K HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc30 NA MG MG . K MG 502 1_555 HB O HOH . K HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc31 QA O1G GTP . M GTP 501 1_555 RA MG MG . M MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.45 ? metalc ? metalc32 RA MG MG . M MG 502 1_555 IB O HOH . M HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc33 RA MG MG . M MG 502 1_555 IB O HOH . M HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc34 RA MG MG . M MG 502 1_555 IB O HOH . M HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc35 RA MG MG . M MG 502 1_555 IB O HOH . M HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc36 UA O1G GTP . O GTP 501 1_555 VA MG MG . O MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc37 VA MG MG . O MG 502 1_555 JB O HOH . O HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.07 ? metalc ? metalc38 VA MG MG . O MG 502 1_555 JB O HOH . O HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc39 VA MG MG . O MG 502 1_555 JB O HOH . O HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc40 VA MG MG . O MG 502 1_555 JB O HOH . O HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc41 YA O1G GTP . Q GTP 501 1_555 ZA MG MG . Q MG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc42 ZA MG MG . Q MG 502 1_555 KB O HOH . Q HOH 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? metalc ? metalc43 ZA MG MG . Q MG 502 1_555 KB O HOH . Q HOH 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? metalc ? metalc44 ZA MG MG . Q MG 502 1_555 KB O HOH . Q HOH 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc45 ZA MG MG . Q MG 502 1_555 KB O HOH . Q HOH 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? # _chem_comp.formula 'Mg 2' _chem_comp.formula_weight 24.305 _chem_comp.id MG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'MAGNESIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3J6G _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code S 3 GTP A 1 501 857 GTP GTP . T 4 MG A 1 502 862 MG MG . U 5 GDP B 1 501 863 GDP GDP . V 6 TA1 B 1 502 864 TA1 TA1 . W 3 GTP C 1 501 865 GTP GTP . X 4 MG C 1 502 870 MG MG . Y 5 GDP D 1 501 871 GDP GDP . Z 6 TA1 D 1 502 872 TA1 TA1 . AA 3 GTP E 1 501 873 GTP GTP . BA 4 MG E 1 502 878 MG MG . CA 5 GDP F 1 501 879 GDP GDP . DA 6 TA1 F 1 502 880 TA1 TA1 . EA 3 GTP G 1 501 881 GTP GTP . FA 4 MG G 1 502 886 MG MG . GA 5 GDP H 1 501 887 GDP GDP . HA 6 TA1 H 1 502 888 TA1 TA1 . IA 3 GTP I 1 501 889 GTP GTP . JA 4 MG I 1 502 894 MG MG . KA 5 GDP J 1 501 895 GDP GDP . LA 6 TA1 J 1 502 896 TA1 TA1 . MA 3 GTP K 1 501 897 GTP GTP . NA 4 MG K 1 502 902 MG MG . OA 5 GDP L 1 501 903 GDP GDP . PA 6 TA1 L 1 502 904 TA1 TA1 . QA 3 GTP M 1 501 905 GTP GTP . RA 4 MG M 1 502 910 MG MG . SA 5 GDP N 1 501 911 GDP GDP . TA 6 TA1 N 1 502 912 TA1 TA1 . UA 3 GTP O 1 501 913 GTP GTP . VA 4 MG O 1 502 918 MG MG . WA 5 GDP P 1 501 919 GDP GDP . XA 6 TA1 P 1 502 920 TA1 TA1 . YA 3 GTP Q 1 501 921 GTP GTP . ZA 4 MG Q 1 502 926 MG MG . AB 5 GDP R 1 501 927 GDP GDP . BB 6 TA1 R 1 502 928 TA1 TA1 . CB 7 HOH A 1 601 858 HOH HOH . CB 7 HOH A 2 602 859 HOH HOH . CB 7 HOH A 3 603 860 HOH HOH . CB 7 HOH A 4 604 861 HOH HOH . DB 7 HOH C 1 601 866 HOH HOH . DB 7 HOH C 2 602 867 HOH HOH . DB 7 HOH C 3 603 868 HOH HOH . DB 7 HOH C 4 604 869 HOH HOH . EB 7 HOH E 1 601 874 HOH HOH . EB 7 HOH E 2 602 875 HOH HOH . EB 7 HOH E 3 603 876 HOH HOH . EB 7 HOH E 4 604 877 HOH HOH . FB 7 HOH G 1 601 882 HOH HOH . FB 7 HOH G 2 602 883 HOH HOH . FB 7 HOH G 3 603 884 HOH HOH . FB 7 HOH G 4 604 885 HOH HOH . GB 7 HOH I 1 601 890 HOH HOH . GB 7 HOH I 2 602 891 HOH HOH . GB 7 HOH I 3 603 892 HOH HOH . GB 7 HOH I 4 604 893 HOH HOH . HB 7 HOH K 1 601 898 HOH HOH . HB 7 HOH K 2 602 899 HOH HOH . HB 7 HOH K 3 603 900 HOH HOH . HB 7 HOH K 4 604 901 HOH HOH . IB 7 HOH M 1 601 906 HOH HOH . IB 7 HOH M 2 602 907 HOH HOH . IB 7 HOH M 3 603 908 HOH HOH . IB 7 HOH M 4 604 909 HOH HOH . JB 7 HOH O 1 601 914 HOH HOH . JB 7 HOH O 2 602 915 HOH HOH . JB 7 HOH O 3 603 916 HOH HOH . JB 7 HOH O 4 604 917 HOH HOH . KB 7 HOH Q 1 601 922 HOH HOH . KB 7 HOH Q 2 602 923 HOH HOH . KB 7 HOH Q 3 603 924 HOH HOH . KB 7 HOH Q 4 604 925 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol MG _atom_site.label_atom_id MG _atom_site.label_comp_id MG _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id ZA _atom_site.label_entity_id 4 _atom_site.Cartn_x 56.765 _atom_site.Cartn_y -22.574 _atom_site.Cartn_z 98.248 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 0 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id MG _atom_site.auth_comp_id MG _atom_site.auth_seq_id 502 _atom_site.auth_asym_id Q _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 19 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 70 _model_server_stats.query_time_ms 247 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #