data_3JSM # _model_server_result.job_id QbNdYzXJdxTpeaHsu-PXIg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-26 06:33:04' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3jsm # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"I","auth_seq_id":560}' # _entry.id 3JSM # _exptl.entry_id 3JSM _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 96.063 _entity.id 7 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'SULFATE ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 2 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3JSM _cell.length_a 170.31 _cell.length_b 170.31 _cell.length_c 155.44 _cell.Z_PDB 6 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3JSM _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 151 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 31 1 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 7 H N N ? 7 I N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order covale ? covale1 B O3' DG 15 P DG 816 1_555 B P MRG 16 P MRG 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.606 ? covale ? covale2 B O3' MRG 16 P MRG 817 1_555 B P DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.596 ? covale ? covale3 B S24 MRG 16 P MRG 817 1_555 C SG CYS 258 A CYS 258 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.01 ? covale ? covale4 B O3' DC 20 P DC 821 1_555 B P DDG 21 P DDG 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.597 ? metalc ? metalc1 C OD1 ASP 110 A ASP 110 1_555 F MG MG . A MG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.34 ? metalc ? metalc2 C O VAL 111 A VAL 111 1_555 F MG MG . A MG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc3 C OD2 ASP 185 A ASP 185 1_555 F MG MG . A MG 600 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc4 C OD2 ASP 443 A ASP 443 1_555 G MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc5 C OD1 ASP 443 A ASP 443 1_555 G MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.623 ? metalc ? metalc6 C OD2 ASP 498 A ASP 498 1_555 G MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.394 ? metalc ? metalc7 C OD1 ASP 498 A ASP 498 1_555 G MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.582 ? metalc ? metalc8 J O HOH . A HOH 561 1_555 G MG MG . A MG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? metalc ? metalc9 F MG MG . A MG 600 1_555 E O1A TNV . A TNV 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc10 F MG MG . A MG 600 1_555 E O2B TNV . A TNV 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc11 F MG MG . A MG 600 1_555 E O1G TNV . A TNV 823 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.304 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N3 DC 6 T DC 706 1_555 B N1 DDG 21 P DDG 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N4 DC 6 T DC 706 1_555 B O6 DDG 21 P DDG 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A O2 DC 6 T DC 706 1_555 B N2 DDG 21 P DDG 822 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N1 DG 7 T DG 707 1_555 B N3 DC 20 P DC 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A N2 DG 7 T DG 707 1_555 B O2 DC 20 P DC 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog6 A O6 DG 7 T DG 707 1_555 B N4 DC 20 P DC 821 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 DG 8 T DG 708 1_555 B N3 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N2 DG 8 T DG 708 1_555 B O2 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A O6 DG 8 T DG 708 1_555 B N4 DC 19 P DC 820 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N3 DC 9 T DC 709 1_555 B N1 DG 18 P DG 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A N4 DC 9 T DC 709 1_555 B O6 DG 18 P DG 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A O2 DC 9 T DC 709 1_555 B N2 DG 18 P DG 819 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N1 DG 10 T DG 710 1_555 B N3 DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A N2 DG 10 T DG 710 1_555 B O2 DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog15 A O6 DG 10 T DG 710 1_555 B N4 DC 17 P DC 818 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog16 A N3 DC 11 T DC 711 1_555 B N1 MRG 16 P MRG 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog17 A N4 DC 11 T DC 711 1_555 B O6 MRG 16 P MRG 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog18 A O2 DC 11 T DC 711 1_555 B N2 MRG 16 P MRG 817 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog19 A N3 DC 12 T DC 712 1_555 B N1 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog20 A N4 DC 12 T DC 712 1_555 B O6 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog21 A O2 DC 12 T DC 712 1_555 B N2 DG 15 P DG 816 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog22 A O2 DC 13 T DC 713 1_555 B N2 DG 14 P DG 815 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N1 DG 14 T DG 714 1_555 B N3 DC 13 P DC 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A N2 DG 14 T DG 714 1_555 B O2 DC 13 P DC 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A O6 DG 14 T DG 714 1_555 B N4 DC 13 P DC 814 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog26 A N6 DA 15 T DA 715 1_555 B O4 DT 11 P DT 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N1 DA 15 T DA 715 1_555 B N3 DT 12 P DT 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N6 DA 15 T DA 715 1_555 B O4 DT 12 P DT 813 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A N1 DA 16 T DA 716 1_555 B N3 DT 11 P DT 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog30 A N6 DA 16 T DA 716 1_555 B O4 DT 11 P DT 812 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog31 A N3 DC 17 T DC 717 1_555 B N1 DG 10 P DG 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog32 A N4 DC 17 T DC 717 1_555 B O6 DG 10 P DG 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog33 A O2 DC 17 T DC 717 1_555 B N2 DG 10 P DG 811 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog34 A N1 DA 18 T DA 718 1_555 B N3 DT 9 P DT 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog35 A N6 DA 18 T DA 718 1_555 B O4 DT 9 P DT 810 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog36 A O6 DG 19 T DG 719 1_555 B N4 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog37 A N1 DG 19 T DG 719 1_555 B N3 DC 8 P DC 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog38 A N2 DG 19 T DG 719 1_555 B O2 DC 8 P DC 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog39 A O6 DG 19 T DG 719 1_555 B N4 DC 8 P DC 809 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog40 A O6 DG 20 T DG 720 1_555 B N4 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog41 A N1 DG 20 T DG 720 1_555 B N3 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog42 A N2 DG 20 T DG 720 1_555 B O2 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog43 A O6 DG 20 T DG 720 1_555 B N4 DC 7 P DC 808 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog44 A N1 DG 21 T DG 721 1_555 B N3 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog45 A N2 DG 21 T DG 721 1_555 B O2 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog46 A O6 DG 21 T DG 721 1_555 B N4 DC 6 P DC 807 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DA-DT PAIR' hydrog47 A N1 DA 22 T DA 722 1_555 B N3 DT 5 P DT 806 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DC-DG PAIR' hydrog48 A O2 DC 23 T DC 723 1_555 B N2 DG 4 P DG 805 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'DG-DC PAIR' hydrog49 A N2 DG 25 T DG 725 1_555 B N3 DC 2 P DC 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'O4 S -2' _chem_comp.formula_weight 96.063 _chem_comp.id SO4 _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'SULFATE ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag S O1 SO4 doub 526 n n S O2 SO4 doub 527 n n S O3 SO4 sing 528 n n S O4 SO4 sing 529 n n # _atom_sites.entry_id 3JSM _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005872 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.00339 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.00678 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.006433 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 5 TNV A 1 823 823 TNV TNV . F 6 MG A 1 600 600 MG MG . G 6 MG A 1 601 601 MG MG . H 7 SO4 A 1 559 559 SO4 SO4 . I 7 SO4 A 1 560 560 SO4 SO4 . J 8 HOH A 1 561 561 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 S S SO4 . . . I 7 71.304 42.49 -45.991 1 119.88 ? S SO4 560 A 1 HETATM 2 O O1 SO4 . . . I 7 71.118 41.671 -47.224 1 119.08 ? O1 SO4 560 A 1 HETATM 3 O O2 SO4 . . . I 7 71.199 41.559 -44.827 1 115.82 ? O2 SO4 560 A 1 HETATM 4 O O3 SO4 . . . I 7 70.223 43.524 -45.974 1 117.45 ? O3 SO4 560 A 1 HETATM 5 O O4 SO4 . . . I 7 72.627 43.217 -45.978 1 113.34 ? O4 SO4 560 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 9 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 18 _model_server_stats.query_time_ms 235 _model_server_stats.encode_time_ms 13 _model_server_stats.element_count 5 #