data_3K1V # _model_server_result.job_id p_OP8rRGi3ZMbyG2e4weLQ _model_server_result.datetime_utc '2025-03-06 16:44:06' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3k1v # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"B","auth_seq_id":301}' # _entry.id 3K1V # _exptl.entry_id 3K1V _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 179.179 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE _entity.pdbx_number_of_molecules 1 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 120 _cell.entry_id 3K1V _cell.length_a 76.81 _cell.length_b 76.81 _cell.length_c 85.9 _cell.Z_PDB 18 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3K1V _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 155 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'H 3 2' # _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details monomeric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # _struct_asym.details ? _struct_asym.entity_id 2 _struct_asym.id B _struct_asym.pdbx_modified N _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OP2 G 5 A G 5 1_555 D CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc2 A OP2 U 7 A U 7 1_555 E CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.273 ? metalc ? metalc3 A OP2 C 8 A C 8 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc4 A OP2 U 9 A U 9 1_555 E CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc5 G O HOH . A HOH 102 1_555 F CA CA . A CA 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.435 ? metalc ? metalc6 G O HOH . A HOH 103 1_555 F CA CA . A CA 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? metalc ? metalc7 G O HOH . A HOH 104 1_555 F CA CA . A CA 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.784 ? metalc ? metalc8 G O HOH . A HOH 106 1_555 F CA CA . A CA 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.694 ? metalc ? metalc9 G O HOH . A HOH 108 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? metalc ? metalc10 G O HOH . A HOH 109 1_555 C CA CA . A CA 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.605 ? metalc ? metalc11 G O HOH . A HOH 110 1_555 E CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.515 ? metalc ? metalc12 G O HOH . A HOH 111 1_555 E CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc13 G O HOH . A HOH 112 1_555 E CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.973 ? metalc ? metalc14 G O HOH . A HOH 113 1_555 E CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.466 ? metalc ? metalc15 G O HOH . A HOH 122 1_555 D CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.574 ? metalc ? metalc16 G O HOH . A HOH 129 1_555 E CA CA . A CA 204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.532 ? metalc ? metalc17 G O HOH . A HOH 134 1_555 D CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc18 G O HOH . A HOH 135 1_555 D CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.772 ? metalc ? metalc19 G O HOH . A HOH 137 1_555 D CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.598 ? metalc ? metalc20 G O HOH . A HOH 152 1_555 D CA CA . A CA 203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.879 ? hydrog WATSON-CRICK hydrog1 A N1 A 1 A A 1 1_555 A N3 U 22 A U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog2 A N6 A 1 A A 1 1_555 A O4 U 22 A U 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog3 A N1 G 2 A G 2 1_555 A N3 C 21 A C 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog4 A N2 G 2 A G 2 1_555 A O2 C 21 A C 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog5 A O6 G 2 A G 2 1_555 A N4 C 21 A C 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'G-U MISPAIR' hydrog6 A N2 G 2 A G 2 1_555 A O4 U 24 A U 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog7 A N1 A 3 A A 3 1_555 A N3 U 20 A U 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog8 A N6 A 3 A A 3 1_555 A O4 U 20 A U 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog9 A N1 G 4 A G 4 1_555 A N3 C 19 A C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog10 A N2 G 4 A G 4 1_555 A O2 C 19 A C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog11 A O6 G 4 A G 4 1_555 A N4 C 19 A C 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog12 A N1 G 5 A G 5 1_555 A N3 C 18 A C 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog13 A N2 G 5 A G 5 1_555 A O2 C 18 A C 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog14 A O6 G 5 A G 5 1_555 A N4 C 18 A C 18 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog15 A N2 G 5 A G 5 1_555 A N1 A 28 A A 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog TYPE_10_PAIR hydrog16 A N3 G 5 A G 5 1_555 A N6 A 28 A A 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog17 A N3 U 6 A U 6 1_555 A N7 A 29 A A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog18 A O4 U 6 A U 6 1_555 A N6 A 29 A A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog19 A O4 U 6 A U 6 1_555 A N6 A 30 A A 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog20 A N3 U 7 A U 7 1_555 A N7 A 30 A A 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog HOOGSTEEN hydrog21 A O4 U 7 A U 7 1_555 A N6 A 30 A A 30 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog22 A N4 C 8 A C 8 1_555 A N1 A 34 A A 34 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog23 A N3 U 9 A U 9 1_555 A N1 A 33 A A 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog24 A O4 U 9 A U 9 1_555 A N6 A 33 A A 33 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog25 A N1 A 10 A A 10 1_555 A N3 U 32 A U 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog26 A N6 A 10 A A 10 1_555 A O4 U 32 A U 32 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog27 A N1 G 11 A G 11 1_555 A N3 C 31 A C 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog28 A N2 G 11 A G 11 1_555 A O2 C 31 A C 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog WATSON-CRICK hydrog29 A O6 G 11 A G 11 1_555 A N4 C 31 A C 31 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog30 A O2 C 18 A C 18 1_555 A N6 A 29 A A 29 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog31 A O2 C 19 A C 19 1_555 A N6 A 27 A A 27 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'U-A PAIR' hydrog32 A O2 U 20 A U 20 1_555 A N6 A 26 A A 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? hydrog 'C-A MISPAIR' hydrog33 A O2 C 21 A C 21 1_555 A N6 A 25 A A 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # _chem_comp.formula 'C7 H9 N5 O' _chem_comp.formula_weight 179.179 _chem_comp.id PRF _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag N1 C2 PRF sing 118 n n N1 C6 PRF sing 119 n n N1 H91 PRF sing 120 n n C2 N3 PRF doub 121 n n C2 N2 PRF sing 122 n n N3 C4 PRF sing 123 n n C4 C5 PRF doub 124 n y C4 N9 PRF sing 125 n y C5 C6 PRF sing 126 n n C5 C7 PRF sing 127 n y C6 O6 PRF doub 128 n n C7 C10 PRF sing 129 n n C7 C8 PRF doub 130 n y C10 N11 PRF sing 131 n n C10 H101 PRF sing 132 n n C10 H102 PRF sing 133 n n N11 H111 PRF sing 134 n n N11 H112 PRF sing 135 n n C8 N9 PRF sing 136 n y C8 H81 PRF sing 137 n n N9 HN91 PRF sing 138 n n N2 HN21 PRF sing 139 n n N2 HN22 PRF sing 140 n n # _atom_sites.entry_id 3K1V _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.013019 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.007517 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.015033 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.011641 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code B 2 PRF A 1 301 301 PRF PRF . C 3 CA A 1 201 201 CA CA . D 3 CA A 1 203 203 CA CA . E 3 CA A 1 204 204 CA CA . F 3 CA A 1 205 205 CA CA . G 4 HOH A 1 102 102 HOH HOH . G 4 HOH A 2 103 103 HOH HOH . G 4 HOH A 3 104 104 HOH HOH . G 4 HOH A 4 105 105 HOH HOH . G 4 HOH A 5 106 106 HOH HOH . G 4 HOH A 6 108 108 HOH HOH . G 4 HOH A 7 109 109 HOH HOH . G 4 HOH A 8 110 110 HOH HOH . G 4 HOH A 9 111 111 HOH HOH . G 4 HOH A 10 112 112 HOH HOH . G 4 HOH A 11 113 113 HOH HOH . G 4 HOH A 12 114 114 HOH HOH . G 4 HOH A 13 115 115 HOH HOH . G 4 HOH A 14 116 116 HOH HOH . G 4 HOH A 15 117 117 HOH HOH . G 4 HOH A 16 118 118 HOH HOH . G 4 HOH A 17 119 119 HOH HOH . G 4 HOH A 18 121 121 HOH HOH . G 4 HOH A 19 122 122 HOH HOH . G 4 HOH A 20 123 123 HOH HOH . G 4 HOH A 21 124 124 HOH HOH . G 4 HOH A 22 125 125 HOH HOH . G 4 HOH A 23 126 126 HOH HOH . G 4 HOH A 24 127 127 HOH HOH . G 4 HOH A 25 129 129 HOH HOH . G 4 HOH A 26 130 130 HOH HOH . G 4 HOH A 27 131 131 HOH HOH . G 4 HOH A 28 132 132 HOH HOH . G 4 HOH A 29 133 133 HOH HOH . G 4 HOH A 30 134 134 HOH HOH . G 4 HOH A 31 135 135 HOH HOH . G 4 HOH A 32 136 136 HOH HOH . G 4 HOH A 33 137 137 HOH HOH . G 4 HOH A 34 138 138 HOH HOH . G 4 HOH A 35 139 139 HOH HOH . G 4 HOH A 36 140 140 HOH HOH . G 4 HOH A 37 141 141 HOH HOH . G 4 HOH A 38 142 142 HOH HOH . G 4 HOH A 39 146 146 HOH HOH . G 4 HOH A 40 147 147 HOH HOH . G 4 HOH A 41 148 148 HOH HOH . G 4 HOH A 42 149 149 HOH HOH . G 4 HOH A 43 151 151 HOH HOH . G 4 HOH A 44 152 152 HOH HOH . G 4 HOH A 45 153 153 HOH HOH . G 4 HOH A 46 155 155 HOH HOH . G 4 HOH A 47 156 156 HOH HOH . G 4 HOH A 48 157 157 HOH HOH . G 4 HOH A 49 158 158 HOH HOH . G 4 HOH A 50 159 159 HOH HOH . G 4 HOH A 51 160 160 HOH HOH . G 4 HOH A 52 161 161 HOH HOH . G 4 HOH A 53 162 162 HOH HOH . G 4 HOH A 54 163 163 HOH HOH . G 4 HOH A 55 164 164 HOH HOH . G 4 HOH A 56 165 165 HOH HOH . G 4 HOH A 57 166 166 HOH HOH . G 4 HOH A 58 167 167 HOH HOH . G 4 HOH A 59 168 168 HOH HOH . G 4 HOH A 60 169 169 HOH HOH . G 4 HOH A 61 170 170 HOH HOH . G 4 HOH A 62 202 202 HOH HOH . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 N N1 PRF . . . B 2 -14.731 -8.572 10.989 1 21.07 ? N1 PRF 301 A 1 HETATM 2 C C2 PRF . . . B 2 -15.746 -9.201 11.674 1 18.8 ? C2 PRF 301 A 1 HETATM 3 N N3 PRF . . . B 2 -15.72 -9.312 13.001 1 22.14 ? N3 PRF 301 A 1 HETATM 4 C C4 PRF . . . B 2 -14.689 -8.814 13.742 1 19.86 ? C4 PRF 301 A 1 HETATM 5 C C5 PRF . . . B 2 -13.613 -8.162 13.089 1 23.68 ? C5 PRF 301 A 1 HETATM 6 C C6 PRF . . . B 2 -13.654 -8.042 11.66 1 25.78 ? C6 PRF 301 A 1 HETATM 7 O O6 PRF . . . B 2 -12.752 -7.486 11.048 1 29.31 ? O6 PRF 301 A 1 HETATM 8 C C7 PRF . . . B 2 -12.677 -7.758 14.141 1 23.12 ? C7 PRF 301 A 1 HETATM 9 C C10 PRF . . . B 2 -11.367 -7.031 13.955 1 21.07 ? C10 PRF 301 A 1 HETATM 10 N N11 PRF . . . B 2 -11.613 -5.614 13.683 1 25.22 ? N11 PRF 301 A 1 HETATM 11 C C8 PRF . . . B 2 -13.215 -8.16 15.304 1 22.14 ? C8 PRF 301 A 1 HETATM 12 N N9 PRF . . . B 2 -14.418 -8.793 15.075 1 23.67 ? N9 PRF 301 A 1 HETATM 13 N N2 PRF . . . B 2 -16.805 -9.723 10.978 1 19.44 ? N2 PRF 301 A 1 # _model_server_stats.io_time_ms 41 _model_server_stats.parse_time_ms 79 _model_server_stats.create_model_time_ms 61 _model_server_stats.query_time_ms 352 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 13 #