data_3K42
#
_model_server_result.job_id            8gqzEFwKccCkcO3Ej5ODwA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-01 19:37:53' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3k42 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"D","auth_seq_id":7000}' 
#
_entry.id    3K42 
#
_exptl.entry_id    3K42 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              172.074 
_entity.id                          3 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE 
_entity.pdbx_number_of_molecules    2 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3K42 
_cell.length_a            102.582 
_cell.length_b            102.582 
_cell.length_c            100.145 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3K42 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        79 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'I 4' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? dimeric 2 author_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P 1 1 
A,C,D,E,F,G,H,O 2 1 
B,I,J,K,L,M,N,P 2 2 
#
loop_
_pdbx_struct_oper_list.id
_pdbx_struct_oper_list.type
_pdbx_struct_oper_list.name
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]
1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 
2 'crystal symmetry operation' 4_555 y,-x,z 0 1 0 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 3 D N N 
? 3 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 6 A CYS 6 1_555 A SG CYS 52 A CYS 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 106 A CYS 106 1_555 A SG CYS 141 A CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? 
disulf ? disulf3 A SG CYS 119 A CYS 119 1_555 A SG CYS 153 A CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? 
disulf ? disulf4 B SG CYS 6 B CYS 6 1_555 B SG CYS 52 B CYS 52 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? 
disulf ? disulf5 B SG CYS 106 B CYS 106 1_555 B SG CYS 141 B CYS 141 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? 
disulf ? disulf6 B SG CYS 119 B CYS 119 1_555 B SG CYS 153 B CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? 
covale ? covale1 B ND2 ASN 81 B ASN 81 1_555 I C1 NAG . B NAG 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? 
#
_chem_comp.formula           'C3 H9 O6 P' 
_chem_comp.formula_weight    172.074 
_chem_comp.id                1GP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C3 C2 1GP sing 1 n n 
C3 O2 1GP sing 2 n n 
C3 H31 1GP sing 3 n n 
C3 H32 1GP sing 4 n n 
O3 C2 1GP sing 5 n n 
O3 HO3 1GP sing 6 n n 
C2 C1 1GP sing 7 n n 
C2 H2 1GP sing 8 n n 
O2 HO2 1GP sing 9 n n 
C1 O1P 1GP sing 10 n n 
C1 H11 1GP sing 11 n n 
C1 H12 1GP sing 12 n n 
O1P P 1GP sing 13 n n 
O2P P 1GP doub 14 n n 
O3P P 1GP sing 15 n n 
O3P HO3P 1GP sing 16 n n 
O4P P 1GP sing 17 n n 
O4P HO4P 1GP sing 18 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3K42 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009748 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009748 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.009986 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 NAG A 1 3001 3001 NAG NAG . 
D 3 1GP A 1 7000 7000 1GP 1GP . 
E 4 SO4 A 1 6000 6000 SO4 SO4 . 
F 4 SO4 A 1 6002 6002 SO4 SO4 . 
G 4 SO4 A 1 6003 6003 SO4 SO4 . 
H 4 SO4 A 1 6007 6007 SO4 SO4 . 
I 2 NAG B 1 4001 4001 NAG NAG . 
J 3 1GP B 1 7001 7001 1GP 1GP . 
K 4 SO4 B 1 6001 6001 SO4 SO4 . 
L 4 SO4 B 1 6004 6004 SO4 SO4 . 
M 4 SO4 B 1 6005 6005 SO4 SO4 . 
N 4 SO4 B 1 6006 6006 SO4 SO4 . 
O 5 HOH A 1 502 502 HOH WAT . 
O 5 HOH A 2 504 504 HOH WAT . 
O 5 HOH A 3 508 508 HOH WAT . 
O 5 HOH A 4 511 511 HOH WAT . 
O 5 HOH A 5 515 515 HOH WAT . 
O 5 HOH A 6 517 517 HOH WAT . 
O 5 HOH A 7 518 518 HOH WAT . 
O 5 HOH A 8 526 526 HOH WAT . 
O 5 HOH A 9 527 527 HOH WAT . 
O 5 HOH A 10 528 528 HOH WAT . 
O 5 HOH A 11 531 531 HOH WAT . 
O 5 HOH A 12 533 533 HOH WAT . 
O 5 HOH A 13 534 534 HOH WAT . 
O 5 HOH A 14 535 535 HOH WAT . 
O 5 HOH A 15 536 536 HOH WAT . 
O 5 HOH A 16 538 538 HOH WAT . 
O 5 HOH A 17 539 539 HOH WAT . 
O 5 HOH A 18 540 540 HOH WAT . 
O 5 HOH A 19 542 542 HOH WAT . 
O 5 HOH A 20 543 543 HOH WAT . 
O 5 HOH A 21 546 546 HOH WAT . 
O 5 HOH A 22 547 547 HOH WAT . 
O 5 HOH A 23 551 551 HOH WAT . 
O 5 HOH A 24 554 554 HOH WAT . 
O 5 HOH A 25 555 555 HOH WAT . 
O 5 HOH A 26 558 558 HOH WAT . 
O 5 HOH A 27 560 560 HOH WAT . 
O 5 HOH A 28 563 563 HOH WAT . 
O 5 HOH A 29 565 565 HOH WAT . 
O 5 HOH A 30 570 570 HOH WAT . 
O 5 HOH A 31 571 571 HOH WAT . 
O 5 HOH A 32 572 572 HOH WAT . 
O 5 HOH A 33 573 573 HOH WAT . 
O 5 HOH A 34 577 577 HOH WAT . 
O 5 HOH A 35 580 580 HOH WAT . 
O 5 HOH A 36 584 584 HOH WAT . 
O 5 HOH A 37 589 589 HOH WAT . 
O 5 HOH A 38 592 592 HOH WAT . 
O 5 HOH A 39 593 593 HOH WAT . 
O 5 HOH A 40 594 594 HOH WAT . 
O 5 HOH A 41 596 596 HOH WAT . 
O 5 HOH A 42 599 599 HOH WAT . 
O 5 HOH A 43 604 604 HOH WAT . 
O 5 HOH A 44 606 606 HOH WAT . 
O 5 HOH A 45 607 607 HOH WAT . 
O 5 HOH A 46 608 608 HOH WAT . 
O 5 HOH A 47 611 611 HOH WAT . 
O 5 HOH A 48 613 613 HOH WAT . 
O 5 HOH A 49 615 615 HOH WAT . 
O 5 HOH A 50 616 616 HOH WAT . 
O 5 HOH A 51 618 618 HOH WAT . 
O 5 HOH A 52 619 619 HOH WAT . 
O 5 HOH A 53 622 622 HOH WAT . 
O 5 HOH A 54 624 624 HOH WAT . 
O 5 HOH A 55 625 625 HOH WAT . 
O 5 HOH A 56 626 626 HOH WAT . 
O 5 HOH A 57 627 627 HOH WAT . 
O 5 HOH A 58 629 629 HOH WAT . 
O 5 HOH A 59 630 630 HOH WAT . 
O 5 HOH A 60 631 631 HOH WAT . 
O 5 HOH A 61 632 632 HOH WAT . 
O 5 HOH A 62 633 633 HOH WAT . 
O 5 HOH A 63 635 635 HOH WAT . 
O 5 HOH A 64 639 639 HOH WAT . 
O 5 HOH A 65 643 643 HOH WAT . 
O 5 HOH A 66 644 644 HOH WAT . 
O 5 HOH A 67 645 645 HOH WAT . 
O 5 HOH A 68 647 647 HOH WAT . 
O 5 HOH A 69 653 653 HOH WAT . 
O 5 HOH A 70 656 656 HOH WAT . 
O 5 HOH A 71 658 658 HOH WAT . 
O 5 HOH A 72 661 661 HOH WAT . 
O 5 HOH A 73 662 662 HOH WAT . 
O 5 HOH A 74 663 663 HOH WAT . 
O 5 HOH A 75 664 664 HOH WAT . 
O 5 HOH A 76 665 665 HOH WAT . 
O 5 HOH A 77 666 666 HOH WAT . 
O 5 HOH A 78 667 667 HOH WAT . 
O 5 HOH A 79 678 678 HOH WAT . 
O 5 HOH A 80 681 681 HOH WAT . 
O 5 HOH A 81 683 683 HOH WAT . 
O 5 HOH A 82 686 686 HOH WAT . 
O 5 HOH A 83 687 687 HOH WAT . 
O 5 HOH A 84 690 690 HOH WAT . 
O 5 HOH A 85 695 695 HOH WAT . 
O 5 HOH A 86 696 696 HOH WAT . 
O 5 HOH A 87 697 697 HOH WAT . 
O 5 HOH A 88 698 698 HOH WAT . 
O 5 HOH A 89 701 701 HOH WAT . 
O 5 HOH A 90 702 702 HOH WAT . 
O 5 HOH A 91 704 704 HOH WAT . 
P 5 HOH B 1 501 501 HOH WAT . 
P 5 HOH B 2 506 506 HOH WAT . 
P 5 HOH B 3 507 507 HOH WAT . 
P 5 HOH B 4 510 510 HOH WAT . 
P 5 HOH B 5 513 513 HOH WAT . 
P 5 HOH B 6 516 516 HOH WAT . 
P 5 HOH B 7 519 519 HOH WAT . 
P 5 HOH B 8 520 520 HOH WAT . 
P 5 HOH B 9 521 521 HOH WAT . 
P 5 HOH B 10 523 523 HOH WAT . 
P 5 HOH B 11 524 524 HOH WAT . 
P 5 HOH B 12 529 529 HOH WAT . 
P 5 HOH B 13 530 530 HOH WAT . 
P 5 HOH B 14 532 532 HOH WAT . 
P 5 HOH B 15 544 544 HOH WAT . 
P 5 HOH B 16 545 545 HOH WAT . 
P 5 HOH B 17 549 549 HOH WAT . 
P 5 HOH B 18 550 550 HOH WAT . 
P 5 HOH B 19 552 552 HOH WAT . 
P 5 HOH B 20 553 553 HOH WAT . 
P 5 HOH B 21 556 556 HOH WAT . 
P 5 HOH B 22 559 559 HOH WAT . 
P 5 HOH B 23 561 561 HOH WAT . 
P 5 HOH B 24 562 562 HOH WAT . 
P 5 HOH B 25 566 566 HOH WAT . 
P 5 HOH B 26 567 567 HOH WAT . 
P 5 HOH B 27 569 569 HOH WAT . 
P 5 HOH B 28 575 575 HOH WAT . 
P 5 HOH B 29 578 578 HOH WAT . 
P 5 HOH B 30 579 579 HOH WAT . 
P 5 HOH B 31 582 582 HOH WAT . 
P 5 HOH B 32 583 583 HOH WAT . 
P 5 HOH B 33 585 585 HOH WAT . 
P 5 HOH B 34 586 586 HOH WAT . 
P 5 HOH B 35 588 588 HOH WAT . 
P 5 HOH B 36 590 590 HOH WAT . 
P 5 HOH B 37 591 591 HOH WAT . 
P 5 HOH B 38 595 595 HOH WAT . 
P 5 HOH B 39 597 597 HOH WAT . 
P 5 HOH B 40 598 598 HOH WAT . 
P 5 HOH B 41 600 600 HOH WAT . 
P 5 HOH B 42 601 601 HOH WAT . 
P 5 HOH B 43 602 602 HOH WAT . 
P 5 HOH B 44 603 603 HOH WAT . 
P 5 HOH B 45 605 605 HOH WAT . 
P 5 HOH B 46 609 609 HOH WAT . 
P 5 HOH B 47 610 610 HOH WAT . 
P 5 HOH B 48 612 612 HOH WAT . 
P 5 HOH B 49 614 614 HOH WAT . 
P 5 HOH B 50 617 617 HOH WAT . 
P 5 HOH B 51 620 620 HOH WAT . 
P 5 HOH B 52 621 621 HOH WAT . 
P 5 HOH B 53 623 623 HOH WAT . 
P 5 HOH B 54 628 628 HOH WAT . 
P 5 HOH B 55 634 634 HOH WAT . 
P 5 HOH B 56 636 636 HOH WAT . 
P 5 HOH B 57 637 637 HOH WAT . 
P 5 HOH B 58 638 638 HOH WAT . 
P 5 HOH B 59 640 640 HOH WAT . 
P 5 HOH B 60 641 641 HOH WAT . 
P 5 HOH B 61 642 642 HOH WAT . 
P 5 HOH B 62 648 648 HOH WAT . 
P 5 HOH B 63 649 649 HOH WAT . 
P 5 HOH B 64 650 650 HOH WAT . 
P 5 HOH B 65 651 651 HOH WAT . 
P 5 HOH B 66 652 652 HOH WAT . 
P 5 HOH B 67 654 654 HOH WAT . 
P 5 HOH B 68 655 655 HOH WAT . 
P 5 HOH B 69 657 657 HOH WAT . 
P 5 HOH B 70 659 659 HOH WAT . 
P 5 HOH B 71 668 668 HOH WAT . 
P 5 HOH B 72 669 669 HOH WAT . 
P 5 HOH B 73 670 670 HOH WAT . 
P 5 HOH B 74 671 671 HOH WAT . 
P 5 HOH B 75 672 672 HOH WAT . 
P 5 HOH B 76 673 673 HOH WAT . 
P 5 HOH B 77 674 674 HOH WAT . 
P 5 HOH B 78 675 675 HOH WAT . 
P 5 HOH B 79 676 676 HOH WAT . 
P 5 HOH B 80 679 679 HOH WAT . 
P 5 HOH B 81 680 680 HOH WAT . 
P 5 HOH B 82 684 684 HOH WAT . 
P 5 HOH B 83 685 685 HOH WAT . 
P 5 HOH B 84 689 689 HOH WAT . 
P 5 HOH B 85 692 692 HOH WAT . 
P 5 HOH B 86 693 693 HOH WAT . 
P 5 HOH B 87 699 699 HOH WAT . 
P 5 HOH B 88 700 700 HOH WAT . 
P 5 HOH B 89 703 703 HOH WAT . 
#
loop_
_atom_site.group_PDB
_atom_site.id
_atom_site.type_symbol
_atom_site.label_atom_id
_atom_site.label_comp_id
_atom_site.label_seq_id
_atom_site.label_alt_id
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code
_atom_site.label_asym_id
_atom_site.label_entity_id
_atom_site.Cartn_x
_atom_site.Cartn_y
_atom_site.Cartn_z
_atom_site.occupancy
_atom_site.B_iso_or_equiv
_atom_site.pdbx_formal_charge
_atom_site.auth_atom_id
_atom_site.auth_comp_id
_atom_site.auth_seq_id
_atom_site.auth_asym_id
_atom_site.pdbx_PDB_model_num
HETATM 1 C C3 1GP . . . D 3 13.372 18.586 -5.045 1 43.58 ? C3 1GP 7000 A 1 
HETATM 2 O O3 1GP . . . D 3 11.425 17.459 -4.228 1 44.95 ? O3 1GP 7000 A 1 
HETATM 3 C C2 1GP . . . D 3 11.988 18.761 -4.429 1 42.34 ? C2 1GP 7000 A 1 
HETATM 4 O O2 1GP . . . D 3 14.196 17.838 -4.138 1 43.33 ? O2 1GP 7000 A 1 
HETATM 5 C C1 1GP . . . D 3 11.071 19.572 -5.365 1 41.87 ? C1 1GP 7000 A 1 
HETATM 6 O O1P 1GP . . . D 3 9.796 19.735 -4.717 1 42.42 ? O1P 1GP 7000 A 1 
HETATM 7 O O2P 1GP . . . D 3 8.52 19.913 -6.924 1 41.49 ? O2P 1GP 7000 A 1 
HETATM 8 O O3P 1GP . . . D 3 7.413 20.789 -4.873 1 40.73 ? O3P 1GP 7000 A 1 
HETATM 9 O O4P 1GP . . . D 3 9.435 22.036 -5.962 1 40.61 ? O4P 1GP 7000 A 1 
HETATM 10 P P 1GP . . . D 3 8.787 20.602 -5.648 1 38.44 ? P 1GP 7000 A 1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              8 
_model_server_stats.parse_time_ms           8 
_model_server_stats.create_model_time_ms    25 
_model_server_stats.query_time_ms           308 
_model_server_stats.encode_time_ms          2 
_model_server_stats.element_count           10 
#