data_3KF9 # _model_server_result.job_id zKe4LqWHL62pec1q7Rj2sw _model_server_result.datetime_utc '2025-03-05 18:20:50' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3kf9 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"L","auth_seq_id":303}' # _entry.id 3KF9 # _exptl.entry_id 3KF9 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3KF9 _cell.length_a 40.75 _cell.length_b 67.75 _cell.length_c 129.53 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3KF9 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 19 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 21 21 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,M,N 1 1 C,D,I,J,K,L,O,P 2 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 E N N ? 3 F N N ? 3 G N N ? 3 H N N ? 3 I N N ? 3 J N N ? 3 K N N ? 3 L N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 M O HOH . A HOH 17 1_555 H CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? metalc ? metalc2 A OD1 ASP 18 A ASP 37 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 20 A ASP 39 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? metalc ? metalc4 A OG SER 22 A SER 41 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.51 ? metalc ? metalc5 A O THR 24 A THR 43 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc6 A OE1 GLU 29 A GLU 48 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc7 A OE2 GLU 29 A GLU 48 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.786 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 54 A ASP 73 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 56 A ASP 75 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.36 ? metalc ? metalc10 A OG SER 58 A SER 77 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc11 A O THR 60 A THR 79 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc12 A OE2 GLU 65 A GLU 84 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc13 A OE1 GLU 65 A GLU 84 1_555 F CA CA . A CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.437 ? metalc ? metalc14 A OD1 ASP 91 A ASP 110 1_555 H CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.374 ? metalc ? metalc15 A OD1 ASP 93 A ASP 112 1_555 H CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.513 ? metalc ? metalc16 A OG1 THR 95 A THR 114 1_555 H CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.823 ? metalc ? metalc17 A O LYS 97 A LYS 116 1_555 H CA CA . A CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? metalc ? metalc18 A OD1 ASP 127 A ASP 146 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.375 ? metalc ? metalc19 A O ASP 127 A ASP 146 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.18 ? metalc ? metalc20 A OD2 ASP 129 A ASP 148 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.829 ? metalc ? metalc21 A OD1 ASP 129 A ASP 148 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.937 ? metalc ? metalc22 A OD2 ASP 131 A ASP 150 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? metalc ? metalc23 A O GLU 133 A GLU 152 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.347 ? metalc ? metalc24 A OE2 GLU 138 A GLU 157 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.945 ? metalc ? metalc25 M O HOH . A HOH 178 1_555 G CA CA . A CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.497 ? metalc ? metalc26 M O HOH . A HOH 193 1_555 E CA CA . A CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.233 ? metalc ? metalc27 O O HOH . C HOH 12 1_555 I CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.945 ? metalc ? metalc28 O O HOH . C HOH 19 1_555 J CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.491 ? metalc ? metalc29 C OD1 ASP 18 C ASP 37 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? metalc ? metalc30 C OD2 ASP 20 C ASP 39 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.175 ? metalc ? metalc31 C OG SER 22 C SER 41 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.976 ? metalc ? metalc32 C O THR 24 C THR 43 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.218 ? metalc ? metalc33 C OE2 GLU 29 C GLU 48 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.448 ? metalc ? metalc34 C OE1 GLU 29 C GLU 48 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.477 ? metalc ? metalc35 C OD1 ASP 54 C ASP 73 1_555 I CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.269 ? metalc ? metalc36 C OD2 ASP 56 C ASP 75 1_555 I CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.434 ? metalc ? metalc37 C OG SER 58 C SER 77 1_555 I CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc38 C O THR 60 C THR 79 1_555 I CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc39 C OE2 GLU 65 C GLU 84 1_555 I CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.62 ? metalc ? metalc40 C OE1 GLU 65 C GLU 84 1_555 I CA CA . C CA 302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.808 ? metalc ? metalc41 C OD1 ASP 91 C ASP 110 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc42 C OD2 ASP 93 C ASP 112 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.609 ? metalc ? metalc43 C OG1 THR 95 C THR 114 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? metalc ? metalc44 C O LYS 97 C LYS 116 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.17 ? metalc ? metalc45 C OD1 ASP 127 C ASP 146 1_555 J CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? metalc ? metalc46 C OD1 ASP 129 C ASP 148 1_555 J CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.354 ? metalc ? metalc47 C OD1 ASP 131 C ASP 150 1_555 J CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.356 ? metalc ? metalc48 C O GLU 133 C GLU 152 1_555 J CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc49 C OE1 GLU 138 C GLU 157 1_555 J CA CA . C CA 304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc50 O O HOH . C HOH 177 1_555 K CA CA . C CA 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.603 ? metalc ? metalc51 O O HOH . C HOH 187 1_555 L CA CA . C CA 303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3KF9 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.02454 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.01476 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00772 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 3 CA A 1 301 301 CA CA . F 3 CA A 1 302 302 CA CA . G 3 CA A 1 304 304 CA CA . H 3 CA A 1 303 303 CA CA . I 3 CA C 1 302 302 CA CA . J 3 CA C 1 304 304 CA CA . K 3 CA C 1 301 301 CA CA . L 3 CA C 1 303 303 CA CA . M 4 HOH A 1 4 4 HOH HOH . M 4 HOH A 2 5 5 HOH HOH . M 4 HOH A 3 8 8 HOH HOH . M 4 HOH A 4 10 10 HOH HOH . M 4 HOH A 5 13 13 HOH HOH . M 4 HOH A 6 14 14 HOH HOH . M 4 HOH A 7 15 15 HOH HOH . M 4 HOH A 8 17 17 HOH HOH . M 4 HOH A 9 169 21 HOH HOH . M 4 HOH A 10 170 25 HOH HOH . M 4 HOH A 11 171 26 HOH HOH . M 4 HOH A 12 172 30 HOH HOH . M 4 HOH A 13 173 31 HOH HOH . M 4 HOH A 14 174 33 HOH HOH . M 4 HOH A 15 175 34 HOH HOH . M 4 HOH A 16 176 37 HOH HOH . M 4 HOH A 17 177 39 HOH HOH . M 4 HOH A 18 178 41 HOH HOH . M 4 HOH A 19 179 42 HOH HOH . M 4 HOH A 20 180 44 HOH HOH . M 4 HOH A 21 181 45 HOH HOH . M 4 HOH A 22 182 46 HOH HOH . M 4 HOH A 23 183 47 HOH HOH . M 4 HOH A 24 184 51 HOH HOH . M 4 HOH A 25 185 53 HOH HOH . M 4 HOH A 26 186 54 HOH HOH . M 4 HOH A 27 187 58 HOH HOH . M 4 HOH A 28 188 59 HOH HOH . M 4 HOH A 29 189 60 HOH HOH . M 4 HOH A 30 190 61 HOH HOH . M 4 HOH A 31 191 62 HOH HOH . M 4 HOH A 32 192 65 HOH HOH . M 4 HOH A 33 193 67 HOH HOH . M 4 HOH A 34 194 69 HOH HOH . N 4 HOH B 1 36 36 HOH HOH . N 4 HOH B 2 50 50 HOH HOH . O 4 HOH C 1 1 1 HOH HOH . O 4 HOH C 2 2 2 HOH HOH . O 4 HOH C 3 3 3 HOH HOH . O 4 HOH C 4 6 6 HOH HOH . O 4 HOH C 5 7 7 HOH HOH . O 4 HOH C 6 9 9 HOH HOH . O 4 HOH C 7 12 12 HOH HOH . O 4 HOH C 8 16 16 HOH HOH . O 4 HOH C 9 18 18 HOH HOH . O 4 HOH C 10 19 19 HOH HOH . O 4 HOH C 11 169 20 HOH HOH . O 4 HOH C 12 170 22 HOH HOH . O 4 HOH C 13 171 23 HOH HOH . O 4 HOH C 14 172 24 HOH HOH . O 4 HOH C 15 173 27 HOH HOH . O 4 HOH C 16 174 28 HOH HOH . O 4 HOH C 17 175 29 HOH HOH . O 4 HOH C 18 176 32 HOH HOH . O 4 HOH C 19 177 35 HOH HOH . O 4 HOH C 20 178 38 HOH HOH . O 4 HOH C 21 179 40 HOH HOH . O 4 HOH C 22 180 43 HOH HOH . O 4 HOH C 23 181 48 HOH HOH . O 4 HOH C 24 182 49 HOH HOH . O 4 HOH C 25 183 52 HOH HOH . O 4 HOH C 26 184 55 HOH HOH . O 4 HOH C 27 185 56 HOH HOH . O 4 HOH C 28 186 57 HOH HOH . O 4 HOH C 29 187 63 HOH HOH . O 4 HOH C 30 188 64 HOH HOH . P 4 HOH D 1 23 11 HOH HOH . P 4 HOH D 2 66 66 HOH HOH . P 4 HOH D 3 68 68 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id L _atom_site.label_entity_id 3 _atom_site.Cartn_x -7.365 _atom_site.Cartn_y 7.997 _atom_site.Cartn_z 37.501 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 42.48 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 303 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 8 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 11 _model_server_stats.query_time_ms 272 _model_server_stats.encode_time_ms 1 _model_server_stats.element_count 1 #