data_3KQ4 # _model_server_result.job_id xS2pfWqXObmhM78wJUWNaA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-01 10:22:58' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3kq4 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"SA","auth_seq_id":2009}' # _entry.id 3KQ4 # _exptl.entry_id 3KQ4 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 221.208 _entity.id 5 _entity.src_method man _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _entity.pdbx_number_of_molecules 21 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3KQ4 _cell.length_a 117.684 _cell.length_b 204.179 _cell.length_c 410.023 _cell.Z_PDB 24 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3KQ4 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 3 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,G,H,I,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA 1 1 C,D,J,K,L,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA 2 1 E,F,M,N,O,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA 3 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 5 P N N ? 5 R N N ? 5 S N N ? 5 T N N ? 5 U N N ? 5 V N N ? 5 W N N ? 5 BA N N ? 5 DA N N ? 5 EA N N ? 5 FA N N ? 5 GA N N ? 5 HA N N ? 5 IA N N ? 5 NA N N ? 5 PA N N ? 5 QA N N ? 5 RA N N ? 5 SA N N ? 5 TA N N ? 5 UA N N # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.details _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_stereo_config_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order 1 ? 3 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 2 ? 3 3 2 BMA NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing 3 ? 3 4 3 MAN BMA C1 O1 . O3 HO3 . sing 4 ? 3 5 3 MAN BMA C1 O1 . O6 HO6 . sing 5 ? 4 2 1 NAG NAG C1 O1 . O4 HO4 . sing # loop_ _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.hetero _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id 3 n G NAG 1 G 1 NAG A 2002 NAG 3 n G NAG 2 G 2 NAG A 2003 NAG 3 n G BMA 3 G 3 BMA A 2004 BMA 3 n G MAN 4 G 4 MAN A 2005 MAN 3 n G MAN 5 G 5 MAN A 2006 MAN 3 n H NAG 1 H 1 NAG B 2002 NAG 3 n H NAG 2 H 2 NAG B 2003 NAG 3 n H BMA 3 H 3 BMA B 2004 BMA 3 n H MAN 4 H 4 MAN B 2005 MAN 3 n H MAN 5 H 5 MAN B 2006 MAN 4 n I NAG 1 I 1 NAG B 2010 NAG 4 n I NAG 2 I 2 NAG B 2011 NAG 3 n J NAG 1 J 1 NAG C 2002 NAG 3 n J NAG 2 J 2 NAG C 2003 NAG 3 n J BMA 3 J 3 BMA C 2004 BMA 3 n J MAN 4 J 4 MAN C 2005 MAN 3 n J MAN 5 J 5 MAN C 2006 MAN 3 n K NAG 1 K 1 NAG D 2002 NAG 3 n K NAG 2 K 2 NAG D 2003 NAG 3 n K BMA 3 K 3 BMA D 2004 BMA 3 n K MAN 4 K 4 MAN D 2005 MAN 3 n K MAN 5 K 5 MAN D 2006 MAN 4 n L NAG 1 L 1 NAG D 2010 NAG 4 n L NAG 2 L 2 NAG D 2011 NAG 3 n M NAG 1 M 1 NAG E 2002 NAG 3 n M NAG 2 M 2 NAG E 2003 NAG 3 n M BMA 3 M 3 BMA E 2004 BMA 3 n M MAN 4 M 4 MAN E 2005 MAN 3 n M MAN 5 M 5 MAN E 2006 MAN 3 n N NAG 1 N 1 NAG F 2002 NAG 3 n N NAG 2 N 2 NAG F 2003 NAG 3 n N BMA 3 N 3 BMA F 2004 BMA 3 n N MAN 4 N 4 MAN F 2005 MAN 3 n N MAN 5 N 5 MAN F 2006 MAN 4 n O NAG 1 O 1 NAG F 2010 NAG 4 n O NAG 2 O 2 NAG F 2011 NAG # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order disulf ? disulf1 A SG CYS 2 A CYS 26 1_555 A SG CYS 222 A CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf2 A SG CYS 79 A CYS 103 1_555 A SG CYS 264 A CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? disulf ? disulf3 A SG CYS 119 A CYS 143 1_555 A SG CYS 158 A CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? disulf ? disulf4 B SG CYS 1 B CYS 932 1_555 B SG CYS 27 B CYS 958 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf5 B SG CYS 54 B CYS 985 1_555 B SG CYS 74 B CYS 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? disulf ? disulf6 B SG CYS 117 B CYS 1048 1_555 B SG CYS 143 B CYS 1074 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? disulf ? disulf7 B SG CYS 234 B CYS 1165 1_555 B SG CYS 260 B CYS 1191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? disulf ? disulf8 B SG CYS 287 B CYS 1218 1_555 B SG CYS 309 B CYS 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? disulf ? disulf9 B SG CYS 347 B CYS 1278 1_555 B SG CYS 375 B CYS 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? disulf ? disulf10 B SG CYS 402 B CYS 1333 1_555 B SG CYS 420 B CYS 1351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? disulf ? disulf11 C SG CYS 2 C CYS 26 1_555 C SG CYS 222 C CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf12 C SG CYS 79 C CYS 103 1_555 C SG CYS 264 C CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.06 ? disulf ? disulf13 C SG CYS 119 C CYS 143 1_555 C SG CYS 158 C CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? disulf ? disulf14 D SG CYS 1 D CYS 932 1_555 D SG CYS 27 D CYS 958 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf15 D SG CYS 54 D CYS 985 1_555 D SG CYS 74 D CYS 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? disulf ? disulf16 D SG CYS 117 D CYS 1048 1_555 D SG CYS 143 D CYS 1074 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? disulf ? disulf17 D SG CYS 234 D CYS 1165 1_555 D SG CYS 260 D CYS 1191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? disulf ? disulf18 D SG CYS 287 D CYS 1218 1_555 D SG CYS 309 D CYS 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.044 ? disulf ? disulf19 D SG CYS 347 D CYS 1278 1_555 D SG CYS 375 D CYS 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? disulf ? disulf20 D SG CYS 402 D CYS 1333 1_555 D SG CYS 420 D CYS 1351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.055 ? disulf ? disulf21 E SG CYS 2 E CYS 26 1_555 E SG CYS 222 E CYS 246 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf22 E SG CYS 79 E CYS 103 1_555 E SG CYS 264 E CYS 288 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.061 ? disulf ? disulf23 E SG CYS 119 E CYS 143 1_555 E SG CYS 158 E CYS 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.104 ? disulf ? disulf24 F SG CYS 1 F CYS 932 1_555 F SG CYS 27 F CYS 958 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? disulf ? disulf25 F SG CYS 54 F CYS 985 1_555 F SG CYS 74 F CYS 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.03 ? disulf ? disulf26 F SG CYS 117 F CYS 1048 1_555 F SG CYS 143 F CYS 1074 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.077 ? disulf ? disulf27 F SG CYS 234 F CYS 1165 1_555 F SG CYS 260 F CYS 1191 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.058 ? disulf ? disulf28 F SG CYS 287 F CYS 1218 1_555 F SG CYS 309 F CYS 1240 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? disulf ? disulf29 F SG CYS 347 F CYS 1278 1_555 F SG CYS 375 F CYS 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.065 ? disulf ? disulf30 F SG CYS 402 F CYS 1333 1_555 F SG CYS 420 F CYS 1351 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? covale ? covale1 A ND2 ASN 287 A ASN 311 1_555 P C1 NAG . A NAG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale2 A ND2 ASN 389 A ASN 413 1_555 G C1 NAG . G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale3 B ND2 ASN 53 B ASN 984 1_555 R C1 NAG . B NAG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.46 ? covale ? covale4 B ND2 ASN 161 B ASN 1092 1_555 H C1 NAG . H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.46 ? covale ? covale5 B ND2 ASN 237 B ASN 1168 1_555 S C1 NAG . B NAG 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale6 B ND2 ASN 286 B ASN 1217 1_555 T C1 NAG . B NAG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale7 B ND2 ASN 354 B ASN 1285 1_555 U C1 NAG . B NAG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale8 B ND2 ASN 376 B ASN 1307 1_555 I C1 NAG . I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale9 B ND2 ASN 388 B ASN 1319 1_555 V C1 NAG . B NAG 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.465 ? covale ? covale10 B ND2 ASN 401 B ASN 1332 1_555 W C1 NAG . B NAG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? covale ? covale11 C ND2 ASN 287 C ASN 311 1_555 BA C1 NAG . C NAG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale12 C ND2 ASN 389 C ASN 413 1_555 J C1 NAG . J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale13 D ND2 ASN 53 D ASN 984 1_555 DA C1 NAG . D NAG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? covale ? covale14 D ND2 ASN 161 D ASN 1092 1_555 K C1 NAG . K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.46 ? covale ? covale15 D ND2 ASN 237 D ASN 1168 1_555 EA C1 NAG . D NAG 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale16 D ND2 ASN 286 D ASN 1217 1_555 FA C1 NAG . D NAG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale17 D ND2 ASN 354 D ASN 1285 1_555 GA C1 NAG . D NAG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? covale ? covale18 D ND2 ASN 376 D ASN 1307 1_555 L C1 NAG . L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale19 D ND2 ASN 388 D ASN 1319 1_555 HA C1 NAG . D NAG 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale20 D ND2 ASN 401 D ASN 1332 1_555 IA C1 NAG . D NAG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? covale ? covale21 E ND2 ASN 287 E ASN 311 1_555 NA C1 NAG . E NAG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? covale ? covale22 E ND2 ASN 389 E ASN 413 1_555 M C1 NAG . M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? covale ? covale23 F ND2 ASN 53 F ASN 984 1_555 PA C1 NAG . F NAG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale24 F ND2 ASN 161 F ASN 1092 1_555 N C1 NAG . N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.46 ? covale ? covale25 F ND2 ASN 237 F ASN 1168 1_555 QA C1 NAG . F NAG 2007 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale26 F ND2 ASN 286 F ASN 1217 1_555 RA C1 NAG . F NAG 2008 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale27 F ND2 ASN 354 F ASN 1285 1_555 SA C1 NAG . F NAG 2009 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? covale ? covale28 F ND2 ASN 376 F ASN 1307 1_555 O C1 NAG . O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale29 F ND2 ASN 388 F ASN 1319 1_555 TA C1 NAG . F NAG 2012 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale30 F ND2 ASN 401 F ASN 1332 1_555 UA C1 NAG . F NAG 2013 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? covale ? covale31 G O4 NAG . G NAG 1 1_555 G C1 NAG . G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.474 ? covale ? covale32 G O4 NAG . G NAG 2 1_555 G C1 BMA . G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale33 G O3 BMA . G BMA 3 1_555 G C1 MAN . G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? covale ? covale34 G O6 BMA . G BMA 3 1_555 G C1 MAN . G MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale35 H O4 NAG . H NAG 1 1_555 H C1 NAG . H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale36 H O4 NAG . H NAG 2 1_555 H C1 BMA . H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale37 H O3 BMA . H BMA 3 1_555 H C1 MAN . H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale38 H O6 BMA . H BMA 3 1_555 H C1 MAN . H MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? covale ? covale39 I O4 NAG . I NAG 1 1_555 I C1 NAG . I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? covale ? covale40 J O4 NAG . J NAG 1 1_555 J C1 NAG . J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale41 J O4 NAG . J NAG 2 1_555 J C1 BMA . J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale42 J O3 BMA . J BMA 3 1_555 J C1 MAN . J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? covale ? covale43 J O6 BMA . J BMA 3 1_555 J C1 MAN . J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale44 K O4 NAG . K NAG 1 1_555 K C1 NAG . K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale45 K O4 NAG . K NAG 2 1_555 K C1 BMA . K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale46 K O3 BMA . K BMA 3 1_555 K C1 MAN . K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale47 K O6 BMA . K BMA 3 1_555 K C1 MAN . K MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale48 L O4 NAG . L NAG 1 1_555 L C1 NAG . L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? covale ? covale49 M O4 NAG . M NAG 1 1_555 M C1 NAG . M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.475 ? covale ? covale50 M O4 NAG . M NAG 2 1_555 M C1 BMA . M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale51 M O3 BMA . M BMA 3 1_555 M C1 MAN . M MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? covale ? covale52 M O6 BMA . M BMA 3 1_555 M C1 MAN . M MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.458 ? covale ? covale53 N O4 NAG . N NAG 1 1_555 N C1 NAG . N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? covale ? covale54 N O4 NAG . N NAG 2 1_555 N C1 BMA . N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? covale ? covale55 N O3 BMA . N BMA 3 1_555 N C1 MAN . N MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? covale ? covale56 N O6 BMA . N BMA 3 1_555 N C1 MAN . N MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.45 ? covale ? covale57 O O4 NAG . O NAG 1 1_555 O C1 NAG . O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? metalc ? metalc1 B OE1 GLU 49 B GLU 980 1_555 X CA CA . B CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc2 B OD1 ASP 57 B ASP 988 1_555 X CA CA . B CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc3 B OD1 ASP 96 B ASP 1027 1_555 X CA CA . B CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc4 B O ASP 96 B ASP 1027 1_555 X CA CA . B CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? metalc ? metalc5 B O ASP 98 B ASP 1029 1_555 X CA CA . B CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? metalc ? metalc6 B O LEU 99 B LEU 1030 1_555 X CA CA . B CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc7 B OE1 GLU 165 B GLU 1096 1_555 Y CA CA . B CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc8 B OD2 ASP 174 B ASP 1105 1_555 Y CA CA . B CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc9 B OD1 ASP 174 B ASP 1105 1_555 Y CA CA . B CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc10 B OD2 ASP 215 B ASP 1146 1_555 Y CA CA . B CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc11 B O ILE 217 B ILE 1148 1_555 Y CA CA . B CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? metalc ? metalc12 B O ASP 218 B ASP 1149 1_555 Y CA CA . B CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc13 B OE2 GLU 282 B GLU 1213 1_555 Z CA CA . B CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc14 B OD1 ASP 290 B ASP 1221 1_555 Z CA CA . B CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc15 B OD2 ASP 290 B ASP 1221 1_555 Z CA CA . B CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc16 B OD1 ASP 331 B ASP 1262 1_555 Z CA CA . B CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc17 B O ASP 331 B ASP 1262 1_555 Z CA CA . B CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc18 B O GLY 333 B GLY 1264 1_555 Z CA CA . B CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc19 B O GLN 334 B GLN 1265 1_555 Z CA CA . B CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc20 B OE2 GLU 397 B GLU 1328 1_555 AA CA CA . B CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc21 B OD2 ASP 405 B ASP 1336 1_555 AA CA CA . B CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 442 B ASP 1373 1_555 AA CA CA . B CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc23 B O VAL 444 B VAL 1375 1_555 AA CA CA . B CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc24 D OE1 GLU 49 D GLU 980 1_555 JA CA CA . D CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc25 D OD1 ASP 57 D ASP 988 1_555 JA CA CA . D CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc26 D OD1 ASP 96 D ASP 1027 1_555 JA CA CA . D CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc27 D O ASP 96 D ASP 1027 1_555 JA CA CA . D CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? metalc ? metalc28 D O ASP 98 D ASP 1029 1_555 JA CA CA . D CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? metalc ? metalc29 D O LEU 99 D LEU 1030 1_555 JA CA CA . D CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? metalc ? metalc30 D OE1 GLU 165 D GLU 1096 1_555 KA CA CA . D CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc31 D OD2 ASP 174 D ASP 1105 1_555 KA CA CA . D CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? metalc ? metalc32 D OD1 ASP 174 D ASP 1105 1_555 KA CA CA . D CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc33 D OD2 ASP 215 D ASP 1146 1_555 KA CA CA . D CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc34 D O ILE 217 D ILE 1148 1_555 KA CA CA . D CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc35 D O ASP 218 D ASP 1149 1_555 KA CA CA . D CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc36 D OE2 GLU 282 D GLU 1213 1_555 LA CA CA . D CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? metalc ? metalc37 D OD1 ASP 290 D ASP 1221 1_555 LA CA CA . D CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? metalc ? metalc38 D OD2 ASP 290 D ASP 1221 1_555 LA CA CA . D CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.673 ? metalc ? metalc39 D OD1 ASP 331 D ASP 1262 1_555 LA CA CA . D CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc40 D O ASP 331 D ASP 1262 1_555 LA CA CA . D CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? metalc ? metalc41 D O GLY 333 D GLY 1264 1_555 LA CA CA . D CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc42 D O GLN 334 D GLN 1265 1_555 LA CA CA . D CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc43 D OE2 GLU 397 D GLU 1328 1_555 MA CA CA . D CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? metalc ? metalc44 D OD2 ASP 405 D ASP 1336 1_555 MA CA CA . D CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc45 D OD1 ASP 442 D ASP 1373 1_555 MA CA CA . D CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc46 D O VAL 444 D VAL 1375 1_555 MA CA CA . D CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? metalc ? metalc47 F OE1 GLU 49 F GLU 980 1_555 VA CA CA . F CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? metalc ? metalc48 F OD1 ASP 57 F ASP 988 1_555 VA CA CA . F CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? metalc ? metalc49 F OD1 ASP 96 F ASP 1027 1_555 VA CA CA . F CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.298 ? metalc ? metalc50 F O ASP 96 F ASP 1027 1_555 VA CA CA . F CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3.128 ? metalc ? metalc51 F O ASP 98 F ASP 1029 1_555 VA CA CA . F CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? metalc ? metalc52 F O LEU 99 F LEU 1030 1_555 VA CA CA . F CA 2014 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? metalc ? metalc53 F OE1 GLU 165 F GLU 1096 1_555 WA CA CA . F CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc54 F OD2 ASP 174 F ASP 1105 1_555 WA CA CA . F CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? metalc ? metalc55 F OD1 ASP 174 F ASP 1105 1_555 WA CA CA . F CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.742 ? metalc ? metalc56 F OD2 ASP 215 F ASP 1146 1_555 WA CA CA . F CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? metalc ? metalc57 F O ILE 217 F ILE 1148 1_555 WA CA CA . F CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? metalc ? metalc58 F O ASP 218 F ASP 1149 1_555 WA CA CA . F CA 2015 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc59 F OE2 GLU 282 F GLU 1213 1_555 XA CA CA . F CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.284 ? metalc ? metalc60 F OD1 ASP 290 F ASP 1221 1_555 XA CA CA . F CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc61 F OD2 ASP 290 F ASP 1221 1_555 XA CA CA . F CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.674 ? metalc ? metalc62 F OD1 ASP 331 F ASP 1262 1_555 XA CA CA . F CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? metalc ? metalc63 F O ASP 331 F ASP 1262 1_555 XA CA CA . F CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? metalc ? metalc64 F O GLY 333 F GLY 1264 1_555 XA CA CA . F CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? metalc ? metalc65 F O GLN 334 F GLN 1265 1_555 XA CA CA . F CA 2016 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? metalc ? metalc66 F OE2 GLU 397 F GLU 1328 1_555 YA CA CA . F CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? metalc ? metalc67 F OD2 ASP 405 F ASP 1336 1_555 YA CA CA . F CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? metalc ? metalc68 F OD1 ASP 442 F ASP 1373 1_555 YA CA CA . F CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc69 F O VAL 444 F VAL 1375 1_555 YA CA CA . F CA 2017 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? # _chem_comp.formula 'C8 H15 N O6' _chem_comp.formula_weight 221.208 _chem_comp.id NAG _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _chem_comp.type 'd-saccharide, beta linking' _chem_comp.pdbx_synonyms N-acetyl-beta-D-glucosamine;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-D-glucose;2-acetamido-2-deoxy-glucose;N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag C1 C2 NAG sing 473 n n C1 O1 NAG sing 474 n n C1 O5 NAG sing 475 n n C1 H1 NAG sing 476 n n C2 C3 NAG sing 477 n n C2 N2 NAG sing 478 n n C2 H2 NAG sing 479 n n C3 C4 NAG sing 480 n n C3 O3 NAG sing 481 n n C3 H3 NAG sing 482 n n C4 C5 NAG sing 483 n n C4 O4 NAG sing 484 n n C4 H4 NAG sing 485 n n C5 C6 NAG sing 486 n n C5 O5 NAG sing 487 n n C5 H5 NAG sing 488 n n C6 O6 NAG sing 489 n n C6 H61 NAG sing 490 n n C6 H62 NAG sing 491 n n C7 C8 NAG sing 492 n n C7 N2 NAG sing 493 n n C7 O7 NAG doub 494 n n C8 H81 NAG sing 495 n n C8 H82 NAG sing 496 n n C8 H83 NAG sing 497 n n N2 HN2 NAG sing 498 n n O1 HO1 NAG sing 499 n n O3 HO3 NAG sing 500 n n O4 HO4 NAG sing 501 n n O6 HO6 NAG sing 502 n n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.identifier _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version NAG DGlcpNAcb 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 NAG N-acetyl-b-D-glucopyranosamine 'COMMON NAME' GMML 1 NAG b-D-GlcpNAc 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1 NAG GlcNAc 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1 # _atom_sites.entry_id 3KQ4 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.008497 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004898 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.002439 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code P 5 NAG A 1 2001 2001 NAG NAG . Q 6 B12 A 1 2007 2007 B12 B12 . R 5 NAG B 1 2001 2001 NAG NAG . S 5 NAG B 1 2007 2007 NAG NAG . T 5 NAG B 1 2008 2008 NAG NAG . U 5 NAG B 1 2009 2009 NAG NAG . V 5 NAG B 1 2012 2012 NAG NAG . W 5 NAG B 1 2013 2013 NAG NAG . X 7 CA B 1 2014 2014 CA CA . Y 7 CA B 1 2015 2015 CA CA . Z 7 CA B 1 2016 2016 CA CA . AA 7 CA B 1 2017 2017 CA CA . BA 5 NAG C 1 2001 2001 NAG NAG . CA 6 B12 C 1 2007 2007 B12 B12 . DA 5 NAG D 1 2001 2001 NAG NAG . EA 5 NAG D 1 2007 2007 NAG NAG . FA 5 NAG D 1 2008 2008 NAG NAG . GA 5 NAG D 1 2009 2009 NAG NAG . HA 5 NAG D 1 2012 2012 NAG NAG . IA 5 NAG D 1 2013 2013 NAG NAG . JA 7 CA D 1 2014 2014 CA CA . KA 7 CA D 1 2015 2015 CA CA . LA 7 CA D 1 2016 2016 CA CA . MA 7 CA D 1 2017 2017 CA CA . NA 5 NAG E 1 2001 2001 NAG NAG . OA 6 B12 E 1 2007 2007 B12 B12 . PA 5 NAG F 1 2001 2001 NAG NAG . QA 5 NAG F 1 2007 2007 NAG NAG . RA 5 NAG F 1 2008 2008 NAG NAG . SA 5 NAG F 1 2009 2009 NAG NAG . TA 5 NAG F 1 2012 2012 NAG NAG . UA 5 NAG F 1 2013 2013 NAG NAG . VA 7 CA F 1 2014 2014 CA CA . WA 7 CA F 1 2015 2015 CA CA . XA 7 CA F 1 2016 2016 CA CA . YA 7 CA F 1 2017 2017 CA CA . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C C1 NAG . . . SA 5 -100.522 62.779 -93.589 1 191 ? C1 NAG 2009 F 1 HETATM 2 C C2 NAG . . . SA 5 -101.412 62.582 -94.819 1 191.49 ? C2 NAG 2009 F 1 HETATM 3 C C3 NAG . . . SA 5 -102.767 63.193 -94.506 1 188.27 ? C3 NAG 2009 F 1 HETATM 4 C C4 NAG . . . SA 5 -103.07 62.931 -93.031 1 189.2 ? C4 NAG 2009 F 1 HETATM 5 C C5 NAG . . . SA 5 -102.152 63.805 -92.186 1 188.34 ? C5 NAG 2009 F 1 HETATM 6 C C6 NAG . . . SA 5 -101.924 63.218 -90.793 1 188.23 ? C6 NAG 2009 F 1 HETATM 7 C C7 NAG . . . SA 5 -100.683 62.564 -97.178 1 190.3 ? C7 NAG 2009 F 1 HETATM 8 C C8 NAG . . . SA 5 -99.721 63.168 -98.157 1 190.59 ? C8 NAG 2009 F 1 HETATM 9 N N2 NAG . . . SA 5 -100.822 63.191 -96.006 1 188.61 ? N2 NAG 2009 F 1 HETATM 10 O O3 NAG . . . SA 5 -103.762 62.642 -95.338 1 189.12 ? O3 NAG 2009 F 1 HETATM 11 O O4 NAG . . . SA 5 -104.415 63.219 -92.734 1 185.93 ? O4 NAG 2009 F 1 HETATM 12 O O5 NAG . . . SA 5 -100.919 63.936 -92.869 1 192.57 ? O5 NAG 2009 F 1 HETATM 13 O O6 NAG . . . SA 5 -101.385 64.197 -89.934 1 188.66 ? O6 NAG 2009 F 1 HETATM 14 O O7 NAG . . . SA 5 -101.299 61.545 -97.479 1 190.51 ? O7 NAG 2009 F 1 # _model_server_stats.io_time_ms 46 _model_server_stats.parse_time_ms 17 _model_server_stats.create_model_time_ms 35 _model_server_stats.query_time_ms 303 _model_server_stats.encode_time_ms 11 _model_server_stats.element_count 14 #