data_3KQA
#
_model_server_result.job_id            4aweiA6rmrq2WeWX45URiQ 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-02 15:32:44' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3kqa 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"R","auth_seq_id":500}' 
#
_entry.id    3KQA 
#
_exptl.entry_id    3KQA 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              156.136 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            (5S)-2,5-dihydroxy-3-methylcyclohex-2-ene-1,4-dione 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3KQA 
_cell.length_a            115.27 
_cell.length_b            115.27 
_cell.length_c            277.4 
_cell.Z_PDB               32 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3KQA 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        96 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 43 21 2' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 author_and_software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,E,F,G,S 1 1 
B,H,I,J,K,L,T 2 1 
C,M,N,O,U 3 1 
D,P,Q,R,V 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 I N N 
? 2 O N N 
? 2 R N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C ARG 66 A ARG 66 1_555 A N IAS 67 A IAS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale2 A CG IAS 67 A IAS 67 1_555 A N GLY 68 A GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale3 A SG CYS 115 A CYS 115 1_555 E C1 TR9 . A TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.757 ? 
covale ? covale4 B C ARG 66 B ARG 66 1_555 B N IAS 67 B IAS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale5 B CG IAS 67 B IAS 67 1_555 B N GLY 68 B GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.335 ? 
covale ? covale6 B SG CYS 115 B CYS 115 1_555 I C1 TR9 . B TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.732 ? 
covale ? covale7 C C ARG 66 C ARG 66 1_555 C N IAS 67 C IAS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale8 C CG IAS 67 C IAS 67 1_555 C N GLY 68 C GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale9 C SG CYS 115 C CYS 115 1_555 O C1 TR9 . C TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.759 ? 
covale ? covale10 D C ARG 66 D ARG 66 1_555 D N IAS 67 D IAS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale11 D CG IAS 67 D IAS 67 1_555 D N GLY 68 D GLY 68 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale12 D SG CYS 115 D CYS 115 1_555 R C1 TR9 . D TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.747 ? 
metalc ? metalc1 A O ALA 116 A ALA 116 1_555 G CA CA . A CA 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.42 ? 
metalc ? metalc2 A O LEU 138 A LEU 138 1_555 F CA CA . A CA 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? 
metalc ? metalc3 F CA CA . A CA 420 1_555 S O HOH . A HOH 451 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.425 ? 
metalc ? metalc4 F CA CA . A CA 420 1_555 S O HOH . A HOH 457 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc5 F CA CA . A CA 420 1_555 E O4 TR9 . A TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc6 F CA CA . A CA 420 1_555 E O1 TR9 . A TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.43 ? 
metalc ? metalc7 G CA CA . A CA 421 1_555 S O HOH . A HOH 446 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.503 ? 
metalc ? metalc8 G CA CA . A CA 421 1_555 S O HOH . A HOH 464 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc9 G CA CA . A CA 421 1_555 S O HOH . A HOH 470 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? 
metalc ? metalc10 G CA CA . A CA 421 1_555 E O2 TR9 . A TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc11 G CA CA . A CA 421 1_555 E O3 TR9 . A TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? 
metalc ? metalc12 G CA CA . A CA 421 1_555 S O HOH . A HOH 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc13 B O PHE 104 B PHE 104 1_555 L CA CA . B CA 423 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.439 ? 
metalc ? metalc14 B O ALA 116 B ALA 116 1_555 K CA CA . B CA 422 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? 
metalc ? metalc15 B O ILE 136 B ILE 136 1_555 H CA CA . B CA 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.216 ? 
metalc ? metalc16 B O LEU 138 B LEU 138 1_555 J CA CA . B CA 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? 
metalc ? metalc17 H CA CA . B CA 420 1_555 T O HOH . B HOH 465 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? 
metalc ? metalc18 H CA CA . B CA 420 1_555 T O HOH . B HOH 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? 
metalc ? metalc19 H CA CA . B CA 420 1_555 T O HOH . B HOH 520 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? 
metalc ? metalc20 J CA CA . B CA 421 1_555 T O HOH . B HOH 466 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.464 ? 
metalc ? metalc21 J CA CA . B CA 421 1_555 I O1 TR9 . B TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc22 J CA CA . B CA 421 1_555 I O4 TR9 . B TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? 
metalc ? metalc23 J CA CA . B CA 421 1_555 T O HOH . B HOH 524 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.15 ? 
metalc ? metalc24 J CA CA . B CA 421 1_555 T O HOH . B HOH 542 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
metalc ? metalc25 K CA CA . B CA 422 1_555 T O HOH . B HOH 425 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? 
metalc ? metalc26 K CA CA . B CA 422 1_555 T O HOH . B HOH 476 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.569 ? 
metalc ? metalc27 K CA CA . B CA 422 1_555 T O HOH . B HOH 490 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.377 ? 
metalc ? metalc28 K CA CA . B CA 422 1_555 I O2 TR9 . B TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? 
metalc ? metalc29 K CA CA . B CA 422 1_555 I O3 TR9 . B TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.627 ? 
metalc ? metalc30 K CA CA . B CA 422 1_555 T O HOH . B HOH 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.398 ? 
metalc ? metalc31 K CA CA . B CA 422 1_555 T O HOH . B HOH 531 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.556 ? 
metalc ? metalc32 L CA CA . B CA 423 1_555 T O HOH . B HOH 528 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.688 ? 
metalc ? metalc33 L CA CA . B CA 423 1_555 T O HOH . B HOH 575 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? 
metalc ? metalc34 C O ALA 116 C ALA 116 1_555 M CA CA . C CA 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? 
metalc ? metalc35 C O LEU 138 C LEU 138 1_555 N CA CA . C CA 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc36 M CA CA . C CA 420 1_555 U O HOH . C HOH 489 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc37 M CA CA . C CA 420 1_555 O O2 TR9 . C TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.288 ? 
metalc ? metalc38 M CA CA . C CA 420 1_555 O O3 TR9 . C TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? 
metalc ? metalc39 N CA CA . C CA 421 1_555 O O4 TR9 . C TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? 
metalc ? metalc40 N CA CA . C CA 421 1_555 O O1 TR9 . C TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.834 ? 
metalc ? metalc41 D O ALA 116 D ALA 116 1_555 Q CA CA . D CA 421 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? 
metalc ? metalc42 D O LEU 138 D LEU 138 1_555 P CA CA . D CA 420 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.246 ? 
metalc ? metalc43 P CA CA . D CA 420 1_555 V O HOH . D HOH 434 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.348 ? 
metalc ? metalc44 P CA CA . D CA 420 1_555 R O1 TR9 . D TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.405 ? 
metalc ? metalc45 P CA CA . D CA 420 1_555 R O4 TR9 . D TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.443 ? 
metalc ? metalc46 Q CA CA . D CA 421 1_555 V O HOH . D HOH 460 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? 
metalc ? metalc47 Q CA CA . D CA 421 1_555 R O3 TR9 . D TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.231 ? 
metalc ? metalc48 Q CA CA . D CA 421 1_555 R O2 TR9 . D TR9 500 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.457 ? 
#
_chem_comp.formula           'C7 H8 O4' 
_chem_comp.formula_weight    156.136 
_chem_comp.id                TR9 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              (5S)-2,5-dihydroxy-3-methylcyclohex-2-ene-1,4-dione 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
C1 C2 TR9 sing 321 n n 
C1 C6 TR9 sing 322 n n 
C1 H1 TR9 sing 323 n n 
C2 C3 TR9 sing 324 n n 
C2 O2 TR9 sing 325 n n 
C2 H2 TR9 sing 326 n n 
C3 C4 TR9 sing 327 n n 
C3 O3 TR9 doub 328 n n 
C4 C5 TR9 doub 329 n n 
C4 C7 TR9 sing 330 n n 
C5 C6 TR9 sing 331 n n 
C5 O1 TR9 sing 332 n n 
C6 O4 TR9 doub 333 n n 
C7 H3 TR9 sing 334 n n 
C7 H4 TR9 sing 335 n n 
C7 H7 TR9 sing 336 n n 
O1 H5 TR9 sing 337 n n 
O2 H6 TR9 sing 338 n n 
C1 H8 TR9 sing 339 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3KQA 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.008675 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008675 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003605 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 TR9 A 1 500 500 TR9 TR9 . 
F 3 CA A 1 420 420 CA CA . 
G 3 CA A 1 421 421 CA CA . 
H 3 CA B 1 420 420 CA CA . 
I 2 TR9 B 1 500 500 TR9 TR9 . 
J 3 CA B 1 421 421 CA CA . 
K 3 CA B 1 422 422 CA CA . 
L 3 CA B 1 423 423 CA CA . 
M 3 CA C 1 420 420 CA CA . 
N 3 CA C 1 421 421 CA CA . 
O 2 TR9 C 1 500 500 TR9 TR9 . 
P 3 CA D 1 420 420 CA CA . 
Q 3 CA D 1 421 421 CA CA . 
R 2 TR9 D 1 500 500 TR9 TR9 . 
S 4 HOH A 1 423 423 HOH HOH . 
S 4 HOH A 2 424 424 HOH HOH . 
S 4 HOH A 3 425 425 HOH HOH . 
S 4 HOH A 4 426 426 HOH HOH . 
S 4 HOH A 5 427 427 HOH HOH . 
S 4 HOH A 6 428 428 HOH HOH . 
S 4 HOH A 7 429 429 HOH HOH . 
S 4 HOH A 8 430 430 HOH HOH . 
S 4 HOH A 9 431 431 HOH HOH . 
S 4 HOH A 10 432 432 HOH HOH . 
S 4 HOH A 11 433 433 HOH HOH . 
S 4 HOH A 12 434 434 HOH HOH . 
S 4 HOH A 13 435 435 HOH HOH . 
S 4 HOH A 14 436 436 HOH HOH . 
S 4 HOH A 15 437 437 HOH HOH . 
S 4 HOH A 16 438 438 HOH HOH . 
S 4 HOH A 17 439 439 HOH HOH . 
S 4 HOH A 18 440 440 HOH HOH . 
S 4 HOH A 19 441 441 HOH HOH . 
S 4 HOH A 20 442 442 HOH HOH . 
S 4 HOH A 21 443 443 HOH HOH . 
S 4 HOH A 22 444 500 HOH HOH . 
S 4 HOH A 23 445 445 HOH HOH . 
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T 4 HOH B 167 594 594 HOH HOH . 
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U 4 HOH C 1 422 422 HOH HOH . 
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U 4 HOH C 10 431 431 HOH HOH . 
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U 4 HOH C 13 434 434 HOH HOH . 
U 4 HOH C 14 435 435 HOH HOH . 
U 4 HOH C 15 436 436 HOH HOH . 
U 4 HOH C 16 437 437 HOH HOH . 
U 4 HOH C 17 438 438 HOH HOH . 
U 4 HOH C 18 439 500 HOH HOH . 
U 4 HOH C 19 440 440 HOH HOH . 
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