data_3KS7
#
_model_server_result.job_id            6gLgyFjgEI0PL2j2WYnwlA 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-11-05 01:24:26' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3ks7 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"KA","auth_seq_id":7}' 
#
_entry.id    3KS7 
#
_exptl.entry_id    3KS7 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              126.904 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'IODIDE ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    7 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3KS7 
_cell.length_a            106.057 
_cell.length_b            119.221 
_cell.length_c            154.314 
_cell.Z_PDB               16 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3KS7 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        19 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 21 21 21' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 
PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,RA,SA 1 1 
C,D,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,TA,UA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 P N N 
? 2 Q N N 
? 2 AA N N 
? 2 JA N N 
? 2 KA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 A SG CYS 214 A CYS 232 1_555 B SG CYS 214 B CYS 232 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? 
disulf ? disulf2 A SG CYS 300 A CYS 318 1_555 A SG CYS 347 A CYS 365 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.054 ? 
disulf ? disulf3 B SG CYS 300 B CYS 318 1_555 B SG CYS 347 B CYS 365 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? 
disulf ? disulf4 C SG CYS 300 C CYS 318 1_555 C SG CYS 347 C CYS 365 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? 
disulf ? disulf5 D SG CYS 300 D CYS 318 1_555 D SG CYS 347 D CYS 365 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.069 ? 
covale ? covale1 A C MSE 105 A MSE 123 1_555 A N LYS 106 A LYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale2 A C MSE 118 A MSE 136 1_555 A N VAL 119 A VAL 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale3 A C MSE 134 A MSE 152 1_555 A N ARG 135 A ARG 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale4 A C MSE 137 A MSE 155 1_555 A N THR 138 A THR 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale5 A C MSE 226 A MSE 244 1_555 A N ASN 227 A ASN 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.333 ? 
covale ? covale6 A C MSE 232 A MSE 250 1_555 A N GLY 233 A GLY 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale7 B C MSE 105 B MSE 123 1_555 B N LYS 106 B LYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.322 ? 
covale ? covale8 B C MSE 118 B MSE 136 1_555 B N VAL 119 B VAL 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale9 B C MSE 134 B MSE 152 1_555 B N ARG 135 B ARG 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? 
covale ? covale10 B C MSE 137 B MSE 155 1_555 B N THR 138 B THR 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale11 B C MSE 226 B MSE 244 1_555 B N ASN 227 B ASN 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? 
covale ? covale12 B C MSE 232 B MSE 250 1_555 B N GLY 233 B GLY 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale13 C C MSE 105 C MSE 123 1_555 C N LYS 106 C LYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? 
covale ? covale14 C C MSE 118 C MSE 136 1_555 C N VAL 119 C VAL 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? 
covale ? covale15 C C MSE 134 C MSE 152 1_555 C N ARG 135 C ARG 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale16 C C MSE 137 C MSE 155 1_555 C N THR 138 C THR 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale17 C C MSE 226 C MSE 244 1_555 C N ASN 227 C ASN 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.328 ? 
covale ? covale18 C C MSE 232 C MSE 250 1_555 C N GLY 233 C GLY 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.331 ? 
covale ? covale19 D C MSE 105 D MSE 123 1_555 D N LYS 106 D LYS 124 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.323 ? 
covale ? covale20 D C MSE 118 D MSE 136 1_555 D N VAL 119 D VAL 137 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.318 ? 
covale ? covale21 D C MSE 134 D MSE 152 1_555 D N ARG 135 D ARG 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.324 ? 
covale ? covale22 D C MSE 137 D MSE 155 1_555 D N THR 138 D THR 156 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
covale ? covale23 D C MSE 226 D MSE 244 1_555 D N ASN 227 D ASN 245 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.33 ? 
covale ? covale24 D C MSE 232 D MSE 250 1_555 D N GLY 233 D GLY 251 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? 
#
_chem_comp.formula           'I -1' 
_chem_comp.formula_weight    126.904 
_chem_comp.id                IOD 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'IODIDE ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     3KS7 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.009429 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.008388 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.00648 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 2 IOD A 1 4 4 IOD IOD . 
F 2 IOD A 1 6 6 IOD IOD . 
G 3 CL A 1 9 9 CL CL . 
H 3 CL A 1 11 11 CL CL . 
I 3 CL A 1 12 12 CL CL . 
J 4 EDO A 1 416 23 EDO EDO . 
K 4 EDO A 1 417 24 EDO EDO . 
L 4 EDO A 1 418 27 EDO EDO . 
M 4 EDO A 1 419 33 EDO EDO . 
N 4 EDO A 1 420 38 EDO EDO . 
O 4 EDO A 1 421 39 EDO EDO . 
P 2 IOD B 1 1 1 IOD IOD . 
Q 2 IOD B 1 5 5 IOD IOD . 
R 3 CL B 1 8 8 CL CL . 
S 3 CL B 1 14 14 CL CL . 
T 3 CL B 1 16 16 CL CL . 
U 4 EDO B 1 416 22 EDO EDO . 
V 4 EDO B 1 417 28 EDO EDO . 
W 4 EDO B 1 418 31 EDO EDO . 
X 4 EDO B 1 419 34 EDO EDO . 
Y 4 EDO B 1 420 36 EDO EDO . 
Z 4 EDO B 1 421 37 EDO EDO . 
AA 2 IOD C 1 2 2 IOD IOD . 
BA 3 CL C 1 10 10 CL CL . 
CA 3 CL C 1 13 13 CL CL . 
DA 3 CL C 1 15 15 CL CL . 
EA 4 EDO C 1 416 21 EDO EDO . 
FA 4 EDO C 1 417 25 EDO EDO . 
GA 4 EDO C 1 418 30 EDO EDO . 
HA 4 EDO C 1 419 32 EDO EDO . 
IA 4 EDO C 1 420 35 EDO EDO . 
JA 2 IOD D 1 3 3 IOD IOD . 
KA 2 IOD D 1 7 7 IOD IOD . 
LA 3 CL D 1 17 17 CL CL . 
MA 4 EDO D 1 18 18 EDO EDO . 
NA 4 EDO D 1 416 19 EDO EDO . 
OA 4 EDO D 1 417 20 EDO EDO . 
PA 4 EDO D 1 418 26 EDO EDO . 
QA 4 EDO D 1 419 29 EDO EDO . 
RA 5 HOH A 1 422 422 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 2 423 41 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 3 424 48 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 4 425 53 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 5 426 57 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 6 427 62 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 7 428 68 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 8 429 73 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 9 430 78 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 10 431 87 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 11 432 91 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 12 433 433 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 13 434 92 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 14 435 435 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 15 436 106 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 16 437 112 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 17 438 131 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 18 439 134 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 19 440 440 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 20 441 136 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 21 442 138 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 22 443 145 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 23 444 151 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 24 445 153 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 25 446 160 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 26 447 447 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 27 448 448 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 28 449 163 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 29 450 167 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 30 451 451 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 31 452 171 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 32 453 453 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 33 454 454 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 34 455 172 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 35 456 456 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 36 457 176 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 37 458 458 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 38 459 180 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 39 460 460 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 40 461 183 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 41 462 188 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 42 463 463 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 43 464 190 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 44 465 465 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 45 466 466 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 46 467 467 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 47 468 468 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 48 469 469 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 49 470 470 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 50 471 209 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 51 472 222 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 52 473 225 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 53 474 227 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 54 475 230 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 55 476 233 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 56 477 235 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 57 478 236 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 58 479 238 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 59 480 241 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 60 481 245 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 61 482 251 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 62 483 254 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 63 484 484 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 64 485 255 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 65 486 486 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 66 487 257 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 67 488 260 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 68 489 261 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 69 490 490 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 70 491 263 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 71 492 267 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 72 493 287 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 73 494 290 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 74 495 294 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 75 496 298 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 76 497 300 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 77 498 302 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 78 499 307 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 79 500 308 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 80 501 309 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 81 502 311 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 82 503 319 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 83 504 320 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 84 505 322 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 85 506 337 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 86 507 338 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 87 508 342 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 88 509 344 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 89 510 350 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 90 511 356 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 91 512 358 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 92 513 360 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 93 514 362 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 94 515 364 HOH HOH . 
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RA 5 HOH A 96 517 370 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 97 518 375 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 98 519 383 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 99 520 386 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 100 521 394 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 101 522 398 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 102 523 404 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 103 524 410 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 104 525 417 HOH HOH . 
RA 5 HOH A 105 526 419 HOH HOH . 
SA 5 HOH B 1 422 43 HOH HOH . 
SA 5 HOH B 2 423 423 HOH HOH . 
SA 5 HOH B 3 424 45 HOH HOH . 
SA 5 HOH B 4 425 425 HOH HOH . 
SA 5 HOH B 5 426 426 HOH HOH . 
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SA 5 HOH B 7 428 428 HOH HOH . 
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TA 5 HOH C 68 488 488 HOH HOH . 
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TA 5 HOH C 70 490 288 HOH HOH . 
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TA 5 HOH C 73 493 493 HOH HOH . 
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TA 5 HOH C 86 506 345 HOH HOH . 
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TA 5 HOH C 93 513 368 HOH HOH . 
TA 5 HOH C 94 514 373 HOH HOH . 
TA 5 HOH C 95 515 374 HOH HOH . 
TA 5 HOH C 96 516 378 HOH HOH . 
TA 5 HOH C 97 517 387 HOH HOH . 
TA 5 HOH C 98 518 388 HOH HOH . 
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UA 5 HOH D 33 452 128 HOH HOH . 
UA 5 HOH D 34 453 130 HOH HOH . 
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