data_3LK0 # _model_server_result.job_id jf45GB9ysqYCDFLX1lzx0w _model_server_result.datetime_utc '2024-11-07 16:12:40' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3lk0 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"K","auth_seq_id":91}' # _entry.id 3LK0 # _exptl.entry_id 3LK0 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 40.078 _entity.id 2 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'CALCIUM ION' _entity.pdbx_number_of_molecules 8 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 92.52 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3LK0 _cell.length_a 28.607 _cell.length_b 59.122 _cell.length_c 103.998 _cell.Z_PDB 8 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3LK0 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # loop_ _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.id PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 1 PISA dimeric 2 author_and_software_defined_assembly 2 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression A,B,E,F,G,H,I,O,P 1 1 C,J,K,Q 2 1 D,L,M,N,R 2 2 # loop_ _pdbx_struct_oper_list.id _pdbx_struct_oper_list.type _pdbx_struct_oper_list.name _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] _pdbx_struct_oper_list.vector[1] _pdbx_struct_oper_list.vector[2] _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 1 'identity operation' 1_555 x,y,z 1 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 2 'crystal symmetry operation' 2_545 -x,y-1/2,-z -1 0 0 0 1 0 0 0 -1 0 -29.561 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 2 E N N ? 2 F N N ? 2 G N N ? 2 H N N ? 2 J N N ? 2 K N N ? 2 L N N ? 2 M N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A O SER 19 A SER 18 1_555 F CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.31 ? metalc ? metalc2 A O GLU 22 A GLU 21 1_555 F CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.533 ? metalc ? metalc3 A O ASP 24 A ASP 23 1_555 F CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.242 ? metalc ? metalc4 A O LYS 27 A LYS 26 1_555 F CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.482 ? metalc ? metalc5 A OE1 GLU 32 A GLU 31 1_555 F CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.396 ? metalc ? metalc6 A OE2 GLU 32 A GLU 31 1_555 F CA CA . A CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.55 ? metalc ? metalc7 A OD1 ASP 62 A ASP 61 1_555 E CA CA . A CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.397 ? metalc ? metalc8 A OD1 ASP 64 A ASP 63 1_555 E CA CA . A CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.382 ? metalc ? metalc9 A OD1 ASP 66 A ASP 65 1_555 E CA CA . A CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.364 ? metalc ? metalc10 A O GLU 68 A GLU 67 1_555 E CA CA . A CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.432 ? metalc ? metalc11 A OE2 GLU 73 A GLU 72 1_555 E CA CA . A CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.523 ? metalc ? metalc12 A OE1 GLU 73 A GLU 72 1_555 E CA CA . A CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc13 E CA CA . A CA 90 1_555 O O HOH . A HOH 94 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? metalc ? metalc14 B O SER 19 B SER 18 1_555 H CA CA . B CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? metalc ? metalc15 B O GLU 22 B GLU 21 1_555 H CA CA . B CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.535 ? metalc ? metalc16 B O ASP 24 B ASP 23 1_555 H CA CA . B CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? metalc ? metalc17 B O LYS 27 B LYS 26 1_555 H CA CA . B CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc18 B OE1 GLU 32 B GLU 31 1_555 H CA CA . B CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.492 ? metalc ? metalc19 B OE2 GLU 32 B GLU 31 1_555 H CA CA . B CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.6 ? metalc ? metalc20 B OD1 ASP 62 B ASP 61 1_555 G CA CA . B CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.074 ? metalc ? metalc21 B OD1 ASP 64 B ASP 63 1_555 G CA CA . B CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc22 B OD1 ASP 66 B ASP 65 1_555 G CA CA . B CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? metalc ? metalc23 B O GLU 68 B GLU 67 1_555 G CA CA . B CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? metalc ? metalc24 B OE1 GLU 73 B GLU 72 1_555 G CA CA . B CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.423 ? metalc ? metalc25 B OE2 GLU 73 B GLU 72 1_555 G CA CA . B CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? metalc ? metalc26 H CA CA . B CA 91 1_555 P O HOH . B HOH 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.413 ? metalc ? metalc27 C O SER 19 C SER 18 1_555 K CA CA . C CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.372 ? metalc ? metalc28 C O GLU 22 C GLU 21 1_555 K CA CA . C CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.594 ? metalc ? metalc29 C O ASP 24 C ASP 23 1_555 K CA CA . C CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc30 C O LYS 27 C LYS 26 1_555 K CA CA . C CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.428 ? metalc ? metalc31 C OE2 GLU 32 C GLU 31 1_555 K CA CA . C CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.404 ? metalc ? metalc32 C OE1 GLU 32 C GLU 31 1_555 K CA CA . C CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.429 ? metalc ? metalc33 C OD1 ASP 62 C ASP 61 1_555 J CA CA . C CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.116 ? metalc ? metalc34 C OD1 ASP 64 C ASP 63 1_555 J CA CA . C CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? metalc ? metalc35 C OD1 ASP 66 C ASP 65 1_555 J CA CA . C CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? metalc ? metalc36 C O GLU 68 C GLU 67 1_555 J CA CA . C CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? metalc ? metalc37 C OE1 GLU 73 C GLU 72 1_555 J CA CA . C CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.518 ? metalc ? metalc38 C OE2 GLU 73 C GLU 72 1_555 J CA CA . C CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.547 ? metalc ? metalc39 J CA CA . C CA 90 1_555 Q O HOH . C HOH 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.391 ? metalc ? metalc40 D O SER 19 D SER 18 1_555 L CA CA . D CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.253 ? metalc ? metalc41 D O GLU 22 D GLU 21 1_555 L CA CA . D CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.546 ? metalc ? metalc42 D O ASP 24 D ASP 23 1_555 L CA CA . D CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? metalc ? metalc43 D O LYS 27 D LYS 26 1_555 L CA CA . D CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.465 ? metalc ? metalc44 D OE1 GLU 32 D GLU 31 1_555 L CA CA . D CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? metalc ? metalc45 D OE2 GLU 32 D GLU 31 1_555 L CA CA . D CA 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.508 ? metalc ? metalc46 D OD1 ASP 62 D ASP 61 1_555 M CA CA . D CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? metalc ? metalc47 D OD1 ASP 64 D ASP 63 1_555 M CA CA . D CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? metalc ? metalc48 D OD1 ASP 66 D ASP 65 1_555 M CA CA . D CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? metalc ? metalc49 D O GLU 68 D GLU 67 1_555 M CA CA . D CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.392 ? metalc ? metalc50 D OE1 GLU 73 D GLU 72 1_555 M CA CA . D CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc51 D OE2 GLU 73 D GLU 72 1_555 M CA CA . D CA 91 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.447 ? metalc ? metalc52 M CA CA . D CA 91 1_555 R O HOH . D HOH 99 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? # _chem_comp.formula 'Ca 2' _chem_comp.formula_weight 40.078 _chem_comp.id CA _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'CALCIUM ION' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # _atom_sites.entry_id 3LK0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.034956 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.001538 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.016914 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.009625 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code E 2 CA A 1 90 1 CA CA . F 2 CA A 1 91 3 CA CA . G 2 CA B 1 90 2 CA CA . H 2 CA B 1 91 6 CA CA . I 3 Z80 B 1 92 1 Z80 Z80 . J 2 CA C 1 90 5 CA CA . K 2 CA C 1 91 7 CA CA . L 2 CA D 1 90 4 CA CA . M 2 CA D 1 91 8 CA CA . N 3 Z80 D 1 92 1 Z80 Z80 . O 4 HOH A 1 92 4 HOH HOH . O 4 HOH A 2 93 8 HOH HOH . O 4 HOH A 3 94 9 HOH HOH . O 4 HOH A 4 95 17 HOH HOH . O 4 HOH A 5 96 21 HOH HOH . O 4 HOH A 6 97 23 HOH HOH . O 4 HOH A 7 98 28 HOH HOH . O 4 HOH A 8 99 29 HOH HOH . O 4 HOH A 9 100 32 HOH HOH . O 4 HOH A 10 101 38 HOH HOH . O 4 HOH A 11 102 46 HOH HOH . O 4 HOH A 12 103 48 HOH HOH . O 4 HOH A 13 104 52 HOH HOH . O 4 HOH A 14 105 55 HOH HOH . O 4 HOH A 15 106 56 HOH HOH . O 4 HOH A 16 108 61 HOH HOH . O 4 HOH A 17 109 69 HOH HOH . O 4 HOH A 18 110 81 HOH HOH . P 4 HOH B 1 93 2 HOH HOH . P 4 HOH B 2 94 3 HOH HOH . P 4 HOH B 3 95 10 HOH HOH . P 4 HOH B 4 96 14 HOH HOH . P 4 HOH B 5 97 15 HOH HOH . P 4 HOH B 6 98 16 HOH HOH . P 4 HOH B 7 99 18 HOH HOH . P 4 HOH B 8 100 22 HOH HOH . P 4 HOH B 9 101 25 HOH HOH . P 4 HOH B 10 102 26 HOH HOH . P 4 HOH B 11 103 31 HOH HOH . P 4 HOH B 12 104 33 HOH HOH . P 4 HOH B 13 105 34 HOH HOH . P 4 HOH B 14 106 36 HOH HOH . P 4 HOH B 15 107 57 HOH HOH . P 4 HOH B 16 108 50 HOH HOH . P 4 HOH B 17 109 54 HOH HOH . P 4 HOH B 18 110 58 HOH HOH . P 4 HOH B 19 111 59 HOH HOH . P 4 HOH B 20 112 62 HOH HOH . P 4 HOH B 21 113 63 HOH HOH . P 4 HOH B 22 114 67 HOH HOH . P 4 HOH B 23 115 70 HOH HOH . P 4 HOH B 24 116 71 HOH HOH . P 4 HOH B 25 117 75 HOH HOH . P 4 HOH B 26 118 77 HOH HOH . P 4 HOH B 27 119 79 HOH HOH . P 4 HOH B 28 120 82 HOH HOH . P 4 HOH B 29 121 44 HOH HOH . Q 4 HOH C 1 92 1 HOH HOH . Q 4 HOH C 2 93 5 HOH HOH . Q 4 HOH C 3 94 12 HOH HOH . Q 4 HOH C 4 95 13 HOH HOH . Q 4 HOH C 5 96 19 HOH HOH . Q 4 HOH C 6 97 20 HOH HOH . Q 4 HOH C 7 98 27 HOH HOH . Q 4 HOH C 8 99 30 HOH HOH . Q 4 HOH C 9 100 35 HOH HOH . Q 4 HOH C 10 101 37 HOH HOH . Q 4 HOH C 11 102 39 HOH HOH . Q 4 HOH C 12 103 41 HOH HOH . Q 4 HOH C 13 104 42 HOH HOH . Q 4 HOH C 14 105 47 HOH HOH . Q 4 HOH C 15 106 49 HOH HOH . Q 4 HOH C 16 107 64 HOH HOH . Q 4 HOH C 17 108 68 HOH HOH . Q 4 HOH C 18 109 76 HOH HOH . Q 4 HOH C 19 110 80 HOH HOH . R 4 HOH D 1 93 6 HOH HOH . R 4 HOH D 2 94 7 HOH HOH . R 4 HOH D 3 95 11 HOH HOH . R 4 HOH D 4 96 24 HOH HOH . R 4 HOH D 5 97 40 HOH HOH . R 4 HOH D 6 98 60 HOH HOH . R 4 HOH D 7 99 66 HOH HOH . R 4 HOH D 8 100 72 HOH HOH . R 4 HOH D 9 101 73 HOH HOH . R 4 HOH D 10 102 74 HOH HOH . R 4 HOH D 11 103 78 HOH HOH . # _atom_site.group_PDB HETATM _atom_site.id 1 _atom_site.type_symbol CA _atom_site.label_atom_id CA _atom_site.label_comp_id CA _atom_site.label_seq_id . _atom_site.label_alt_id . _atom_site.pdbx_PDB_ins_code . _atom_site.label_asym_id K _atom_site.label_entity_id 2 _atom_site.Cartn_x 8.427 _atom_site.Cartn_y 1.076 _atom_site.Cartn_z 19.585 _atom_site.occupancy 1 _atom_site.B_iso_or_equiv 37.76 _atom_site.pdbx_formal_charge ? _atom_site.auth_atom_id CA _atom_site.auth_comp_id CA _atom_site.auth_seq_id 91 _atom_site.auth_asym_id C _atom_site.pdbx_PDB_model_num 1 # _model_server_stats.io_time_ms 12 _model_server_stats.parse_time_ms 8 _model_server_stats.create_model_time_ms 4 _model_server_stats.query_time_ms 306 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 1 #