data_3M9S
#
_model_server_result.job_id            MOl_t01yEwC_G0bMpINL2w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-22 06:18:29' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3m9s 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"MA","auth_seq_id":182}' 
#
_entry.id    3M9S 
#
_exptl.entry_id    3M9S 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              175.82 
_entity.id                          16 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    4 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          100.59 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3M9S 
_cell.length_a            96.39 
_cell.length_b            336.09 
_cell.length_c            262.24 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3M9S 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? tridecameric 13 author_defined_assembly 1 
? tridecameric 13 author_defined_assembly 2 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA 1 1 
N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA 2 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 16 CA N N 
? 16 GA N N 
? 16 MA N N 
? 16 QA N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
disulf ? disulf1 B SG CYS 144 2 CYS 144 1_555 B SG CYS 172 2 CYS 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
disulf ? disulf2 O SG CYS 144 B CYS 144 1_555 O SG CYS 172 B CYS 172 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.995 ? 
metalc ? metalc1 A SG CYS 353 1 CYS 353 1_555 AA FE4 SF4 . 1 SF4 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 356 1 CYS 356 1_555 AA FE1 SF4 . 1 SF4 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.251 ? 
metalc ? metalc3 A SG CYS 359 1 CYS 359 1_555 AA FE2 SF4 . 1 SF4 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.271 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 400 1 CYS 400 1_555 AA FE3 SF4 . 1 SF4 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc5 B SG CYS 83 2 CYS 83 1_555 CA FE1 FES . 2 FES 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 88 2 CYS 88 1_555 CA FE1 FES . 2 FES 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc7 B SG CYS 124 2 CYS 124 1_555 CA FE2 FES . 2 FES 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 128 2 CYS 128 1_555 CA FE2 FES . 2 FES 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? 
metalc ? metalc9 C SG CYS 34 3 CYS 34 1_555 GA FE1 FES . 3 FES 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 45 3 CYS 45 1_555 GA FE1 FES . 3 FES 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc11 C SG CYS 48 3 CYS 48 1_555 GA FE2 FES . 3 FES 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 83 3 CYS 83 1_555 GA FE2 FES . 3 FES 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc13 C NE2 HIS 115 3 HIS 115 1_555 DA FE3 SF4 . 3 SF4 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc14 C SG CYS 119 3 CYS 119 1_555 DA FE2 SF4 . 3 SF4 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc15 C SG CYS 122 3 CYS 122 1_555 DA FE4 SF4 . 3 SF4 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc16 C SG CYS 128 3 CYS 128 1_555 DA FE1 SF4 . 3 SF4 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc17 C SG CYS 181 3 CYS 181 1_555 EA FE2 SF4 . 3 SF4 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc18 C SG CYS 184 3 CYS 184 1_555 EA FE1 SF4 . 3 SF4 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc19 C SG CYS 187 3 CYS 187 1_555 EA FE3 SF4 . 3 SF4 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc20 C SG CYS 230 3 CYS 230 1_555 EA FE4 SF4 . 3 SF4 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc21 C SG CYS 256 3 CYS 256 1_555 FA FE1 SF4 . 3 SF4 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc22 C SG CYS 259 3 CYS 259 1_555 FA FE4 SF4 . 3 SF4 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc23 C SG CYS 263 3 CYS 263 1_555 FA FE3 SF4 . 3 SF4 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc24 C SG CYS 291 3 CYS 291 1_555 FA FE2 SF4 . 3 SF4 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc25 F SG CYS 45 6 CYS 45 1_555 HA FE3 SF4 . 6 SF4 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc26 F SG CYS 46 6 CYS 46 1_555 HA FE2 SF4 . 6 SF4 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.308 ? 
metalc ? metalc27 F SG CYS 111 6 CYS 111 1_555 HA FE1 SF4 . 6 SF4 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc28 F SG CYS 140 6 CYS 140 1_555 HA FE4 SF4 . 6 SF4 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? 
metalc ? metalc29 G SG CYS 53 9 CYS 53 1_555 JA FE3 SF4 . 9 SF4 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc30 G SG CYS 56 9 CYS 56 1_555 JA FE4 SF4 . 9 SF4 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc31 G SG CYS 59 9 CYS 59 1_555 JA FE2 SF4 . 9 SF4 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc32 G SG CYS 63 9 CYS 63 1_555 IA FE4 SF4 . 9 SF4 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.254 ? 
metalc ? metalc33 G SG CYS 98 9 CYS 98 1_555 IA FE2 SF4 . 9 SF4 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc34 G SG CYS 101 9 CYS 101 1_555 IA FE1 SF4 . 9 SF4 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc35 G SG CYS 104 9 CYS 104 1_555 IA FE3 SF4 . 9 SF4 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc36 G SG CYS 108 9 CYS 108 1_555 JA FE1 SF4 . 9 SF4 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
metalc ? metalc37 N SG CYS 353 A CYS 353 1_555 KA FE4 SF4 . A SF4 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.3 ? 
metalc ? metalc38 N SG CYS 356 A CYS 356 1_555 KA FE1 SF4 . A SF4 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc39 N SG CYS 359 A CYS 359 1_555 KA FE2 SF4 . A SF4 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.272 ? 
metalc ? metalc40 N SG CYS 400 A CYS 400 1_555 KA FE3 SF4 . A SF4 439 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.282 ? 
metalc ? metalc41 O SG CYS 83 B CYS 83 1_555 MA FE1 FES . B FES 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? 
metalc ? metalc42 O SG CYS 88 B CYS 88 1_555 MA FE1 FES . B FES 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.297 ? 
metalc ? metalc43 O SG CYS 124 B CYS 124 1_555 MA FE2 FES . B FES 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc44 O SG CYS 128 B CYS 128 1_555 MA FE2 FES . B FES 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? 
metalc ? metalc45 P SG CYS 34 C CYS 34 1_555 QA FE1 FES . C FES 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? 
metalc ? metalc46 P SG CYS 45 C CYS 45 1_555 QA FE1 FES . C FES 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc47 P SG CYS 48 C CYS 48 1_555 QA FE2 FES . C FES 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.315 ? 
metalc ? metalc48 P SG CYS 83 C CYS 83 1_555 QA FE2 FES . C FES 787 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc49 P NE2 HIS 115 C HIS 115 1_555 NA FE3 SF4 . C SF4 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc50 P SG CYS 119 C CYS 119 1_555 NA FE2 SF4 . C SF4 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.285 ? 
metalc ? metalc51 P SG CYS 122 C CYS 122 1_555 NA FE4 SF4 . C SF4 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? 
metalc ? metalc52 P SG CYS 128 C CYS 128 1_555 NA FE1 SF4 . C SF4 784 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc53 P SG CYS 181 C CYS 181 1_555 OA FE2 SF4 . C SF4 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc54 P SG CYS 184 C CYS 184 1_555 OA FE1 SF4 . C SF4 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.278 ? 
metalc ? metalc55 P SG CYS 187 C CYS 187 1_555 OA FE3 SF4 . C SF4 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc56 P SG CYS 230 C CYS 230 1_555 OA FE4 SF4 . C SF4 785 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.281 ? 
metalc ? metalc57 P SG CYS 256 C CYS 256 1_555 PA FE1 SF4 . C SF4 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? 
metalc ? metalc58 P SG CYS 259 C CYS 259 1_555 PA FE4 SF4 . C SF4 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.299 ? 
metalc ? metalc59 P SG CYS 263 C CYS 263 1_555 PA FE3 SF4 . C SF4 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? 
metalc ? metalc60 P SG CYS 291 C CYS 291 1_555 PA FE2 SF4 . C SF4 786 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc61 S SG CYS 45 F CYS 45 1_555 RA FE3 SF4 . F SF4 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.283 ? 
metalc ? metalc62 S SG CYS 46 F CYS 46 1_555 RA FE2 SF4 . F SF4 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.309 ? 
metalc ? metalc63 S SG CYS 111 F CYS 111 1_555 RA FE1 SF4 . F SF4 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? 
metalc ? metalc64 S SG CYS 140 F CYS 140 1_555 RA FE4 SF4 . F SF4 182 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.257 ? 
metalc ? metalc65 T SG CYS 53 G CYS 53 1_555 TA FE3 SF4 . G SF4 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? 
metalc ? metalc66 T SG CYS 56 G CYS 56 1_555 TA FE4 SF4 . G SF4 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.259 ? 
metalc ? metalc67 T SG CYS 59 G CYS 59 1_555 TA FE2 SF4 . G SF4 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.23 ? 
metalc ? metalc68 T SG CYS 63 G CYS 63 1_555 SA FE4 SF4 . G SF4 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.255 ? 
metalc ? metalc69 T SG CYS 98 G CYS 98 1_555 SA FE2 SF4 . G SF4 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? 
metalc ? metalc70 T SG CYS 101 G CYS 101 1_555 SA FE1 SF4 . G SF4 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc71 T SG CYS 104 G CYS 104 1_555 SA FE3 SF4 . G SF4 183 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.261 ? 
metalc ? metalc72 T SG CYS 108 G CYS 108 1_555 TA FE1 SF4 . G SF4 184 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.306 ? 
#
_chem_comp.formula           'Fe2 S2' 
_chem_comp.formula_weight    175.82 
_chem_comp.id                FES 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
FE1 S1 FES sing 83 n n 
FE1 S2 FES sing 84 n n 
FE2 S1 FES sing 85 n n 
FE2 S2 FES sing 86 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3M9S 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.010375 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.00194 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.002975 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.003879 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
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_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
AA 14 SF4 1 1 439 439 SF4 SF4 . 
BA 15 FMN 1 1 440 440 FMN FMN . 
CA 16 FES 2 1 182 182 FES FES . 
DA 14 SF4 3 1 784 784 SF4 SF4 . 
EA 14 SF4 3 1 785 785 SF4 SF4 . 
FA 14 SF4 3 1 786 786 SF4 SF4 . 
GA 16 FES 3 1 787 787 FES FES . 
HA 14 SF4 6 1 182 182 SF4 SF4 . 
IA 14 SF4 9 1 183 183 SF4 SF4 . 
JA 14 SF4 9 1 184 184 SF4 SF4 . 
KA 14 SF4 A 1 439 439 SF4 SF4 . 
LA 15 FMN A 1 440 440 FMN FMN . 
MA 16 FES B 1 182 182 FES FES . 
NA 14 SF4 C 1 784 784 SF4 SF4 . 
OA 14 SF4 C 1 785 785 SF4 SF4 . 
PA 14 SF4 C 1 786 786 SF4 SF4 . 
QA 16 FES C 1 787 787 FES FES . 
RA 14 SF4 F 1 182 182 SF4 SF4 . 
SA 14 SF4 G 1 183 183 SF4 SF4 . 
TA 14 SF4 G 1 184 184 SF4 SF4 . 
#
loop_
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#
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