data_3MX2
#
_model_server_result.job_id            gxIpceG1Hf2bMURWnsb11Q 
_model_server_result.datetime_utc      '2025-01-31 02:31:33' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3mx2 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"H","auth_seq_id":800}' 
#
_entry.id    3MX2 
#
_exptl.entry_id    3MX2 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              482.168 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_entity.pdbx_number_of_molecules    3 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          90 
_cell.angle_gamma         120 
_cell.entry_id            3MX2 
_cell.length_a            176.147 
_cell.length_b            176.147 
_cell.length_c            56.474 
_cell.Z_PDB               9 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3MX2 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        143 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 3' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? trimeric 3 author_defined_assembly 1 
PISA monomeric 1 software_defined_assembly 2 
PISA monomeric 1 software_defined_assembly 3 
PISA monomeric 1 software_defined_assembly 4 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 1 1 
A,D,E,J 2 1 
B,F,G,K 3 1 
C,H,I,L 4 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 D N N 
? 2 F N N 
? 2 H N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
metalc ? metalc1 A OE2 GLU 407 A GLU 399 1_555 E ZN ZN . A ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.916 ? 
metalc ? metalc2 A SG CYS 514 A CYS 506 1_555 E ZN ZN . A ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? 
metalc ? metalc3 A NE2 HIS 517 A HIS 509 1_555 E ZN ZN . A ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.41 ? 
metalc ? metalc4 A SG CYS 537 A CYS 529 1_555 E ZN ZN . A ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.265 ? 
metalc ? metalc5 B OE2 GLU 407 B GLU 399 1_555 G ZN ZN . B ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc6 B SG CYS 514 B CYS 506 1_555 G ZN ZN . B ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? 
metalc ? metalc7 B NE2 HIS 517 B HIS 509 1_555 G ZN ZN . B ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.225 ? 
metalc ? metalc8 B SG CYS 537 B CYS 529 1_555 G ZN ZN . B ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? 
metalc ? metalc9 C OE2 GLU 407 C GLU 399 1_555 I ZN ZN . C ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.159 ? 
metalc ? metalc10 C SG CYS 514 C CYS 506 1_555 I ZN ZN . C ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? 
metalc ? metalc11 C NE2 HIS 517 C HIS 509 1_555 I ZN ZN . C ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.066 ? 
metalc ? metalc12 C SG CYS 537 C CYS 529 1_555 I ZN ZN . C ZN 570 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? 
#
_chem_comp.formula           'C10 H17 N2 O14 P3' 
_chem_comp.formula_weight    482.168 
_chem_comp.id                TTP 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              "THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE" 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
loop_
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
PA O1A TTP doub 334 n n 
PA O2A TTP sing 335 n n 
PA O3A TTP sing 336 n n 
PA O5' TTP sing 337 n n 
O2A HOA2 TTP sing 338 n n 
O3A PB TTP sing 339 n n 
PB O1B TTP doub 340 n n 
PB O2B TTP sing 341 n n 
PB O3B TTP sing 342 n n 
O2B HOB2 TTP sing 343 n n 
O3B PG TTP sing 344 n n 
PG O1G TTP doub 345 n n 
PG O2G TTP sing 346 n n 
PG O3G TTP sing 347 n n 
O2G HOG2 TTP sing 348 n n 
O3G HOG3 TTP sing 349 n n 
O5' C5' TTP sing 350 n n 
C5' C4' TTP sing 351 n n 
C5' "H5'1" TTP sing 352 n n 
C5' "H5'2" TTP sing 353 n n 
C4' O4' TTP sing 354 n n 
C4' C3' TTP sing 355 n n 
C4' H4' TTP sing 356 n n 
O4' C1' TTP sing 357 n n 
C3' O3' TTP sing 358 n n 
C3' C2' TTP sing 359 n n 
C3' H3' TTP sing 360 n n 
O3' HO3' TTP sing 361 n n 
C2' C1' TTP sing 362 n n 
C2' "H2'1" TTP sing 363 n n 
C2' "H2'2" TTP sing 364 n n 
C1' N1 TTP sing 365 n n 
C1' H1' TTP sing 366 n n 
N1 C2 TTP sing 367 n n 
N1 C6 TTP sing 368 n n 
C2 O2 TTP doub 369 n n 
C2 N3 TTP sing 370 n n 
N3 C4 TTP sing 371 n n 
N3 HN3 TTP sing 372 n n 
C4 O4 TTP doub 373 n n 
C4 C5 TTP sing 374 n n 
C5 C5M TTP sing 375 n n 
C5 C6 TTP doub 376 n n 
C5M HM51 TTP sing 377 n n 
C5M HM52 TTP sing 378 n n 
C5M HM53 TTP sing 379 n n 
C6 H6 TTP sing 380 n n 
#
_atom_sites.entry_id                     3MX2 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.005677 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0.003278 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.006555 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.017707 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
D 2 TTP A 1 800 800 TTP TTP . 
E 3 ZN A 1 570 570 ZN ZN . 
F 2 TTP B 1 800 800 TTP TTP . 
G 3 ZN B 1 570 570 ZN ZN . 
H 2 TTP C 1 800 800 TTP TTP . 
I 3 ZN C 1 570 570 ZN ZN . 
J 4 HOH A 1 571 571 HOH HOH . 
J 4 HOH A 2 572 572 HOH HOH . 
J 4 HOH A 3 573 573 HOH HOH . 
J 4 HOH A 4 574 574 HOH HOH . 
J 4 HOH A 5 575 575 HOH HOH . 
J 4 HOH A 6 576 576 HOH HOH . 
J 4 HOH A 7 577 577 HOH HOH . 
J 4 HOH A 8 578 578 HOH HOH . 
J 4 HOH A 9 579 579 HOH HOH . 
J 4 HOH A 10 580 580 HOH HOH . 
J 4 HOH A 11 581 581 HOH HOH . 
J 4 HOH A 12 582 582 HOH HOH . 
J 4 HOH A 13 583 583 HOH HOH . 
J 4 HOH A 14 584 584 HOH HOH . 
J 4 HOH A 15 585 585 HOH HOH . 
J 4 HOH A 16 586 586 HOH HOH . 
J 4 HOH A 17 587 587 HOH HOH . 
J 4 HOH A 18 588 588 HOH HOH . 
J 4 HOH A 19 589 589 HOH HOH . 
J 4 HOH A 20 590 590 HOH HOH . 
J 4 HOH A 21 591 591 HOH HOH . 
J 4 HOH A 22 592 592 HOH HOH . 
J 4 HOH A 23 593 593 HOH HOH . 
J 4 HOH A 24 594 594 HOH HOH . 
J 4 HOH A 25 595 595 HOH HOH . 
J 4 HOH A 26 596 596 HOH HOH . 
J 4 HOH A 27 598 598 HOH HOH . 
J 4 HOH A 28 599 599 HOH HOH . 
J 4 HOH A 29 600 600 HOH HOH . 
J 4 HOH A 30 601 601 HOH HOH . 
J 4 HOH A 31 602 602 HOH HOH . 
J 4 HOH A 32 603 603 HOH HOH . 
J 4 HOH A 33 605 605 HOH HOH . 
J 4 HOH A 34 606 606 HOH HOH . 
J 4 HOH A 35 607 607 HOH HOH . 
J 4 HOH A 36 608 608 HOH HOH . 
J 4 HOH A 37 609 609 HOH HOH . 
J 4 HOH A 38 610 610 HOH HOH . 
J 4 HOH A 39 611 611 HOH HOH . 
J 4 HOH A 40 612 612 HOH HOH . 
J 4 HOH A 41 613 613 HOH HOH . 
J 4 HOH A 42 614 614 HOH HOH . 
J 4 HOH A 43 615 615 HOH HOH . 
J 4 HOH A 44 616 616 HOH HOH . 
J 4 HOH A 45 617 617 HOH HOH . 
J 4 HOH A 46 618 618 HOH HOH . 
J 4 HOH A 47 619 619 HOH HOH . 
J 4 HOH A 48 620 620 HOH HOH . 
J 4 HOH A 49 621 621 HOH HOH . 
J 4 HOH A 50 622 622 HOH HOH . 
J 4 HOH A 51 624 624 HOH HOH . 
J 4 HOH A 52 625 625 HOH HOH . 
J 4 HOH A 53 627 627 HOH HOH . 
J 4 HOH A 54 628 628 HOH HOH . 
J 4 HOH A 55 629 629 HOH HOH . 
J 4 HOH A 56 630 630 HOH HOH . 
J 4 HOH A 57 631 631 HOH HOH . 
J 4 HOH A 58 632 632 HOH HOH . 
J 4 HOH A 59 633 633 HOH HOH . 
J 4 HOH A 60 634 634 HOH HOH . 
J 4 HOH A 61 635 635 HOH HOH . 
J 4 HOH A 62 636 636 HOH HOH . 
J 4 HOH A 63 637 637 HOH HOH . 
J 4 HOH A 64 639 639 HOH HOH . 
J 4 HOH A 65 640 640 HOH HOH . 
J 4 HOH A 66 641 641 HOH HOH . 
J 4 HOH A 67 642 642 HOH HOH . 
J 4 HOH A 68 643 643 HOH HOH . 
J 4 HOH A 69 644 644 HOH HOH . 
J 4 HOH A 70 645 645 HOH HOH . 
J 4 HOH A 71 646 646 HOH HOH . 
J 4 HOH A 72 647 647 HOH HOH . 
J 4 HOH A 73 648 648 HOH HOH . 
J 4 HOH A 74 649 649 HOH HOH . 
J 4 HOH A 75 650 650 HOH HOH . 
J 4 HOH A 76 651 651 HOH HOH . 
J 4 HOH A 77 652 652 HOH HOH . 
J 4 HOH A 78 653 653 HOH HOH . 
J 4 HOH A 79 654 654 HOH HOH . 
J 4 HOH A 80 655 655 HOH HOH . 
J 4 HOH A 81 656 656 HOH HOH . 
J 4 HOH A 82 658 658 HOH HOH . 
J 4 HOH A 83 659 659 HOH HOH . 
J 4 HOH A 84 660 660 HOH HOH . 
J 4 HOH A 85 661 661 HOH HOH . 
J 4 HOH A 86 662 662 HOH HOH . 
J 4 HOH A 87 663 663 HOH HOH . 
J 4 HOH A 88 664 664 HOH HOH . 
J 4 HOH A 89 665 665 HOH HOH . 
J 4 HOH A 90 666 666 HOH HOH . 
J 4 HOH A 91 667 667 HOH HOH . 
J 4 HOH A 92 669 669 HOH HOH . 
J 4 HOH A 93 670 670 HOH HOH . 
J 4 HOH A 94 671 671 HOH HOH . 
J 4 HOH A 95 672 672 HOH HOH . 
J 4 HOH A 96 673 673 HOH HOH . 
J 4 HOH A 97 674 674 HOH HOH . 
J 4 HOH A 98 676 676 HOH HOH . 
J 4 HOH A 99 677 677 HOH HOH . 
J 4 HOH A 100 678 678 HOH HOH . 
J 4 HOH A 101 679 679 HOH HOH . 
J 4 HOH A 102 680 680 HOH HOH . 
J 4 HOH A 103 719 719 HOH HOH . 
J 4 HOH A 104 749 749 HOH HOH . 
J 4 HOH A 105 1037 1037 HOH HOH . 
J 4 HOH A 106 1088 1088 HOH HOH . 
K 4 HOH B 1 571 571 HOH HOH . 
K 4 HOH B 2 572 572 HOH HOH . 
K 4 HOH B 3 574 574 HOH HOH . 
K 4 HOH B 4 575 575 HOH HOH . 
K 4 HOH B 5 576 576 HOH HOH . 
K 4 HOH B 6 577 577 HOH HOH . 
K 4 HOH B 7 578 578 HOH HOH . 
K 4 HOH B 8 579 579 HOH HOH . 
K 4 HOH B 9 580 580 HOH HOH . 
K 4 HOH B 10 581 581 HOH HOH . 
K 4 HOH B 11 582 582 HOH HOH . 
K 4 HOH B 12 583 583 HOH HOH . 
K 4 HOH B 13 584 584 HOH HOH . 
K 4 HOH B 14 585 585 HOH HOH . 
K 4 HOH B 15 586 586 HOH HOH . 
K 4 HOH B 16 587 587 HOH HOH . 
K 4 HOH B 17 588 588 HOH HOH . 
K 4 HOH B 18 589 589 HOH HOH . 
K 4 HOH B 19 590 590 HOH HOH . 
K 4 HOH B 20 591 591 HOH HOH . 
K 4 HOH B 21 592 592 HOH HOH . 
K 4 HOH B 22 593 593 HOH HOH . 
K 4 HOH B 23 594 594 HOH HOH . 
K 4 HOH B 24 595 595 HOH HOH . 
K 4 HOH B 25 596 596 HOH HOH . 
K 4 HOH B 26 597 597 HOH HOH . 
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L 4 HOH C 134 706 706 HOH HOH . 
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