data_3NM3 # _model_server_result.job_id 1q-TBEKTjbYIiYPf1amfsA _model_server_result.datetime_utc '2024-11-15 09:19:53' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3nm3 # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"N","auth_seq_id":2003}' # _entry.id 3NM3 # _exptl.entry_id 3NM3 _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 345.334 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'THIAMIN PHOSPHATE' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 102.1 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3NM3 _cell.length_a 105.191 _cell.length_b 154.602 _cell.length_c 148.65 _cell.Z_PDB 12 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3NM3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 4 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1 21 1' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 H N N ? 3 K N N ? 3 N N N ? 3 Q N N ? 3 T N N ? 3 W N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OD2 ASP 76 A ASP 76 1_555 G MG MG . A MG 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.338 ? metalc ? metalc2 A OD2 ASP 95 A ASP 95 1_555 G MG MG . A MG 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.378 ? metalc ? metalc3 A OD1 ASP 95 A ASP 95 1_555 G MG MG . A MG 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.934 ? metalc ? metalc4 G MG MG . A MG 3001 1_555 I O2 POP . A POP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 3001 1_555 I O4 POP . A POP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 3001 1_555 I O6 POP . A POP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.682 ? metalc ? metalc7 B OD2 ASP 76 B ASP 76 1_555 J MG MG . B MG 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? metalc ? metalc8 B OD2 ASP 95 B ASP 95 1_555 J MG MG . B MG 3002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? metalc ? metalc9 J MG MG . B MG 3002 1_555 L O6 POP . B POP 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.442 ? metalc ? metalc10 J MG MG . B MG 3002 1_555 L O3 POP . B POP 4002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc11 C OD2 ASP 76 C ASP 76 1_555 M MG MG . C MG 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.433 ? metalc ? metalc12 C OD2 ASP 95 C ASP 95 1_555 M MG MG . C MG 3003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.498 ? metalc ? metalc13 M MG MG . C MG 3003 1_555 O O2 POP . C POP 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.305 ? metalc ? metalc14 M MG MG . C MG 3003 1_555 O O6 POP . C POP 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.38 ? metalc ? metalc15 M MG MG . C MG 3003 1_555 O O3 POP . C POP 4003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.869 ? metalc ? metalc16 D OD2 ASP 76 D ASP 76 1_555 P MG MG . D MG 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.56 ? metalc ? metalc17 D OD2 ASP 95 D ASP 95 1_555 P MG MG . D MG 3004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? metalc ? metalc18 P MG MG . D MG 3004 1_555 R O6 POP . D POP 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.238 ? metalc ? metalc19 P MG MG . D MG 3004 1_555 R O2 POP . D POP 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.422 ? metalc ? metalc20 P MG MG . D MG 3004 1_555 R O3 POP . D POP 4004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.759 ? metalc ? metalc21 E OD2 ASP 76 E ASP 76 1_555 S MG MG . E MG 3005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.551 ? metalc ? metalc22 E OD2 ASP 95 E ASP 95 1_555 S MG MG . E MG 3005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.409 ? metalc ? metalc23 S MG MG . E MG 3005 1_555 U O6 POP . E POP 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.287 ? metalc ? metalc24 S MG MG . E MG 3005 1_555 U O2 POP . E POP 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.436 ? metalc ? metalc25 S MG MG . E MG 3005 1_555 U O3 POP . E POP 4005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.82 ? metalc ? metalc26 F OD2 ASP 76 F ASP 76 1_555 V MG MG . F MG 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.427 ? metalc ? metalc27 F OD2 ASP 95 F ASP 95 1_555 V MG MG . F MG 3006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.445 ? metalc ? metalc28 V MG MG . F MG 3006 1_555 X O3 POP . F POP 4006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? metalc ? metalc29 V MG MG . F MG 3006 1_555 X O6 POP . F POP 4006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.63 ? metalc ? metalc30 V MG MG . F MG 3006 1_555 X O2 POP . F POP 4006 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.706 ? # _chem_comp.formula 'C12 H18 N4 O4 P S 1' _chem_comp.formula_weight 345.334 _chem_comp.id TPS _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'THIAMIN PHOSPHATE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag CM2 C2A TPS sing 314 n n CM2 HM21 TPS sing 315 n n CM2 HM22 TPS sing 316 n n CM2 HM23 TPS sing 317 n n N3 C2 TPS doub 318 n y N3 C4 TPS sing 319 n y N3 C7A TPS sing 320 n n C2 S1 TPS sing 321 n y C2 H2 TPS sing 322 n n S1 C5 TPS sing 323 n y C5 C4 TPS doub 324 n y C5 C6 TPS sing 325 n n C4 CM4 TPS sing 326 n n CM4 HM41 TPS sing 327 n n CM4 HM42 TPS sing 328 n n CM4 HM43 TPS sing 329 n n C6 C7 TPS sing 330 n n C6 H61 TPS sing 331 n n C6 H62 TPS sing 332 n n C7 O7 TPS sing 333 n n C7 H71 TPS sing 334 n n C7 H72 TPS sing 335 n n O7 P1 TPS sing 336 n n N1A C2A TPS doub 337 n y N1A C6A TPS sing 338 n y C2A N3A TPS sing 339 n y N3A C4A TPS doub 340 n y C4A N4A TPS sing 341 n n C4A C5A TPS sing 342 n y N4A H41N TPS sing 343 n n N4A H42N TPS sing 344 n n C5A C6A TPS doub 345 n y C5A C7A TPS sing 346 n n C6A H6A TPS sing 347 n n C7A H7A1 TPS sing 348 n n C7A H7A2 TPS sing 349 n n P1 O1 TPS doub 350 n n P1 O2 TPS sing 351 n n P1 O3 TPS sing 352 n n O2 HO2 TPS sing 353 n n O3 HO3 TPS sing 354 n n # _atom_sites.entry_id 3NM3 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.009507 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.002038 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.006468 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.00688 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 MG A 1 3001 3001 MG MG . H 3 TPS A 1 2001 2001 TPS TPS . I 4 POP A 1 4001 4001 POP POP . J 2 MG B 1 3002 3002 MG MG . K 3 TPS B 1 2002 2002 TPS TPS . L 4 POP B 1 4002 4002 POP POP . M 2 MG C 1 3003 3003 MG MG . N 3 TPS C 1 2003 2003 TPS TPS . O 4 POP C 1 4003 4003 POP POP . P 2 MG D 1 3004 3004 MG MG . Q 3 TPS D 1 2004 2004 TPS TPS . R 4 POP D 1 4004 4004 POP POP . S 2 MG E 1 3005 3005 MG MG . T 3 TPS E 1 2005 2005 TPS TPS . U 4 POP E 1 4005 4005 POP POP . V 2 MG F 1 3006 3006 MG MG . W 3 TPS F 1 2006 2006 TPS TPS . X 4 POP F 1 4006 4006 POP POP . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 C CM2 TPS . . . N 3 -12.028 -8.36 8.747 1 73.62 ? CM2 TPS 2003 C 1 HETATM 2 N N3 TPS . . . N 3 -6.382 -8.187 11.743 0.14 73.46 ? N3 TPS 2003 C 1 HETATM 3 C C2 TPS . . . N 3 -5.011 -8.289 11.099 1 79.56 ? C2 TPS 2003 C 1 HETATM 4 S S1 TPS . . . N 3 -4.494 -6.618 10.759 0.94 78.78 ? S1 TPS 2003 C 1 HETATM 5 C C5 TPS . . . N 3 -5.486 -5.743 11.689 1 68.28 ? C5 TPS 2003 C 1 HETATM 6 C C4 TPS . . . N 3 -6.746 -6.638 12.049 1 69.43 ? C4 TPS 2003 C 1 HETATM 7 C CM4 TPS . . . N 3 -7.923 -6.115 12.873 0.73 75.31 ? CM4 TPS 2003 C 1 HETATM 8 C C6 TPS . . . N 3 -5.274 -4.28 12.07 1 70.65 ? C6 TPS 2003 C 1 HETATM 9 C C7 TPS . . . N 3 -5.818 -3.191 11.138 1 68.34 ? C7 TPS 2003 C 1 HETATM 10 O O7 TPS . . . N 3 -5.921 -1.891 11.678 0.7 71.52 ? O7 TPS 2003 C 1 HETATM 11 N N1A TPS . . . N 3 -9.643 -9.081 8.989 1 66.91 ? N1A TPS 2003 C 1 HETATM 12 C C2A TPS . . . N 3 -10.781 -8.671 9.591 1 69.66 ? C2A TPS 2003 C 1 HETATM 13 N N3A TPS . . . N 3 -10.833 -8.512 10.963 0.57 73.99 ? N3A TPS 2003 C 1 HETATM 14 C C4A TPS . . . N 3 -9.679 -8.782 11.754 1 73.59 ? C4A TPS 2003 C 1 HETATM 15 N N4A TPS . . . N 3 -9.684 -8.642 13.203 1 76 ? N4A TPS 2003 C 1 HETATM 16 C C5A TPS . . . N 3 -8.489 -9.199 11.116 1 70.95 ? C5A TPS 2003 C 1 HETATM 17 C C6A TPS . . . N 3 -8.438 -9.356 9.807 1 68.9 ? C6A TPS 2003 C 1 HETATM 18 C C7A TPS . . . N 3 -7.221 -9.36 11.965 0.59 74.2 ? C7A TPS 2003 C 1 HETATM 19 P P1 TPS . . . N 3 -5.22 -0.574 10.944 1 72.54 ? P1 TPS 2003 C 1 HETATM 20 O O1 TPS . . . N 3 -3.926 -1.126 10.148 0.84 75.03 ? O1 TPS 2003 C 1 HETATM 21 O O2 TPS . . . N 3 -4.773 0.528 12.068 0.84 75.21 ? O2 TPS 2003 C 1 HETATM 22 O O3 TPS . . . N 3 -5.993 0.077 9.906 0.97 76.72 ? O3 TPS 2003 C 1 # _model_server_stats.io_time_ms 15 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 31 _model_server_stats.query_time_ms 263 _model_server_stats.encode_time_ms 5 _model_server_stats.element_count 22 #