data_3O6X # _model_server_result.job_id m-3S5Pm-Dg7gSxIkmHlfeg _model_server_result.datetime_utc '2024-10-20 00:55:09' _model_server_result.server_version 0.9.12 _model_server_result.query_name ligand _model_server_result.source_id pdb-bcif _model_server_result.entry_id 3o6x # _model_server_params.name atom_site _model_server_params.value '{"label_asym_id":"HA","auth_seq_id":3001}' # _entry.id 3O6X # _exptl.entry_id 3O6X _exptl.method 'X-RAY DIFFRACTION' # _entity.details ? _entity.formula_weight 260.205 _entity.id 3 _entity.src_method syn _entity.type non-polymer _entity.pdbx_description 'L-METHIONINE-S-SULFOXIMINE PHOSPHATE' _entity.pdbx_number_of_molecules 6 _entity.pdbx_parent_entity_id . _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.pdbx_ec ? # _cell.angle_alpha 90 _cell.angle_beta 90 _cell.angle_gamma 90 _cell.entry_id 3O6X _cell.length_a 198.25 _cell.length_b 203.96 _cell.length_c 234.59 _cell.Z_PDB 48 _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 3O6X _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 20 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'C 2 2 21' # _pdbx_struct_assembly.method_details PISA _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 6 _pdbx_struct_assembly.details author_and_software_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.id 1 # _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0 # loop_ _struct_asym.details _struct_asym.entity_id _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag ? 3 I N N ? 3 P N N ? 3 V N N ? 3 BA N N ? 3 HA N N ? 3 NA N N # loop_ _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.details _struct_conn.id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order metalc ? metalc1 A OE2 GLU 215 A GLU 215 1_555 G MG MG . A MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.449 ? metalc ? metalc2 A OE1 GLU 215 A GLU 215 1_555 G MG MG . A MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.958 ? metalc ? metalc3 A OE2 GLU 286 A GLU 286 1_555 H MG MG . A MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? metalc ? metalc4 A OE2 GLU 472 A GLU 472 1_555 G MG MG . A MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.818 ? metalc ? metalc5 G MG MG . A MG 1001 1_555 I O3A P3S . A P3S 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? metalc ? metalc6 G MG MG . A MG 1001 1_555 J O1B ADP . A ADP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? metalc ? metalc7 B OE2 GLU 215 B GLU 215 1_555 N MG MG . B MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? metalc ? metalc8 B OE1 GLU 215 B GLU 215 1_555 N MG MG . B MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? metalc ? metalc9 B OE1 GLU 217 B GLU 217 1_555 O MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.881 ? metalc ? metalc10 B OE1 GLU 286 B GLU 286 1_555 O MG MG . B MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.601 ? metalc ? metalc11 B OE2 GLU 472 B GLU 472 1_555 N MG MG . B MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.11 ? metalc ? metalc12 N MG MG . B MG 1001 1_555 Q O1B ADP . B ADP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.172 ? metalc ? metalc13 O MG MG . B MG 2001 1_555 P O3A P3S . B P3S 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.637 ? metalc ? metalc14 C OE2 GLU 215 C GLU 215 1_555 T MG MG . C MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc15 C OE1 GLU 215 C GLU 215 1_555 T MG MG . C MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.703 ? metalc ? metalc16 C OE1 GLU 217 C GLU 217 1_555 U MG MG . C MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.836 ? metalc ? metalc17 C OE1 GLU 286 C GLU 286 1_555 U MG MG . C MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.589 ? metalc ? metalc18 C OE2 GLU 472 C GLU 472 1_555 T MG MG . C MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.081 ? metalc ? metalc19 T MG MG . C MG 1001 1_555 W O1B ADP . C ADP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.186 ? metalc ? metalc20 U MG MG . C MG 2001 1_555 V O3A P3S . C P3S 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.616 ? metalc ? metalc21 D OE2 GLU 215 D GLU 215 1_555 Z MG MG . D MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? metalc ? metalc22 D OE1 GLU 215 D GLU 215 1_555 Z MG MG . D MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.663 ? metalc ? metalc23 D OE1 GLU 217 D GLU 217 1_555 AA MG MG . D MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.853 ? metalc ? metalc24 D OE1 GLU 286 D GLU 286 1_555 AA MG MG . D MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.585 ? metalc ? metalc25 D OE2 GLU 472 D GLU 472 1_555 Z MG MG . D MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.103 ? metalc ? metalc26 Z MG MG . D MG 1001 1_555 CA O1B ADP . D ADP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? metalc ? metalc27 AA MG MG . D MG 2001 1_555 BA O3A P3S . D P3S 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? metalc ? metalc28 E OE2 GLU 215 E GLU 215 1_555 FA MG MG . E MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.369 ? metalc ? metalc29 E OE1 GLU 215 E GLU 215 1_555 FA MG MG . E MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.628 ? metalc ? metalc30 E OE1 GLU 217 E GLU 217 1_555 GA MG MG . E MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.87 ? metalc ? metalc31 E OE1 GLU 286 E GLU 286 1_555 GA MG MG . E MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.587 ? metalc ? metalc32 E OE2 GLU 472 E GLU 472 1_555 FA MG MG . E MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.165 ? metalc ? metalc33 FA MG MG . E MG 1001 1_555 IA O1B ADP . E ADP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.133 ? metalc ? metalc34 GA MG MG . E MG 2001 1_555 HA O3A P3S . E P3S 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.648 ? metalc ? metalc35 F OE2 GLU 215 F GLU 215 1_555 LA MG MG . F MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.317 ? metalc ? metalc36 F OE1 GLU 215 F GLU 215 1_555 LA MG MG . F MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.635 ? metalc ? metalc37 F OE1 GLU 217 F GLU 217 1_555 MA MG MG . F MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.833 ? metalc ? metalc38 F OE1 GLU 286 F GLU 286 1_555 MA MG MG . F MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.602 ? metalc ? metalc39 F OE2 GLU 472 F GLU 472 1_555 LA MG MG . F MG 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.129 ? metalc ? metalc40 LA MG MG . F MG 1001 1_555 OA O1B ADP . F ADP 4001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.196 ? metalc ? metalc41 MA MG MG . F MG 2001 1_555 NA O3A P3S . F P3S 3001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.625 ? # _chem_comp.formula 'C5 H13 N2 O6 P S' _chem_comp.formula_weight 260.205 _chem_comp.id P3S _chem_comp.mon_nstd_flag . _chem_comp.name 'L-METHIONINE-S-SULFOXIMINE PHOSPHATE' _chem_comp.type non-polymer _chem_comp.pdbx_synonyms ? # loop_ _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_ordinal _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag O3A PA P3S sing 279 n n O3A HO3 P3S sing 280 n n PA O1A P3S doub 281 n n PA O2A P3S sing 282 n n PA NE P3S sing 283 n n O2A HO2 P3S sing 284 n n NE SD P3S doub 285 n n SD OE P3S doub 286 n n SD CE P3S sing 287 n n SD CG P3S sing 288 n n CE HEC1 P3S sing 289 n n CE HEC2 P3S sing 290 n n CE HEC3 P3S sing 291 n n CG CB P3S sing 292 n n CG HGC1 P3S sing 293 n n CG HGC2 P3S sing 294 n n CB CA P3S sing 295 n n CB HBC1 P3S sing 296 n n CB HBC2 P3S sing 297 n n CA N P3S sing 298 n n CA C P3S sing 299 n n CA HA P3S sing 300 n n N HN1 P3S sing 301 n n N HN2 P3S sing 302 n n C OT P3S sing 303 n n C O P3S doub 304 n n OT HT P3S sing 305 n n # _atom_sites.entry_id 3O6X _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 0.005044 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 0.004903 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 0.004263 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0 # loop_ _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code G 2 MG A 1 1001 1001 MG MG . H 2 MG A 1 2001 2001 MG MG . I 3 P3S A 1 3001 3001 P3S P3S . J 4 ADP A 1 4001 4001 ADP ADP . K 5 CL A 1 5001 5001 CL CL . L 5 CL A 1 6001 6001 CL CL . M 5 CL A 1 730 5001 CL CL . N 2 MG B 1 1001 1001 MG MG . O 2 MG B 1 2001 2001 MG MG . P 3 P3S B 1 3001 3001 P3S P3S . Q 4 ADP B 1 4001 4001 ADP ADP . R 5 CL B 1 5001 5001 CL CL . S 5 CL B 1 6001 6001 CL CL . T 2 MG C 1 1001 1001 MG MG . U 2 MG C 1 2001 2001 MG MG . V 3 P3S C 1 3001 3001 P3S P3S . W 4 ADP C 1 4001 4001 ADP ADP . X 5 CL C 1 5001 5001 CL CL . Y 5 CL C 1 6001 6001 CL CL . Z 2 MG D 1 1001 1001 MG MG . AA 2 MG D 1 2001 2001 MG MG . BA 3 P3S D 1 3001 3001 P3S P3S . CA 4 ADP D 1 4001 4001 ADP ADP . DA 5 CL D 1 5001 5001 CL CL . EA 5 CL D 1 6001 6001 CL CL . FA 2 MG E 1 1001 1001 MG MG . GA 2 MG E 1 2001 2001 MG MG . HA 3 P3S E 1 3001 3001 P3S P3S . IA 4 ADP E 1 4001 4001 ADP ADP . JA 5 CL E 1 5001 5001 CL CL . KA 5 CL E 1 6001 6001 CL CL . LA 2 MG F 1 1001 1001 MG MG . MA 2 MG F 1 2001 2001 MG MG . NA 3 P3S F 1 3001 3001 P3S P3S . OA 4 ADP F 1 4001 4001 ADP ADP . PA 5 CL F 1 6001 6001 CL CL . # loop_ _atom_site.group_PDB _atom_site.id _atom_site.type_symbol _atom_site.label_atom_id _atom_site.label_comp_id _atom_site.label_seq_id _atom_site.label_alt_id _atom_site.pdbx_PDB_ins_code _atom_site.label_asym_id _atom_site.label_entity_id _atom_site.Cartn_x _atom_site.Cartn_y _atom_site.Cartn_z _atom_site.occupancy _atom_site.B_iso_or_equiv _atom_site.pdbx_formal_charge _atom_site.auth_atom_id _atom_site.auth_comp_id _atom_site.auth_seq_id _atom_site.auth_asym_id _atom_site.pdbx_PDB_model_num HETATM 1 O O3A P3S . . . HA 3 101.79 95.459 208.084 1 118.54 ? O3A P3S 3001 E 1 HETATM 2 P PA P3S . . . HA 3 102.791 95.407 209.173 1 121.61 ? PA P3S 3001 E 1 HETATM 3 O O1A P3S . . . HA 3 104.12 94.6 208.754 1 124.5 ? O1A P3S 3001 E 1 HETATM 4 O O2A P3S . . . HA 3 103.288 96.868 209.632 1 128.1 ? O2A P3S 3001 E 1 HETATM 5 N NE P3S . . . HA 3 102.226 94.68 210.508 1 125.2 ? NE P3S 3001 E 1 HETATM 6 S SD P3S . . . HA 3 102.93 95.309 211.839 1 130.28 ? SD P3S 3001 E 1 HETATM 7 O OE P3S . . . HA 3 102.865 96.787 212.077 1 123.42 ? OE P3S 3001 E 1 HETATM 8 C CE P3S . . . HA 3 104.239 94.344 212.564 1 125.42 ? CE P3S 3001 E 1 HETATM 9 C CG P3S . . . HA 3 101.757 94.735 213.121 1 130.4 ? CG P3S 3001 E 1 HETATM 10 C CB P3S . . . HA 3 100.374 95.377 212.991 1 132.82 ? CB P3S 3001 E 1 HETATM 11 C CA P3S . . . HA 3 99.423 94.863 214.074 1 134.3 ? CA P3S 3001 E 1 HETATM 12 N N P3S . . . HA 3 99.261 93.409 213.935 1 133.8 ? N P3S 3001 E 1 HETATM 13 C C P3S . . . HA 3 98.063 95.55 213.928 1 135.98 ? C P3S 3001 E 1 HETATM 14 O OT P3S . . . HA 3 97.051 94.874 214.211 1 133.79 ? OT P3S 3001 E 1 HETATM 15 O O P3S . . . HA 3 98.068 96.738 213.538 1 138.87 ? O P3S 3001 E 1 # _model_server_stats.io_time_ms 16 _model_server_stats.parse_time_ms 9 _model_server_stats.create_model_time_ms 35 _model_server_stats.query_time_ms 268 _model_server_stats.encode_time_ms 2 _model_server_stats.element_count 15 #