data_3O78
#
_model_server_result.job_id            0QJTqZQ8ihwjyCobywBx-w 
_model_server_result.datetime_utc      '2024-12-26 12:15:45' 
_model_server_result.server_version    0.9.12 
_model_server_result.query_name        ligand 
_model_server_result.source_id         pdb-bcif 
_model_server_result.entry_id          3o78 
#
_model_server_params.name     atom_site 
_model_server_params.value    '{"label_asym_id":"F","auth_seq_id":504}' 
#
_entry.id    3O78 
#
_exptl.entry_id    3O78 
_exptl.method      'X-RAY DIFFRACTION' 
#
_entity.details                     ? 
_entity.formula_weight              40.078 
_entity.id                          2 
_entity.src_method                  syn 
_entity.type                        non-polymer 
_entity.pdbx_description            'CALCIUM ION' 
_entity.pdbx_number_of_molecules    8 
_entity.pdbx_parent_entity_id       . 
_entity.pdbx_mutation               ? 
_entity.pdbx_fragment               ? 
_entity.pdbx_ec                     ? 
#
_cell.angle_alpha         90 
_cell.angle_beta          91.45 
_cell.angle_gamma         90 
_cell.entry_id            3O78 
_cell.length_a            46.374 
_cell.length_b            101.635 
_cell.length_c            82.211 
_cell.Z_PDB               4 
_cell.pdbx_unique_axis    ? 
#
_symmetry.entry_id                 3O78 
_symmetry.cell_setting             ? 
_symmetry.Int_Tables_number        4 
_symmetry.space_group_name_Hall    ? 
_symmetry.space_group_name_H-M     'P 1 21 1' 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly.method_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count
_pdbx_struct_assembly.details
_pdbx_struct_assembly.id
? monomeric 1 author_defined_assembly 1 
? monomeric 1 author_defined_assembly 2 
PISA dimeric 2 software_defined_assembly 3 
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
A,C,D,E,F,K 1 1 
B,G,H,I,J,L 2 1 
A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L 3 1 
#
_pdbx_struct_oper_list.id                    1 
_pdbx_struct_oper_list.type                  'identity operation' 
_pdbx_struct_oper_list.name                  1_555 
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation    x,y,z 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2]          1 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2]          0 
_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3]          1 
_pdbx_struct_oper_list.vector[1]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[2]             0 
_pdbx_struct_oper_list.vector[3]             0 
#
loop_
_struct_asym.details
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
? 2 C N N 
? 2 D N N 
? 2 E N N 
? 2 F N N 
? 2 G N N 
? 2 H N N 
? 2 I N N 
? 2 J N N 
#
loop_
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.details
_struct_conn.id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
covale ? covale1 A C LEU 188 A LEU 188 1_555 A N1 CR2 189 A CR2 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? 
covale ? covale2 A C3 CR2 189 A CR2 190 1_555 A N LEU 190 A LEU 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.361 ? 
covale ? covale3 B C LEU 188 B LEU 188 1_555 B N1 CR2 189 B CR2 190 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.197 ? 
covale ? covale4 B C3 CR2 189 B CR2 190 1_555 B N LEU 190 B LEU 192 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? 
metalc ? metalc1 A OD1 ASP 287 A ASP 289 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.495 ? 
metalc ? metalc2 A OD1 ASP 289 A ASP 291 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.32 ? 
metalc ? metalc3 A OD1 ASP 291 A ASP 293 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.29 ? 
metalc ? metalc4 A O THR 293 A THR 295 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.903 ? 
metalc ? metalc5 A OE1 GLU 298 A GLU 300 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.243 ? 
metalc ? metalc6 A OE2 GLU 298 A GLU 300 1_555 C CA CA . A CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.807 ? 
metalc ? metalc7 A OD2 ASP 323 A ASP 325 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.252 ? 
metalc ? metalc8 A OD1 ASP 325 A ASP 327 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.771 ? 
metalc ? metalc9 A OD1 ASN 327 A ASN 329 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.441 ? 
metalc ? metalc10 A O THR 329 A THR 331 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? 
metalc ? metalc11 A OE1 GLU 334 A GLU 336 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.647 ? 
metalc ? metalc12 A OE2 GLU 334 A GLU 336 1_555 D CA CA . A CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.696 ? 
metalc ? metalc13 A OD2 ASP 360 A ASP 362 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.554 ? 
metalc ? metalc14 A OD2 ASP 362 A ASP 364 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.209 ? 
metalc ? metalc15 A OD1 ASN 364 A ASN 366 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.179 ? 
metalc ? metalc16 A O TYR 366 A TYR 368 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.137 ? 
metalc ? metalc17 A OE2 GLU 371 A GLU 373 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.552 ? 
metalc ? metalc18 A OE1 GLU 371 A GLU 373 1_555 E CA CA . A CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.669 ? 
metalc ? metalc19 A OD1 ASP 396 A ASP 398 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.124 ? 
metalc ? metalc20 A OD2 ASP 398 A ASP 400 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.741 ? 
metalc ? metalc21 A OD1 ASP 400 A ASP 402 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.527 ? 
metalc ? metalc22 A O GLN 402 A GLN 404 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.232 ? 
metalc ? metalc23 A OE2 GLU 407 A GLU 409 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.596 ? 
metalc ? metalc24 A OE1 GLU 407 A GLU 409 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.897 ? 
metalc ? metalc25 K O HOH . A HOH 448 1_555 F CA CA . A CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.536 ? 
metalc ? metalc26 B OD1 ASP 287 B ASP 289 1_555 G CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc27 B OD1 ASP 289 B ASP 291 1_555 G CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.385 ? 
metalc ? metalc28 B OD1 ASP 291 B ASP 293 1_555 G CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.417 ? 
metalc ? metalc29 B O THR 293 B THR 295 1_555 G CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.58 ? 
metalc ? metalc30 B OE1 GLU 298 B GLU 300 1_555 G CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.08 ? 
metalc ? metalc31 B OE2 GLU 298 B GLU 300 1_555 G CA CA . B CA 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.614 ? 
metalc ? metalc32 B OD2 ASP 323 B ASP 325 1_555 H CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.147 ? 
metalc ? metalc33 B OD1 ASP 325 B ASP 327 1_555 H CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.701 ? 
metalc ? metalc34 B OD1 ASN 327 B ASN 329 1_555 H CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.655 ? 
metalc ? metalc35 B O THR 329 B THR 331 1_555 H CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.35 ? 
metalc ? metalc36 B OE1 GLU 334 B GLU 336 1_555 H CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? 
metalc ? metalc37 B OE2 GLU 334 B GLU 336 1_555 H CA CA . B CA 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.393 ? 
metalc ? metalc38 B OD2 ASP 360 B ASP 362 1_555 I CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.5 ? 
metalc ? metalc39 B OD2 ASP 362 B ASP 364 1_555 I CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? 
metalc ? metalc40 B OD1 ASN 364 B ASN 366 1_555 I CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.664 ? 
metalc ? metalc41 B O TYR 366 B TYR 368 1_555 I CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.187 ? 
metalc ? metalc42 B OE1 GLU 371 B GLU 373 1_555 I CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.199 ? 
metalc ? metalc43 B OE2 GLU 371 B GLU 373 1_555 I CA CA . B CA 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.235 ? 
metalc ? metalc44 B OD1 ASP 396 B ASP 398 1_555 J CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? 
metalc ? metalc45 B OD2 ASP 398 B ASP 400 1_555 J CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? 
metalc ? metalc46 B OD1 ASP 400 B ASP 402 1_555 J CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.559 ? 
metalc ? metalc47 B O GLN 402 B GLN 404 1_555 J CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.406 ? 
metalc ? metalc48 B OE2 GLU 407 B GLU 409 1_555 J CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.47 ? 
metalc ? metalc49 B OE1 GLU 407 B GLU 409 1_555 J CA CA . B CA 504 1_555 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2.576 ? 
#
_chem_comp.formula           'Ca 2' 
_chem_comp.formula_weight    40.078 
_chem_comp.id                CA 
_chem_comp.mon_nstd_flag     . 
_chem_comp.name              'CALCIUM ION' 
_chem_comp.type              non-polymer 
_chem_comp.pdbx_synonyms     ? 
#
_atom_sites.entry_id                     3O78 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][1]    0.021564 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[1][3]    0.000547 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][2]    0.009839 
_atom_sites.fract_transf_matrix[2][3]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][1]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][2]    0 
_atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]    0.012168 
_atom_sites.fract_transf_vector[1]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[2]       0 
_atom_sites.fract_transf_vector[3]       0 
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
C 2 CA A 1 501 501 CA CA . 
D 2 CA A 1 502 502 CA CA . 
E 2 CA A 1 503 503 CA CA . 
F 2 CA A 1 504 504 CA CA . 
G 2 CA B 1 501 501 CA CA . 
H 2 CA B 1 502 502 CA CA . 
I 2 CA B 1 503 503 CA CA . 
J 2 CA B 1 504 504 CA CA . 
K 3 HOH A 1 418 1 HOH HOH . 
K 3 HOH A 2 419 4 HOH HOH . 
K 3 HOH A 3 420 6 HOH HOH . 
K 3 HOH A 4 421 11 HOH HOH . 
K 3 HOH A 5 422 12 HOH HOH . 
K 3 HOH A 6 423 13 HOH HOH . 
K 3 HOH A 7 424 15 HOH HOH . 
K 3 HOH A 8 425 17 HOH HOH . 
K 3 HOH A 9 426 20 HOH HOH . 
K 3 HOH A 10 427 23 HOH HOH . 
K 3 HOH A 11 428 28 HOH HOH . 
K 3 HOH A 12 429 29 HOH HOH . 
K 3 HOH A 13 430 33 HOH HOH . 
K 3 HOH A 14 431 34 HOH HOH . 
K 3 HOH A 15 432 35 HOH HOH . 
K 3 HOH A 16 433 30 HOH HOH . 
K 3 HOH A 17 434 39 HOH HOH . 
K 3 HOH A 18 435 40 HOH HOH . 
K 3 HOH A 19 436 44 HOH HOH . 
K 3 HOH A 20 437 45 HOH HOH . 
K 3 HOH A 21 438 46 HOH HOH . 
K 3 HOH A 22 439 49 HOH HOH . 
K 3 HOH A 23 440 50 HOH HOH . 
K 3 HOH A 24 441 51 HOH HOH . 
K 3 HOH A 25 442 55 HOH HOH . 
K 3 HOH A 26 443 56 HOH HOH . 
K 3 HOH A 27 445 62 HOH HOH . 
K 3 HOH A 28 446 70 HOH HOH . 
K 3 HOH A 29 447 71 HOH HOH . 
K 3 HOH A 30 448 72 HOH HOH . 
K 3 HOH A 31 449 75 HOH HOH . 
K 3 HOH A 32 450 76 HOH HOH . 
K 3 HOH A 33 451 77 HOH HOH . 
K 3 HOH A 34 452 78 HOH HOH . 
K 3 HOH A 35 453 82 HOH HOH . 
K 3 HOH A 36 454 85 HOH HOH . 
K 3 HOH A 37 455 86 HOH HOH . 
K 3 HOH A 38 456 87 HOH HOH . 
K 3 HOH A 39 457 89 HOH HOH . 
K 3 HOH A 40 458 90 HOH HOH . 
K 3 HOH A 41 459 92 HOH HOH . 
L 3 HOH B 1 418 2 HOH HOH . 
L 3 HOH B 2 419 5 HOH HOH . 
L 3 HOH B 3 420 7 HOH HOH . 
L 3 HOH B 4 421 8 HOH HOH . 
L 3 HOH B 5 422 9 HOH HOH . 
L 3 HOH B 6 423 10 HOH HOH . 
L 3 HOH B 7 424 14 HOH HOH . 
L 3 HOH B 8 425 16 HOH HOH . 
L 3 HOH B 9 426 18 HOH HOH . 
L 3 HOH B 10 427 21 HOH HOH . 
L 3 HOH B 11 428 26 HOH HOH . 
L 3 HOH B 12 429 27 HOH HOH . 
L 3 HOH B 13 431 31 HOH HOH . 
L 3 HOH B 14 432 32 HOH HOH . 
L 3 HOH B 15 433 37 HOH HOH . 
L 3 HOH B 16 434 41 HOH HOH . 
L 3 HOH B 17 435 42 HOH HOH . 
L 3 HOH B 18 436 47 HOH HOH . 
L 3 HOH B 19 437 48 HOH HOH . 
L 3 HOH B 20 438 52 HOH HOH . 
L 3 HOH B 21 439 54 HOH HOH . 
L 3 HOH B 22 440 57 HOH HOH . 
L 3 HOH B 23 441 58 HOH HOH . 
L 3 HOH B 24 442 59 HOH HOH . 
L 3 HOH B 25 443 63 HOH HOH . 
L 3 HOH B 26 444 60 HOH HOH . 
L 3 HOH B 27 445 65 HOH HOH . 
L 3 HOH B 28 446 66 HOH HOH . 
L 3 HOH B 29 447 68 HOH HOH . 
L 3 HOH B 30 448 69 HOH HOH . 
L 3 HOH B 31 449 73 HOH HOH . 
L 3 HOH B 32 450 81 HOH HOH . 
L 3 HOH B 33 451 83 HOH HOH . 
L 3 HOH B 34 452 93 HOH HOH . 
L 3 HOH B 35 453 36 HOH HOH . 
L 3 HOH B 36 454 64 HOH HOH . 
#
_atom_site.group_PDB             HETATM 
_atom_site.id                    1 
_atom_site.type_symbol           CA 
_atom_site.label_atom_id         CA 
_atom_site.label_comp_id         CA 
_atom_site.label_seq_id          . 
_atom_site.label_alt_id          . 
_atom_site.pdbx_PDB_ins_code     . 
_atom_site.label_asym_id         F 
_atom_site.label_entity_id       2 
_atom_site.Cartn_x               25.04 
_atom_site.Cartn_y               -29.267 
_atom_site.Cartn_z               -8.752 
_atom_site.occupancy             1 
_atom_site.B_iso_or_equiv        39.43 
_atom_site.pdbx_formal_charge    ? 
_atom_site.auth_atom_id          CA 
_atom_site.auth_comp_id          CA 
_atom_site.auth_seq_id           504 
_atom_site.auth_asym_id          A 
_atom_site.pdbx_PDB_model_num    1 
#
_model_server_stats.io_time_ms              10 
_model_server_stats.parse_time_ms           14 
_model_server_stats.create_model_time_ms    7 
_model_server_stats.query_time_ms           319 
_model_server_stats.encode_time_ms          3 
_model_server_stats.element_count           1 
#